| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,219,949 | C→T | 9.7% | intergenic (+209/‑769) | yhdH → / → accB | predicted oxidoreductase, Zn‑dependent and NAD(P)‑binding/acetyl CoA carboxylase, BCCP subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,219,949 | 0 | C | T | 9.7% | 198.1 / 8.9 | 72 | intergenic (+209/‑769) | yhdH/accB | predicted oxidoreductase, Zn‑dependent and NAD(P)‑binding/acetyl CoA carboxylase, BCCP subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (42/23); new base T (4/3); total (46/26) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.98e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.41e-01 | |||||||||||
ATGATTTCGACTGACCACAAATTGATGCGCATTGATACTCCACTAAACAGCTATTATTGATACGCCTCCGTCGCCTGTTAGGTTTATGTTGCTTTGCCTGGGCGACGCTACGCTTAGCCCCTTACTTATTT > minE/2219882‑2220012 | aTGATTTCGACTGACCACAAATTGATGCGCATTGATACTCCACTAAACAGCTATTATTGATACGCCTCCGt > 1:4620011/1‑71 (MQ=255) tCGACTGACCACAAATTGATGCGCATTGATACTCCACTAAACAGCTATTATTGATACGCCTCCGTCGCCTg > 1:3497800/1‑71 (MQ=255) tCGACTGACCACAAATTGATGCGCATTGATACTCCACTAAACAGCTATTATTGATACGCCTCCGTCGCCTg > 1:4985344/1‑71 (MQ=255) aCCACAAATTGATGCGCATTGATACTCCACTAAACAGCTATTATTGATACGCCTCCGTCGCCTGTTAGGtt > 1:5293886/1‑71 (MQ=255) aCCACAAATTGATGCGCATTGATACTCCACTAAACAGCTATTATTGATACGCCTCCGTCGCCTGTTAGGtt > 1:2783683/1‑71 (MQ=255) cacaAATTGATGCGCATTGATACTCCACTAAACAGCTATTATTGATACGCCTCCGTCGCCTGTTAGGTTTa < 1:394452/71‑1 (MQ=255) acaAATTGATGCGCATTGATACTCCACTAAACAGCTATTATTGATACGCCTCCGTCGCCTGTTAGGTTTAt < 1:2330082/71‑1 (MQ=255) caAATTGATGCGCATTGATACTCCACTAAACAGCTATTATTGATACGCCTCCGTCGCCTGTTAGGTTTATg > 1:640412/1‑71 (MQ=255) aaaTTGATGCGCATTGATACTCCACTAAACAGCTATTATTGATACGCCTCCGTCGc < 1:2258273/56‑1 (MQ=255) aTTGATGCGCATTGATACTCCACTAAACAGCTATTATTGATACGCCTCCGTCGCCTGTTAGGTTTATGTTg > 1:2577198/1‑71 (MQ=255) aTTGATGCGCATTGATACTCCACTAAACAGCTATTATTGATACGCCTCCGTCGCCTGTTAGGTTTATGTTg < 1:1827386/71‑1 (MQ=255) ttGATGCGCATTGATACTCCACTAAACAGCTATTATTGATACGCCTCCGTCGCCTGTTAGGTTTAt < 1:5352688/66‑1 (MQ=255) ttGATGCGCATTGATACTCCACTAAACAGCTATTATTGATACGCCTCCGTCGCCTGTTAGGTTTATGTTGc > 1:693918/1‑71 (MQ=255) ttGATGCGCATTGATACTCCACTAAACAGCTATTATTGATACGCCTCCGTCGCCTGTTAGGTTTATGTTGc > 1:3240807/1‑71 (MQ=255) gATGCGCATTGATACTCCACTAAACAGCTATTATTGATACGCCTc > 1:439449/1‑45 (MQ=255) gATGCGCATTGATACTCCACTAAACAGCTATTATTGATACGCCTCCGTCGCCTGTTAGGTTTATGt > 1:4882101/1‑66 (MQ=255) cgcATTGATACTCCACTAAACAGCTATTATTGATACGCCTCCGTCGCCTGTTAGGTTTATGTTGCTTTGcc > 1:4125861/1‑71 (MQ=255) cgcATTGATACTCCACTAAACAGCTATTATTGATACGCCTCCGTCGCCTGTTAGGTTTATGTTGCTTTGcc > 1:1529514/1‑71 (MQ=255) gcATTGATACTCCACTAAACAGCTATTATTGATACGCCTCCGTCGCCTGTTAGGTTTATGTTGCTTTGCCt < 1:3212372/71‑1 (MQ=255) gcATTGATACTCCACTAAACAGCTATTATTGATACGCCTCCGTCGCCTGTTAGGTTTATGTTGCTTTGCCt < 1:4202765/71‑1 (MQ=255) cATTGATACTCCACTAAACAGCTATTATTGATACGCCTCCGTCGCCTGTTAGGTTTATGTTGCttt < 1:182023/66‑1 (MQ=255) cATTGATACTCCACTAAACAGCTATTATTGATACGCCTCCGTCGCCTGTTAGGTTTATGTTGCTTTGCCTg < 1:2110595/71‑1 (MQ=255) ttGATACTCCACTAAACAGCTATTATTGATACGCCTCCGTCGc < 1:2487545/43‑1 (MQ=255) ttGATACTCCACTAAACAGCTATTATTGATACGCCTCCGTCGCCTGtt < 1:1929194/48‑1 (MQ=255) ttGATACTCCACTAAACAGCTATTATTGATACGCCTCCGTCGCCTGtt < 1:1503432/48‑1 (MQ=255) ttGATACTCCACTAAACAGCTATTATTGATACGCCTCCGTCGCCTGtt < 1:754570/48‑1 (MQ=255) ttGATACTCCACTAAACAGCTATTATTGATACGCCTCCGTCGCCTGTTAGGTTTATGTTGCTTTGCCTg < 1:819228/69‑1 (MQ=255) gATACTCCACTAAACAGCTATTATTGATACGCCTCCGTCGcc > 1:3624181/1‑42 (MQ=255) gATACTCCACTAAACAGCTATTATTGATACGCCTCCGTCGcc > 1:912309/1‑42 (MQ=255) gATACTCCACTAAACAGCTATTATTGATACGCCTCCGTCGcc > 1:2427075/1‑42 (MQ=255) gATACTCCACTAAACAGCTATTATTGATACGCCTCCGTCGCCTGTTAGGTTTATGTTGCTTTGCCTGGGc > 1:2862720/1‑70 (MQ=255) gATACTCCACTAAACAGCTATTATTGATACGCCTCCGTCGCCTGTTAGGTTTATGTTGCTTTGCCTGGGc > 1:2739853/1‑70 (MQ=255) gATACTCCACTAAACAGCTATTATTGATACGCCTCCGTCGCCTGTTAGGTTTATGTTGCTTTGCCTGGGc > 1:2093601/1‑70 (MQ=255) gATACTACACTAAACAGCTATTATTGATACGCCTCCGTCGCCTGTTAGGTTTATGTTGCTTTGCCTGGGc > 1:624/1‑70 (MQ=255) aTACTCCACTAAACAGCTATTATTGATACGCCTCCGTCGCCTGTTAGGTTTATGTTGCTTTGCCTGGGCg < 1:1789619/70‑1 (MQ=255) cACTAAACAGCTATTATTGATACGCCTCCGTCGCCTGTTAGGTTTa > 1:2124185/1‑46 (MQ=255) cACTAAACAGCTATTATTGATACGCCTCCGTCGCCTGTTAGGTTTATGTTGCt > 1:1249484/1‑53 (MQ=255) cACTAAACAGCTATTATTGATACGCCTCCGTCGCCTGTTAGGTTTATGTTGCt > 1:3059751/1‑53 (MQ=255) cACTAAACAGCTATTATTGATACGCCTCCGTCGCCTGTTAGGTTTATGTTGCTTTGCCTggg > 1:4308342/1‑62 (MQ=255) cACTAAACAGCTATTATTGATACGCCTCCGTCGCCTGTTAGGTTTATGTTGCTTTGCCTGGGCGactct < 1:2706481/69‑1 (MQ=255) cACTAAACAGCTATTATTGATACGCCTCCGTCGCCTGTTAGGTTTATGTTGCTTTGCCTGGGCGacgctac > 1:3322897/1‑71 (MQ=255) cTAAACAGCTATTATTGATACGCCTCCGTCGCCTGTTAGGTTTATGTTGCTTTGCCTGGGCGacgctacgc > 1:2166985/1‑71 (MQ=255) tAAACAGCTATTATTGATACGCCTCCGTCGCCTGTTAGGTTTATGTTGCTTTGCCTGGGCGacgctacgct > 1:216398/1‑71 (MQ=255) aaaCAGCTATTATTGATACGCCTCCGTCGCCTGTTAGGttt > 1:659893/1‑41 (MQ=255) aaaCAGCTATTATTGATACGCCTCCGTCGCCTGTTAGGTTTATGTTGc > 1:356887/1‑48 (MQ=255) aaaCAGCTATTATTGATACGCCTCCGTCGCCTGTTAGGTTTATGTTGCTTTGCCTg > 1:5411638/1‑56 (MQ=255) aaaCAGCTATTATTGATACGCCTCCGTCGCCTGTTAGGTTTATGTTGCTTTGCCTg > 1:3245504/1‑56 (MQ=255) aaaCAGCTATTATTGATACGCCTCCGTCGCCTGTTAGGTTTATGTTGCTTTGCCTGGGCGacgctacg > 1:4800376/1‑68 (MQ=255) aaCAGCTATTATTGATACGCCTCCGTCGCCTGTTAGGTTTa > 1:915036/1‑41 (MQ=255) aaCAGCTATTATTGATACGCCTCCGTCGCCTGTTAGGTTTATGTTGCTTTGCCTGGGc < 1:3487356/58‑1 (MQ=255) aaCAGCTATTATTGATACGCCTCCGTCGCCTGTTAGGTTTATGTTGCTTTGCCTGGGCGacgctacgct > 1:1380951/1‑69 (MQ=255) aaCAGCTATTATTGATACGCCTCCGTCGCCTGTTAGGTTTATGTTGCTTTGCCTGGGCGacgctacgct > 1:4655226/1‑69 (MQ=255) aCAGCTATTATTGATACGCCTCCGTCGCCTGTTAGGTTTATGTTGCTTTGCCTGGGCGACGCTACGCTTAg > 1:3142283/1‑71 (MQ=255) aCAGCTATTATTGATACGCCTCCGTCGCCTGTTAGGTTTATGTTGCTTTGCCTGGGCGACGCTACGCTTAg > 1:3975023/1‑71 (MQ=255) cAGCTATTATTGATACGCCTCCGTCGCCTGTTAGGTTTATGTTGCTTTGCCTGGGCGa > 1:4801455/1‑58 (MQ=255) gttattGATACGCACTCGCCGCCTGTTAGGATTATGGTGCTTTGCCTGGGCGac < 1:1742507/53‑1 (MQ=255) gttattGAAACGCACTCGCCGCCTGTTAGGATTATGGTGCTTTGCCTGGGCGac < 1:3743196/53‑1 (MQ=255) ttattGATACGCCTCCGTCGCCTGTTAGGTTTATGTTGCTTTGCCTGGGCGACGCTACGCTTAGCCCctta > 1:4213455/1‑71 (MQ=255) ttattGATACGCCTCCGTCGCCTGTTAGGTTTATGTTGCTTTGCCTGGGCGACGCTACGCTTAGCCCctta > 1:4759691/1‑71 (MQ=255) tattGATACGCCTCCGTCGCCTGTTAGGTTTATGTTGCTTTGCCTGGGCGACGCTACGCTTAGCCCcttac > 1:5222592/1‑71 (MQ=255) tattGATACGCACTCGCCGCCTGTTAGGATTATGGTGCTTTGCCTGGGCGacac > 1:3902507/1‑52 (MQ=255) tattGATACGCACTCGCCGCCTGTTAGGATTATGGTGCTTTGCCTGGGCGacac > 1:3743961/1‑52 (MQ=255) attGATACGCCTCCGTCGCCTGGTAGGTTTATGTTGCTTTGCCTGGGCGACGCTACGCTTAGCCCcttact > 1:1367258/1‑71 (MQ=255) attGATACGCACTCGCCGCCTGTTAGGATTATGGTGCTTTGCCTGGGCGacac > 1:1032260/1‑51 (MQ=255) attGATACGCACTCGCCGCCTGTTAGGATTATGGTGCTTTGCCTGGGCGacac > 1:2260973/1‑51 (MQ=255) ttGATACGCACTCGCCGCCTGTTAGGATTATGGTGCTTTGcc < 1:460159/42‑1 (MQ=255) gATACGCCTCCGTCGCCTGTTAGGTTTATGTTGCTTTGCCTGGGc < 1:3945264/45‑1 (MQ=255) aTACGCCTCCGTCGCCTGTTAGGTTTATGTTGCTTTGCCTGGGCGACGCTACGCTTAGCCCCTTACTTAt < 1:296115/70‑1 (MQ=255) tACGCCTCCGTCGCCTGTTAGGTTTATGTTGCTTTGCCTGGGCGACGCTACGCTTAGCCCCTTACTTAttt < 1:2113339/71‑1 (MQ=255) tACGCCTCCGTCGCCTGTTAGGTTTATGTTGCTTTGCCTGGGCGACGCTACGCTTAGCCCCTTACTTAttt < 1:2349991/71‑1 (MQ=255) gCCTCCGTCGCCTGTTAGCTTTATGTTGCTTTGCCTggg > 1:4800952/1‑39 (MQ=255) tCCGTCGCCTGTTAGGTTTATGTTGCTTTGCCTGGGCGACGCTACGCTTAGCCCcttact < 1:5686004/60‑1 (MQ=255) tCCGTCGCCTGTTAGGATTATGTTGCTTTGCCTGGGCGACGATACGCTTAGCCCcttact < 1:445623/60‑1 (MQ=255) ccGTCGCCTGTTAGGTTTATGTTGCTTTGCCTGGGCGACGCTACGCTTAGCCCcttact < 1:3332476/59‑1 (MQ=255) ccGTCGCCTGTTAGGTTTATGTTGCTTTGCCTGGGCGACGCTACGCTTAGCCCcttact < 1:3776848/59‑1 (MQ=255) | ATGATTTCGACTGACCACAAATTGATGCGCATTGATACTCCACTAAACAGCTATTATTGATACGCCTCCGTCGCCTGTTAGGTTTATGTTGCTTTGCCTGGGCGACGCTACGCTTAGCCCCTTACTTATTT > minE/2219882‑2220012 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |