| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,836,073 | C→T | 7.0% | intergenic (‑177/+218) | yjeJ ← / ← yjeK | hypothetical protein/predicted lysine aminomutase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,836,073 | 0 | C | T | 7.0% | 295.1 / 7.9 | 100 | intergenic (‑177/+218) | yjeJ/yjeK | hypothetical protein/predicted lysine aminomutase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (49/44); new base T (3/4); total (52/48) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.07e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.44e-01 | |||||||||||
Only 100 of 105 total aligned reads displayed.
CACTCTATATAAACAGAAAAGAAAGGTTAATTATTGGTGTTAGCTATATAAAAAGTAACAACAGCAATGCATATGAATAATTAAAGGTTATGCAACGGGCAAAGATTAAACTTCCCAGTTTAATGACAGGTTGCTGTACT > minE/2836004‑2836143 | cactcTATATAAACAGAAAAGAAAGGTTAATTATTGGTGTTAGCTATATAAAAAGTAACAACAGCAATGCa > 1:1258441/1‑71 (MQ=255)cactcTATATAAACAGAAAAGAAAGGTTAATTATTGGTGTTAGCTATATAAAAAGTAACAACAGCAATGCa > 1:2832153/1‑71 (MQ=255) actcTATATAAACAGAAAAGAAAGGTTAATTATTGGTGTTAGCTATATAAAAAGTAACAACAGCAATGCa > 1:5533715/1‑70 (MQ=255) ataAACAGAAAAGAAAGGTTAATTATTGGTGTTAGCTATATAAAAAGTAACAACAGCAATGCATATGaat > 1:3510291/1‑70 (MQ=255) ataAACAGAAAAGAAAGGTTAATTATTGGTGTTAGCTATATAAAAAGTAACAACAGCAATGCATATGaat > 1:4469510/1‑70 (MQ=255) taAACAGAAAAGAAAGGTTAATTATTGGTGTTAGCTATATAAAAAGTAACAACAGCAATGCATATGaataa > 1:5276528/1‑71 (MQ=255) aaaCAGAAAAGAAAGGTTAATTATTGGTGTTAGCTATATAAAAAGTAACAACAGCAATGCATATGaataa > 1:2270090/1‑70 (MQ=255) aaaCAGAAAAGAAAGGTTAATTATTGGTGTTAGCTATATAAAAAGTAACAACAGCAATGCATATGaataa > 1:1993733/1‑70 (MQ=255) aaCAGAAAAGAAAGGTTAATTATTGGTGTTAGCTATATAAAAAGTAACAACAGCAATGc > 1:1426812/1‑59 (MQ=255) aaCAGAAAAGAAAGGTTAATTATTGGTGTTAGCTATATAAAAAGTAACAACAGCAATGCATATGAATAAtt < 1:774309/71‑1 (MQ=255) aCAGAAAAGAAAGGTTAATTATTGGTGTTAGCTATATAAAAAGTAACAACAGCAATGCATATGAATAAtt > 1:1574391/1‑70 (MQ=255) aCAGAAAAGAAAGGTTAATTATTGGTGTTAGCTATATAAAAAGTAACAACAGCAATGCATATGAATAATTa < 1:2589002/71‑1 (MQ=255) aaaagaaaGGTTAATTATTGGTGTTAGCTATATAAAAAGTAACAACAGCAATGCATATGAATAATTAAAgg < 1:3243840/71‑1 (MQ=255) aaagaaagGTTAATTATTGGTGTTAGCTATATAAAAAGTAACAACAGCAATGCATATGAATAATTAAAGGt < 1:2547271/71‑1 (MQ=255) aagaaagGTTATTTATTGGTGTTAGCTATATAAAAAGTAACAACAGCAATGCATATGaat < 1:3601489/60‑1 (MQ=255) aagaaagGTTAATTATTGGTGTTAGCTATATAAAAAGTAACAACAGCAATGCATATGaat < 1:2565273/60‑1 (MQ=255) aagaaagGTTAATTATTGGTGTTAGCTATATAAAAAGTAACAACAGCAATGCATATGaat < 1:2481809/60‑1 (MQ=255) aagaaagGTTAATTATTGGTGTTAGCTATATAAAAAGTAACAACAGCAATGCATATGaat < 1:355885/60‑1 (MQ=255) aagaaagGTTAATTATTGGTGTTAGCTATATAAAAAGTAACAACAGCAATGCATATGAATAATTAAAGGtt < 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ttAATTATTGGTGTTAGCTATATAAAAAGTAACAACAGCAATGCa < 1:1151352/45‑1 (MQ=255) tAATTATTGGTG‑TAGCTATATAAAAAGTAACAACAGCAATGCATATGAATAATTAAAGGTTATGCAACggg > 1:4407345/1‑71 (MQ=255) aaTTATTGGTGTTAGCTATATAAAAAGTAACAACAGCAATGCATATGAATAATTAAAGGTTATGCAACggg > 1:5429158/1‑71 (MQ=255) attattGGTGTTAGCTATATAAAAAGTAACAACAGCAATGCATATGAATAATTAAAGGTTATGCAACggg > 1:789717/1‑70 (MQ=255) ttattGGTGTTAGCTATATAAAAAGTAACAACAGCAATGCATATGAACAATTAAAGGt < 1:4935607/58‑1 (MQ=255) tattGGTGTTAGCTATATAAAAAGTAACAACAGCAATGCATATGAATAATTAAAGGTTAt < 1:3545912/60‑1 (MQ=255) tattGGTGTTAGCTATATAAAAAGTAACAACAGCAATGCATATGAATAATTAAAGGTTAt < 1:1893571/60‑1 (MQ=255) attGGTGTTAGCTATATAAAAAGTAACAACAGCAATGCATATGAATAATTAAAGGTTa > 1:5501061/1‑58 (MQ=255) attGGTGTTAGCTATATAAAAAGTAACAACAGCAATGCATATGAATAATTAAAGGTTa > 1:5604147/1‑58 (MQ=255) attGGTGTTAGCTATATAAAAAGTAACAACAGCAATGCATATGAATAATTAAAGGTTATGCAACGGGc > 1:571008/1‑68 (MQ=255) ttGGTGTTAGCTATATAAAAAGTAACAACAGCAATGCATATGAATAATTAAAGGTTATGCAACGGGCa < 1:4399369/68‑1 (MQ=255) tGGTGTTAGCTATATAAAAAGTAACAACAGCAATGCATATGAATAATTAAAGGTTa > 1:522822/1‑56 (MQ=255) tGGTGTTAGCTATATAAAAAGTAACAACAGCAATGCATATGAATAATTAAAGGTTa > 1:2214414/1‑56 (MQ=255) tGGTGTTAGCTATATAAAAAGTAACAACAGCAATGCATATGAATAATTAAAGGTTa > 1:3926753/1‑56 (MQ=255) tGGTGTTAGCTATATAAAAAGTAACAACAGCAATGCATATGAATAATTAAAGGTTATGCAACGGGCa > 1:3776892/1‑67 (MQ=255) gtgtTAGCTATATAAAAAGTAACAACAGCAATGCATATGAATAATTa < 1:5008315/47‑1 (MQ=255) gtgtTAGCTATATAAAAAGTAACAACAGCAATGCATATGAATAATTa < 1:4912924/47‑1 (MQ=255) gtgtTAGCTATATAAAAAGTAACAACAGCAATGCATATGAATAATTa < 1:1199169/47‑1 (MQ=255) tgtTAGCTATATAAAAAGTAACAACAGCAATGCATATGAATAATTAAAGGTTATGCAACGGGCAAAGATTa < 1:1901898/71‑1 (MQ=255) tgtTAGCTATATAAAAAGTAACAACAGCAATGCATATGAATAATTAAAGGTTATGCAACGGGCAAAGATTa < 1:2342735/71‑1 (MQ=255) tgtTAGCTATATAAAAAGTAACAACAGCAATGCATATGAATAATTAAAGGTTATGCAACGGGCAAAGATTa < 1:377623/71‑1 (MQ=255) ttAGCTATATAAAAAGTAACAACAGCAATGCatat > 1:20820/1‑35 (MQ=255) ttAGCTATATAAAAAGTAACAACAGCAATGCATATGAATAATTAAAGGtt < 1:3469715/50‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) tataAAAAGTAACAACAGCAATGCATATGAATAATTAAAGGTTATGCAACGGGCAAAGATTAAACTTccc < 1:2185475/70‑1 (MQ=255) ataAAAAGTAACAACAGCTATGCATATGAATAATTAAAGGTTATGCAACGGGCAAAGATTAAACTTCCCAg > 1:4142390/1‑71 (MQ=255) taAAGAGTAACAACAGCAATGTATATGAATAATTAAAGGTTATGCaa > 1:3350605/1‑47 (MQ=255) taAAGAGTAACAACAGCAATGTATATGAATAATTAAAGGTTATGCaa > 1:4990828/1‑47 (MQ=255) taAAGAGTAACAACAGCAATGTATATGAATAATTAAAGGTTATGCaa > 1:1682448/1‑47 (MQ=255) taAAAAGTAACAACAGCAATGCATATGAATAATTAAAGGTTATGCAACGGGc > 1:585679/1‑52 (MQ=255) taAAAAGTAACAACAGCAATGCATATGAATAATTAAAGGTTATGCAACGGGCAAAGATTAAACTTCCCAGt > 1:671519/1‑71 (MQ=255) taAAAAGTAACAACAGCAATGCATATGAATAATTAAAGGTTATGCAACGGGCAAAGATTAAACTTCCCAGt > 1:2918506/1‑71 (MQ=255) aaaaaGTAACAACAGCAATGCATATGAATAATTAAAGGTTATGc < 1:2522116/44‑1 (MQ=255) aaaaaGTAACAACAGCAATGCATATGAATAATTAAAGGTTATGc < 1:258575/44‑1 (MQ=255) aaaaaGTAACAACAGCAATGCATATGAATAATTAAAGGTTATGc < 1:55071/44‑1 (MQ=255) aaaaaGTAACAACAGCAATGCATATGAATAATTAAAGGTTATGaaa > 1:1999067/1‑46 (MQ=255) 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acaacaGCAATGCATATGAATAATTAAAGGTTATGCAACGGGCAAAGATTAAACTTCCCAGTTTAATGa > 1:256440/1‑69 (MQ=255) acaacaGCAATGCATATGAATAATTAAAGGTTATGCAACGGGCAAAGATTAAACTTCCCAGTTTAATGAc < 1:167443/70‑1 (MQ=255) acaacaGCAATGCATATGAATAATTAAAGGTTATGCAACGGGCAAAGATTAAACTTCCCAGTTTAATGAc < 1:585093/70‑1 (MQ=255) acaacaGCAATGCATATGAATAATTAAAGGTTATGCAACGGGCAAAGATTAAACTTCCCAGTTTAATGAc < 1:461364/70‑1 (MQ=255) caacaGCAATGCATATGAATAATTAAAGGTTATGCAACGGGCAAAGATTAAACTTCCCAGTTTAATGACAg < 1:3558010/71‑1 (MQ=255) aGCAATGCATATGAATAATTAAAGGTTATGCAACGGGCAAAGATTAAACTTCCCAGTTTAATGACAGGTTg > 1:4186546/1‑71 (MQ=255) aGCAATGCATATGAATAATTAAAGGTTATGCAACGGGCAAAGATTAAACTTCACAGTTTAATGACAGGTTg < 1:2675797/71‑1 (MQ=255) gCAATGCATATGAATAATTAAAGGTTATGCAACGGGCAAAGATTAAACTTCCCAGTTTAATGa > 1:1833756/1‑63 (MQ=255) aTGCATATGAATAATTAAAGGTTATGCAACGGGCAAAGATTAAACTTCCCGGTTTAATGACAGGTTGCTGt < 1:1785796/71‑1 (MQ=255) cATATGAATAATTAAAGGTTATGCAACGGGCAAAGATTaaa > 1:4728982/1‑41 (MQ=255) cATATGAATAATTAAAGGTTATGCAACGGGCAAAGATTAAACTTCCCAGTTTAATGAc < 1:759023/58‑1 (MQ=255) cATATGAATAATTAAAGGTTATGCAACGGGCAAAGATTAAACTTCCCAGTTTAATGACAGGTTGCTGTACt > 1:5171136/1‑71 (MQ=255) | CACTCTATATAAACAGAAAAGAAAGGTTAATTATTGGTGTTAGCTATATAAAAAGTAACAACAGCAATGCATATGAATAATTAAAGGTTATGCAACGGGCAAAGATTAAACTTCCCAGTTTAATGACAGGTTGCTGTACT > minE/2836004‑2836143 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |