| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,571,329 | T→G | 29.2% | intergenic (+97/‑1682) | yibH → / → ysaB | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,571,329 | 0 | T | G | 29.2% | 154.6 / 120.5 | 137 | intergenic (+97/‑1682) | yibH/ysaB | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (46/51); new base G (21/19); total (67/70) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.07e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.96e-01 | |||||||||||
Only 100 of 144 total aligned reads displayed.
TGCTCCTTGTAAGGACTAATTATTTTTGCATATTACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑T‑GGATGAGTGTGCTCTCATTGGATTTTTTATCCGTCTTGTTCTGCCGCAGGATG > minE/2571259‑2571398 | cTCCTTGTAAGGACTAATTATTTTTGCATATTACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCAtt < 1:3430721/70‑1 (MQ=255) cTTGTAAGGACTAATTATTTTTGCATATTACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGt > 1:1917431/1‑71 (MQ=255) tGTAAGGACTAATTATTTTTGCATATTACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGt > 1:3885188/1‑69 (MQ=255) tGTAAGGACTAATTATTTTTGCATATTACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGt > 1:4428264/1‑69 (MQ=255) gTAAGGACTAATTATTTTTGCATATTACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGtt < 1:5048383/69‑1 (MQ=255) cTAATTATTTTTGCATATTACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTc > 1:901165/1‑71 (MQ=255) cTAATTATTTTTGCATATTACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTc < 1:4524869/71‑1 (MQ=255) attattTTTGCATATTACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATg > 1:486374/1‑57 (MQ=255) attattTTTGCATATTACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑T‑g > 1:3597404/1‑70 (MQ=255) attattTTTGCATATTACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑T‑g < 1:4295718/70‑1 (MQ=255) attattTTTGCATATTACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑T‑g < 1:1810774/70‑1 (MQ=255) ttattTTTGCATATTACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGt < 1:4140373/65‑1 (MQ=255) ttattTTTGCATATTACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGt < 1:1623633/65‑1 (MQ=255) tattTTTGCATATTACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑T‑GGAt > 1:1101002/1‑71 (MQ=255) attTTTGCATATTACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑T‑GGAt > 1:2657581/1‑70 (MQ=255) tatTACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑T‑GGATGAGTGTGctc > 1:2722097/1‑71 (MQ=255) tatTACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑T‑GGATGAGTGTGctc > 1:2352113/1‑71 (MQ=255) atTACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑T‑g < 1:3553326/57‑1 (MQ=255) atTACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑T‑GGa > 1:4377557/1‑59 (MQ=255) atTACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑T‑GGATGAGTGTGctct > 1:5669681/1‑71 (MQ=255) atTACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑T‑GGATGAGTGTGctct > 1:4021442/1‑71 (MQ=255) ttACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTtaataa > 1:4959213/1‑50 (MQ=255) cTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTTTGTTAATAAGTTc < 1:687733/51‑1 (MQ=255) cTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑T‑gca > 1:5408570/1‑53 (MQ=255) ttCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGt < 1:5675227/48‑1 (MQ=255) ttCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑T‑g < 1:284437/52‑1 (MQ=255) ttCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑T‑g < 1:1216093/52‑1 (MQ=255) cATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑T‑GGATGa < 1:1926925/55‑1 (MQ=255) aTTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑T‑GGATGAGTGTGCTCTCATTGGAt < 1:327776/71‑1 (MQ=255) 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1:1022779/71‑1 (MQ=255) atgatTTTTCCTTTAATATCCAGCATGTTaagaag > 1:1241167/1‑35 (MQ=9) atgatTTTTCCTTTAATATCCAGCATGTTaagaag > 1:4082362/1‑35 (MQ=9) atgatTTTTCCTTTAATATCCAGCATGTTAAGAAGTTc < 1:3842416/38‑1 (MQ=12) atgatTTTTCCTTTAATATCCAGCATGTTAAGAAGTTCAG‑GGATAGCTGTGATCTCATTGGATTTCTTATc > 1:3425292/1‑71 (MQ=255) atgatTTTTCCTTTAATATCCAGCATGTTAAGAAGTTC‑T‑gg > 1:1356806/1‑41 (MQ=16) atgatTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑T‑GGATGAGTGTGCTCTCAtt < 1:1042987/57‑1 (MQ=255) gatTTTA‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑T‑GGATGAGTGTGCTCTCATTGGATTTTTTATCCGTc > 1:734041/1‑71 (MQ=255) gatATTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑T‑g > 1:5530527/1‑37 (MQ=255) tttttc‑CTTTAATATCCAGCATGTTAAGAAGTTCAG‑GGATAGCTGTGATCTCATTGGATTTCTTATCCGTc > 1:5093691/2‑71 (MQ=255) atTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑T‑GGa > 1:3172798/1‑38 (MQ=255) atTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑T‑GGATGAGTGTGCtctc < 1:2802838/51‑1 (MQ=255) atTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑T‑GGATGAGTGTGCTCTCATTGGATTTTTTATCCGTc < 1:2984344/70‑1 (MQ=255) ttttt‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑T‑GGATGAGtgtg < 1:720328/45‑1 (MQ=255) ttttt‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑T‑GGATGAGtgtg < 1:1745162/45‑1 (MQ=255) ttttt‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑T‑GGATGAGTGTGCTCTCATTGGATTTTTTATCCGTCtt < 1:119029/71‑1 (MQ=255) tttc‑CTTTAATATCCAGCATGTTAAGAAGTTCAG‑GGATAGCTGTGATCTCATTGGATTTCTTATCCGTCtt > 1:2110719/1‑71 (MQ=255) tttc‑CTTTAATATCCAGCATGTTAAGAAGTTCAG‑GGATAGCTGTGATCTCATTGGATTTCTTATCCGTCt > 1:1847902/1‑70 (MQ=255) ttt‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑T‑GGATGAGTGTGCTCTCATTGGATTTTTTATCCGTCTTg < 1:4212067/70‑1 (MQ=255) ttccTTTAATATCCAGCATGTTAAGAAGTTCAG‑GGATAGCTGTGATCTCATTGGATTTCTTATCCGTCtt < 1:1754179/67‑1 (MQ=255) tt‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑T‑GGATGAGTGTGCTCTCATTGGATTTTTTa > 1:2233766/1‑60 (MQ=255) tccTTTAATATCCAGCATGTTAAGAAGTTCAG‑GGATAGCTGTGATCTCATTGGATTTCTTATCCGTCTTg < 1:2033084/68‑1 (MQ=255) tccTTTAATATCCAGCATGTTAAGAAGTTCAG‑GGATAGCTGTGATCTCATTGGATTTCTTATCCGTCTTg < 1:4726710/68‑1 (MQ=255) tccTTTAATATCCAGCATGTTAAGAAGTTCAG‑GGATAGCTGTGATCTCATTGGATTTCTTATCCGTCTTg < 1:2353435/68‑1 (MQ=255) tccTTTAATATCCAGCATGTTAAGAAGTTCAG‑GGATAGCTGTGATCTCATTGGATTTCTTATCCGTCTTg < 1:529762/68‑1 (MQ=255) tccTTTAATATCCAGCATGTTAAGAAGTTCAG‑GGATAGCTGTGATCTCATTGGATTTCTTATCCGTCTTg < 1:327799/68‑1 (MQ=255) tccTTTAATATCCAGCATGTTAAGAAGTTC‑TGGGATAGCTGTAATCTCATTAGATTTCTCATCCGTCTTg < 1:4309757/68‑1 (MQ=255) tccTTTAATATCCAGCATGTTAAGAAGTTC‑TGGGATAGCTGTAATCTCATTAGATTTCTCATCCGTCTTg < 1:4254032/68‑1 (MQ=255) tccTTTAATATCCAGCATGTTAAGAAGTTC‑TGGGATAGCTGTAATCTCATTAGATTTCTCATCCGTCTTg < 1:1522883/68‑1 (MQ=255) t‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑T‑GGATGAGTGTGCTCTCATTGGATTTTTTATCCGTCTTGtt < 1:5695919/70‑1 (MQ=255) cTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑T‑GGATGAGTGTGCTCTCATTGGATTTTTTATCCGTCTTGTTCt > 1:4191709/1‑71 (MQ=255) cTTTAATATCCAGCATGTTAAGAAGTTCAG‑GGATAGCTGTGATCTCATTGGATTTCTTATCCGTCTTGATc > 1:1524999/1‑71 (MQ=255) cTTTAATATCCAGCATGTTAAGAAGTTCAG‑GGATAGCTGTGATCTCATTGGATTTCTTATCCGTCTTGATc < 1:116806/71‑1 (MQ=255) cTTTAATATCCAGCATGTTAAGAAGTTCAG‑GGATAGCTGTGATCTCATTGGATTTCTTATCCGTCTTGATc > 1:4842888/1‑71 (MQ=255) tttAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑T‑GGATGAGTGTGCTCTCATTGGATTTTTTATCCGTCTTGTTc < 1:475903/69‑1 (MQ=255) tttAATATCCAGCATGTTAAGAAGTTCAG‑GGATAGCTGTGATCTCATTGGATTTCTTATCCGTCTTg < 1:5480766/67‑1 (MQ=255) tAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑T‑GGATGAGTGTGCTCTCATTGGATTTTTTATCCGTCTTGTTCTGcc > 1:109743/1‑71 (MQ=255) tAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑T‑GGATGAGTGTGCTCTCATTGGATTTTTTATCCGTCTTGTTCTGcc > 1:837254/1‑71 (MQ=255) tAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑T‑GGATGAGTGTGCTCTCATTGGATTTTTTATCCGTCTTGGTCTGcc > 1:5014420/1‑71 (MQ=255) tAATATCCAGCATGTTAAGAAGTTCAG‑GGATAGCTGTGATCTCATTGGATTTCTTa > 1:4814237/1‑56 (MQ=255) tAATATCCAGCATGTTAAGAAGTTCAG‑GGATAGCTGTGATCTCATTGGATTTCTTa > 1:2221760/1‑56 (MQ=255) tAATATCCAGCATGTTAAGAAGTTCAG‑GGATAGCTGTGATCTCATTGGATTTCTTATCCGTCTTGATCt > 1:3759709/1‑69 (MQ=255) tAATATCCAGCATGTTAAGAAGTTCAG‑GGATAGCTGTGATCTCATTGGATTTCTTATCCGTCTTGATCTGc > 1:3672754/1‑71 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |