| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,790,849 | C→T | 55.6% | intergenic (+244/‑531) | pgi → / → ubiC | glucosephosphate isomerase/chorismate pyruvate lyase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,790,849 | 0 | C | T | 55.6% | 19.4 / 85.6 | 72 | intergenic (+244/‑531) | pgi/ubiC | glucosephosphate isomerase/chorismate pyruvate lyase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (21/11); new base T (22/18); total (43/29) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.69e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TCGGCATTTTTTTATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAACCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTT > minE/2790783‑2790917 | tCGGCATTTTTTTATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAAtcc > 1:4128348/1‑69 (MQ=255) tttttttATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTaaaa > 1:4536800/1‑68 (MQ=255) tttttATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGAt > 1:3130768/1‑71 (MQ=255) tttttATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGAt > 1:2814105/1‑71 (MQ=255) tttATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAACCCTAAAATAGAtt < 1:2078468/70‑1 (MQ=255) cAGATAAATCCCGTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAACCCTAAAATAGATTTTTAAt > 1:3756885/1‑71 (MQ=255) cAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAACCCTAAAATAGATTTTTaa > 1:3881255/1‑70 (MQ=255) tAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAACCCTAAAATAGATTTTTAATCgtt > 1:524567/1‑71 (MQ=255) aaaTCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAACCCTAAAATAGAtttt > 1:1383357/1‑62 (MQ=255) aaaTCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAACCCTAAAATAGATTTTTAATCgttg > 1:1533629/1‑71 (MQ=255) aaTCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCgttgt > 1:1623264/1‑71 (MQ=255) ccccTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAAt < 1:455077/62‑1 (MQ=255) ccccTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTa > 1:1016598/1‑71 (MQ=255) ccccTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTa > 1:2611868/1‑71 (MQ=255) cccTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATGCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTAt < 1:4400116/71‑1 (MQ=255) cccTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTa > 1:3127437/1‑70 (MQ=255) cccTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTa > 1:3039375/1‑70 (MQ=255) ttGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCgttgtt < 1:2955832/65‑1 (MQ=255) ttGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCgttgtt < 1:2949363/65‑1 (MQ=255) tGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTc > 1:2547121/1‑70 (MQ=255) tGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCg > 1:4567583/1‑71 (MQ=255) tGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAACCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCg > 1:1047312/1‑71 (MQ=255) gTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTaaa > 1:2101006/1‑43 (MQ=255) gTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTaaa > 1:5373737/1‑43 (MQ=255) gTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCgttg > 1:4712092/1‑61 (MQ=255) gTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAACCCTAAAATa < 1:2329929/46‑1 (MQ=255) tCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCgg < 1:4735509/70‑1 (MQ=255) gTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCg > 1:3420145/1‑54 (MQ=255) tAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTaaaa < 1:404536/39‑1 (MQ=255) tAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGaaaa < 1:835245/70‑1 (MQ=255) tAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAACCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAAAAt < 1:1333635/71‑1 (MQ=255) aTTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATa > 1:1255754/1‑39 (MQ=255) aTTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAAAATAc < 1:5527702/71‑1 (MQ=255) ttAACGTAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTa > 1:6665/1‑56 (MQ=255) ttAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTa > 1:2587419/1‑56 (MQ=255) tAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAAAATACg > 1:3383302/1‑69 (MQ=255) tAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAACCCTAAAATAGATTTTTAAt > 1:2716148/1‑46 (MQ=255) tAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAACCCTAAAATAGATTTTTAAt > 1:4410884/1‑46 (MQ=255) tAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAACCCTAAAATAGATTTTTAAt > 1:450977/1‑46 (MQ=255) tAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAACCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAAAATACg > 1:973766/1‑69 (MQ=255) tAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAACCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAAAATACg > 1:5459419/1‑69 (MQ=255) tAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAACCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAAAATACg > 1:5057918/1‑69 (MQ=255) tAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAACCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAAAATACg > 1:500771/1‑69 (MQ=255) tAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAACCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAAAATACg > 1:480965/1‑69 (MQ=255) aaCGGAAATCATACCGTGAGGTTAACCCTAAAATAGAttttt < 1:556456/42‑1 (MQ=255) aaCGGAAATCATACCGTGAGGTTAACCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAAAATACGCa < 1:2759490/70‑1 (MQ=255) ggAAATCATACCGTGAGGTTAACCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAAAATACGCAGAtt < 1:2780791/71‑1 (MQ=255) ggAAATCATACCGTGAGGTTAACCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAAAATACGCAGAtt < 1:1697903/71‑1 (MQ=255) gAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGaa < 1:2489635/58‑1 (MQ=255) gAAATCAAACCGTGAGGTTAACCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAAAATACGCAGAtt > 1:3142182/1‑70 (MQ=255) cATACCGTGAGGTTAACCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTc > 1:227237/1‑49 (MQ=255) aTACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAAAATACGCAGATTAATTGCt < 1:4749771/71‑1 (MQ=255) tACCGTGAGGTTAACCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAAAATACGCAGATTAATTGCtt < 1:3942304/71‑1 (MQ=255) ccGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAAAATACGCAGATTAATTGCtttt > 1:5253173/1‑71 (MQ=255) ccGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAAAATACGCAGATTAATTGCtttt > 1:4102822/1‑71 (MQ=255) ccGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAAAATACGCAGATTAATTGCt < 1:1100324/68‑1 (MQ=255) ccGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAAAATACGCAGATTAATTGCt < 1:4605919/68‑1 (MQ=255) tGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGaaa < 1:2728066/47‑1 (MQ=255) tGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAAAATACGCAGAtt < 1:1998146/58‑1 (MQ=255) tGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGtt > 1:1507781/1‑71 (MQ=255) tGAGGTTAACCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTAt > 1:1978531/1‑39 (MQ=255) tGAGGTTAACCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTAt > 1:2073168/1‑39 (MQ=255) tGAGGTTAACCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTAt > 1:5469405/1‑39 (MQ=255) tGAGGTTAACCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGtt > 1:3615215/1‑71 (MQ=255) aGGTTAACCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGtttt < 1:2373462/71‑1 (MQ=255) ggTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGttttt < 1:4836008/71‑1 (MQ=255) gTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGaaa < 1:4109246/43‑1 (MQ=255) gTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGaaa < 1:2787315/43‑1 (MQ=255) gTTAACCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGa < 1:5144449/41‑1 (MQ=255) ttAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAAAATACGCa < 1:4292291/49‑1 (MQ=255) ttAACCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAAAATACGCAGAtt < 1:3231468/53‑1 (MQ=255) tAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAAAATACGCAGa > 1:1201304/1‑50 (MQ=255) aaCCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTttttattt > 1:4549033/1‑71 (MQ=255) | TCGGCATTTTTTTATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAACCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTT > minE/2790783‑2790917 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |