| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,960,125 | G→A | 6.9% | intergenic (‑55/+160) | fbaA ← / ← pgk | fructose‑bisphosphate aldolase, class II/phosphoglycerate kinase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,960,125 | 0 | G | A | 6.9% | 211.6 / 4.0 | 72 | intergenic (‑55/+160) | fbaA/pgk | fructose‑bisphosphate aldolase, class II/phosphoglycerate kinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (25/42); new base A (2/3); total (27/45) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.49e-01 | |||||||||||
AAAATCTTAGACATGTCTCTTGTCCTGTATCGTCGGGCCTTATACTCGTCATACTTCAAGTTGCATGTGCTGCGTCTGCGTTCGCTCACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCTCTTGTCGCC > minE/1960057‑1960194 | aaaaTCTTAGACATGTCTCTTGTCCTGTATCGTCGGGCCTTATACTCGTCATACTTCAAGTTGCATGtgct < 1:4591027/71‑1 (MQ=255) aTCTTAGACATGTCTCTTGTCCTGTATCGTCGGGCCTTATACTCGTCATACTTCAAGTTGCATGTGctgcg < 1:2122702/71‑1 (MQ=255) ttAGACATGTCTCTTGTCCTGTATCGTCGGGCCTTATACTCGTCATACTTCAAGTTGCATGTGctgcgtct > 1:3240759/1‑71 (MQ=255) aGACATGTCTCTTGTCCTGTATCGTCGGGCCTTATACTCGTCATACTTCAAGTTGCATGTGctgcgtct < 1:3031966/69‑1 (MQ=255) aGACATGTCTCTTGTCCTGTATCGTCGGGCCTTATACTCGTCATACTTCAAGTTGCATGTGctgcgtct < 1:4551398/69‑1 (MQ=255) aGACATGTCTCTTGTCCTGTATCGTCGGGCCTTATACTCGTCATACTTCAAGTTGCATGTGctgcgtct < 1:5098834/69‑1 (MQ=255) aTGTCTCTTGTCCTGTATCGTCGGGCCTTATACTCGTCATACTTCAAGTTGCATGTGCTGCGTCTGCGTTc < 1:5057075/71‑1 (MQ=255) tGTCTCTTGTCCTGTATCGTCGGGCCTTATACTCGTCATACTTCAAGTTGCATGTGCTGCGTCTGCGTTCg < 1:4487668/71‑1 (MQ=255) tctcTTGTCCTGTATCGTCGGGCCTTATACTCGTCATACTTCAAGTTGCATGTGCTGCGTCTGCGTTc > 1:3605422/1‑68 (MQ=255) tctcTTGTCCTGTATCGTCGGGCCTTATACTCGTCATACTTCAAGTTGCATGTGCTGCGTCTGCGTTCGc > 1:4345179/1‑70 (MQ=255) ttGTCCTGTATCGTCGGGCCTTATACTCGTCATACTTCAAGTTGCATGTGCTGCGTCTGCGTTCGCTCAc > 1:1222317/1‑70 (MQ=255) tCCTGTATCGTCGGGCCTTATACTCGTCATACTTCAAGTTGCATGTGctgcgtct < 1:2470581/55‑1 (MQ=255) tCCTGTATCGTCGGGCCTTATACTCGTCATACTTCAAGTTGCATGTGCTGCGTCTGCGTTCGCTCAcccc < 1:2000131/70‑1 (MQ=255) cTGTATCGTCGGGCCTTATACTCGTCATACTTCAAGTTGCATGTGctgcgtctgc < 1:245556/55‑1 (MQ=255) cTGTATCGTCGGGCCTTATACTCGTCATACTTCAAGTTGCATGTGCTGCGTCTGCGTTCGCTCACCCCAg < 1:386494/70‑1 (MQ=255) tGTATCGTCGGGCCTTATACTCGTCATAATTCAAGTTGCATGTGCTGCGTCTGCGTTCGCTCACCCCAGt > 1:1953895/1‑70 (MQ=255) tATCGTCGGGCCTTATACTCGTCATACTTCAAGTTGCATGTGCTGCGTCTGCGTTCGCTCACCCCAGTc < 1:1731547/69‑1 (MQ=255) tATCGTCGGGCCTTATACTCGTCATACTTCAAGTTGCATGTGCTGCGTCTGCGTTCGCTCACCCCAGTc < 1:823117/69‑1 (MQ=255) aTCGTCGGGCCTTATACTCGTCATACTTCAAGTTGCATGTGctgcgtc > 1:5067897/1‑48 (MQ=255) aTCGTCGGGCCTTATACTCGTCATACTTCAAGTTGCATGTGctgcgtc > 1:1222256/1‑48 (MQ=255) aTCGTCGGGCCTTATACTCGTCATACTTCAAGTTGCATGTGctgcgtc > 1:4465177/1‑48 (MQ=255) aTCGTCGGGCCTTATACTCGTCATACTTCAAGTTGCATGTGctgcg < 1:3184036/46‑1 (MQ=255) aTCGTCGGGCCTTATACTCGTCATACTTCAAGTTGCATGTGCTGCGTCTGCGTTCGCTCACCCCAGTCact > 1:4368108/1‑71 (MQ=255) tcgtcgGGCCTTATACTCGTCATACTTCAAGTTGCATGTGctgcg > 1:121781/1‑45 (MQ=255) gtcgGGCCTTATACTCGTCATACTTCAAGTTGCATGTGCTGCGTCTGCGTTCGCTCAccc > 1:1786028/1‑60 (MQ=255) gtcgGGCCTTATACTCGTCATACTTCAAGTTGCATGTGCTGCGTCTGCGTTCGCTCACCCCAGTCacttac < 1:5616523/71‑1 (MQ=255) cgGGCCTTATACTCGTCATACTTCAAGTTGCATGTGCTGCGTCTGCGTTCGCTCACCCCAGTCacttact > 1:544825/1‑70 (MQ=255) cgGGCCTTATACTCGTCATACTTCAAGTTGCATGTGCTGCGTCTGCGTTCGCTCACCCCAGTCacttact > 1:2788413/1‑70 (MQ=255) gggCCTTATACTCGTCATACTTCAAGTTGCATGTGCTGCGTCTGCGTTCGCTCACCCCAGTCActtactta < 1:407403/71‑1 (MQ=255) gggCCTTATACTCGTCATACTTCAAGTTGCATGTGCTGCGTCTGCGTTCGCTCACCCCAGTCActtactta < 1:5500354/71‑1 (MQ=255) gggCCTTATACTCGTCATACTTCAAGTTGCATGTGCTGCGTCTGCGTTCGCTCACCCCAGTCActtactta < 1:2099354/71‑1 (MQ=255) gggCCTTATACTCGTCATACTTCAAGTTGCATGTGCTGCGTCTGCGTTCGCTCACCCCAGTCActtactta > 1:1811834/1‑71 (MQ=255) gCCTTATACTCGTCATACTTCAAGTTGCATGTGctgcgtct < 1:5548751/41‑1 (MQ=255) gCCTTATACTCGTCATACTTCAAGTTGCATGTGCTGCGTCTGCGTTCGCTCACCCCAGTCACTTACTTAt < 1:5280998/70‑1 (MQ=255) catttATACTCGTCATACTTCAAGTTGCATGTACTGCGACTGCGTTCGTTCACCCCAGTCACTTACTTAt < 1:979494/67‑1 (MQ=11) catttATACTCGTCATACTTCAAGTTGCATGTACTGCGACTGCGTTCGTTCACCCCAGTCACTTACTTATg < 1:1370932/68‑1 (MQ=11) catttATACTCGTCATACTTCAAGTTGCATGTACTGCGACTGCGTTCGTTCACCCCAGTCACTTACTTATg > 1:1858431/4‑71 (MQ=11) ccTTATACTCGTCATACTTCAAGTTGCATGTGCTGCGTCTGCGTTCGCTCACCCCAGTCact < 1:5595546/62‑1 (MQ=40) ccTTATACTCGTCATACTTCAAGTTGCATGTGCTGCGTCTGCGTTCGCTCACCCCAGTCACTTACTTAt < 1:3426399/69‑1 (MQ=40) caatataCTCGTCATACTTCAAGTTGCATGTGCTGCGTCTGCGTTCGCTCACCCCAGTCACTTACTTATGt < 1:3273816/68‑1 (MQ=14) caatataCTCGTCATACTTCAAGTTGCATGTGCTGCGTCTGCGTTCGCTCACCCCAGTCACTTACTTATGt < 1:3267142/68‑1 (MQ=14) tttATACTCGTCATACTTCAAGTTGCATGTACTGCGACTGCGTTCGTTCACCCCAGTCACTTACTTATGTa < 1:5054026/70‑1 (MQ=11) cTTATACTCGTCATACTTCAAGTTGCATGTGCTGCGTCTGCGTTCGCTCACCCCAGTCACTTACTTATGTa < 1:1814774/71‑1 (MQ=38) cTTATACTCGTCATACTTCAAGTTGCATGTGCTGCGTCTGCGTTCGCTCACCCCAGTCACTTACTTATGTa < 1:5454205/71‑1 (MQ=38) cTTATACTCGTCATACTTCAAGTTGCATGTGCTGCGTCTGCGTTCGCTCACCCCAGTCACTTACTTATGTa < 1:750181/71‑1 (MQ=38) aatataCTCGTCATACTTCAAGTTGCATGTGCTGCGTCTGCGTTCGCTCACCCCAGTCACTTACTTATGTa < 1:2031418/69‑1 (MQ=14) ttATACTCGTCATACTTCAAGTTGCATGTGCTGCGTCTGCGTTCGCt < 1:486238/47‑1 (MQ=40) ttATACTCGTCATACTTCAAGTTGCATGTGCTGCGTCTGCGTTCGCTCACCCCAGTCACTTACTTATGt > 1:2729835/1‑69 (MQ=37) ttATACTCGTCATACTTCAAGTTGCATGTACTGCGACTGCGTTCgtt > 1:2596227/1‑45 (MQ=11) tataCTCGTCATACTTCAAGTTGCATGTGCTGCGTCTGCGTTCGCt < 1:3633187/46‑1 (MQ=38) tataCTCGTCATACTTCAAGTTGCATGTGCTGCGTCTGCGTTCGCt < 1:621709/46‑1 (MQ=38) ataCTCGTCATACTTCAAGTTGCATGTGCTGCGTCTGCGTTCGCTCa > 1:4838253/1‑47 (MQ=38) ataCTCGTCATACTTCAAGTTGCATGTGCTGCGTCTGCGTTCGCTCa > 1:4464717/1‑47 (MQ=38) ataCTCGTCATACTTCAAGTTGCATGTGCTGCGTCTGCGTTCGCTCACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGc > 1:257249/1‑71 (MQ=34) taCTCGTCATACTTCAAGTTGCATGTGCTGCGTCTGCGTTCGCTCACCCCa < 1:4488020/51‑1 (MQ=33) taCTCGTCATACTTCAAGTTGCATGTGCTGCGTCTGCGTTCGCTCACCCCa < 1:5614210/51‑1 (MQ=33) taCTCGTCATACTTCAAGTTGCATGTGCTGCGTCTGCGTTCGCTCACCCCa < 1:4297026/51‑1 (MQ=33) taCTCGTCATACTTCAAGTTGCATGTGCTGCGTCTGCGTTCGCTCACCCCa < 1:5612353/51‑1 (MQ=33) taCTCGTCATACTTCAAGTTGCATGTGCTGCGTCTGCGTTCGCTCACCCCAGTCac > 1:1633490/1‑56 (MQ=33) taCTCGTCATACTTCAAGTTGCATGTGCTGCGTCTGCGTTCGCTCACCCCAGTCACTTACTTATGTAAg > 1:4595407/1‑69 (MQ=33) taCTCGTCATACTTCAAGTTGCATGTGCTGCGTCTGCGTTCGCTCACCCCAGTCACTTACTTATGTAAg > 1:4974187/1‑69 (MQ=33) taCTCGTCATACTTCAAGTTGCATGTGCTGCGTCTGCGTTCGCTCACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGc < 1:4705768/70‑1 (MQ=33) taCTCGTCATACTTCAAGTTGCATGTGCTGCGTCTGCGTTCGCTCACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGc < 1:3516784/70‑1 (MQ=33) taCTCGTCATACTTCAAGTTGCATGTGCTGCGTCTGCGTTCGCTCACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGc > 1:1607049/1‑70 (MQ=33) taCTCGTCATACTTCAAGTTGCATGTGCTGCGTCTGCGTTCGCTCACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGc > 1:2895110/1‑70 (MQ=33) taCTCGTCATACTTCAAGTTGCATGTGCTGCGTCTGCGTTCGCTCACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCt < 1:3829224/71‑1 (MQ=32) aCTCGTCATACTTCAAGTTGCATGTGCTGCGTCTGCGTTCGCTCACCCCAGTCACTTACTTATGTa < 1:5261431/66‑1 (MQ=31) aCTCGGCATACTTCAAGTTGCATGTGCTGCGTCTGCGGTCGCTCACCCCAGTCACTTACTTATGTa < 1:3291608/66‑1 (MQ=255) gCATGTGCTTCGTCTGCGTTCGCTCACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCTCtt < 1:3689893/70‑1 (MQ=25) cATGTGCTGCGTCTGCGTTCGCTCACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCTCTTg < 1:4949375/70‑1 (MQ=35) cATGTGCTGCGTCTGCGTTCGCTCACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCTCTTGt < 1:1387514/71‑1 (MQ=34) aTGTGCTGCGTCTGCGTTCGCTCACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCTCTTGTc > 1:52988/1‑71 (MQ=34) aTGTGCTGCGTCTGCGTTCGCTCACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCTCTTGTc > 1:4301888/1‑71 (MQ=34) tgtgCTGCGTCTGCGTTCGCTCACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCTCTTGTc > 1:37305/1‑70 (MQ=35) tgctgcGTCTGCGTTCGCTCACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCTCTTGTCGcc > 1:2083935/1‑71 (MQ=34) tgctgcGTCTGCGTTCGCTCACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCTCTTGTCGc > 1:2514053/1‑70 (MQ=35) | AAAATCTTAGACATGTCTCTTGTCCTGTATCGTCGGGCCTTATACTCGTCATACTTCAAGTTGCATGTGCTGCGTCTGCGTTCGCTCACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCTCTTGTCGCC > minE/1960057‑1960194 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |