| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,130,679 | C→T | 10.1% | D76N (GAC→AAC) | mtr ← | tryptophan transporter of high affinity |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,130,679 | 0 | C | T | 10.1% | 242.0 / 12.5 | 89 | D76N (GAC→AAC) | mtr | tryptophan transporter of high affinity |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (30/50); new base T (2/7); total (32/57) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.80e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CACAAAGGCAATGGAAATGCCGTTGACCACGTTCCAGCCTTTGCCCAGCAAATCTTTGGTGATGGTGTCAAAACTCGAACCGATTCTGTAATTCAGGTTAGCTTCCAGAATCATCAAGCCGGAATGCAGCATACAGAAC > minE/2130611‑2130749 | cacaAAGGCAATGGAAATGCCGTTGACCACGTTCCAGCCTTTGCCCAGCAAATCTTTGGTGATGGTGTCaa < 1:3111314/71‑1 (MQ=255)cacaAAGGCAATGGAAATGCCGTTGACCACGTTCCAGCCTTTGCCCAGCAAATCTTTGGTGATGGTGTCaa < 1:2050087/71‑1 (MQ=255)cacaAAGGCAATGGAAATGCCGTTGACCACGTTCCAGCCTTTGCCCAGCAAATCTTTGGTGATGGTGTCaa < 1:4613688/71‑1 (MQ=255) acgaaGGCAACGGTAATACCGCTGATAATGTTCCAGGTGTTACCGATTAAATCTTTGGTGATGGTGTTaa < 1:5535236/67‑1 (MQ=255) acgaaGGCAACGGTAATACCGCTGATAATGTTCCAGGTGTTACCGATTAAATCTTTGGTGATGGTGTTaa < 1:5010047/67‑1 (MQ=255) acgaaGGCAACGGTAATACCGCTGATAATGTTCCAGGTGTTACCGATTAAATCTTTGGTGATGGTGTTaa < 1:4131665/67‑1 (MQ=255) acaAAGGCAATGGAAATGCCGTTGACCACGTTCCAGCCTTTGCCCAGCAAATCTTTGGTGATGGTGTCaa < 1:3226932/70‑1 (MQ=255) cgaaGGCAACGGTAATACCGCTGATAATGTTCCAGGTGTTACCGATTAAATCTTTGGTGATGGTGTTaaaa > 1:1372428/3‑71 (MQ=255) 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1:2062936/1‑58 (MQ=255) ccTTTGCCCAGCAAATCTTTGGTGATGGTGTCAAAACTCGAACCGATTCTGTAATTCa > 1:4726282/1‑58 (MQ=255) tttGCCCAGCAAATCTTTGGTGATGGTGTCAAAACTCGAACCGATTCTg < 1:2077361/49‑1 (MQ=255) ttGCCCAGCAAATCTTTGGTGATGGTGTCAAAACTCGAACCGATTCTGTAATTCAGGTTAGCTTCCAGAat > 1:5413748/1‑71 (MQ=255) tGCCCAGCAAATCTTTGGTGATGGTGTCAAAACTCGAACCGATTCTGTAATTCAGGTTAGCTTCCAGAat < 1:2934140/70‑1 (MQ=255) tGCCCAGCAAATCTTTGGTGATGGTGTCAAAACTCGAACCGATTCTGTAATTCAGGTTAGCTTCCAGAat < 1:5644314/70‑1 (MQ=255) cccAGCAAATCTTTGGTGATGGTGTCAAAACTCGAACCGAtt < 1:3203028/42‑1 (MQ=255) cccAGCAAATCTTTGGTGATGGTGTCAAAACTCGAACCGATTCTGTAATTCAGGTTAGCTTCCAGAatcat < 1:560616/71‑1 (MQ=255) cccAGCAAATCCTTGGTGATGGTGTCAAAACTCGAACCGAtt < 1:5203672/42‑1 (MQ=255) ccAGCAAATCTTTGGTGATGGTGTCAAAACTCGAACCGATTCTGTAATTCAGGTTAGCTTCCAGAatcatc < 1:3729583/71‑1 (MQ=255) ccAGCAAATCTTTGGTGATGGTGTCAAAACTCGAACCGATTCTGTAATTCAGGTTAGCTTCCAGAatcat > 1:3842728/1‑70 (MQ=255) aGCAAATCTTTGGTGATGGTGTCAAAACTCGAACCGATTCTGTAATTCAGGTTAGCTTCCAGAatcatc > 1:1580044/1‑69 (MQ=255) aGCAAATCTTTGGTGATGGTGTCAAAACTCGAACCGATTCTGTAATTCAGGTTAGCTTCCAGAatcatc > 1:1816866/1‑69 (MQ=255) aGCAAATCTTTGGTGATGGTGTCAAAACTCGAACCGATTCTGTAATTCAGGTTAGCTTCCAGAATCATCaa < 1:1440903/71‑1 (MQ=255) gCAAATCTTTGGTGATGGTGTCAAAACTCGAACCGATTCTGTAATTCAGGTTAGCTTcc > 1:725858/1‑59 (MQ=255) gCAAATCTTTGGTGATGGTGTCAAAACTCGAACCGATTCTGTAATTCAGGTTAGCTTcc > 1:5411213/1‑59 (MQ=255) gCAAATCTTTGGTGATGGTGTCAAAACTCGAACCGATTCTGTAATTCAGGTTAGCTTCCAGAATCATCAAg < 1:345566/71‑1 (MQ=255) aaaTCTTTGGTGATGGTGTCAAAACTCGAACCGATTCTGTAATTCAGGTTa > 1:4516949/1‑51 (MQ=255) aaaTCTTTGGTGATGGTGTCAAAACTCGAACCGATTCTGTAATTCAGGTTa > 1:2139380/1‑51 (MQ=255) aaTCTTTGGTGTTGGTGTCAAAACTCGAACCGATTCTGTAATTCAGGTTAGCTTCCAGAATCATCAAGCCg < 1:3272618/71‑1 (MQ=255) aaTCTTTGGTGATGGTGTCAAAACTCGAACCGATTCTGTAATTCAGGTTAGCTTCCAGAATCATCaa < 1:3669861/67‑1 (MQ=255) aTCTTTGGTGATGGTGTCAAAACTCGAACCGATTCTGt < 1:3495412/38‑1 (MQ=255) aTCTTTGGTGATGGTGTCAAAACTCGAACCGATTCTGt < 1:3310635/38‑1 (MQ=255) aTCTTTGGTGATGGTGTCAAAACTCGAACCGATTCTGTAATTCAGGTTAGc 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tCAAAACTCGAACCGATTCTGTAATTCAGGTTAGCTTCCAGAATCATCAAGCCg < 1:5520814/54‑1 (MQ=255) cAAAACTCGAACCGATTCTGTAATTCAGGTTAGCTTCCAGAATCATCAAGCCg < 1:5290400/53‑1 (MQ=255) cAAAACTCGAACCGATTCTGTAATTCAGGTTAGCTTCCAGAATCATCAAGCCGGAATGCAGCATACAGAAc > 1:4052708/1‑71 (MQ=255) | CACAAAGGCAATGGAAATGCCGTTGACCACGTTCCAGCCTTTGCCCAGCAAATCTTTGGTGATGGTGTCAAAACTCGAACCGATTCTGTAATTCAGGTTAGCTTCCAGAATCATCAAGCCGGAATGCAGCATACAGAAC > minE/2130611‑2130749 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |