| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,934,443 | G→T | 5.2% | intergenic (‑1/+9) | lysS ← / ← prfB | lysine tRNA synthetase, constitutive/peptide chain release factor RF‑2 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,934,443 | 0 | G | T | 5.2% | 438.3 / 5.2 | 133 | intergenic (‑1/+9) | lysS/prfB | lysine tRNA synthetase, constitutive/peptide chain release factor RF‑2 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (62/64); new base T (4/3); total (66/67) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.18e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.29e-01 | |||||||||||
Only 100 of 134 total aligned reads displayed.
ACGACGCGTTTTCAGTTCATTGTTAAGATCGACTACCGCGTCAGCGCCCTGTGCGTGTTGTTCAGACATGTTGGTTCCTCATAACCCTGCTTTCAAACTTGCTTCGATAAATTGATCCAGGCTGCCGTCCAGCACGGCC > minE/1934374‑1934512 | acgacgCGTTTTCAGTTCATTGTTAAGATCGACTACCGCGTCAGCGCCCTGTGCGTGTTGTTCAGACATGt < 1:3925754/71‑1 (MQ=255) gacgCGTTTTCAGTTCATTGTTAAGATCGACTACCGCGTCAGCGCCCTGTGCGTGTTGTTCAGACATGTTg > 1:5014997/1‑71 (MQ=255) cgcgTTTTCAGTTCATTGTTAAGATCGACTACCGCGTCAGCGCCCTGTGCGTGTTGTTCAGACATGTTGGt > 1:2386891/1‑71 (MQ=255) cgcgTTTTCAGTTCATTGTTAAGATCGACTACCGCGTCAGCGCCCTGTGCGTGTTGTTCAGACATGTTGGt > 1:5535691/1‑71 (MQ=255) gcgTTTTCAGTTCATTGTTAAGATCGACTACCGCGTCAGCGCCCTGTGCGTGTTGTTCAGACATGTTGGt < 1:2663085/70‑1 (MQ=255) ttttCAGTTCATTGTTAAGATCGACTACCGCGTCAGCGCCCTGTGCGTGTTGTTCAGACATGtt < 1:153581/64‑1 (MQ=255) ttCAGTTCATTGTTAAGATCGACTACCGCGTCAGCGCCCTGTGCGTGTTGTTCAGACATGTTGGTTCCt > 1:3034023/1‑69 (MQ=255) ttCAGTTCATTGTTAAGATCGACTACCGCGTCAGCGCCCTGTGCGTGTTGTTCAGACATGTTGGTTCCTc < 1:5632178/70‑1 (MQ=255) ttCAGTTCATTGTTAAGATCGACTACCGCGTCAGCGCCCTGTGCGTGTTGTTCAGACATGTTGGTTCCTc < 1:2189667/70‑1 (MQ=255) ctCAGTTCATCGTTAAAATCAATAGCCTCATTGGCTCCCCGTGTTTCTTGTTCAGACATTTTGGTTCCTc > 1:578697/2‑70 (MQ=255) tCAGTTCATTGTTAAGATCGACTACCGCGTCAGCGCCCTGTGCGTGTTGTTCAGACATGTTgg > 1:3891516/1‑63 (MQ=255) tCAGTTCATTGTTAAGATCGACTACCGCGTCAGCGCCCTGTGCGTGTTGTTCAGACATGTTgg > 1:4556817/1‑63 (MQ=255) tCAGTTCATTGTTAAGATCGACTACCGCGTCAGCGCCCTGTGCGTGTTGTTCAGACATGTTGGTTCCTCa > 1:5435641/1‑70 (MQ=255) cAGTTCATTGTTAAGATCGACTACCGCGTCAGCGCCCTGTGCGTGTTGTTCAGACATGTTGGTTCCTCAt > 1:3677705/1‑70 (MQ=255) cAGTTCATTGTTAAGATCGACTACCGCGTCAGCGCCCTGTGCGTGTTGTTCAGACATGTTGGTTCCTCAt < 1:5570318/70‑1 (MQ=255) cAGTTCATTGTTAAGATCGACTACCGCGTCAGCGCCCTGTGCGTGTTATTCAGACATGTTGGTTCCTCAt < 1:786975/70‑1 (MQ=255) aGTTCATTGTTAAGATCGACTACCGCGTCAGCGCCCTGTGCGTGTTGTTCAGACATGTTGGTTCCt < 1:755313/66‑1 (MQ=255) gTTCATTGTTAAGATCGACTACCGCGTCAGCGCCCTGTGCGTGTTGTTCAGACATGTTGGATCCTCAt < 1:5330529/68‑1 (MQ=255) tGTTAAGATCGACTACCGCGTCAGCGCCCTGTGCGTGTTGTTCAGACATGTTGGTTCCTCATAACCCTGc < 1:2237655/70‑1 (MQ=255) tGTTAAGATCGACTACCGCGTCAGCGCCCTGTGCGTGTTGTTCAGACATGTTGGTTCCTCATAACCCTGCt > 1:2498608/1‑71 (MQ=255) gTTAAGATCGACTACCGCGTCAGCGCCCTGTGCGTGTTGTTCAGACATGtt > 1:2771501/1‑51 (MQ=255) gTTAAGATCGACTACCGCGTCAGCGCCCTGTGCGTGTTGTTCAGACATGTTGGTTCCTCATAACCCTGCtt > 1:2818421/1‑71 (MQ=255) ttAAGATCGACTACCGCGTCAGCGCCCTGTGCGTGTTGTTCAGACATGTTGGTTCCTCATAACCCTGCttt > 1:72308/1‑71 (MQ=255) aaGATCGACTACCGCGTCAGCGCCCTGTGCGTGTTGTTCAGACATGTTgg > 1:1076268/1‑50 (MQ=255) aGATCGACTACCGCGTCAGCGCCCTGTGCGTGTTGTTCAGACATGTTGGTTCCTCATAACCCTGCTTTCaa < 1:834854/71‑1 (MQ=255) aGATCGACTACCGCGTCAGCGCCCTGTGCGTGTTGTTCAGACATGTTGGTTCCTCATAACCCTGCTTTCa > 1:4296872/1‑70 (MQ=255) aGATCGACTACCGCGTCAGCGCCCTGTGCGTGTTGTTCAGACATGTTGGTTCCTCATAACCCTGCTTTCa > 1:1564852/1‑70 (MQ=255) aGATCGACTACCGCGTCAGCGCCCTGTGCGTGTTGTTCAGACATGTTGGTTCCTCATAACCCTGCTTTCa > 1:4225649/1‑70 (MQ=255) gATCGACTACCGCGTCAGCGCCCTGTGCGTGTTGTTCAGACATGTTGGTTCCTCATAACCCTGCTTTCaaa > 1:4535199/1‑71 (MQ=255) aTCGACTACCGCGTCAGCGCCCTGTGCGTGTTGTTCAGACATGtt < 1:3848722/45‑1 (MQ=255) aTCGACTACCGCGTCAGCGCCCTGTGCGTGTTGTTCAGACATGtt < 1:1727476/45‑1 (MQ=255) cGACTACCGCGTCAGCGGCCTGTGCGTGTTGTTCAGACATGTTGGTTCCTCATAAcc > 1:4115554/1‑57 (MQ=255) cGACTACCGCGTCAGCGCCCTGTGCGTGTTGTTCAGACATGTTGGTTCCTCAt > 1:2518334/1‑53 (MQ=255) gACTACCGCGTCAGCGCCCTGTGCGTGTTGTTCAGACATGTTGGTTCCTCATAACCCTGCTTTCAAACTTg > 1:1033511/1‑71 (MQ=255) aCTACCGCGTCAGCGCCCTGTGCGTGTTGTTCAGACATGTTGGTTCCTCATAACCCt < 1:1701514/57‑1 (MQ=255) ccGCGTCAGCGCCCTGTGCGTGTTGTTCAGACATGTTTGTTCCTCATAACCCTGCTTTCAAACTTGCTTCg < 1:702221/71‑1 (MQ=255) ccGCGTCAGCGCCCTGTGCGTGTTGTTCAGACATGTTGGTTCCTCATAACCCTGc < 1:974870/55‑1 (MQ=255) ccGCGTCAGCGCCCTGTGCGTGTTGTTCAGACATGTTGGTTCCTCATAACCCTGCTTTCAAACTTGCTTc < 1:825099/70‑1 (MQ=255) ccGCGTCAGCGCCCTGTGCGTGGTGTTCAGACATGTTGGTTCCTCATAACCCTGCttt > 1:5216609/1‑58 (MQ=255) cgcgTCAGCGCCCTGTGCGTGTTGTTCAGACATGTTGGTTCCTCATAACCCTGCttt < 1:2775284/57‑1 (MQ=255) gcgTCAGCGCCCTGTGCGTGTTGTTCAGACATGTTGGTTCCTCATAACCCTg > 1:677378/1‑52 (MQ=255) gcgTCAGCGCCCTGTGCGTGTTGTTCAGACATGTTGGTTCCTCATAACCCTg > 1:4488863/1‑52 (MQ=255) gcgTCAGCGCCCTGTGCGTGTTGTTCAGACATGTTGGTTCCTCATAACCCTGCt > 1:1950824/1‑54 (MQ=255) gcgTCAGCGCCCTGTGCGTGTTGTTCAGACATGTTGGTTCCTCATAACCCTGCTTTCAAACTTGCTTCGAt < 1:4431912/71‑1 (MQ=255) cgTCAGCGCCCTGTGCGTGTTGTTCAGACATGTTGGTTCCTCATAACCCTGCTTTCa > 1:554359/1‑57 (MQ=255) cgTCAGCGCCCTGTGCGTGTTGTTCAGACATGTTGGTTCCTCATAACCCTGCTTTCAAACTTGCTTCGATa < 1:4927776/71‑1 (MQ=255) cgTCAGCGCCCTGTGCGTGTTGTTCAGACATGTTGGTTCCTCATAACCCTGCTTTCAAACTTGCTTCGATa < 1:106642/71‑1 (MQ=255) gTCAGCGCCCTGTGCGTGTTGTTCAGACATGTTGGTTCCTCATAACCCTGCTTTCAAACTTGCTTCGATaa < 1:3369337/71‑1 (MQ=255) gTCAGCGCCCTGTGCGTGTTGTTCAGACATGTTGGTTCCTCATAACCCTGCTTTCAAACTTGCTTCGATaa < 1:4171236/71‑1 (MQ=255) aGCGCCCTGTGCGTGTTGTTCAGACATGTTGGTTCCTCATAACCCTGCTTTCAAACt > 1:1004430/1‑57 (MQ=255) aGCGCCCTGTGCGTGTTGTTCAGACATGTTGGTTCCTCATAACCCTGCTTTCAAACTTGCTTCGATAAAtt > 1:2842665/1‑71 (MQ=255) aGCGCCCTGTGCGTGTTGTTCAGACATGTTGGTTCCTCATAACCCTGCTTTCAAACTTGCTTCGATAAAtt > 1:2655600/1‑71 (MQ=255) aGCGCCCTGTGCGTGTTGTTCAGACATGTTGGTTCCTCATAACCCTGCTTTCAAACTTGCTTCGATAAAtt < 1:2409280/71‑1 (MQ=255) gcgcCCTGTGCGTGTTGTTCAGACATGTTGGTTCCTCATAACCCTGCTTTCAAACTTGCTTCGATAAATTg < 1:163852/71‑1 (MQ=255) gcgcCCTGTGCGTGTTGTTCAGACATGTTGGTTCCTCATAACCCTGCTTTCAAACTTGCTTCGATAAATTg < 1:1117744/71‑1 (MQ=255) gcgcCCTGTGCGTGTTGTTCAGACATGTTGGTTCCTCATAACCCTGCTTTCAAACTTGCTTCGATAAATTg < 1:4147979/71‑1 (MQ=255) cgcCCTGTGCGTGTTGTTCAGACATGTTGGTTCCTCATAACCCTGCTTTCAAACTTGCTTCGATAAATTGa < 1:3098763/71‑1 (MQ=255) cccTGTGCGTGTTGTTCAGACATGTTGGTTCCTCATAACCCTGCTTTCAAACTTGCTTCGATAAATTGAt < 1:1149951/70‑1 (MQ=255) cccTGTGCGTGTTGTTCAGACATGTTGGTTCCTCATAACCCTGCTTTCAAACTTGCTTCGATAAATTGATc < 1:2118993/71‑1 (MQ=255) cccgtgCGTGTTGTTCAGACATGTTGGTTCCTCATAACCCTGCTTTCAAACTTGCTTCGATAAATTGATcc < 1:4574346/68‑1 (MQ=255) ccTGTTCGTGTTGTTCAGACATGTTGGTTCCTCAt < 1:1614274/35‑1 (MQ=255) ccTGTGCGTGTTGTTCAGACATGTTGGTTCCTCATAACCCTGCTTTCAAACtt < 1:851853/53‑1 (MQ=255) ccTGTGCGTGTTGTTCAGACATGTTGGTTCCTCATAACCCTGCTTTCAAACtt < 1:3834789/53‑1 (MQ=255) ccTGTGCGTGTTGTTCAGACATGTTGGTTCCTCATAACCCTGCTTTCAAACTTGCTTCGATAAATTGATcc < 1:1018456/71‑1 (MQ=255) tgtgCGTGTTGTTCAGACATGTTGGTTCCTCATAACCCTGCTTTCaa < 1:2929670/47‑1 (MQ=255) tgtgCGTGTTGTTCAGACATGTTGGTTCCTCATAACCCTGCTTTCaa < 1:2135561/47‑1 (MQ=255) tgtgCGTGTTGTTCAGACATGTTGGTTCCTCATAACCCTGCTTTCAAACTTGCTTCGATAAATTGATCCAg > 1:1974488/1‑71 (MQ=255) gtgCGTGTTGTTCAGACATGTTGGTTCCTCATAACCCt > 1:3961753/1‑38 (MQ=255) gtgCGTGTTGTTCAGACATGTTGGTTCCTCATAACCCTGCTTTCAAACTTGCTTCGa > 1:1221037/1‑57 (MQ=255) gtgCGTGTTGTTCAGACATGTTGGTTCCTCATAACCCTGCTTTCAAACTTGCTTCGATAAATTGATCCAgg > 1:5176471/1‑71 (MQ=255) tgCGTGTTGTTCAGACATGTTGGTTCCTCATAACCCTGCTTTCAAACTTGCTTCGATa < 1:922176/58‑1 (MQ=255) tgCGTGTTGTTCAGACATGTTGGTTCCTCATAACCCTGCTTTCAAACTTGCTTCGATa < 1:2461704/58‑1 (MQ=255) tgCGTGTTGTTCAGACATGTTGGTTCCTCATAACCCTGCTTTCAAACTTGCTTCGATAAATTGATCCAg < 1:1441922/69‑1 (MQ=255) tgCGTGTTGTTCAGACATGTTGGTTCCTCATAACCCTGCTTTCAAACTTGCTTCGATAAATTGATACAg < 1:3680357/69‑1 (MQ=255) gCGTGTTGTTCAGACATGTTGGTTCCTCATAACCCTGCTTTCAAACTTGCTTCGATAAATTGATCCAGGCt > 1:5050459/1‑71 (MQ=255) cGTGTTGTTCAGACATGTTGGTTCCTCATAACCCTGCTTTCAAACTTGc < 1:4702316/49‑1 (MQ=255) gttgttCAGACATGTTGGTTCCTCATAACCCTGCTTTCAAACTTGCTTCGATaaa > 1:4708568/1‑55 (MQ=255) gttgttCAGACATGTTGGTTCCTCATAACCCTGCTTTCAAACTTGCTTCGATaaa > 1:124858/1‑55 (MQ=255) gttgttCAGACATGTTGGTTCCTCATAACCCTGCTTTCAAACTTGCTTCGATaaa > 1:131486/1‑55 (MQ=255) gttgttCAGACATGTTGGTTCCTCATAACCCTGCTTTCAAACTTGCTTCGATAAATTGATCCAGGCTGCCg > 1:4847623/1‑71 (MQ=255) cttgttCAGACATTTTGGTTCCTCTAAATCCAGCTTTCaa > 1:4846566/2‑40 (MQ=16) ttgttCAGACATTTTGGTTCCTCTAAATCCAGCTTTCAATTTAGCGTAGATaaa < 1:5448536/54‑1 (MQ=255) ttgttCAGACATTTTGGTTCCTCTAAATCCAGCTTTCAATTTAGCGTAGATaaa < 1:3793161/54‑1 (MQ=255) ttgttCAGACATGTTGGTTCCTCATAACCCTGCTTTCAAACTTGCTTCGATAAATTGATCCAGGCTGCCGt < 1:3340178/71‑1 (MQ=255) ttgttCAGACATGTTGGTTCCTCATAACCCTGCTTTCAAACTTGCTTCGATAAATTGATCCAGGCTGCCGt > 1:421256/1‑71 (MQ=255) ttgttCAGACATGTTGGTTCCTCATAACCCTGCTTTCAAACTTGCTTCGATAAATTGATCCAGGCTGCCGt < 1:751729/71‑1 (MQ=255) gttCAGACATGTTGGTTCCTCATAACCCTGCTTTCAAACTTGCTTCGATAAATTGATCCAGGCTGCCGTc < 1:3236058/70‑1 (MQ=255) gttCAGACATGTTGGTTCCTCATAACCCTGCTTTCAAACTTGCTTCGATAAATTGATCCAGGCTGCCGTc > 1:3484349/1‑70 (MQ=255) cAGACATGTTGGTTCCTCATAACCCTGCTTTCAAAc > 1:2737003/1‑36 (MQ=255) cAGACATGTTGGTTCCTCATAACCCTGCTTTCAAACTTGc > 1:4063969/1‑40 (MQ=255) cAGACATGTTGGTTCCTCATAACCCTGCTTTCAAACTTGCTTCGATaaa > 1:288487/1‑49 (MQ=255) cAGACATGTTGGTTCCTCATAACCCTGCTTTCAAACTTGCTTCGATAAATTGATCCAGGCTGCCGTCCAg < 1:5652901/70‑1 (MQ=255) aGACATGTTGGTTCCTCATAACCCTGCTTTCAAACTTGCTTCGATAAATTGATCCAGGCTGCCGTCCAGc < 1:4843447/70‑1 (MQ=255) aGACATGTTGGTTCCTCATAACCCTGCTTTCAAACTTGCTTCGATAAATTGATCCAGGCTGCCGTCCAGc < 1:1401044/70‑1 (MQ=255) aGACATGTTGGTTCCTCATAACCCTGCTTTCAAACTTGCTTCGATAAATTGATCCAGGCTGCCGTCCAGCa > 1:5215490/1‑71 (MQ=255) aCATGTTGGTTCCTCATAACCCTGCTTTCAAACTTTCTTCGATAAATTGa > 1:3209861/1‑50 (MQ=255) aTGTTGGTTCCTCATAACCCTGCTTTCAAACTTGCTTCGATaaa > 1:2647216/1‑44 (MQ=255) aTGTTGGTTCCTCATAACCCTGCTTTCAAACTTGCTTCGATAAAt < 1:175661/45‑1 (MQ=255) aTGTTGGTTCCTCATAACCCTGCTTTCAAACTTGCTTCGATAAAt < 1:4747173/45‑1 (MQ=255) tGTTGGTTCCTCATAACCCTGCTTTCAAACTTGCTTCGATAAATTGATCCAGGCTGCCGTCCAGCACGGcc > 1:348606/1‑71 (MQ=255) | ACGACGCGTTTTCAGTTCATTGTTAAGATCGACTACCGCGTCAGCGCCCTGTGCGTGTTGTTCAGACATGTTGGTTCCTCATAACCCTGCTTTCAAACTTGCTTCGATAAATTGATCCAGGCTGCCGTCCAGCACGGCC > minE/1934374‑1934512 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |