| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,836,056 | A→G | 6.8% | intergenic (‑160/+235) | yjeJ ← / ← yjeK | hypothetical protein/predicted lysine aminomutase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,836,056 | 0 | A | G | 6.8% | 294.0 / 8.5 | 102 | intergenic (‑160/+235) | yjeJ/yjeK | hypothetical protein/predicted lysine aminomutase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (47/48); new base G (3/4); total (50/52) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.94e-01 | |||||||||||
Only 100 of 110 total aligned reads displayed.
ATAGCCGTACTCACTCTATATAAACAGAAAAGAAAGGTTAATTATTGGTGTTAGCTATATAAAAAGTAACAACAGCAATGCATATGAATAATTAAAGGTTATGCAACGGGCAAAGATTAAACTTCCCAGT > minE/2835993‑2836122 | aTAGCCGTACTCACTCTATATAAACAGAAAAGAAAGGTTAATTATTGGTGTTAGCTATATAAAAAGTaaca < 1:2716400/71‑1 (MQ=255) ccGTACTCACTCTATATAAACAGAAAAGAAAGGTTAATTATTGGTGTTAGCTATATAAAAAGTAACAACAg < 1:3713192/71‑1 (MQ=255) ccGTACTCACTCTATATAAACAGAAAAGAAAGGTTAATTATTGGTGTTAGCTATATAAAAAGTAACAACAg < 1:3217956/71‑1 (MQ=255) cGTACTCACTCTATATAAACAGAAAAGAAAGGTTAATTATTGGTGTTAGCTATATAAAAAGTAACAACAGc < 1:3489304/71‑1 (MQ=255) cGTACTCACTCTATATAAACAGAAAAGAAAGGTTAATTATTGGTGTTAGCTATATAAAAAGTAACAACAGc < 1:1589342/71‑1 (MQ=255) gTACTCACTCTATATAAACAGAAAAGAAAGGTTAATTATTGGTGTTAGCTATATAAAAAGTAACAACAGc > 1:1223046/1‑70 (MQ=255) ctcactcTATATTAACAGAAAAGAAAGGTTAATTATTGGTGTTAGCTATATAAAAAGTAACAACAGCAAt > 1:1336178/1‑70 (MQ=255) ctcactcTATATAAACAGAAAAGAAAGGTTAATTATTGGTGTTAGCTATATAAAAAGTAACAACAGCAATg > 1:4963563/1‑71 (MQ=255) 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ATAGCCGTACTCACTCTATATAAACAGAAAAGAAAGGTTAATTATTGGTGTTAGCTATATAAAAAGTAACAACAGCAATGCATATGAATAATTAAAGGTTATGCAACGGGCAAAGATTAAACTTCCCAGT > minE/2835993‑2836122 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |