| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,513,018 | T→C | 36.4% | intergenic (+141/+291) | pta → / ← ubiX | phosphate acetyltransferase/3‑octaprenyl‑4‑hydroxybenzoate carboxy‑lyase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,513,018 | 0 | T | C | 36.4% | 54.0 / 60.2 | 66 | intergenic (+141/+291) | pta/ubiX | phosphate acetyltransferase/3‑octaprenyl‑4‑hydroxybenzoate carboxy‑lyase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (18/24); new base C (10/14); total (28/38) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TTAATTTGCATTAATCCTTTCTGATTATCTTGCTTAACTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCATCTCACTTTGCATACTTCCCACTTTGTTACATAACCCTCAAGTGAAAATGGCTTTTTTATGTTG > minE/1512953‑1513079 | ttAATTTGCATTAATCCTTTCTGATTATCTTGCTTAACTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCATCTCAc < 1:2672089/69‑1 (MQ=255)ttAATTTGCATTAATCCTTTCTGATTATCTTGCTTAACTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCATCTCAc < 1:4232554/69‑1 (MQ=255)ttAATTTGCATTAATCCTTTCTGATTATCTTGCTTAACTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCATCTCAc < 1:3879962/69‑1 (MQ=255)ttAATTTGCATTAATCCTTTCTGATTATCTTGCTTAACTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCATCTCACtt > 1:5195165/1‑71 (MQ=255)ttAATTTGCATTAATCCTTTCTGATTATCTTGCTTAACTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCATCCCACtt > 1:1064975/1‑71 (MQ=255)ttAATTTGCATTAATCCTTTCTGATTATCTTGCTTAACTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCATCCCACtt > 1:5411597/1‑71 (MQ=255) aTTTGCATTAATCCTTTCTGATTATCTTGCTTAACTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCATCTCACTTTg < 1:3460409/70‑1 (MQ=255) aTTTGCATTAATCCTTTCTGATTATCTTGCTTAACTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCATCCCACt < 1:2992392/67‑1 (MQ=255) aTTTGCATTAATCCTTTCTGATTATCTTGCTTAACTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCATCCCACTTTg > 1:3536277/1‑70 (MQ=255) tttGCATTAATCCTTTCTGATTATCTTGCTTAACTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCATCTCACTTTGCa < 1:5408961/71‑1 (MQ=255) tGCATTAATCCTTTCTGATTATCTTGCTTAACTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCATCCCACTTTGCAt < 1:1427920/70‑1 (MQ=255) cATTAATCCTTTCTGATTATCTTGCTTAACTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCATCTCACTTTGCATACt < 1:2210347/71‑1 (MQ=255) aTTAATCCTTTCTGATTATCTTGCTTAACTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCATCCCACTTTGCATACt > 1:5047928/1‑70 (MQ=255) ttAATCCTTTCTGATTATCTTGCTTAACTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCATCTCGCTTTGCATACTTc > 1:1405011/1‑71 (MQ=255) ttAATCCTTTCTGATTATCTTGCTTAACTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCATCCCACt < 1:4382722/60‑1 (MQ=255) ttAATCCTTTCTGATTATCTTGCTTAACTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCATCCCACTTTGc < 1:2486427/64‑1 (MQ=255) tAATCCTTTCTGATTATCTTGCTTAACTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCATCCCACttt < 1:386345/61‑1 (MQ=255) tAATCCTTTCTGATTATCTTGCTTAACTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCATCCCACttt < 1:1116707/61‑1 (MQ=255) aaTCCTTTCTGATTATCTTGCTTAACTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCATCTCACTTTGCATa > 1:169365/1‑65 (MQ=255) aaTCCTTTCTGATTATCTTGCTTAACTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCATCTCACTTTGCATACTTcc > 1:365561/1‑70 (MQ=255) aaTCCTTTCTGATTATCTTGCTTAACTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCATCCCACTTTGCATACttac > 1:4345961/1‑68 (MQ=255) aTCCTTTCTGATTATCTTGCTTAACTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCATCCCACTTTg < 1:5504966/60‑1 (MQ=255) aTCCTTTCTGATTATCTTGCTTAACTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCATCCCACTTTg < 1:4300109/60‑1 (MQ=255) aTCCTTTCTGATTATCTTGCTTAACTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCATCCCACTTTg < 1:631024/60‑1 (MQ=255) aTCCTTTCTGATTATCTTGCTTAACTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCATCCCACTTTGc > 1:4879998/1‑61 (MQ=255) tCCTTTCTGATTATCTTGCTTAACTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCATCTCACTTTGCATACTTCCCAc > 1:791243/1‑71 (MQ=255) tCCTTTCTGATTATCTTGCTTAACTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCATCTCACTTTGCATACTTCCCAc > 1:1516572/1‑71 (MQ=255) cTTTCTGATTATCTTGCTTAACTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCATCTCACTTTGCATACtt < 1:2881897/64‑1 (MQ=255) ttCTGATTATCTTGCTTAACTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCATCCCACTTTGCATACTTACCACTTTg > 1:4130699/1‑71 (MQ=255) tCTGATTATCTTGCTTAACTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCATCCCACTTTGCATACTTACCACTTTGt > 1:5299312/1‑71 (MQ=255) aTTATCTTGCTTAACTGCTCTGCATCAATGAATTGCGCCATCCCACTTTGCATACTTACCACTTTGtttt < 1:1728248/70‑3 (MQ=255) aTTATCTTGCTTAACTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCATCTCACTTTGCATACTTCCCACTTTGTTa < 1:2179613/69‑1 (MQ=255) aTTATCTTGCTTAACTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCATCTCACTTTGCATACTTCCCACTTTGTTa < 1:5326508/69‑1 (MQ=255) ttATCTTGCTTAACTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCATCTCACTTTTCATACTTCCCACTTTGTTACAt < 1:4793739/71‑1 (MQ=255) ttATCTTGCTTAACTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCATCTCACTTTGCATACTTCCCACTTTGTTACa > 1:4385585/1‑70 (MQ=255) ttATCTTGCTTAACTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCATCTCACTTTGCATACTTCCCACTTTGTTACa > 1:5485179/1‑70 (MQ=255) tATCTTGCTTAACTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCATCCCAGTTTGCATACTTacc < 1:4989994/58‑1 (MQ=255) tATCTTGCTTAACTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCATCCCACTTTGCa > 1:4938408/1‑50 (MQ=255) tATCTTGCTTAACTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCATCCCACTTTGCATACTTacc < 1:5666028/58‑1 (MQ=255) aTCTTGCTTAACTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCATCTCACttt < 1:1389382/46‑1 (MQ=255) aTCTTGCTTAACTGCGCTGCATCAAGGAATTGCGCCATCTCACTTTGCATACTTCCCACTTTGTTACATa < 1:3128165/70‑1 (MQ=255) tCTTGCTTAACTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCAtctc < 1:4409329/40‑1 (MQ=255) tCTTGCTTAACTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCAtctc < 1:3375094/40‑1 (MQ=255) tGCTTAACTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCATCTCACTTTGCATACTTCCCACTTTGTTACATAACCCt > 1:4469522/1‑71 (MQ=255) tGCTTAACTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCATCTCACTTTGCATACTTCCCACTTTGTTACATAACCCt > 1:1398560/1‑71 (MQ=255) cTTAACTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCATCTCACTTTGCATACTTCCCACTTTGTTACATAACCCTc < 1:4648780/70‑1 (MQ=255) ttAACTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCATCCCACTTTGCATACTTACCACTTTGtt < 1:3929655/58‑1 (MQ=255) ttAACTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCATCCCACTTTGCATACTTACCACTTTGtt < 1:4998410/58‑1 (MQ=255) aaCTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCATCCCACTTTGCATACTTACCACTTTGtttt > 1:2447372/1‑56 (MQ=255) cTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCATCTCACTTTGCATACTTCCCACTTTGTTACATAACCCTCAAGTGa < 1:3802840/71‑1 (MQ=255) gcgcTGCATCAATGAATTGCGCCATCTCACTTTGCa > 1:4428574/1‑36 (MQ=255) gcgcTGCATCAATGAATTGCGACATCTCACTTTGCa > 1:1831662/1‑36 (MQ=255) gcTGCATCAATGAATTGCGCCATCTCACTTTGCATACTTCCCACTTTGTTACATAACCCTCAAGTGAAAAt < 1:4907136/71‑1 (MQ=255) gcTGCATCAATGAATTGCGCCATCTCACTTTGCATACTTCCCACTTTGTTACATAACCCTCAAGTGAAAAt < 1:5122490/71‑1 (MQ=255) gcTGCATCAATGAATTGCGCCATCTCACTTTGCATACTTCCCACTTTGTTACATAACCCTCAAGTGAAAAt < 1:5144849/71‑1 (MQ=255) cTGCATCAATGAATTGCGCCATCTCACTTTGCATACTTCCCACTTTGTTACATAACCCTCAAGTGAAAAt < 1:1049966/70‑1 (MQ=255) cTGCATCAATGAATTGCGCCATCTCACTTTGCATACTTCCCACTTTGTTACATAACCCTCAAGTGAAAAt < 1:4614581/70‑1 (MQ=255) gCATCAATGAATTGCGCCATCTCACTTTGCATACTTCCCACTTTGTTACATAACCCTCAAGTGAAAATGGc > 1:1013764/1‑71 (MQ=255) gCATCAATGAATTGCGCCATCTCACTTTGCATACTTCCCACTTTGTTACATAACCCTCAAGTGAAAATGGc > 1:3279193/1‑71 (MQ=255) tCAATGAATTGCGCCATCTCACTTTGCATACTTCCCACTTTGTTACATAACCCTCAAGTGAAAATGGCt < 1:126061/69‑1 (MQ=255) aaTGAATTGCGCCATCTCACTTTGCATACTTCCCACTTTGtt > 1:4970700/1‑42 (MQ=255) aaTGAATTGCGCCATCTCACTTTGCATACTTCCCACTTTGTTACATAACCCTCAAGTGAAAATGGCttttt > 1:1322984/1‑71 (MQ=255) aaTGAATTGCGCCATCTCACTTTGCATACTTCCCACTTTGTTACATAACCCTCAAGTGAAAATGGCttttt < 1:1651812/71‑1 (MQ=255) aaTGAATTGCGCCATCTCACTTTGCATACTTCCCACTTTGTTACATAACCCTCAAGTGAAAATGGCttttt < 1:2884956/71‑1 (MQ=255) aaTTGCGCCATCTCACTTTGCATACTTCCCACTTTGTTACATAACCCTCaa > 1:4468621/1‑51 (MQ=255) aaTTGCGCCATCTCACTTTGCATACTTCCCACTTTGTTACATAACCCTCaa > 1:2016135/1‑51 (MQ=255) aaTTGCGCCATCTCACTTTGCATACTTCCCACTTTGTTACATAACCCTCAAGTGAAAATGGCTTTTTTAtg < 1:3573463/71‑1 (MQ=255) aaTTGCGCCATCTCACTTTGCATACTTCCCACTTTGTTACATAACCCTCAACTGAAAATGGCTTTTTTAt < 1:2168497/70‑1 (MQ=255) tctcACTTTGCATACTTCCCACTTTGTTACATAACCCTCAAGTGaaaa > 1:2890308/1‑48 (MQ=255) tctcACTTTGCATACTTCCCACTTTGTTACATAACCCTCAAGTGaaaa > 1:2454023/1‑48 (MQ=255) tctcACTTTGCATACTTCCCACTTTGTTACATAACCCTCAAGTGaaaa > 1:4510192/1‑48 (MQ=255) tctcACTTTGCATACTTCCCACTTTGTTACATAACCCTCAAGTGaaaa > 1:4056922/1‑48 (MQ=255) tcACTTTGCATACTTCCCACTTTGTTACATAACCCTCAAGTGaaaa > 1:328816/1‑46 (MQ=255) tcACTTTGCATACTTCCCACTTTGTTACATAACCCTCAAGTGaaaa > 1:3412557/1‑46 (MQ=255) tcACTTTGCATACTTCCCACTTTGTTACATAACCCTCAAGTGAAAATGGCTTTTTTAtgttg > 1:150090/1‑62 (MQ=255) tcACTTTGCATACTTCCCACTTTGTTACATAACCCTCAAGTGAAAATGGCTTTTTTAtgttg > 1:3604577/1‑62 (MQ=255) | TTAATTTGCATTAATCCTTTCTGATTATCTTGCTTAACTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCATCTCACTTTGCATACTTCCCACTTTGTTACATAACCCTCAAGTGAAAATGGCTTTTTTATGTTG > minE/1512953‑1513079 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |