| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,872,270 | C→G | 9.7% | S174* (TCA→TGA) ‡ | ulaF → | L‑ribulose 5‑phosphate 4‑epimerase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,872,270 | 0 | C | G | 9.7% | 262.4 / 14.4 | 93 | S174* (TCA→TGA) ‡ | ulaF | L‑ribulose 5‑phosphate 4‑epimerase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (39/45); new base G (6/3); total (45/48) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.07e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.91e-01 | |||||||||||
GCCGAGCCGCTGCATACGCCGGGAATTGTGGTGTATCAGCACGGGCCGTTCGCCTGGGGGAAAGATGCTCACGATGCGGTGCATAACGCGGTGGTGATGGAAGAAGTGGCGAAAATGGCGTGGATTGCCCGCGGCATT > minE/2872201‑2872338 | gCCGAGCCGCTGCATACGCCGGGAATTGTGGTGTATCAGCACGGGCCGTTCGCCTGGGGGAAAGATGCTCa > 1:2834798/1‑71 (MQ=255)gCCGAGCCGCTGCATACGCCGGGAATTGTGGTGTATCAGCACGGGCCGTTCGCCTGGGGGAAAGATGCTCa > 1:3175748/1‑71 (MQ=255)gCCGAGCCGCTGCATACGCCGGCAATTGTGGTGTATCAGCACGGGCCGTTGGCCTGGGGGAAAGATGCTCa > 1:2461073/1‑71 (MQ=255) ccGAGCCGCTGCATACGCCGGGAATTGTGGTGTATCAGCACGGGCCGTTCGCCTGGGGGAAAGATGCTCAc < 1:943868/71‑1 (MQ=255) ccGAGCCGCTGCATACGCCGGGAATTGTGGTGTATCAGCACGGGCCGTTCGCCTGGGGGAAAGATGCTCAc < 1:157381/71‑1 (MQ=255) gCCGCTGCATACGCCGGGAATTGTGGTGTATCAGCACGGGCCGTTCGCCTGGGGGAAAGATGCTc > 1:5437778/1‑65 (MQ=255) gCCGCTGCATACGCCGGGAATTGTGGTGTATCAGCACGGGCCGTTCGCCTGGGGGAAAGATGCTCACGATg > 1:2041557/1‑71 (MQ=255) aTACGCCGGGAATTGTGGTGTATCAGCACGGGCCGTTCGCCTGGGGGAAAGATGCTCACGATGCGGTGCAt < 1:3823442/71‑1 (MQ=255) aTACGCCGGGAATTGTGGTGTATCAGCACGGGCCGTTCGCCTGGGGGAAAGATGCTCACGATGCGGTGCAt < 1:2226036/71‑1 (MQ=255) aTACGCCGGGAATTGTGGTGTATCAGCACGGGCCGTTCGCCTGGGGGAAAGATGCTCACGATGCGGTGCAt < 1:3846571/71‑1 (MQ=255) tACGCCGGGAATTGTGGTGTATCAGCACGGGCCGTTCGCCTGGGGGAAAGATGCTCACGATGCGGTGCAt > 1:875985/1‑70 (MQ=255) gAATTGTGGTGTATCAGCACGGGCCGTTCGCCTGGGGGAAAGATGCTCACGATg > 1:5521392/1‑54 (MQ=255) gAATTGTGGTGTATCAGCACGGGCCGTTCGCCTGGGGGAAAGATGCTCACGATg > 1:22326/1‑54 (MQ=255) ttGTGGTGTATCAGCACGGGCCGTTCGCCTGGGGGAAAGATGCTCACGATGCGGTGCATAACGCggtggt > 1:923546/1‑70 (MQ=255) ttGTGGTGTATCAGCACGGGCCGTTCGCCTGGGGGAAAGATGCTCACGATGCGGTGCATAACGCggtggt > 1:2306317/1‑70 (MQ=255) ggtgTATCAGCACGGGCCGTTCGCCTGGGGGAAAGATGCTCACGATGCGGTGCATAACGCGGTGGTGATg < 1:2067678/70‑1 (MQ=255) gtgtATCAGCACGGGCCGTTCGCCTGGGGGAAAGATGCTCACGATGCGGTGCATAACGCGGTGGTGATgg < 1:2211007/70‑1 (MQ=255) tgtATCAGCACGGGCCGTTCGCCTGGGGGAAAGATGCTCAc < 1:1700472/41‑1 (MQ=255) tATCAGCACGGGCCGTTCGCCTGGGGGAAAGATGCTCa < 1:3323955/38‑1 (MQ=255) tATCAGCACGGGCCGTTCGCCTGGGGGAAAGATGCTCa < 1:1127238/38‑1 (MQ=255) tATCAGCACGGGCCGTTCGCCTGGGGGAAAGATGCTCACGATGc < 1:2000538/44‑1 (MQ=255) tATCAGCACGGGCCGTTCGCCTGGGGGAAAGATGCTCACGATGCGGTGCATAACGCggtgg > 1:3860845/1‑61 (MQ=255) tATCAGCACGGGCCGTTCGCCTGGGGGAAAGATGCTCACGATGCGGTGCATAACGCggtgg > 1:4805118/1‑61 (MQ=255) tATCAGCACGGGCCGTTCGCCTGGGGGAAAGATGCTCACGATGCGGTGCATAACGCggtgg > 1:2581399/1‑61 (MQ=255) tATCAGCACGGGCCGTTCGCCTGGGGGAAAGATGCTCACGATGCGGTGCATAACGCGGTGGTGATGgaaga < 1:4604790/71‑1 (MQ=255) tATCAGCACGGGCCGTTCGCCTGGGGGAAAGATGCTCACGATGCGGTGCATAACGCGGTGGTGATGgaag > 1:4285458/1‑70 (MQ=255) tCAGCACGGGCCGTTCGCCTGGGGGAAAGATGCTCACGATGCGGTGCATAAcgcg > 1:1051697/1‑55 (MQ=255) tCAGCACGGGCCGTTCGCCTGGGGGAAAGATGCTCACGATGCGGTGCATAAcgcg > 1:1819863/1‑55 (MQ=255) tCAGCACGGGCCGTTCGCCTGGGGGAAAGATGCTCACGATGCGGTGCATAACGCGGTGGTGATGgaagaa < 1:4547312/70‑1 (MQ=255) cccACGGCCCGTTTGCATGGGGCAAAAATGCCGAAGATGCGGTGCATAACGCCATCGTGCTGgaa > 1:848685/3‑65 (MQ=255) cccACGGCCCGTTTGCATGGGGCAAAAATGCCGAAGATGCGGTGCATAACGCCATCGTGCTGGAAGAGGtc > 1:4479915/3‑70 (MQ=255) cccACGGCCCGTTTGCATGGGGCAAAAATGCCGAAGATGCGGTGCATAACGCCATCGTGCTGGAAGAGGtc > 1:2887968/3‑70 (MQ=255) cccACGGCCCGTTTGCATGGGGCAAAAATGCCGAAGATGCGGTGCATAACGCCATCGTGCTGGAAGAGGt > 1:1172157/3‑70 (MQ=255) aGCACGGGCCGTTCGCCTGGGGGAAAGATGCTCACGATGCGGTGCATAACGCGGTGGTGATGGAAGAAGt < 1:4557762/70‑1 (MQ=255) aGCACGGGCCGTTCGCCTGGGGGAAAGATGCTCACGATGCGGTGCATAACGCGGTGGTGATGGAAGAAGTg < 1:4289954/71‑1 (MQ=255) aGCACGGGCCGTTCGCCTGGGGGAAAGATGCTCACGATGCGGTGCATAACGCGGTGGTGATGGAAGAAGTg > 1:374889/1‑71 (MQ=255) aGCACGGGCCGTTCGCCTGGGGGAAAGATGCTCACGATGCGGTGCATAACGCGGTGGTGATGGAAGAAGTg < 1:3622580/71‑1 (MQ=255) aGCACGGGCCGTTCGCCTGGGGGAAAGATGCTCACGATGCGGTGCATAACGCGGTGGTGATGGAAGAAGTg > 1:957472/1‑71 (MQ=255) ccACGGCCCGTTTGCATGGGGCAAAAATGCCGAAGATGCGGTGCATAACGCCATCGTGCTGGAAGAGGtc > 1:3668662/2‑69 (MQ=255) cACGGCCCGTTTGCATGGGGCAAAAATGCCGAAGATGCGGTGCATAACGCCATCGTGCTGGAAGAGGTCGc < 1:1034563/71‑1 (MQ=255) aCGGGCCGTTCGCCTGGGGGAAAGATGCTCACGATGCGGTGCATAACGCGGTGGTGATGGAAGAAGt > 1:3283436/1‑67 (MQ=255) aCGGGCCGTTCGCCTGGGGGAAAGATGCTCACGATGCGGTGCATAACGCGGTGGTGATGGAAGAAGt > 1:5679899/1‑67 (MQ=255) aCGGCCCGTTTGCATGGGGCAAAAATGCCGAAGATGCGGTGCATAACGCCATCGTGCTGGAAGAGGTCGct < 1:744477/71‑2 (MQ=255) aCGGCCCGTTTGCATGGGGCAAAAATGCCGAAGATGCGGTGCATAACGCCATCGTGCTGGAAGAGGTCGct > 1:648511/1‑70 (MQ=255) aCGGCCCGTTCGCATGGGGTAAAAACGCCGCCGATGCCGTGCATAAcgccg < 1:2246496/51‑3 (MQ=255) cGGGCCGTTCGCCTGGGGGAAAGATGCTCACGATGCGGTGCATAACGCGGTGGTGATGGAAGAAGTGGCg > 1:3421720/1‑70 (MQ=255) cGGGCCGTTCGCCTGGGGGAAAGATGCTCACGATGCGGTGCATAACGCGGTGGTGATGGAAGAAGTGGCGa < 1:5533142/71‑1 (MQ=255) cGGGCCGTTCGCCTGGGGGAAAGATGCTCACGATGCGGTGCATAACGCGGTGGTGATGGAAGAAGTGGCGa < 1:394521/71‑1 (MQ=255) gggCCGTTCGCCTGGGGGAAAGATGCTCACGATGCGGTGCATAACGCGGTGGTGATGGAAGAAGTGGCGa > 1:80711/1‑70 (MQ=255) gCCGTTCGCCTGGGGGAAAGATGCTCACGATGCGGTGCATAACGCGGTGGTGAt > 1:4939775/1‑54 (MQ=255) gCCGTTCGCCTGGGGGAAAGATGCTCACGATGCGGTGCATAACGCGGTGGTGATGGAAGAAGTGGCGaaaa > 1:209393/1‑71 (MQ=255) gCCGTTCGCCTGGGGGAAAGATGCTCACGATGCGGTGCATAACGCGGTGGTGATGGAAGAAGTGGCGaaaa < 1:4340449/71‑1 (MQ=255) ccGTTCGCCTGGGGGAAAGATGCTCACGATGCGGTGCATAACGCGGTGGTGATGGAAGAAGTGGCGaaaa < 1:4346794/70‑1 (MQ=255) gTTCGCCTGGGGGAAAGATGCTCACGATGCGGTGCAt < 1:3178707/37‑1 (MQ=255) gTTCGCCTGGGGGAAAGATGCTCACGATGCGGTGCAt < 1:4101342/37‑1 (MQ=255) gTTCGCCTGGGGGAAAGATGCTCACGATGCGGTGCATAACGCGGTGGTGATGGAAGAAGTGGCGAAAATgg > 1:1590732/1‑71 (MQ=255) ttCGCCTGGGGGAAAGATGCTCACGATGCGGTGCATAACGCggtggt < 1:3008695/47‑1 (MQ=255) cGCCTGGGGGAAAGATGCTCACGATGCGGTGCATAACGCgg > 1:3268981/1‑41 (MQ=255) cGCCTGGGGGAAAGATGCTCACGATGCGGTGCATAACGCgg > 1:3264103/1‑41 (MQ=255) cGCCTGGGGGAAAGATGCTCAAGATGCGGTGCATAACGCGGTGGTGa > 1:3726122/1‑47 (MQ=255) gCCTGGGGGAAAGATGCTCACGATGCGGTGCATAACGCGGTGGTGATGGAAGAAGTGGCGAAAATGGCGTg < 1:4904463/71‑1 (MQ=255) gCCTGGGGGAAAGATGCTCACGATGCGGTGCATAACGCGGTGGTGATGGAAGAAGTGGCGAAAATGGCGTg < 1:4288885/71‑1 (MQ=255) gCCTGGGGGAAAGATGCTCACGATGCGGTGCATAACGCGGTGGTGATGGAAGAAGTGGCGAAAATGGCGTg < 1:4897729/71‑1 (MQ=255) ccTGGGGGAAAGATGCTCACGATGCGGTGCATAACGCGGTGGTGATGgaaga < 1:3710590/52‑1 (MQ=255) tGGGGGAAAGATGCTCACGATGCGGTGCATAACGCGGTGGTGATGGAAGAAGTGGCGAAAATGGCGTGGAt > 1:5132382/1‑71 (MQ=255) tGGGGGAAAGATGCTCACGATGCGGTGCATAACGCGGTGGTGATGGAAGAAGTGGCGAAAATGGCGTGGAt > 1:3644140/1‑71 (MQ=255) tGGGGGAAAGATGCTCACGATGCGGTGCATAACGCGGTGGTGATGGAAGAAGTGGCGAAAATGGCGTGGAt > 1:351066/1‑71 (MQ=255) gggggAAAGATGCTCACGATGCGGTGCATAACGCGGTGGTGATGGAAGAAGt < 1:1929678/52‑1 (MQ=255) ggggAAAGATGCTCACGATGCGGTGCATAACGCggtggt < 1:1243594/39‑1 (MQ=255) ggggAAAGATGCTCACGATGCGGTGCATAACGCggtggt < 1:2546126/39‑1 (MQ=255) ggggAAAGATGCTCACGATGCGGTGCATAACGCggtggt < 1:4909594/39‑1 (MQ=255) ggggAAAGATGCTCACGATGCGGTGCATAACGCggtggt < 1:5049914/39‑1 (MQ=255) ggggAAAGATGCTCACGATGCGGTGCATAACGCGGTGGTGATGGAAGAAGTGGCGAAAATGGCGTGGAt < 1:1433365/69‑1 (MQ=255) aaaGATGCTCACGATGCGGTGCATAACGCGGTGGTGATGGAAGAAGt < 1:1849441/47‑1 (MQ=255) aaGATGCTCACGATGCGGTGCATAACGCGGTGGTGATGGAAGAAGTGGCGAAAATGGCGTGGATTGCCcgc > 1:490196/1‑71 (MQ=255) aGATTCTCACGATGCGGTGCATAACGCGGTGGTGATGGAAGAAGt < 1:4170256/45‑1 (MQ=255) aGATGCTCACGATGCGGTGCATAACGCGGTGGTGATGGAAGAAGt < 1:4422703/45‑1 (MQ=255) aGATGCTCACGATGCGGTGCATAACGCGGTGGTGATGGAAGAAGt < 1:2794660/45‑1 (MQ=255) aGATGCTCACGATGCGGTGCATAACGCGGTGGTGATGGAAGAAGt < 1:429674/45‑1 (MQ=255) aGATGCTCACGATGCGGTGCATAACGCGGTGGTGATGGAAGAAGTgg > 1:148463/1‑47 (MQ=255) aGATGCTCACGATGCGGTGCATAACGCGGTGGTGATGGAAGAAGTgg > 1:2661147/1‑47 (MQ=255) aGATGCTCACGATGCGGTGCATAACGCGGTGGTGATGGAAGAAGTgg > 1:3316616/1‑47 (MQ=255) aGATGCTCACGATGCGGTGCATAACGCGGTGGTGATGGAAGAAGTgg > 1:4602987/1‑47 (MQ=255) aGATGCTCACGATGCGGTGCATAACGCGGTGGTGATGGAAGAAGTGGCGaa < 1:1545982/51‑1 (MQ=255) aGATGCTCACGATGCGGTGCATAACGCGGTGGTGATGGAAGAAGTGGCGaa < 1:4716890/51‑1 (MQ=255) aGATGCTCACGATGCGGTGCATAACGCGGTGGTGATGGAAGAAGTGGCGaa < 1:1144192/51‑1 (MQ=255) aGATGCTCACGATGCGGTGCATAACGCGGTGGTGATGGAAGAAGTGGCGaa < 1:4427771/51‑1 (MQ=255) aTGCTCACGATGCGGTGCATAACGCGGTGGTGATGGAAGAAGTGGCGAAAATGGCGTGGATTGCCCGCgg > 1:4235227/1‑70 (MQ=255) aTGCTCACGATGCGGTGCATAACGCGGTGGTGATGGAAGAAGTGGCGAAAATGGCGTGGATTGCCCGCgg > 1:1123374/1‑70 (MQ=255) gCTCACGATGCGGTGCATAACGCGGTGGTGATGGAAGAAGTGGCGAAAATGGCGTGGATTGCCCGCGGCAt > 1:2695070/1‑71 (MQ=255) cTCACGATGCGGTGCATAACGCGGTGGTGATGGAAGAAGTGGCGAAAATGGCGTGGATTGCCCGCGGCAtt < 1:2629783/71‑1 (MQ=255) cTCACGATGCGGTGCATAACGCGGTGGTGATGGAAGAAGTGGCGAAAATGGCGTGGATTGCCCGCGGCAt < 1:796782/70‑1 (MQ=255) tCACGATGCGGTGCATAACGCGGTGGTGATGGAAGAAGTGGCGAAAATGGCGTGGATTGCCCGCGGCAtt > 1:2634633/1‑70 (MQ=255) tCACGATGCGGTGCATAACGCGGTGGTGATGGAAGAAGTGGCGAAAATGGCGTGGATTGCCCGCGGCAt < 1:66643/69‑1 (MQ=255) | GCCGAGCCGCTGCATACGCCGGGAATTGTGGTGTATCAGCACGGGCCGTTCGCCTGGGGGAAAGATGCTCACGATGCGGTGCATAACGCGGTGGTGATGGAAGAAGTGGCGAAAATGGCGTGGATTGCCCGCGGCATT > minE/2872201‑2872338 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |