| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,220,162 | A→G | 8.1% | intergenic (+422/‑556) | yhdH → / → accB | predicted oxidoreductase, Zn‑dependent and NAD(P)‑binding/acetyl CoA carboxylase, BCCP subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,220,162 | 0 | A | G | 8.1% | 238.2 / 8.9 | 86 | intergenic (+422/‑556) | yhdH/accB | predicted oxidoreductase, Zn‑dependent and NAD(P)‑binding/acetyl CoA carboxylase, BCCP subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (42/37); new base G (4/3); total (46/40) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.46e-01 | |||||||||||
TCGGTTAATTTTGCGTGCTTTAGCATTCACATCTATCCAGACGATGCAGTGAAAATTGGGTAATCCCCAGCAACCGCTGCGTAATGTCGTCTATCTTGTCGCGATCCTGGCATCCCTACATTATTTGTGGTCTGTG > minE/2220094‑2220229 | tCGGTTAATTTTGCGTGCTTTAGCATTCACATCTATCCAGACGATGCAGTGAAAATTGGGTAATCCCCAGc < 1:3751093/71‑1 (MQ=255) cGGTTAATTTTGCGTGCTTTAGCATTCACATCTATCCAGACGATGCAGTGAAAATTGGGTAATCCCCAGc > 1:4576284/1‑70 (MQ=255) cGGTTAATTTTGCGTGCTTTAGCATTCACATCTATCAAGACGATGCAGTGAAAATTGGGTAATCCCCAGc > 1:1518973/1‑70 (MQ=255) ggTTAATTTTGCGTGCTTTAGCATTCACATCTATCCAGACGATGCAGTGAAAATTGGGTAATCCCCAGCaa > 1:1695143/1‑71 (MQ=255) ttGCGTGCTTTAGCATTCACATCTATCCAGACGATGCAGTGAAAATTGGGTAATCCCCAGCAACCGCTGc > 1:3907912/1‑70 (MQ=255) ttGCGTGCTTTAGCATTCACATCTATCCAGACGATGCAGTGAAAATTGGGTAATCCCCAGCAACCGCTGCg > 1:48508/1‑71 (MQ=255) ttGCGTGCTTTAGCATTCACATCTATCCAGACGATGCAGTGAAAATTGGGTAATCCCCAGCAACCGCTGCg > 1:5294878/1‑71 (MQ=255) gCGTGCTTTAGCATTCACATCTATCCAGACGATGCAGTGAAAATTGGGTAATCCCCAGCAACCGCTGCGt < 1:3470197/70‑1 (MQ=255) 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ttCACATCTATCCAGACGATGCAGTGAAAATTGGGTAATCCCCAGCaa > 1:850230/1‑48 (MQ=255) ttCACATCTATCCAGACGATGCAGTGAAAATTGGGTAATCCCCAGCa < 1:5426005/47‑1 (MQ=255) cacaTCTATCCAGACGATGCAGTGAAAATTGGGTAATCCCCAGCAAc > 1:1742366/1‑47 (MQ=255) cacaTCTATCCAGACGATGCAGTGAAAATTGGGTAATCCCCAGCAAc > 1:3265866/1‑47 (MQ=255) cacaTCTATCCAGACGATGCAGTGAAAATTGGGTAATCCCCAGCAAc > 1:2252702/1‑47 (MQ=255) acaTCTATCCAGACGATGCAGTGAAAATTGGGTAATCCCCAGCAACCGCTGCGTa > 1:1958122/1‑55 (MQ=255) acaTCTATCCAGACGATGCAGTGAAAATTGGGTAATCCCCAGCAACCGCTGCGTa > 1:502112/1‑55 (MQ=255) tCTATCCAGACGATGCAGTGAAAATTGGGTAATCCCCAGCAACCGCTGCGt < 1:5001991/51‑1 (MQ=255) tCTATCCAGACGATGCAGTGAAAATTGGGTAATCCCCAGCAACCGCTGCGTAATGTCGTCTATCt > 1:725991/1‑65 (MQ=255) cTATCCAGACGATGCAGTGAAAATTGGGTAATCCCCAGCAACCGCTGCGTAATGTCGTCTATCTTGTcgc > 1:3169424/1‑70 (MQ=255) aacccAGGCGATGCAGCGAAAACTCGGCAAGCACTGGCAACAGTTGCATAATTTCGTCTATCTTGTCGCGa < 1:4653670/68‑1 (MQ=255) aacccAGGCGATGCAGCGAAAACTCGGCAAGCACTGGCAACAGTTGCATAATTTCGTCTATCTTGTCGCGa < 1:4306231/68‑1 (MQ=255) 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tGAAAATTGGGTAATCCCCAGCAACCGCTGCGTAATGTCGTCTATCTTGTCGCGATCCTg < 1:1083546/60‑1 (MQ=255) tGAAAATTGGGTAATCCCCAGCAACCGCTGCGTAATGTCGTCTATCTTGTCGCGATCCTg < 1:3516440/60‑1 (MQ=255) gAAAATTGGGTAATCCCCAGCAACCGCTGCGTAATGTCGTCTATCtt > 1:1414804/1‑47 (MQ=255) gAAAATTGGGTAATCCCCAGCAACCGCTGCGTAATGTCGTCTATCTTGTCGCGATc > 1:2118056/1‑56 (MQ=255) aaaaTTGGGTAATCCCCAGCAACCGCTGCGTAATgtcg > 1:2629802/1‑38 (MQ=255) aaaaTTGGGTAATCCCCAGCAACCGCTGCGTAATGTCGTCTAtaa > 1:1496903/1‑43 (MQ=255) aaaaTTGGGTAATCCCCAGCAACCGCTGCGTAATGTCGTCTATCTTGTc > 1:3933827/1‑49 (MQ=255) aaaaTTGGGTAATCCCCAGCAACCGCTGCGTAATGTCGTCTATCTTGTCGCGATCCTg > 1:925135/1‑58 (MQ=255) aaaaTTGGGTAATCCCCAGCAACCGCTGCGTAATGTCGTCTATCTTGTCGCGATCCTg > 1:5627965/1‑58 (MQ=255) aaaaTTGGGTAATCCCCAGCAACCGCTGCGTAATGTCGTCTATCTTGTCGCGATCCTGGCATCCCTACat > 1:267293/1‑70 (MQ=255) aaaaTTGGGTAATCCCCAGCAACCGCTGCGTAATGTCGTCTATCTTGTCGCGAACCTGGCATCCCTACat > 1:4004785/1‑70 (MQ=255) aaaTTGGGTAATCCCCAGCAACCGCTGCGTAATGTCGTCTATCTTGTCGCGATc < 1:3311709/54‑1 (MQ=255) aaaTTGGGTAATCCCCAGCAACCGCTGCGTAATGTCGTCTATCTTGTCGCGATc < 1:3975953/54‑1 (MQ=255) aaaTTGGGTAATCCCCAGCAACCGCTGCGTAATGTCGTCTATCTTGTCGCGATc < 1:577148/54‑1 (MQ=255) aaTTGGGTAATCCCCAGCAACCGCTGCGTAATGTCGTCTATCTTGTCGCGATCCTGGCATCCCTACattat > 1:3353499/1‑71 (MQ=255) aTTGGGTAATCCCCAGCAACCGCTGCGTAATGTCGTCTATCTTGTCGCGATCCTGGCATCCCTACattatt < 1:3386335/71‑1 (MQ=255) aTTGGGTAATCCCCAGCAACCGCTGCGTAATGTCGTCTATCTTGTCGCGATCCTGGCATCCCTACattatt < 1:5607574/71‑1 (MQ=255) ttGGGTAATCCCCAGCAACCGCTGCGTAATGTCGTCTATCTTGTCGCGATCCTGGCATCCCTACattatt > 1:2948697/1‑70 (MQ=255) ttGGGTAATCCCCAGCAACCGCTGCGTAATGTCGTCTATCTTGTCGCGATCCTGGCATCCCTACattatt > 1:2122867/1‑70 (MQ=255) ttGGGTAATCCCCAGCAACCGCTGCGTAATGTCGTCTATCTTGTCGCGATCCTGGCATCCCTACATTAttt < 1:2925540/71‑1 (MQ=255) ttGGGTAATCCCCAGCAACCGCTGCGTAATGTCGTCTATCTTGTCGCGATCCTGGCATCCCTACATTAttt < 1:162078/71‑1 (MQ=255) tGGGTAATCCCCAGCAACCGCTGCGTAATGTCGTCTATCtt < 1:4014550/41‑1 (MQ=255) tGGGTAATCCCCAGCAACCGCTGCGTAATGTCGTCTATCtt < 1:5149069/41‑1 (MQ=255) tAATCCCCAGCAACCGCTGCGTAATGTCGTCTATCTTGTCGCGATc < 1:1427390/46‑1 (MQ=255) tAATCCCCAGCAACCGCTGCGTAATGTCGTCTATCTTGTCGCGATc < 1:2871434/46‑1 (MQ=255) aaTCCCCAGCAACCGCTGCGTAATGTCGTGGATCTTGTCGCGTTCCTGGCATCCCTACATTTTTTGTgg > 1:4540535/1‑69 (MQ=255) aaTCCCCAGCAACCGCTGCGTAATGTCGTCTATCTTGTCGCGATCCTGGCATCCCTAc < 1:3924974/58‑1 (MQ=255) aTCCCCAGCAACCGCTGCGTAATGTCGTCTATCTTGTCGCGATCCt > 1:5601656/1‑46 (MQ=255) aTCCCCAGCAACCGCTGCGTAATGTCGTCTATCTTGTCGCGATCCTGGCATCCCTACATTATTTGTGGTc < 1:1818535/70‑1 (MQ=255) ccccAGCAACCGCTGCGTAATGTCGTCTATCTTGTCGCGATCCTGGCATCCCTACATTATTTGTGGTCtgt > 1:627322/1‑71 (MQ=255) cccAGCAACCGCTGCGTAATGTCGTCTATCTTGTCGCGATCCTGGCATCCCTACATTATTTGTGGTCtgtg < 1:1736173/71‑1 (MQ=255) cccAGCAACCGCTGCGTAATGTCGTCTATCTTGTCGCGATCCTGGCATCCCTACATTATTTGTGGTCtgtg < 1:2005162/71‑1 (MQ=255) ccAGCAACCGCTGCGTAATGTCGTCTATCTTGTCGCGATCCt < 1:1148480/42‑1 (MQ=255) cAGCAACCGCTGCGTAATGTCGTCTATCTTGTCGCGATCCTGGCATCCCTACATTATTTGTGGTCtgtg > 1:3741447/1‑69 (MQ=255) | TCGGTTAATTTTGCGTGCTTTAGCATTCACATCTATCCAGACGATGCAGTGAAAATTGGGTAATCCCCAGCAACCGCTGCGTAATGTCGTCTATCTTGTCGCGATCCTGGCATCCCTACATTATTTGTGGTCTGTG > minE/2220094‑2220229 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |