| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,571,350 | G→A | 27.1% | intergenic (+118/‑1661) | yibH → / → ysaB | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,571,350 | 0 | G | A | 27.1% | 221.7 / 90.6 | 140 | intergenic (+118/‑1661) | yibH/ysaB | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (36/66); new base A (20/18); total (56/84) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.09e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.79e-01 | |||||||||||
Only 100 of 144 total aligned reads displayed.
GCATATTACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑T‑GGATGAGTGTGCTCTCATTGGATTTTTTATCCGTCTTGTTCTGCCGCAGGATGAGACTATACATCGTCGAGATCG > minE/2571286‑2571420 | cATATTACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑T‑GGATGAGtgtg < 1:4267138/70‑1 (MQ=255) tatTACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑T‑GGATGAGTGTGctc > 1:2722097/1‑71 (MQ=255) tatTACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑T‑GGATGAGTGTGctc > 1:2352113/1‑71 (MQ=255) atTACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑T‑GGATGAGTGTGctct > 1:4021442/1‑71 (MQ=255) atTACTTCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑T‑GGATGAGTGTGctct > 1:5669681/1‑71 (MQ=255) ttCATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑T‑GGATg < 1:5365132/56‑1 (MQ=255) cATTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑T‑GGATGa < 1:1926925/55‑1 (MQ=255) aTTAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑T‑GGATGAGTGTGCTCTCATTGGAt < 1:327776/71‑1 (MQ=255) ttAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑T‑GGATGAGTGTGCTCTCATTGGAtt > 1:598891/1‑71 (MQ=255) ttAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑T‑GGATGAGTGTGCTCTCATTGGAtt > 1:4836689/1‑71 (MQ=255) tAGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑T‑GGATGAGTGTGCTCTCATTGTAtt < 1:225473/70‑1 (MQ=255) aGCTTCGATGATTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑T‑GGATGAGTGTGCTCTCATTGGAttt < 1:2451652/70‑1 (MQ=255) gatgatTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑T‑GGATGAGTGTGCTCTCATTGGATTTTTTATcc < 1:1022779/71‑1 (MQ=255) atgatTTTTCCTTTAATATCCAGCATGTTAAGAAGTTCAG‑GGATAGCTGTGATCTCATTGGATTTCTTATc > 1:3425292/1‑71 (MQ=255) atgatTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑T‑GGATGAGTGTGCTCTCAtt < 1:1042987/57‑1 (MQ=255) gatTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑T‑GGATGAGTGTGCTCTCATTGGATTTTTTATcc < 1:3671395/68‑1 (MQ=255) gatTTTA‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑T‑GGATGAGTGTGCTCTCATTGGATTTTTTATCCGTc > 1:734041/1‑71 (MQ=255) atTTTT‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑T‑GGATGAGTGTGCtctc < 1:2802838/51‑1 (MQ=255) ttttt‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑T‑GGATGAGtgtg < 1:4008930/45‑1 (MQ=255) ttttt‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑T‑GGATGAGtgtg < 1:720328/45‑1 (MQ=255) ttttt‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑T‑GGATGAGTGTGCTCTCATTGGATTTTTTATCCGTCtt < 1:119029/71‑1 (MQ=255) ttttc‑CTTTAATATCCAGCATGTTAAGAAGTTCAG‑GGATAGCTGTGATCTCATTGGATTTCTTATCCGTCt > 1:1490904/1‑71 (MQ=255) tttc‑CTTTAATATCCAGCATGTTAAGAAGTTCAG‑GGATAGCTGTGATCTCATTGGATTTCTTATCCGTCt > 1:1847902/1‑70 (MQ=255) ttt‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑T‑CGATGAGTGTGCTCTCATTGGATTTTTTATCCGTCTTGt > 1:5527992/1‑71 (MQ=255) ttccTTTAATATCCAGCATGTTAAGAAGTTCAG‑GGATAGCTGTGATCTCATTGGATTTCTTATCCGTCtt < 1:1754179/67‑1 (MQ=255) tt‑CTTTAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑T‑GGATGAGTGTGCTCTCATTGGATTTTTTa > 1:2233766/1‑60 (MQ=255) tccTTTAATATCCAGCATGTTAAGAAGTTCAG‑GGATAGCTGTGATCTCATTGGATTTCTTATCCGTCTTg < 1:327799/68‑1 (MQ=255) tccTTTAATATCCAGCATGTTAAGAAGTTCAG‑GGATAGCTGTGATCTCATTGGATTTCTTATCCGTCTTg < 1:529762/68‑1 (MQ=255) 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cTTTAATATCCAGCATGTTAAGAAGTTCAG‑GGATAGCTGTGATCTCATTGGATTTCTTATCCGTCTTGATc > 1:1524999/1‑71 (MQ=255) cTTTAATATCCAGCATGTTAAGAAGTTCAG‑GGATAGCTGTGATCTCATTGGATTTCTTATCCGTCTTGATc > 1:4842888/1‑71 (MQ=255) tAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑T‑GGATGAGTGTGCTCTCATTGGATTTTTTATCCGTCTTGTTCTGcc > 1:837254/1‑71 (MQ=255) tAATATTCATTATGTTAATAAGTTC‑T‑GGATGAGTGTGCTCTCATTGGATTTTTTATCCGTCTTGTTCTGcc > 1:109743/1‑71 (MQ=255) tAATATCCAGCATGTTAAGAAGTTCAG‑GGATAGCTGTGATCTCATTGGATTTCTTa > 1:2221760/1‑56 (MQ=255) tAATATCCAGCATGTTAAGAAGTTCAG‑GGATAGCTGTGATCTCATTGGATTTCTTATCCGTCTTGATCt > 1:3759709/1‑69 (MQ=255) tAATATCCAGCATGTTAAGAAGTTCAG‑GGATAGCTGTGATCTCATTGGATTTCTTATCCGTCTTGATCTGc > 1:5528958/1‑71 (MQ=255) tAATATCCAGCATGTTAAGAAGTTCAG‑GGATAGCTGTGATCTCATTGGATTTCTTATCCGTCTTGATCTGc > 1:4743825/1‑71 (MQ=255) tAATATCCAGCATGTTAAGAAGTTCAG‑GGATAGCTGTGATCTCATTGGATTTCTTATCCGTCTTGATCTGc > 1:3672754/1‑71 (MQ=255) tAATATCCAGCATGTTAAGAAGTTCAG‑GGATAGCTGTGATCTCATTGGATTTCTTATCCGTCTTGATCTGc > 1:2674080/1‑71 (MQ=255) 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1:1731674/4‑60 (MQ=255) aTTATGTTAATAAGTTC‑T‑GGATGAGTGTGCTCTCATTGGATTTTTTATcc > 1:482338/1‑50 (MQ=255) aTTATGTTAATAAGTTC‑T‑GGATGAGTGTGCTCTCATTGGATTTTTTATCCGTCTTGTTCTGCCGCAGGAt < 1:3930766/70‑1 (MQ=255) aTTATGTTAATAAGTTC‑T‑GGATGAGTGTGCTCTCATTGGATTTTTTATCCGTCTTGTTCTGCCGCAGGATg < 1:4985725/71‑1 (MQ=255) aTTATGTTAATAAGTTC‑T‑GGATGAGTGTGCTCTCATTGGATTTTATATCCGTCTTGTTCTGCCGCAGGAt < 1:5026670/70‑1 (MQ=255) ttATGTTAATAAGTTC‑T‑GGATGAGTGTGCTCTCATTGGATTTTTTa < 1:4250179/46‑1 (MQ=255) ttATGTTAATAAGTTC‑T‑GGATGAGTGTGCTCTCATTGGATTTTTTATCCGTCTTGtt < 1:4167997/57‑1 (MQ=255) ttATGTTAATAAGTTC‑T‑GGATGAGTGTGCTCTCATTGGATTTTTTATCCGTCTTGtt < 1:127074/57‑1 (MQ=255) tGTTAATAAGTTC‑T‑GGATGAGTGTGCTCTCATTGGATTTTTTATCCGTCTTGTTCTGCCGCAGGATGAGAc < 1:4784700/71‑1 (MQ=255) tGTTAAGAAGTTCAG‑GGATAGCTGTGATCTCATTGGATTTCTTATCCGTCTTg < 1:380857/53‑1 (MQ=255) tGTTAAGAAGTTCAG‑GGATAGCTGTGATCTCATTGGATTTCTTATCCGTCTTg < 1:4295897/53‑1 (MQ=255) ttAATAAGTTC‑T‑GGATGAGTGTGCTCTCATTGGATTTTTTATCCGTCTTGTTCTGCCGCAGGATGAGACt < 1:596909/70‑1 (MQ=255) ttAATAAGTTC‑T‑GGATGAGTGTGCTCTCATTGGATTTTTTATCCGTCTTGTTCTGCCGCAGGATGAGACt < 1:3411049/70‑1 (MQ=255) taataaGTTC‑T‑GGATGAGTGTGCTCTCATTGGATTTTTTATCCGTCt > 1:479064/1‑47 (MQ=255) taataaGTTC‑T‑GGATGAGTGTGCTCTCATTGGATTTTTTATCCGTCTTGTTCt > 1:3661204/1‑53 (MQ=255) taataaGTTC‑T‑GGATGAGTGTGCTCTCATTGGATTTTTTATCCGTCTTGTTCTg > 1:4344942/1‑54 (MQ=255) taataaGTTC‑T‑GGATGAGTGTGCTCTCATTGGATTTTTTATCCGTCTTGTTCTGCCGCAGGATGAGACta > 1:4223154/1‑70 (MQ=255) ataaGTTC‑T‑GGATGAGTGTGCTCTCATTGGATTTTTTATCCg < 1:4732441/42‑1 (MQ=255) ataaGTTC‑T‑GGATGAGTGTGCTCTCATTGGATTTTTTATCCGTCTTGt < 1:4440026/48‑1 (MQ=255) ataaGTTC‑T‑GGATGAGTGTGCTCTCATTGGATTTTTTATCCGTCTTGTTCTGCCGCAGGATGAGACtata > 1:2060905/1‑70 (MQ=255) aaGTTC‑T‑GGATGAGTGTGCTCTCATTGGATTTTTTATCCGTCTTGTTCTGCCGCAGGATga > 1:246516/1‑61 (MQ=255) gTTC‑T‑GGATGAGTGTGCTCTCATTGGATTTTTTATCCGTCTTGTTCTGCCGCAGGATGAGAc < 1:153790/62‑1 (MQ=255) c‑T‑GGATGAGTGTGCTCTCATTGGATTTTTTATCCGTCTTGTTCTGCCGCAGGATGAGACTATACAtcgtc < 1:5004618/70‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |