| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,571,338 | T→G | 30.5% | intergenic (+106/‑1673) | yibH → / → ysaB | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,571,338 | 0 | T | G | 30.5% | 133.2 / 129.9 | 141 | intergenic (+106/‑1673) | yibH/ysaB | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (39/59); new base G (21/22); total (60/81) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.58e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.43e-01 | |||||||||||
Only 100 of 156 total aligned reads displayed.
CTAATTATTTTTGCATATTACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑T‑GGATGAGTGTGCTCTCATTGGATTTTTTATCCGTCTTGTTCTGCCGCAGGATGAGACTATA > minE/2571274‑2571406 | cTAATTATTTTTGCATATTACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTc > 1:901165/1‑71 (MQ=255) aaTTATTTTTGCATATTACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑T‑g > 1:2212674/1‑71 (MQ=255) attattTTTGCATATTACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTtaat < 1:1100764/62‑1 (MQ=255) attattTTTGCATATTACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑T‑g > 1:3597404/1‑70 (MQ=255) attattTTTGCATATTACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑T‑g < 1:4295718/70‑1 (MQ=255) ttattTTTGCATATTACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGt < 1:4140373/65‑1 (MQ=255) ttattTTTGCATATTACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGt < 1:1623633/65‑1 (MQ=255) tattTTTGCATATTACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑T‑GGAt > 1:1101002/1‑71 (MQ=255) attTTTGCATATTACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑T‑GGAt > 1:2657581/1‑70 (MQ=255) attTTTGCATATTACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑T‑GGAt > 1:2151432/1‑70 (MQ=255) tttttGCATATTACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑T‑GGAt > 1:3723745/1‑69 (MQ=255) gCATATTACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑T‑GGATGAGtgtg > 1:764500/1‑71 (MQ=255) tatTACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑T‑GGATGAGTGTGctc > 1:2352113/1‑71 (MQ=255) atTACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑T‑g < 1:3364244/57‑1 (MQ=255) atTACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑T‑g < 1:3553326/57‑1 (MQ=255) atTACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑T‑GGa > 1:4371958/1‑59 (MQ=255) atTACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑T‑GGa > 1:4377557/1‑59 (MQ=255) atTACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑T‑GGATGAGTGTGctct > 1:4021442/1‑71 (MQ=255) 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1:2451652/70‑1 (MQ=255) ttCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑T‑GGATGa > 1:4025417/1‑48 (MQ=255) tgatgatTTTTCCTTTAATATCCAGCATGTTAAGAAGTTCAG‑GGATAGCTGTGATCTCATTGGAtttctt < 1:4252406/69‑1 (MQ=255) tgatgatTTTTCCTTTAATATCCAGCATGTTAAGAAGTTC‑t < 1:4702250/40‑1 (MQ=12) tgatgatTTTTCCTTTAATATCCAGCATGTTAAGAAGTTC‑T‑gg < 1:4008848/42‑1 (MQ=16) cGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑t > 1:3069491/1‑40 (MQ=255) cGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑t > 1:4491163/1‑40 (MQ=255) gatgatTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑T‑GGATGAGTGTGCTCTCATTGGATTTTTTATcc < 1:1022779/71‑1 (MQ=255) atgatTTTTCCTTTAATATCCAGCATGTTaagaag > 1:4082362/1‑35 (MQ=9) atgatTTTTCCTTTAATATCCAGCATGTTaagaag > 1:1241167/1‑35 (MQ=9) atgatTTTTCCTTTAATATCCAGCATGTTAAGAAGTTc < 1:3842416/38‑1 (MQ=12) atgatTTTTCCTTTAATATCCAGCATGTTAAGAAGTTCAG‑GGATAGCTGTGATCTCATTGGATTTCTTATc > 1:3425292/1‑71 (MQ=255) atgatTTTTCCTTTAATATCCAGCATGTTAAGAAGTTC‑T‑gg > 1:1356806/1‑41 (MQ=16) atgatTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑T‑GGATGAGTGTGCTCTCAtt < 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1:2233766/1‑60 (MQ=255) tccTTTAATATCCAGCATGTTAAGAAGTTCAG‑GGATAGCTGTGATCTCATTGGATTTCTTATCCGTCTTg < 1:2353435/68‑1 (MQ=255) tccTTTAATATCCAGCATGTTAAGAAGTTCAG‑GGATAGCTGTGATCTCATTGGATTTCTTATCCGTCTTg < 1:2989061/68‑1 (MQ=255) tccTTTAATATCCAGCATGTTAAGAAGTTCAG‑GGATAGCTGTGATCTCATTGGATTTCTTATCCGTCTTg < 1:5635651/68‑1 (MQ=255) tccTTTAATATCCAGCATGTTAAGAAGTTCAG‑GGATAGCTGTGATCTCATTGGATTTCTTATCCGTCTTg < 1:2033084/68‑1 (MQ=255) tccTTTAATATCCAGCATGTTAAGAAGTTC‑TGGGATAGCTGTAATCTCATTAGATTTCTCATCCGTCTTg < 1:2759612/68‑1 (MQ=255) tccTTTAATATCCAGCATGTTAAGAAGTTC‑TGGGATAGCTGTAATCTCATTAGATTTCTCATCCGTCTTg < 1:4254032/68‑1 (MQ=255) tccTTTAATATCCAGCATGTTAAGAAGTTC‑TGGGATAGCTGTAATCTCATTAGATTTCTCATCCGTCTTg < 1:1522883/68‑1 (MQ=255) tccTTTAATATCCAGCATGTTAAGAAGTTC‑TGGGATAGCTGTAATCTCATTAGATTTCTCATCCGTCTTg < 1:4309757/68‑1 (MQ=255) cTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑T‑GGATGAGTGTGCTCTCATTGGATTTTTTATCCGTCTTGtt < 1:5031128/69‑1 (MQ=255) cTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑T‑GGATGAGTGTGCTCTCATTGGATTTTTTATCCGTCTTGTTCt > 1:4191709/1‑71 (MQ=255) cTTTAATATCCAGCATGTTAAGAAGTTCAG‑GGATAGCTGTGATCTCATTGGATTTCTTATCCGTCTTGATc > 1:4842888/1‑71 (MQ=255) cTTTAATATCCAGCATGTTAAGAAGTTCAG‑GGATAGCTGTGATCTCATTGGATTTCTTATCCGTCTTGATc > 1:1524999/1‑71 (MQ=255) tttAATATCCAGCATGTTAAGAAGTTCAG‑GGATAGCTGTGATCTCATTGGATTTCTTATCCGTCTTg < 1:5480766/67‑1 (MQ=255) tAATATCCAGCATGTTAAGAAGTTCAG‑GGATAGCTGTGATCTCATTGGATTTCTTa > 1:4814237/1‑56 (MQ=255) tAATATCCAGCATGTTAAGAAGTTCAG‑GGATAGCTGTGATCTCATTGGATTTCTTATCCGTCTTGATCt > 1:3759709/1‑69 (MQ=255) tAATATCCAGCATGTTAAGAAGTTCAG‑GGATAGCTGTGATCTCATTGGATTTCTTATCCGTCTTGATCTgt > 1:5697330/1‑70 (MQ=255) tAATATCCAGCATGTTAAGAAGTTCAG‑GGATAGCTGTGATCTCATTGGATTTCTTATCCGTCTTGATCTGc > 1:3672754/1‑71 (MQ=255) tAATATCCAGCATGTTAAGAAGTTCAG‑GGATAGCTGTGATCTCATTGGATTTCTTATCCGTCTTGATCTGc > 1:4743825/1‑71 (MQ=255) tAATATCCAGCATGTTAAGAAGTTCAG‑GGATAGCTGTGATCTCATTGGATTTCTTATCCGTCTTGATCTGc > 1:2674080/1‑71 (MQ=255) aaTATTCATTATGTTAATAAGTTC‑T‑GGATGAGTGTGCTCTCATTGGATTTTTTATCCGTCTTGTTCt < 1:2164482/67‑1 (MQ=255) atatTCATTATGTTAATAAGTTC‑T‑GGATGAGTGTGCTCTCATTGGATTTTTTATCCGTCTTGTTCTGCCg < 1:1877765/70‑1 (MQ=255) ttCATTATGTTAATAAGTTC‑T‑GGATGAGTGTGCTCTCATTGGATTTTTTATc > 1:5095556/1‑52 (MQ=255) ttCATTATGTTAATAAGTTC‑T‑GGATGAGTGTGCTCTCATTGGATTTTTTATCCGTCTTGTTCt < 1:1611576/63‑1 (MQ=255) ttCATTATGTTAATAAGTTC‑T‑GGATGAGTGTGCTCTCATTGGATTTTTTATCCGTCTTGTTCt < 1:2512567/63‑1 (MQ=255) ttCATTATGTTAATAAGTTC‑T‑GGATGAGTGTGCTCTCATTGGATTTTTTATCCGTCTTGTTCt < 1:1716614/63‑1 (MQ=255) ttCATTATGTTAATAAGTTC‑T‑GGATGAGTGTGCTCTCATTGGATTTTTTATCCGTCTTGTTCTGCCGCAgt < 1:5305193/71‑2 (MQ=255) ttCATTATGTTAATAAGTTC‑T‑GGATGAGTGTGCTCTCATTGGATTTTTTATCCGTCTTGTTCTGCCGCAg < 1:3328060/70‑1 (MQ=255) ttCATTATGTTAATAAGTTC‑T‑GGATGAGTGTGCTCTCATTGGATTTTTTATCCGTCTTGTTCTGCCGCAg < 1:1175257/70‑1 (MQ=255) cATTATGTTAATAAGTTC‑T‑GGATGAGTGTGCTCTCATTGGATTTTTTATCCGTCTTGTTCTGCCGCAGGAt > 1:1549294/1‑71 (MQ=255) cATTATGTTAATAAGTTC‑T‑GGATGAGTGTGCTCTCATTGGATTTTTTATCCGTCTTGTTCTGCCGCAGGAt > 1:2803109/1‑71 (MQ=255) 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taataaGTTC‑T‑GGATGAGTGTGCTCTCATTGGATTTTTTATCCGTCTTGTTCTGCCGCAGGATGAGACta > 1:4223154/1‑70 (MQ=255) ataaGTTC‑T‑GGATGAGTGTGCTCTCATTGGATTTTTTATCCg < 1:4732441/42‑1 (MQ=255) ataaGTTC‑T‑GGATGAGTGTGCTCTCATTGGATTTTTTATCCGTCTTGt < 1:4440026/48‑1 (MQ=255) ataaGTTC‑T‑GGATGAGTGTGCTCTCATTGGATTTTTTATCCGTCTTGTTCTGCCGCAGGATGAGACtata < 1:4326404/70‑1 (MQ=255) ataaGTTC‑T‑GGATGAGTGTGCTCTCATTGGATTTTTTATCCGTCTTGTTCTGCCGCAGGATGAGACtata > 1:2060905/1‑70 (MQ=255) | CTAATTATTTTTGCATATTACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑T‑GGATGAGTGTGCTCTCATTGGATTTTTTATCCGTCTTGTTCTGCCGCAGGATGAGACTATA > minE/2571274‑2571406 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |