| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,451,489 | A→C | 14.6% | intergenic (+2/+94) | hdfR → / ← trpT | DNA‑binding transcriptional regulator/tRNA‑Trp |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,451,489 | 0 | A | C | 14.6% | 81.5 / 11.6 | 41 | intergenic (+2/+94) | hdfR/trpT | DNA‑binding transcriptional regulator/tRNA‑Trp |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (15/20); new base C (3/3); total (18/23) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.75e-01 | |||||||||||
AAAATAGCGATAAAAATGCGTTGATTCGCGATCTTTTGAAAATTAACGTGCTGGATGAAGTGTATTAATATGAATGGCTGGCAAGGATGCCGGTAGAAGGATTTACTTCGGAGAGGGTTATTTCAGATAAAAAAAATCC > minE/2451420‑2451558 | aaaaTAGCGATAAAAATGCGTTGATTCGCGATCTTTTGAAAATTAACGTGCTGGATGAAGTGTATTAatat > 1:5060283/1‑71 (MQ=255) aaaaTGCGTTGATTCGCGATCTTTTGAAAATTAACGTGCTGGATGAAGTGTATTAATATGAAtggctggc > 1:1484428/1‑70 (MQ=255) aaaaTGCGTTGATTCGCGATCTATTGAAAATTAACGTGCTGGATGAAGTGTATTAATCTGAAtggctggc < 1:4973114/70‑1 (MQ=255) aaaaTGCGTTGATTCGCGATCTATTGAAAATTAACGTGCTGGATGAAGTGTATTAATCTGAAtggctggc < 1:5594853/70‑1 (MQ=255) aaaaTGCGTTGATTCGCGATCTATTGAAAATTAACGTGCTGGATGAAGTGTATTAATCTGAAtggctggc < 1:1891037/70‑1 (MQ=255) aaTGCGTTGATTCGCGATCTTTTGAAAATTAACGTGCTGGATGAAGTGTATTAATATGAATGGCTGGCAAg < 1:1164958/71‑1 (MQ=255) aaTGCGTTGATTCGCGATCTTTTGAAAATTAACGTGCTGGATGAAGTGTATTAATATGAATGGCTGGCAAg < 1:1732527/71‑1 (MQ=255) aaTGCGTTGATTCGCGATCTTTTGAAAATTAACGTGCTGGATGAAGTGTATAAATATGAATGGCTGGCAAg < 1:1728646/71‑1 (MQ=255) aTGCGTTGATTCGCGATCTATTGAAAATTAACGTGCTGGATGAAGTGTATTAATCTGAAtggctg > 1:961039/1‑65 (MQ=255) aTGCGTTGATTCGCGATCTATTGAAAATTAACGTGCTGGATGAAGTGTATTAATCTGAAtggctg > 1:3787375/1‑65 (MQ=255) aTGCGTTGATTCGCGATCTATTGAAAATTAACGTGCTGGATGAAGTGTATTAATCTGAAtggctg > 1:3977220/1‑65 (MQ=255) gCGTTGATTCGCGATCTTTTGAAAATTAACGTGCTGGATGAAGTGTATTAATATGAAtgg < 1:1304831/60‑1 (MQ=255) ttGATTCGCGATCTTTTGAAAATTAACGTGCTGGATGAAGTGTATTAATATGAATGGCTGGCaa < 1:1879326/64‑1 (MQ=255) ttGATTCGCGATCTTTTGAAAATTAACGTGCTGGATGAAGTGTATTAATATGAATGGCTGGCaa < 1:5255762/64‑1 (MQ=255) tGATTCGCGATCTTTTGAAAATTAACGTGCTGGATGAAGTGTATTAATATGAATGGCTGGCAAGGATGCCg > 1:3999197/1‑71 (MQ=255) gATTCGCGATCTTTTGAAAATTAACGTGCTGGATGAAGTGTATTAata > 1:5624068/1‑48 (MQ=255) gATTCGCGATCTTTTGAAAATTAACGTGCTGGATGAAGTGTATTAATATGaa > 1:5134135/1‑52 (MQ=255) gATTCGCGATCTTTTGAAAATTAACGTGCTGGATGAAGTGTATTAATATGaa > 1:3279930/1‑52 (MQ=255) aTTCGCGATCTTTTGAAAATTAACGTGCTGGATGAAGTGTATTAATATGAATGGCTGGCAAGGa > 1:3212467/1‑64 (MQ=255) aTTCGCGATCTTTTGAAAATTAACGTGCTGGATGAAGTGTATTAATATGAATGGCTGGCAAGGa > 1:938753/1‑64 (MQ=255) ttCGCGATCTTTTGAAAATTAACGTGCTGGATGAAGTGTATTAata < 1:454889/46‑1 (MQ=255) cgcgATCTTTTGAAAATTAACGTGCTGGATGAAGTGTATTAATATGAATGGCTGGCAAGGATGCCGGTAg > 1:2802642/1‑70 (MQ=255) gcgATCTTTTGAAAATTAACGTGCTGGATGAAGTGTATTAATATGAATGGCTGGCAAGGATGCCGGTAGaa < 1:3850691/71‑1 (MQ=255) ttGAAAATTAACGTGCTGGATGAAGTGTATTAATATGAATGGCTGGCAAGGATGCCGGTAGAAGGa < 1:2004013/66‑1 (MQ=255) ttGAAAATTAACGTGCTGGATGAAGTGTATTAATATGAATGGCTGGCAAGGATGCCGGTAGAAGGAt < 1:107086/67‑1 (MQ=255) gAAAATTAACGTGCTGGATGAAGTGTATTAATATGAATGGCTGGCAAGGATGCCGGTAGAAGGATTTACtt > 1:3450058/1‑71 (MQ=255) aaaaTTAACGTGCTGGATGAAGTGTATTAATATGAATGGCTGGCAAGGATGCCTGTAGAAGGATTTACTTc < 1:4342026/71‑1 (MQ=255) aaaaTTAACGTGCTGGATGAAGTGTATTAATATGAATGGCTGGCAAGGATGCCGGTAGAAGGATTTACtt < 1:1111467/70‑1 (MQ=255) aaaaTTAACGTGCTGGATGAAGTGTATTAATATGAATGGCTGGCAAGGATGCCGGTAGAAGGATTTACTTc < 1:2947568/71‑1 (MQ=255) aTTAACGTGCTGGATGAAGTGTATTAATATGAATGGCTGGCAAgg < 1:3989471/45‑1 (MQ=255) aTTAACGTGCTGGATGAAGTGTATTAATATGAATGGCTGGCAAgg < 1:5438908/45‑1 (MQ=255) aTTAACGTGCTGGATGAAGTGTATTAATATGAATGGCTGGCAAGGATGCCGGTAg < 1:1045218/55‑1 (MQ=255) ttAACGTGCTGGATGAAGTGTATTAATATGAATGGCTGGCaa > 1:567658/1‑42 (MQ=255) aCGTGCTGGATGAAGTGTATTAATATGAATGGCTGGCAAGGATGCCGGTAGAAGGATTTACTTCGGagag < 1:4071144/70‑1 (MQ=255) cTGGATGAAGTGTATTAATATGAATGGCTGGCAAGGATGCCGGTAGAAGGATTTACTTCGGAGAGGGTTAt < 1:1181574/71‑1 (MQ=255) gAAGTGTATTAATATGAATGGCTGGCAAGGATGCCGGTAGAAGGATTTACTTCGGAGAGGGt < 1:3686127/62‑1 (MQ=255) aaGTGTATTAATATGAATGGCTGGCAAGGATGCCGGTAGAAGGATTTACTTCGGAGAGGGTTATTTCAGa > 1:4615895/1‑70 (MQ=255) tctATTAATATGAATGGCTGGCAAGGATGCCGGTAGAAGGATTTACTTCGGAGAGGGTTATTTCAGATaa > 1:594107/3‑70 (MQ=255) tATTAATATGAATGGCTGGCAAGGATGCCGGTAGAAGGATTTACTTCgg > 1:1172623/1‑49 (MQ=255) tATTAATATGAATGGCTGGCAAGGATGCCGGTAGAAGGATTTACTTCGGAGAGGGTTATTTCAg > 1:5062031/1‑64 (MQ=255) tATTAATATGAATGGCTGGCAAGGATGCCGGTAGAAGGATTTACTTCGGAGAGGGTTATTTCAGATaaaaa < 1:684635/71‑1 (MQ=255) tATTAATATGAATGGCTGGCAAGGATGCCGGTAGAAGGATTTACTTCGGAGAGGGTTATTTCAGATaaaaa < 1:691412/71‑1 (MQ=255) tATTAATATGAATGGCTGGCAAGGATGCCGGTAGAAGGATTTACTTCGGAGAGGGTTATTTCAGATaaaa > 1:4415928/1‑70 (MQ=255) ttAATATGAATGGCTGGCAAGGATGCCGGTAGAAGGATTTACTTCGGAGAGGGTTATTTCAGATaaaaaa > 1:1566868/1‑70 (MQ=255) atatGAATGGCTGGCAAGGATGCCGGTAGAAGGATTTACTTCGGAGAGGGTTATTTCAGATAAAAAAAATc > 1:4968400/1‑71 (MQ=255) atatGAATGGCTGGCAAGGATGCCGGTAGAAGGATTTACTTCGGAGAGGGTTATTTCAGATAAAAAAAATc > 1:3254616/1‑71 (MQ=255) atGAATGGCTGGCAAGGATGCCGGTAGAAGGATTTACTTCGGAGAGGGTTATTTCAGATAAAAAAAATcc > 1:203125/1‑70 (MQ=255) | AAAATAGCGATAAAAATGCGTTGATTCGCGATCTTTTGAAAATTAACGTGCTGGATGAAGTGTATTAATATGAATGGCTGGCAAGGATGCCGGTAGAAGGATTTACTTCGGAGAGGGTTATTTCAGATAAAAAAAATCC > minE/2451420‑2451558 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |