| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,571,345 | T→G | 23.5% | intergenic (+113/‑1666) | yibH → / → ysaB | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,571,345 | 0 | T | G | 23.5% | 205.4 / 96.6 | 145 | intergenic (+113/‑1666) | yibH/ysaB | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (46/65); new base G (20/14); total (66/79) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.08e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 150 total aligned reads displayed.
AATTATTTTTGCATATTACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑T‑GGATGAGTGTGCTCTCATTGGATTTTTTATCCGTCTTGTTCTGCCGCAGGATGAGACTATACATCGTC > minE/2571276‑2571413 | aaTTATTTTTGCATATTACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑T‑g > 1:2212674/1‑71 (MQ=255) attattTTTGCATATTACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑T‑g < 1:4483016/70‑1 (MQ=255) attattTTTGCATATTACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑T‑g < 1:4295718/70‑1 (MQ=255) attattTTTGCATATTACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑T‑g < 1:1810774/70‑1 (MQ=255) tattTTTGCATATTACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑T‑GGAt > 1:1101002/1‑71 (MQ=255) attTTTGCATATTACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑T‑GGAt > 1:2151432/1‑70 (MQ=255) tttttGCATATTACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑T‑GGAt > 1:3723745/1‑69 (MQ=255) gCATATTACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑T‑GGATGAGtgtg > 1:764500/1‑71 (MQ=255) tatTACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑T‑GGATGAGTGTGctc > 1:2722097/1‑71 (MQ=255) atTACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑T‑g < 1:3553326/57‑1 (MQ=255) atTACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑T‑GGa > 1:4371958/1‑59 (MQ=255) atTACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑T‑GGa > 1:4377557/1‑59 (MQ=255) atTACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑T‑GGATGAGTGTGctct > 1:4021442/1‑71 (MQ=255) atTACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑T‑GGATGAGTGTGctct > 1:5669681/1‑71 (MQ=255) ttACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑T‑GGATGAGTGTGCtctc < 1:2285486/71‑1 (MQ=255) cTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑T‑gca > 1:5408570/1‑53 (MQ=255) ttCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑T‑g < 1:692641/52‑1 (MQ=255) ttCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑T‑g < 1:5198668/52‑1 (MQ=255) ttCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑T‑g < 1:1216093/52‑1 (MQ=255) ttCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑T‑GGATg < 1:5365132/56‑1 (MQ=255) cATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑T‑GGATGa < 1:1926925/55‑1 (MQ=255) ttAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑T‑GGATGAGTGTGCTCTCATTGGAtt > 1:4836689/1‑71 (MQ=255) tAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑T‑GGATGAGTGTGCTCTCATTGTAtt < 1:225473/70‑1 (MQ=255) ttCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑T‑GGATGa > 1:4025417/1‑48 (MQ=255) tgatgatTTTTCCTTTAATATCCAGCATGTTAAGAAGTTCAG‑GGATAGCTGTGATCTCATTGGAtttctt < 1:4252406/69‑1 (MQ=255) tgatgatTTTTCCTTTAATATCCAGCATGTTAAGAAGTTC‑t < 1:4702250/40‑1 (MQ=12) tgatgatTTTTCCTTTAATATCCAGCATGTTAAGAAGTTC‑T‑gg < 1:4008848/42‑1 (MQ=16) cGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑t > 1:4491163/1‑40 (MQ=255) gatgatTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑T‑GGATGAGTGTGCTCTCATTGGATTTTTTATcc < 1:1022779/71‑1 (MQ=255) atgatTTTTCCTTTAATATCCAGCATGTTAAGAAGTTCAG‑GGATAGCTGTGATCTCATTGGATTTCTTATc > 1:3425292/1‑71 (MQ=255) 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ttt‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑T‑GGATGAGTGTGCTCTCATTGGATTTTTTATCCGTCTTg < 1:4212067/70‑1 (MQ=255) ttt‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑T‑CGATGAGTGTGCTCTCATTGGATTTTTTATCCGTCTTGt > 1:5527992/1‑71 (MQ=255) tccTTTAATATCCAGCATGTTAAGAAGTTCAG‑GGATAGCTGTGATCTCATTGGATTTCTTATCCGTCTTg < 1:2353435/68‑1 (MQ=255) tccTTTAATATCCAGCATGTTAAGAAGTTCAG‑GGATAGCTGTGATCTCATTGGATTTCTTATCCGTCTTg < 1:4726710/68‑1 (MQ=255) tccTTTAATATCCAGCATGTTAAGAAGTTCAG‑GGATAGCTGTGATCTCATTGGATTTCTTATCCGTCTTg < 1:327799/68‑1 (MQ=255) tccTTTAATATCCAGCATGTTAAGAAGTTCAG‑GGATAGCTGTGATCTCATTGGATTTCTTATCCGTCTTg < 1:2989061/68‑1 (MQ=255) tccTTTAATATCCAGCATGTTAAGAAGTTCAG‑GGATAGCTGTGATCTCATTGGATTTCTTATCCGTCTTg < 1:529762/68‑1 (MQ=255) tccTTTAATATCCAGCATGTTAAGAAGTTCAG‑GGATAGCTGTGATCTCATTGGATTTCTTATCCGTCTTg < 1:5635651/68‑1 (MQ=255) tccTTTAATATCCAGCATGTTAAGAAGTTCAG‑GGATAGCTGTGATCTCATTGGATTTCTTATCCGTCTTg < 1:2033084/68‑1 (MQ=255) tccTTTAATATCCAGCATGTTAAGAAGTTC‑TGGGATAGCTGTAATCTCATTAGATTTCTCATCCGTCTTg < 1:4254032/68‑1 (MQ=255) tccTTTAATATCCAGCATGTTAAGAAGTTC‑TGGGATAGCTGTAATCTCATTAGATTTCTCATCCGTCTTg < 1:1522883/68‑1 (MQ=255) tccTTTAATATCCAGCATGTTAAGAAGTTC‑TGGGATAGCTGTAATCTCATTAGATTTCTCATCCGTCTTg < 1:4309757/68‑1 (MQ=255) cTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑T‑GGATGAGTGTGCTCTCATTGGATTTTTTATCCGTCTTGtt < 1:5031128/69‑1 (MQ=255) cTTTAATATCCAGCATGTTAAGAAGTTCAG‑GGATAGCTGTGATCTCATTGGATTTCTTATCCGTCTTGATc < 1:116806/71‑1 (MQ=255) cTTTAATATCCAGCATGTTAAGAAGTTCAG‑GGATAGCTGTGATCTCATTGGATTTCTTATCCGTCTTGATc > 1:4842888/1‑71 (MQ=255) tttAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑T‑GGATGAGTGTGCTCTCATTGGATTTTTTATCCGTCTTGTTc < 1:475903/69‑1 (MQ=255) tAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑T‑GGATGAGTGTGCTCTCATTGGATTTTTTATCCGTCTTGGTCTGcc > 1:5014420/1‑71 (MQ=255) tAATATCCAGCATGTTAAGAAGTTCAG‑GGATAGCTGTGATCTCATTGGATTTCTTa > 1:4814237/1‑56 (MQ=255) tAATATCCAGCATGTTAAGAAGTTCAG‑GGATAGCTGTGATCTCATTGGATTTCTTa > 1:2221760/1‑56 (MQ=255) tAATATCCAGCATGTTAAGAAGTTCAG‑GGATAGCTGTGATCTCATTGGATTTCTTATCCGTCTTGATCTgt > 1:5697330/1‑70 (MQ=255) tAATATCCAGCATGTTAAGAAGTTCAG‑GGATAGCTGTGATCTCATTGGATTTCTTATCCGTCTTGATCTGc > 1:5528958/1‑71 (MQ=255) tAATATCCAGCATGTTAAGAAGTTCAG‑GGATAGCTGTGATCTCATTGGATTTCTTATCCGTCTTGATCTGc > 1:2674080/1‑71 (MQ=255) tAATATCCAGCATGTTAAGAAGTTCAG‑GGATAGCTGTGATCTCATTGGATTTCTTATCCGTCTTGATCTGc > 1:2356605/1‑71 (MQ=255) tAATATCCAGCATGTTAAGAAGTTCAG‑GGATAGCTGTGATCTCATTGGATTTCTTATCCGTCTTGATCTGc > 1:4743825/1‑71 (MQ=255) aaTATTCATTATGTTAATAAGTTC‑T‑GGATGAGTGTGCTCTCATTGGATTTTTTATCCGTCTTGTTCt < 1:2164482/67‑1 (MQ=255) aaTATCCAGCATGTTAAGAAGTTCAG‑GGATAGCTGTGATCTCATTGGATTTCTTATCCGTCTTgat > 1:3672967/1‑64 (MQ=255) atatTCATTATGTTAATAAGTTC‑T‑GGATGAGTGTGCTCTCATTGGATTTTTTATCCGTCTTGTTCTGCCg < 1:1877765/70‑1 (MQ=255) ttCATTATGTTAATAAGTTC‑T‑GGATGAGTGTGCTCTCATTGGATTTTTTATc > 1:5095556/1‑52 (MQ=255) ttCATTATGTTAATAAGTTC‑T‑GGATGAGTGTGCTCTCATTGGATTTTTTATCCGTCTTGTTCt < 1:2512567/63‑1 (MQ=255) ttCATTATGTTAATAAGTTC‑T‑GGATGAGTGTGCTCTCATTGGATTTTTTATCCGTCTTGTTCt < 1:1611576/63‑1 (MQ=255) 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1:4167997/57‑1 (MQ=255) tGTTAAGAAGTTCAG‑GGATAGCTGTGATCTCATTGGATTTCTTATCCGTCTTg < 1:380857/53‑1 (MQ=255) tGTTAAGAAGTTCAG‑GGATAGCTGTGATCTCATTGGATTTCTTATCCGTCTTg < 1:4290170/53‑1 (MQ=255) ttAATAAGTTC‑T‑GGATGAGTGTGCTCTCATTGGATTTTTTATcc < 1:4938778/44‑1 (MQ=255) ttAATAAGTTC‑T‑GGATGAGTGTGCTCTCATTGGATTTTTTATCCGTCTTGTTCTGCCGCAGGATGAGACta < 1:1616543/71‑1 (MQ=255) ttAATAAGTTC‑T‑GGATGAGTGTGCTCTCATTGGATTTTTTATCCGTCTTGTTCTGCCGCAGGATGAGACt < 1:1536982/70‑1 (MQ=255) ttAATAAGTTC‑T‑GGATGAGTGTGCTCTCATTGGATTTTTTATCCGTCTTGTTCTGCCGCAGGATGAGACt < 1:596909/70‑1 (MQ=255) ttAATAAGTTC‑T‑GGATGAGTGTGCTCTCATTGGATTTTTTATCCGTCTTGTTCTGCCGCAGGATGAGACt < 1:3411049/70‑1 (MQ=255) taataaGTTC‑T‑GGATGAGTGTGCTCTCATTGGATTTTTTa > 1:414453/1‑40 (MQ=255) taataaGTTC‑T‑GGATGAGTGTGCTCTCATTGGATTTTTTATCCGTCt > 1:479064/1‑47 (MQ=255) taataaGTTC‑T‑GGATGAGTGTGCTCTCATTGGATTTTTTATCCGTCTTGTTCt > 1:3661204/1‑53 (MQ=255) taataaGTTC‑T‑GGATGAGTGTGCTCTCATTGGATTTTTTATCCGTCTTGTTCTGCCGCAGGATGAGACta > 1:4223154/1‑70 (MQ=255) ataaGTTC‑T‑GGATGAGTGTGCTCTCATTGGATTTTTTATCCGTCTTGTTCTGCCGCAGGATGAGACtata > 1:2060905/1‑70 (MQ=255) ataaGTTC‑T‑GGATGAGTGTGCTCTCATTGGATTTTTTATCCGTCTTGTTCTGCCGCAGGATGAGACtata < 1:4326404/70‑1 (MQ=255) aaGTTC‑T‑GGATGAGTGTGCTCTCATTGGATTTTTTATCCGTCTTGTTCTGCCGCAGGATga > 1:246516/1‑61 (MQ=255) gTTC‑T‑GGATGAGTGTGCTCTCATTGGATTTTTTATCCGTCTTGTTc < 1:1266936/46‑1 (MQ=255) gTTC‑T‑GGATGAGTGTGCTCTCATTGGATTTTTTATCCGTCTTGTTCTGCCGCAGGATGAGAc < 1:153790/62‑1 (MQ=255) c‑T‑GGATGAGTGTGCTCTCATTGGATTTTTTATCCGTCTTGTTCTGCCGCAGGATGAGACTATACAtcgtc < 1:3511341/70‑1 (MQ=255) t‑GGATGAGTGTGCTCTCATTGGATTTTTTATCCGTCTTGTTCTGCCGCAGGATGAGACTATACAtcgtc < 1:774512/69‑1 (MQ=255) | AATTATTTTTGCATATTACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑T‑GGATGAGTGTGCTCTCATTGGATTTTTTATCCGTCTTGTTCTGCCGCAGGATGAGACTATACATCGTC > minE/2571276‑2571413 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |