| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,919,269 | G→T | 26.4% | L143I (CTC→ATC) ‡ | argI ← | ornithine carbamoyltransferase 1 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,919,269 | 0 | G | T | 26.4% | 207.8 / 55.4 | 102 | L143I (CTC→ATC) ‡ | argI | ornithine carbamoyltransferase 1 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (40/35); new base T (13/14); total (53/49) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.61e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.59e-01 | |||||||||||
Only 100 of 106 total aligned reads displayed.
GTCACCTGCATAGACCAGCGTCATTTCGTTGAACGCTTTGCCGGGCAAATGCTCCTGCATGGTGAGAAGATCCGCCAGCAGCTGCGTGGGATGGAACTCATTGGTCAGGCCATTCCATACCGGCACGCTAGCGTA > minE/2919204‑2919338 | gTCACCTGCATAGACCAGCGTCATTTCGTTGAACGCTTTGCCGGGCAAATGCTCCTGCATGGTgag > 1:5313960/1‑66 (MQ=255)gTCACCTGCATAGACCAGCGTCATTTCGTTGAACGCTTTGCCGGGCAAATGCTCCTGCATGGTGAGAAGAt < 1:4850782/71‑1 (MQ=255) cACCTGCATAGACCAGCGTCATTTCGTTGAACGCTTTGCCGGGCAAATGCTCCTGCATGGTGAGAAGATcc > 1:2351368/1‑71 (MQ=255) aCCTGCATAGACCAGCGTCATTTCGTTGAACGCTTTGCCGGGCAAATGCTCCTGCATGGTGAGAAGATCCg > 1:1206329/1‑71 (MQ=255) tGCATAGACCAGCGTCATTTCGTTGAACGCTTTGCCGGGCAAATGCTCCTGCATGGTGAGAAGATCCGc > 1:1455516/1‑69 (MQ=255) gCATAGACCAGCGTCATTTCGTTGAACGCTTTGCCGGGCAAATGCTCCTGCATGGTGAGAAGATCCGcc < 1:5354942/69‑1 (MQ=255) gCATAGACCAGCGTCATTTCGTTGAACGCTTTGCCGGGCAAATGCTCCTGCATGGTGAGAAGATCCGcc < 1:5039536/69‑1 (MQ=255) gtAGACCAGCGTCATCTCGTTAAACGCCTTGCCCGGCAGGTGCTCCTGCATGGTCATCAGGTCCGCcagca < 1:3256820/70‑1 (MQ=255) gACCAGCGTCATTTCGTTGAACGCTTTGCCGGGCAAATGCTCCTGCATGGTGAGAAGATCCGCCAGCAGCt < 1:5519083/71‑1 (MQ=255) gACCAGCGTCATTTCGTTGAACGCTTTGCCGGGCAAATGCTCCTGCATGGTGAGAAGATCCGCCAGCAGCt < 1:2168190/71‑1 (MQ=255) gACCAGCGCCATCTCGTTAAACGCCTTGCCCGGCAGGTGCTCCTGCATGGTCATCAGGTCCGCCAGCAGCt > 1:5551481/1‑71 (MQ=255) aCCAGCGTCATTTCGTTGAACGCTTTGCCGGGCAAATGCTCCTGCATGGTGAGAAGATCCGCCAGCAGCTg > 1:4465203/1‑71 (MQ=255) aCCAGCGTCATCTCGTTAAACGCCTTGCCCGGCAGGTGCTCCTTCATGGTCATCAGGTCCGCCAGCAGCt < 1:79489/70‑1 (MQ=255) ccAGCGTCATTTCGTTGAACGCTTTGCCGGGCAAATGCTCCTGCATGGTGAGAAGATCCGCcagcag > 1:3137687/1‑67 (MQ=255) ccAGCGTCATTTCGTTGAACGCTTTGCCGGGCAAATGCTCCTGCATGGTGAGAAGATCCGCCAGCAGCTGc < 1:3548393/71‑1 (MQ=255) cAGCGTCATTTCGTTGAACGCTTTGCCGGGCAAATGCTCCTGCATGGTGAGAAGATCCGCCAGCAGCt > 1:3230000/1‑68 (MQ=255) cAGCGTCATTTCGTTGAACGCTTTGCCGGGCAAATGCTCCTGCATGGTGAGAAGATCCGCCAGCAGCTGc < 1:2206133/70‑1 (MQ=255) cAGCGTCATTTCGTTGAACGCTTTGCCGGGCAAATGCTCCTGCATGGTGAGAAGATCCGCCAGCAGCTGCg > 1:3087521/1‑71 (MQ=255) cAGCGTCATTTCGTTGAACGCTTTGCCGGGCAAATGCTCCTGCATGGTGAGAAGATCCGCCAGCAGCTGCg < 1:2776115/71‑1 (MQ=255) cAGCGTCATTTCGTTGAACGCTTTGCCGGGCAAATGCTACTGCATGGTGAGAAGATCCGCcagcag > 1:5283254/1‑66 (MQ=255) gCGTCATCTCGTTAAACGCCTTGCCCGGCAGGTGCTCCTGCATGGTCATCAGGTCCGCCAGCAGCTGGGtc < 1:3738147/71‑2 (MQ=255) cGTCATCTCGTTAAACGCCTTGCCCGGCAGGTGCTCCTGCATGGTCATCAGGTCCGCCAGCAGCTGGGtc < 1:1594569/70‑2 (MQ=255) gTCATCTCGTTAAACGCCTTGCCCGGCAGGTGCTCCTGCATGGTCATCAGGTCCGCCAGCAGCTGGGTcgg < 1:2875392/71‑1 (MQ=255) tCATCTCGTTAAACGCCTTGCCCGGCAGGTGCTCCTGCATGGTCATCAGGTCCGCCAGCAGCTGGGTcggg < 1:988855/71‑2 (MQ=255) tCATCTCGTTAAACGCCTTGCCCGGCAGGTGCTCCTGCATGGTCATCAGGTCCGCCAGCAGCTGGGTcggg > 1:958237/1‑70 (MQ=255) aTTTCGTTGAACGCTTTGCCGGGCAAATGCTCCTGCATGGTGAGAAGAt > 1:4524402/1‑49 (MQ=255) aTTTCGTTGAACGCTTTGCCGGGCAAATGCTCCTGCATGGTGAGAAGAt > 1:5114721/1‑49 (MQ=255) aTTTCGTTGAACGCTTTGCCGGGCAAATGCTCCTGCATGGTGAGAAGATCCGCCAGCAGCTGCGTGGGAt > 1:1165251/1‑70 (MQ=255) aTTTCGTTGAACGCTTTGCCGGGCAAATGCTCCTGCATGGTGAGAAGATCCGCCAGCAGCTGCGTGGGAt > 1:2937142/1‑70 (MQ=255) aTTTCGTTGAACGCTTTGCCGGGCAAATGCTCCTGCATGGTGAGAAGATCCGCCAGCAGCTGCGTGGGAt < 1:3775002/70‑1 (MQ=255) tttCGTTGAACGCTTTGCCGGGCAAATGCTCCTGCATGGTgag < 1:3301538/43‑1 (MQ=255) tttCGTTGAACGCTTTGCCGGGCAAATGCTCCTGCATGGTgag < 1:1933938/43‑1 (MQ=255) tttCGTTGAACGCTTTGCCGGGCAAATGCTCCTGCATGGTGAGAAGATCCGCCAGCAGCTGCGTGGGATg > 1:1521858/1‑70 (MQ=255) ttCGTTGAACGCTTTGCCGGGCAAATGCTCCTGCATGGTGAGAAGATCCGCCAGCAGCTGCGTGGGATgg < 1:98710/70‑1 (MQ=255) ttCGTTGAACGCTTTGCCGGGCAAATGCTCCTGCATGGTGAGAAGATCCGCCAGCAGCTGCGTGGGATgg > 1:4612318/1‑70 (MQ=255) ttCGTTGAACGCTTTGCCGGGCAAATGCTCCTGCATGGTGAGAAGATCCGCCAGCAGCTGCGTGGGATgg > 1:2694170/1‑70 (MQ=255) tCGTTAAACGCCTTGCCCGGCAGGTGCTCCTGCATGGTCATCAGGTCCGCCAGCAGCTGGGTcggg > 1:203654/1‑65 (MQ=255) tCGTTAAACGCCTTGCCCGGCAGGTGCTCCTGCATGGTCATCAGGTCCGCCAGCAGCTGGGTcggg > 1:1377731/1‑65 (MQ=255) tCGTTAAACGCCTTGCCCGGCAGGTGCTCCTGCATGGTCATCAGGTCCGCCAGCAGCTGGGTCGGGTGGaa > 1:4193708/1‑71 (MQ=255) gTTGTACGCTTTGCCGGGCAAATGCTCCTGCATGGTGAGAAGATCCGCCAGCAGCTGCGTGGGATGGAACt < 1:5298801/71‑1 (MQ=255) gTTGAACGCTTTGCCGGGCAAATGCTCCTGCATGGTGAGAAGATCCGCCAGCAGCTGCGTGGGATGGAACt < 1:2503699/71‑1 (MQ=255) gTTAAACGCCTTGCCCGGCAGGTGCTCCTGCATGGTCATCAGGTCCGCCAGCAGCTGGGTCGGGTgg < 1:2222422/67‑1 (MQ=255) ttGAACGCTTTGCCGGGCAAATGCTCCTGCATGGTGAGAAGATCCGCCAGCAGCTGCGTGGGATGGAACt < 1:4187329/70‑1 (MQ=255) tGAACGCTTTGCCGGGCAAATGCTCCTGCATGGTGAGAAGATCCGCcagc < 1:2175456/50‑1 (MQ=255) tGAACGCTTTGCCGGGCAAATGCTCCTGCATGGTGAGAAGATCCGCCAGCAGCTGCGTGGGATGGAACTcg > 1:3286920/1‑70 (MQ=255) tGAACGCTTTGCCGGGCAAATGCTCCTGCATGGTGAGAAGATCCGCCAGCAGCTGCGTGGGATGGAACTCa > 1:94922/1‑71 (MQ=255) gAACGCTTTGCCGGGCAAATGCTCCTGCATGGTGAGAAGATCCGCCAGCAGCTGCGTGGGATGGAACTCAt > 1:641879/1‑71 (MQ=255) gAACGCTTTGCCGGGCAAATGCTCCTGCATGGTGAGAAGATCCGCCAGCAGCTGCGTGGGATGGAACTCAt > 1:3541285/1‑71 (MQ=255) aaaCGCCTTGCCCGGCAGGTGCTCCTGCATGGTCATCAGGTCCGCCAGCAGCTGGGTCGGGTgg < 1:2672590/63‑1 (MQ=255) aaaCGCCTTGCCCGGCAGGTGCTCCTGCATGGTCATCAGGTCCGCCAGCAGCTGGGTCGGGTGGAACTcg < 1:1719064/69‑2 (MQ=255) aaCGCCTTGCCCGGCAGGTGCTCCTGCATGGTCATCAGGTCCGCCAGCAGCTGGGTCGGGTGGAACTcgt < 1:893408/70‑3 (MQ=255) cGCTTTGCCGGGCAAATGCTCCTGCATGGTGAGAAGATCCGCCAGCAGCTGCGTGGGATGGAACTCATTgg > 1:1824122/1‑71 (MQ=255) gCTTTGCCGGGCAAATGCTCCTGCATGGTGAGAAGATCCGCCAGCAGCTGCGTGGGATGGAACTCATTGGt < 1:3591007/71‑1 (MQ=255) ccttGCCCGGCAGGTGCTCCTGCATGGTCATCAGGTCCGCCAGCAGCTGGGTCGGGTGGAACt > 1:3075624/3‑63 (MQ=255) gCCGGGCAAATGCTCCTGCATGGTGAGAAGATCCGCTAGCAGCTGCGTGGGATGGAACTCATTGGTCAgg < 1:3382133/70‑1 (MQ=255) gCCGGGCAAATGCTCCTGCATGGTGAGAAGATCCGCCAGCAGCTGCGTGGGATGGAACTCATTGGTCAgg < 1:5174129/70‑1 (MQ=255) ccGGGCAAATGCTCCTGCATGGTGAGAAGATCCGCCAGCAGCTGCGTGGGATGGAACt < 1:4193588/58‑1 (MQ=255) ccGGGCAAATGCTCCTGCATGGTGAGAAGATCCGCCAGCAGCTGCGTGGGATGGAACTCATTGGTCAGGc < 1:4659488/70‑1 (MQ=255) ccGGGCAAATGCTCCTGCATGGTGAGAAGATCCGCCAGCAGCTGCGTGGGATGGAACTCATTGGTCAGGc < 1:3721670/70‑1 (MQ=255) gCAAATGCTCCTGCATGGTGAGAAGATCCGCCAGCAGCTGCGTGGGATGGAACTCATTGGTCAGGCCATTc < 1:1168233/71‑1 (MQ=255) gCAAATGCTCCTGCATGGTGAGAAGATCCGCCAGCAGCTGCGTGGGATGGAACTCATTGGTCAGGCCATTc < 1:71432/71‑1 (MQ=255) aaTGCTCCTGCATGGTGAGAAGATCCGCCAGCAGCTGCGTGGGATGGAACTCAt > 1:5669422/1‑54 (MQ=255) aaTGCTCCTGCATGGTGAGAAGATCCGCCAGCAGCTGCGTGGGATGGAACTCAt > 1:682287/1‑54 (MQ=255) aaTGCTCCTGCATGGTGAGAAGATCCGCCAGCAGCTGCGTGGGATGGAACTCAt > 1:724246/1‑54 (MQ=255) aaTGCTCCTGCATGGTGAGAAGATCCGCCAGCAGCTGCGTGGGATGGAACTCATTGGTCAGGCCATTCCAt < 1:2454188/71‑1 (MQ=255) gtGCTCCTGCATGGTCATCAGGTCCGCCAGCAGCTGGGTCGGGTGGAACTCGTTGGTCAGcccg < 1:1420698/63‑2 (MQ=255) tGCTCCTGCATGGTGAGAAGATCCGCCAGCAGCTGCGTGGGATGGAACTCa > 1:3068557/1‑51 (MQ=255) tGCTCCTGCATGGTGAGAAGATCCGCCAGCAGCTGCGTGGGATGGAACTCa > 1:4413032/1‑51 (MQ=255) tGCTCCTGCATGGTGAGAAGATCCGCCAGCAGCTGCGTGGGATGGAACTCa > 1:2230691/1‑51 (MQ=255) tGCTCCTGCATGGTGAGAAGATCCGCCAGCAGCTGCGTGGGATGGAACTCATTGGTCAGGCCATTCCATAc < 1:5521335/71‑1 (MQ=255) tGCTCCTGCATGGTGAGAAGATCCGCCAGCAGCTGCGTGGGATGGAACTCATTGGTCAGGCCATTCCATAc > 1:4737010/1‑71 (MQ=255) tGCTCCTGCATGGTGAGAAGATCCGCCAGCAGCTGCGTGGGATGGAACTCATTGGTCAGGCCATTCCATAc > 1:3730550/1‑71 (MQ=255) tGCTCCTGCATGGTGAGAAGATCCGCCAGCAGCTGCGTGGGATGGAACTCATTGGTCAGGCCATTCCATAc > 1:3789684/1‑71 (MQ=255) tGCTCCTGCATGGTCATCAGGTCCGCCAGCAGCTGGGTCGGGTGGAACTCGTTGGTCAGCCCGTTCCacac > 1:2477149/1‑71 (MQ=255) gCTCCTGCATGGTCATCAGGTCCGCCAGCAGCTGGGTCGGGTGGAACTCGTTGGTCAGCCCGTTCCa > 1:3222573/1‑67 (MQ=255) cTCCTGCATGGTGAGAAGATCCGCCAGCAGCTGCGTGGGATGGAACTCAtt > 1:1986079/1‑51 (MQ=255) cTCCTGCATGGTGAGAAGATCCGCCAGCAGCTGCGTGGGATGGAACTCAtt > 1:2391817/1‑51 (MQ=255) cTCCTGCATGGTGAGAAGATCCGCCAGCAGCTGCGTGGGATGGAACTCAtt > 1:5339647/1‑51 (MQ=255) cTCCTGCATGGTCATCAGGTCCGCCAGCAGCTGGGTCGGGTGGAACTCGTTGGTCa < 1:3334773/56‑1 (MQ=255) tCCTGCATGGTGAGAAGATCCGCCAGCAGCTGCGTGGGATGGAACTCATTGGTCAGGCCATTCCATACCgg > 1:1028938/1‑71 (MQ=255) ccTGCATGGTCATCAGGTCCGCCAGCAGCTGGGTCGGGTGGAACTCGTTGGTCAGCCCGTTCCACACCgg > 1:4908013/1‑70 (MQ=255) cTGCATGGTGAGAAGATCCGCCAGCAGCTGCGTGGGATGGAACTCATTGGTCAGGCCATTCCAt < 1:3892490/64‑1 (MQ=255) cTGCATGGTGAGAAGATCCGCCAGCAGCTGCGTGGGATGGAACTCATTGGTCAGGCCATTCCATACCGGCa > 1:1223372/1‑71 (MQ=255) cTGCATGGTGAGAAGATCCGCCAGCAGCTGCGTGGGATGGAACTCATTGGTCAGGCCATTCCATACCGGCa > 1:5638374/1‑71 (MQ=255) cTGCATGGTGAGAAGATCCGCCAGCAGCTGCGTGGGATGGAACTCATTGGTCAGGCCATTCCATACCGGCa > 1:4673446/1‑71 (MQ=255) cTGCATGGTCATCAGGTCCGCCAGCAGCTGGGTCGGGTGGAACTcgt < 1:4455188/47‑3 (MQ=12) cTGCATGGTCATCAGGTCCGCCAGCAGCTGGGTCGGGTGGAACTCGTTGGTCAGCACGTTCCACACCGGCa > 1:5084020/1‑71 (MQ=255) tGCATGGTCATCAGGTCCGCCAGCAGCTGGGTCGGGTGGAACTCGTTGGTCAGCCCGTTCCac < 1:5158794/63‑2 (MQ=255) cATGGTGAGAAGATCCGCCAGCAGCTGCGTGGGATGGAACTCATTGGTCAGGCCATTCCATACCGGCACGc > 1:1811018/1‑71 (MQ=255) cATGGTCATCAGGTCCGCCAGCAGCTGGGTCGGGTGGAACTCGTTGGTCAGCCCGTTCCaca > 1:4321845/1‑60 (MQ=255) cATGGTCATCAGGTCCGCCAGCAGCTGGGTCGGGTGGAACTCGTTGGTCAGCCCGTTCCACACCGGCACGc > 1:3624200/1‑71 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |