| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,073,969 | A→C | 5.8% | L208L (CTA→CTC) | ebgA → | cryptic beta‑D‑galactosidase, alpha subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,073,969 | 0 | A | C | 5.8% | 279.3 / 9.0 | 103 | L208L (CTA→CTC) | ebgA | cryptic beta‑D‑galactosidase, alpha subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (55/42); new base C (3/3); total (58/45) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 112 total aligned reads displayed.
CGTGGAAGACCAGGATATGTGGTGGTCAGCGGGGATCTTCCGCGATGTTTATCTGGTCGGAAAACACCTAACGCATATTAACGATTTCACTGTGCGTACCGACTTTGACGAAGCCTATTGCGATGCCACGCTTTCCTGC > minE/2073900‑2074038 | cGTGGAAGACCAGGATATGTGGTGGTCAGCGGGGATCTTCCGCGATGTTTATCTGGTCGGAAAACACCTaa > 1:1198604/1‑71 (MQ=255)cGTGGAAGACCAGGATATGTGGTGGTCAGCGGGGATCTTCCGCGATGTTTATCTGGTCGGAAAACACCTaa > 1:3439484/1‑71 (MQ=255) gAAGACCAGGATATGTGGTGGTCAGCGGGGATCTTCCGCGATGTTTATCTGGTCGGAAAACACCTAACGCa > 1:5678395/1‑71 (MQ=255) gACCAGGATATGTGGTGGTCAGCGGGGATCTTCCGCGATGTTTATCTGGTCGGAAAACACCTAACGCata > 1:3255080/1‑70 (MQ=255) ccAGGATATGTGGTGGTCAGCGGGGATCTTCCGCGATGTTTATCTGGTCGGAAAACACCTAACGCATAtt > 1:1936165/1‑70 (MQ=255) cAGGATATGTGGTGGTCAGCGGGGATCTTCCGCGATGTTTATCTGGTCGGAAAACACCTAACGCata > 1:4439438/1‑67 (MQ=255) cAGGATATGTGGTGGTCAGCGGGGATCTTCCGCGATGTTTATCTGGTCGGAAAACACCTAACGCata > 1:2154221/1‑67 (MQ=255) aGGATATGTGGTGGTCAGCGGGGATCTTCCGCGATGTTTATCTGGTCGGAAAACACCTAACGCATATTAAc < 1:2294261/71‑1 (MQ=255) ggATATGTGGTGGTCAGCGGGGATCTTCCGCGATGTTTATCTGGTCGGAAAACACCTAACGCATATTAAc > 1:1723047/1‑70 (MQ=255) atatGTGGTGGTCAGCGGGGATCTTCCGCGATGTTTATCTGGTCGGAAAACACCTAACGCata > 1:4513104/1‑63 (MQ=255) atatGTGGTGGTCAGCGGGGATCTTCCGCGATGTTTATCTGGTCGGAAAACACCTAACGCata > 1:2782633/1‑63 (MQ=255) tatGTGGTGGTCAGCGGGGATCTTCCGCGATGTTTATCTGGTCGGAAAACACCTAACGCATATTAACGAtt > 1:2886445/1‑71 (MQ=255) tgtgGTGGTCAGCGGGGATCTTCCGCGATGTTTATCTGGTCGGAAAACACCTAACGCATATTAACg < 1:2453607/66‑1 (MQ=255) tggtggTCAGCGGGGATCTTCCGCGATGTTTATCTGGTCGGAAAACACCTAACGCATATTAACGATTTCa < 1:1981342/70‑1 (MQ=255) tggtggTCAGCGGGGATCTTCCGCGATGTTTATCTGGTCGGAAAACACCTAACGCATATTAACGATTTCa < 1:77616/70‑1 (MQ=255) gtggtCAGCGGGGATCTTCCGCGATGTTTATCTGGTCGGAAAACACCTAACGCATATTAACGAttt < 1:3278962/66‑1 (MQ=255) tggtCAGCGGGGATCTTCCGCGATGTTTATCTGGTCGGAAAACACCTAACGCATATTAACGATTTCACtg > 1:2525863/1‑70 (MQ=255) gtCAGCGGGGATCTTCCGCGATGTTTATCTGGTCGGAAAACACCTAACGCATATTAACGATTTCACTGTGc > 1:395267/1‑71 (MQ=255) aGCGGGGATCTTCCGCGATGTTTATCTGGTCGGAAAACACCTAACGCATATTAACGATTTCACTGTGCGTa > 1:292464/1‑71 (MQ=255) cGGGGATCTTCCGCGATGTTTATCTGGTCGGAAAACACCTAACGCATATTAACGATTTCACTGTGCGTAcc < 1:3681086/71‑1 (MQ=255) gggATCTTCCGCGATGTTTATCTGGTCGGAAAACACCTAACGCATATTAAc < 1:168354/51‑1 (MQ=255) ggATCTTCCGCGATGTTTATCTGGTCGGAAAACACCTAACGCATATTAACGATTTCACTGTGCGTACCGAc > 1:1713250/1‑71 (MQ=255) ggATCTTCCGCGATGTTTATCTGGTCGGAAAACACCTAACGCATATTAACGATTTCACTGTGCGTACCGAc < 1:3132722/71‑1 (MQ=255) gATCTTCCGCGATGTTTATCTGGTCGGAAAACACCTAACGCATATTAACGa > 1:5213767/1‑51 (MQ=255) aTCTTCCGCGATGTTTATCTGGTCGGAAAACACCTAACGCATATTAACGATTTCACTGTGCGTACCGACt < 1:1029236/70‑1 (MQ=255) ttCCGCGATGTTTATCTGGTCGGAAAACACCTAACGCATATTAACGATTTCa > 1:3461273/1‑52 (MQ=255) tCCGCGATGTTTATCTGGTCGGAAAACACCTAACGCATATTAACGATTTCACTGTGCGTACCGACTTTGa > 1:4651357/1‑70 (MQ=255) ccGCGATTTTTATCTGGTCGGAAAACACCTAACGCata > 1:4828960/1‑38 (MQ=255) ccGCGATGTTTATCTGGTCGGAAAACACCTAACGCata > 1:1606797/1‑38 (MQ=255) ccGCGATGTTTATCTGGTCGGAAAACACCTAACGCATATTAAc > 1:1130270/1‑43 (MQ=255) ccGCGATGTTTATCTGGTCGGAAAACACCTAACGCATATTAACGAttt > 1:4138034/1‑48 (MQ=255) ccGCGATGTTTATCTGGTCGGAAAACACCTAACGCATATTAACGAttt > 1:653203/1‑48 (MQ=255) ccGCGATGTTTATCTGGTCGGAAAACACCTAACGCATATTAACGATTTCa > 1:634237/1‑50 (MQ=255) ccGCGATGTTTATCTGGTCGGAAAACACCTAACGCATATTAACGATTTCACTGTGCGTACCGACttt < 1:4284029/67‑1 (MQ=255) ccGCGATGTTTATCTGGTCGGAAAACACCTAACGCATATTAACGATTTCACTGTGCGTACCGACttt < 1:3201223/67‑1 (MQ=255) ccGCGATGTTTATCTGGTCGGAAAACACCTAACGCATATTAACGATTTCACTGTGCGTACCGACTTTGAc < 1:5428645/70‑1 (MQ=255) ccGCGATGTTTATCTGGTCGGAAAACACCTAACGCATATTAACGATTTCACTGTGCGTACCGACTTTGAc > 1:4151343/1‑70 (MQ=255) ccGCGATGTTTATCTGGTCGGAAAACACCTAACGCATATTAACGATTTCACTGTGCGTACCGACTTTGAc < 1:4709083/70‑1 (MQ=255) ccGCGATGTTTATCTGGTCGGAAAACACCTAACGCATATTAACGATTTCACTGTGCGTACCGACTTTGAc > 1:5041309/1‑70 (MQ=255) cgcgATGTTTATCTGGTCGGAAAACACCTAACGCATATTAAc > 1:5466928/1‑42 (MQ=255) cgcgATGTTTATCTGGTCGGAAAACACCTAACGCATATTAAc > 1:2320361/1‑42 (MQ=255) cgcgATGTTTATCTGGTCGGAAAACACCTAACGCATATTAAc > 1:815047/1‑42 (MQ=255) gATGTTTATCTGGTCGGAAAACACCTAACGCATATTAACGATTTCACTGTGCGTACCGAc > 1:2589824/1‑60 (MQ=255) gATGTTTATCTGGTCGGAAAACACCTAACGCATATTAACGATTTCACTGTGCGTACCGAc > 1:2421286/1‑60 (MQ=255) gATGTTTATCTGGTCGGAAAACACCTAACGCATATTAACGATTTCACTGTGCGTACCGAc > 1:1264038/1‑60 (MQ=255) gATGTTTATCTGGTCGGAAAACACCTAACGCATATTAACGATTTCACTGTGCGTACCGACTTTGa > 1:1201593/1‑65 (MQ=255) gATGTTTATCTGGTCGGAAAACACCTAACGCATATTAACGATTTCACTGTGCGTACCGACTTTGa > 1:3684648/1‑65 (MQ=255) gATGTTTATCTGGTCGGAAAACACCTAACGCATATTAACGATTTCACTGTGCGTACCGACTTTGACGa > 1:3926465/1‑68 (MQ=255) tGTTTATCTTGTCGGAAAACACCTAACGCATATTAACGATTTCACTGTGCGTACCGACTTTGACGAAGCCt < 1:5625361/71‑1 (MQ=255) tGTTTATCTGGTCGGAAAACACCTAACGCATATTAACGATTTCACTGTGCGTAcc < 1:2279403/55‑1 (MQ=255) tGTTTATCTGGTCGGAAAACACCTAACGCATATTAACGATTTCACTGTGCGTACCGACTTTGACGAAGCCt < 1:4443063/71‑1 (MQ=255) tttATCTGGTCGGAAAACACCTAACGCATATTAAc < 1:1722337/35‑1 (MQ=255) tttATCTGGTCGGAAAACACCTAACGCATATTAACGATTTCACtgtg < 1:67031/47‑1 (MQ=255) tttATCTGGTCGGAAAACACCTAACGCATATTAACGATTTCACTGTGCGTACCGACTTTGACGAAGCCTAt < 1:5114093/71‑1 (MQ=255) tttATCTGGTCGGAAAACACCTAACGCATATTAACGATTTCACTGTGCGTACCGACTTTGACGAAGCCTAt < 1:3762761/71‑1 (MQ=255) tATCTGGTCGGAAAACACCTAACGCATATTAACGAttt < 1:2925203/38‑1 (MQ=255) tATCTGGTCGGAAAACACCTAACGCATATTAACGATTTCACTGTGCGTACCGACTTTGACGAAGCCTAtt < 1:5225836/70‑1 (MQ=255) tATCTGGTCGGAAAACACCTAACGCATATTAACGATTTCACTGTGCGTACCGACTTTGACGAAGCCTAtt > 1:542087/1‑70 (MQ=255) tATCTGGTCGGAAAACACCTAACGCATATTAACGATTTCACTGTGCGTACCGACTTTGACGAAGCCTATTg > 1:4225194/1‑71 (MQ=255) tATCTGGTCGGAAAACACCTAACGCATATTAACGATTTCACTGTGCGTACCGACTTTGACGAAGCCTATTg > 1:4588310/1‑71 (MQ=255) tCTGGTCGGAAAACACCTAACGCATATTAACGATTTCACTGTGCGTACCGACTTTGACGAAGCCTATTGc < 1:1888743/70‑1 (MQ=255) tCTGGTCGGAAAACACCTAACGCATATTAACGATTTCACTGTGCGTACCGACTTTGACGAAGCCTATTGc < 1:3266544/70‑1 (MQ=255) tCTGATCGGAAAACAACTCACGCACATTAACGATTTCACCGTGCGCACCGACTTTGACGAAGCCTATTGc < 1:1957621/70‑1 (MQ=255) tCTGATCGGAAAACAACTCACGCACATTAACGATTTCACCGTGCGCACCGACTTTGACGAAGCCTATTGc < 1:300068/70‑1 (MQ=255) tGGTCGGAAAACACCTAACGCATATTAACGATTTCACTGTGCGTa > 1:1232471/1‑45 (MQ=255) ggTCGGAAAACACCTAACGCATATTAACGATTTCACTGTGCGTACCGACTTTGACGAAGCCTATTGCGa > 1:3503720/1‑69 (MQ=255) ggTCGGAAAACACCTAACGCATATTAACGATTTCACTGTGCGTACCGACTTTGACGAAGCCTATTGCGa > 1:1863789/1‑69 (MQ=255) ggTCGGAAAACACCTAACGCATATTAACGATTTCACTGTGCGTACCGACTTTGACGAAGCCTATTGCGa > 1:2740612/1‑69 (MQ=255) gTCGGAAAACACCTAACGCATATTAACGATTTCACTGTGCGTACCGACTTTGACGAAGcc < 1:865727/60‑1 (MQ=255) gTCGGAAAACACCTAACGCATATTAACGATTTCACTGTGCGTACCGACTTTGACGAAGCCTATTGc < 1:955188/66‑1 (MQ=255) gTCGGAAAACACCTAACGCATATTAACGATTTCACTGTGCGTACCGACTTTGACGAAGCCTATTGCg < 1:784480/67‑1 (MQ=255) gTCGGAAAACACCTAACGCATATTAACGATTTCACTGTGCGTACCGACTTTGACGAAGCCTATTGCg < 1:1340072/67‑1 (MQ=255) gTCGGAAAACACCTAACGCATATTAACGATTTCACTGTGCGTACCGACTTTGACGAAGCCTATTGCg < 1:4859575/67‑1 (MQ=255) cGGAAAACACCTAACGCATATTAACGATTTCACTGTGCGTACCGAc < 1:1821456/46‑1 (MQ=255) cGGAAAACACCTAACGCATATTAACGATTTCACTGTGCGTACCGAc < 1:1718101/46‑1 (MQ=255) ggAAAACACCTAACGCATATTACCGATTTCACTGTGCGTACCGACTTTGACGAAGCCTATTGCGATGcc < 1:3561103/69‑1 (MQ=255) ggAAAACACCTAACGCATATTAACGATTTCACTGTGCGTACCGACTTTGACGAAGcc < 1:4470045/57‑1 (MQ=255) ggAAAACACCTAACGCATATTAACGATTTCACTGTGCGTACCGACTTTGACGAAGcc < 1:2875200/57‑1 (MQ=255) ggAAAACACCTAACGCATATTAACGATTTCACTGTGCGTACCGACTTTGACGAAGcc < 1:4515636/57‑1 (MQ=255) ggAAAACACCTAACGCATATTAACGATTTCACTGTGCGTACCGACTTTGACGAAGCCTATTGCGATGCCAc > 1:3647121/1‑71 (MQ=255) aaaaCACCTAACGCATATTAACGATTTCACTGTGCGTACCGACTTTGACGAAGCCt > 1:4038652/1‑56 (MQ=255) aaaaCACCTAACGCATATTAACGATTTCACTGTGCGTACCGACTTTGACGAAGCCTa > 1:3234138/1‑57 (MQ=255) aaaaCACCTAACGCATATTAACGATTTCACTGTGCGTACCGACTTTGACGAAGCCTATTGCGATGCCACGc > 1:2644696/1‑71 (MQ=255) aaaaCAACTCACGCACATTAACGATTTCACCGTGCGCACCGa > 1:5014876/1‑42 (MQ=19) aaaaCAACTCACGCACATTAACGATTTCACCGTGCGCACCGa > 1:5116277/1‑42 (MQ=19) aaaaCAACTCACGCACATTAACGATTTCACCGTGCGCACCGa > 1:3234705/1‑42 (MQ=19) acacCTAACGCATATTAACGATTTCACTGTGCGTACCGACTTTGa > 1:4229548/1‑45 (MQ=255) acacCTAACGCATATTAACGATTTCACTGTGCGTACCGACTTTGACGAAGCCTATTGCGATGCCACGCttt > 1:1790712/1‑71 (MQ=255) cacCTAACGCATATTAACGATTTCACTGTGCGTACCGACTTTGACGAAGCCTATTGCGATGCCACGCTTTc < 1:4456771/71‑1 (MQ=255) acCTAACGCATATTAACGATTTCACTGTGCGTACCGACTTTGa > 1:5379298/1‑43 (MQ=255) acCTAACGCATATTAACGATTTCACTGTGCGTACCGACTTTGa > 1:3779181/1‑43 (MQ=255) cTAACGCATATTAACGATTTCACTGTGCGTACCGACTTTGACGAAGCCTATTGCGATGCCAc < 1:1827230/62‑1 (MQ=255) tAACGCATATTAACGATTTCACTGTGCGTACCGACTTTGACGAAGCCt < 1:4764471/48‑1 (MQ=255) aaCGCATATTAACGATTTCACTGTGCGTACCGACTTTGa > 1:3135296/1‑39 (MQ=255) aaCGCATATTAACGATTTCACTGTGCGTACCGACTTTGACGAAGCCTATTGc < 1:533633/52‑1 (MQ=255) aaCGCATATTAACGATTTCACTGTGCGTACCGACTTTGACGAAGCCTATTGc < 1:1373059/52‑1 (MQ=255) aaCGCATATTAACGATTTCACTGTGCGTACCGACTTTGACGAAGCCTATTGc < 1:1453509/52‑1 (MQ=255) aaCGCATATTAACGATTTCACTGTGCGTACCGACTTTGACGAAGCCTATTGCGa < 1:157611/54‑1 (MQ=255) aaCGCATATTAACGATTTCACTGTGCGTACCGACTTTGACGAAGCCTATTGCGa < 1:2387167/54‑1 (MQ=255) aaCGCATATTAACGATTTCACTGTGCGTACCGACTTTGACGAAGCCTATTGCGATGCCACGCTTTCCTGc > 1:1344499/1‑70 (MQ=255) | CGTGGAAGACCAGGATATGTGGTGGTCAGCGGGGATCTTCCGCGATGTTTATCTGGTCGGAAAACACCTAACGCATATTAACGATTTCACTGTGCGTACCGACTTTGACGAAGCCTATTGCGATGCCACGCTTTCCTGC > minE/2073900‑2074038 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |