| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,919,288 | C→G | 24.7% | T136T (ACG→ACC) | argI ← | ornithine carbamoyltransferase 1 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,919,288 | 0 | C | G | 24.7% | 174.9 / 56.9 | 97 | T136T (ACG→ACC) | argI | ornithine carbamoyltransferase 1 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (44/29); new base G (12/12); total (56/41) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.76e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.89e-01 | |||||||||||
Only 100 of 103 total aligned reads displayed.
CCAGCGTCATTTCGTTGAACGCTTTGCCGGGCAAATGCTCCTGCATGGTGAGAAGATCCGCCAGCAGCTGCGTGGGATGGAACTCATTGGTCAGGCCATTCCATACCGGCACGCTAGCGTATTCCGCCAGTGTTTCGACAA > minE/2919218‑2919358 | ccAGCGTCATTTCGTTGAACGCTTTGCCGGGCAAATGCTCCTGCATGGTGAGAAGATCCGCCAGCAGCTGc < 1:3548393/71‑1 (MQ=255) cAGCGTCATTTCGTTGAACGCTTTGCCGGGCAAATGCTCCTGCATGGTGAGAAGATCCGCCAGCAGCTGc < 1:2206133/70‑1 (MQ=255) cAGCGTCATTTCGTTGAACGCTTTGCCGGGCAAATGCTCCTGCATGGTGAGAAGATCCGCCAGCAGCTGCg > 1:3087521/1‑71 (MQ=255) cAGCGTCATTTCGTTGAACGCTTTGCCGGGCAAATGCTCCTGCATGGTGAGAAGATCCGCCAGCAGCTGCg < 1:2776115/71‑1 (MQ=255) gCGTCATCTCGTTAAACGCCTTGCCCGGCAGGTGCTCCTGCATGGTCATCAGGTCCGCCAGCAGCTGGGtc < 1:3738147/71‑2 (MQ=255) cGTCATCTCGTTAAACGCCTTGCCCGGCAGGTGCTCCTGCATGGTCATCAGGTCCGCCAGCAGCTGGGtc < 1:1594569/70‑2 (MQ=255) gTCATCTCGTTAAACGCCTTGCCCGGCAGGTGCTCCTGCATGGTCATCAGGTCCGCCAGCAGCTGGGTcgg < 1:2875392/71‑1 (MQ=255) tCATCTCGTTAAACGCCTTGCCCGGCAGGTGCTCCTGCATGGTCATCAGGTCCGCCAGCAGCTGGGTcggg < 1:988855/71‑2 (MQ=255) tCATCTCGTTAAACGCCTTGCCCGGCAGGTGCTCCTGCATGGTCATCAGGTCCGCCAGCAGCTGGGTcggg > 1:958237/1‑70 (MQ=255) aTTTCGTTGAACGCTTTGCCGGGCAAATGCTCCTGCATGGTGAGAAGATCCGCCAGCAGCTGCGTGGGAt > 1:1165251/1‑70 (MQ=255) aTTTCGTTGAACGCTTTGCCGGGCAAATGCTCCTGCATGGTGAGAAGATCCGCCAGCAGCTGCGTGGGAt > 1:2937142/1‑70 (MQ=255) aTTTCGTTGAACGCTTTGCCGGGCAAATGCTCCTGCATGGTGAGAAGATCCGCCAGCAGCTGCGTGGGAt < 1:3775002/70‑1 (MQ=255) tttCGTTGAACGCTTTGCCGGGCAAATGCTCCTGCATGGTGAGAAGATCCGCCAGCAGCTGCGTGGGATg > 1:1521858/1‑70 (MQ=255) ttCGTTGAACGCTTTGCCGGGCAAATGCTCCTGCATGGTGAGAAGATCCGCCAGCAGCTGCGTGGGATgg > 1:4612318/1‑70 (MQ=255) ttCGTTGAACGCTTTGCCGGGCAAATGCTCCTGCATGGTGAGAAGATCCGCCAGCAGCTGCGTGGGATgg > 1:2694170/1‑70 (MQ=255) ttCGTTGAACGCTTTGCCGGGCAAATGCTCCTGCATGGTGAGAAGATCCGCCAGCAGCTGCGTGGGATgg < 1:98710/70‑1 (MQ=255) tCGTTAAACGCCTTGCCCGGCAGGTGCTCCTGCATGGTCATCAGGTCCGCCAGCAGCTGGGTcggg > 1:1377731/1‑65 (MQ=255) tCGTTAAACGCCTTGCCCGGCAGGTGCTCCTGCATGGTCATCAGGTCCGCCAGCAGCTGGGTcggg > 1:203654/1‑65 (MQ=255) 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aaaCGCCTTGCCCGGCAGGTGCTCCTGCATGGTCATCAGGTCCGCCAGCAGCTGGGTCGGGTgg < 1:2672590/63‑1 (MQ=255) aaaCGCCTTGCCCGGCAGGTGCTCCTGCATGGTCATCAGGTCCGCCAGCAGCTGGGTCGGGTGGAACTcg < 1:1719064/69‑2 (MQ=255) aaCGCCTTGCCCGGCAGGTGCTCCTGCATGGTCATCAGGTCCGCCAGCAGCTGGGTCGGGTGGAACTcgt < 1:893408/70‑3 (MQ=255) cGCTTTGCCGGGCAAATGCTCCTGCATGGTGAGAAGATCCGCCAGCAGCTGCGTGGGATGGAACTCATTgg > 1:1824122/1‑71 (MQ=255) gCTTTGCCGGGCAAATGCTCCTGCATGGTGAGAAGATCCGCCAGCAGCTGCGTGGGATGGAACTCATTGGt < 1:3591007/71‑1 (MQ=255) ccttGCCCGGCAGGTGCTCCTGCATGGTCATCAGGTCCGCCAGCAGCTGGGTCGGGTGGAACt > 1:3075624/3‑63 (MQ=255) gCCGGGCAAATGCTCCTGCATGGTGAGAAGATCCGCTAGCAGCTGCGTGGGATGGAACTCATTGGTCAgg < 1:3382133/70‑1 (MQ=255) gCCGGGCAAATGCTCCTGCATGGTGAGAAGATCCGCCAGCAGCTGCGTGGGATGGAACTCATTGGTCAgg < 1:5174129/70‑1 (MQ=255) ccGGGCAAATGCTCCTGCATGGTGAGAAGATCCGCCAGCAGCTGCGTGGGATGGAACt < 1:4193588/58‑1 (MQ=255) ccGGGCAAATGCTCCTGCATGGTGAGAAGATCCGCCAGCAGCTGCGTGGGATGGAACTCATTGGTCAGGc < 1:3721670/70‑1 (MQ=255) ccGGGCAAATGCTCCTGCATGGTGAGAAGATCCGCCAGCAGCTGCGTGGGATGGAACTCATTGGTCAGGc < 1:4659488/70‑1 (MQ=255) gCAAATGCTCCTGCATGGTGAGAAGATCCGCCAGCAGCTGCGTGGGATGGAACTCATTGGTCAGGCCATTc < 1:71432/71‑1 (MQ=255) gCAAATGCTCCTGCATGGTGAGAAGATCCGCCAGCAGCTGCGTGGGATGGAACTCATTGGTCAGGCCATTc < 1:1168233/71‑1 (MQ=255) aaTGCTCCTGCATGGTGAGAAGATCCGCCAGCAGCTGCGTGGGATGGAACTCAt > 1:682287/1‑54 (MQ=255) aaTGCTCCTGCATGGTGAGAAGATCCGCCAGCAGCTGCGTGGGATGGAACTCAt > 1:5669422/1‑54 (MQ=255) aaTGCTCCTGCATGGTGAGAAGATCCGCCAGCAGCTGCGTGGGATGGAACTCAt > 1:724246/1‑54 (MQ=255) aaTGCTCCTGCATGGTGAGAAGATCCGCCAGCAGCTGCGTGGGATGGAACTCATTGGTCAGGCCATTCCAt < 1:2454188/71‑1 (MQ=255) gtGCTCCTGCATGGTCATCAGGTCCGCCAGCAGCTGGGTCGGGTGGAACTCGTTGGTCAGcccg < 1:1420698/63‑2 (MQ=255) tGCTCCTGCATGGTGAGAAGATCCGCCAGCAGCTGCGTGGGATGGAACTCa > 1:4413032/1‑51 (MQ=255) tGCTCCTGCATGGTGAGAAGATCCGCCAGCAGCTGCGTGGGATGGAACTCa > 1:2230691/1‑51 (MQ=255) tGCTCCTGCATGGTGAGAAGATCCGCCAGCAGCTGCGTGGGATGGAACTCa > 1:3068557/1‑51 (MQ=255) tGCTCCTGCATGGTGAGAAGATCCGCCAGCAGCTGCGTGGGATGGAACTCATTGGTCAGGCCATTCCATAc > 1:3789684/1‑71 (MQ=255) tGCTCCTGCATGGTGAGAAGATCCGCCAGCAGCTGCGTGGGATGGAACTCATTGGTCAGGCCATTCCATAc > 1:4737010/1‑71 (MQ=255) tGCTCCTGCATGGTGAGAAGATCCGCCAGCAGCTGCGTGGGATGGAACTCATTGGTCAGGCCATTCCATAc > 1:3730550/1‑71 (MQ=255) tGCTCCTGCATGGTGAGAAGATCCGCCAGCAGCTGCGTGGGATGGAACTCATTGGTCAGGCCATTCCATAc < 1:5521335/71‑1 (MQ=255) tGCTCCTGCATGGTCATCAGGTCCGCCAGCAGCTGGGTCGGGTGGAACTCGTTGGTCAGCCCGTTCCacac > 1:2477149/1‑71 (MQ=255) gCTCCTGCATGGTCATCAGGTCCGCCAGCAGCTGGGTCGGGTGGAACTCGTTGGTCAGCCCGTTCCa > 1:3222573/1‑67 (MQ=255) cTCCTGCATGGTGAGAAGATCCGCCAGCAGCTGCGTGGGATGGAACTCAtt > 1:5339647/1‑51 (MQ=255) cTCCTGCATGGTGAGAAGATCCGCCAGCAGCTGCGTGGGATGGAACTCAtt > 1:2391817/1‑51 (MQ=255) cTCCTGCATGGTGAGAAGATCCGCCAGCAGCTGCGTGGGATGGAACTCAtt > 1:1986079/1‑51 (MQ=255) cTCCTGCATGGTCATCAGGTCCGCCAGCAGCTGGGTCGGGTGGAACTCGTTGGTCa < 1:3334773/56‑1 (MQ=255) tCCTGCATGGTGAGAAGATCCGCCAGCAGCTGCGTGGGATGGAACTCATTGGTCAGGCCATTCCATACCgg > 1:1028938/1‑71 (MQ=255) 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cATGGTCATCAGGTCCGCCAGCAGCTGGGTCGGGTGGAACTCGTTGGTCAGCCCGTTCCaca > 1:4321845/1‑60 (MQ=255) cATGGTCATCAGGTCCGCCAGCAGCTGGGTCGGGTGGAACTCGTTGGTCAGCCCGTTCCACACCGGCACGc > 1:666396/1‑71 (MQ=255) cATGGTCATCAGGTCCGCCAGCAGCTGGGTCGGGTGGAACTCGTTGGTCAGCCCGTTCCACACCGGCACGc > 1:3624200/1‑71 (MQ=255) aTGGTGAGAAGATCCGCCAGCAGCTGCGTGGGATGGAACTCATTGGTCAGGCCATTCCATACCGGCACGc > 1:4712972/1‑70 (MQ=255) aTGGTGAGAAGATCCGCCAGCAGCTGCGTGGGATGGAACTCATTGGTCAGGCCATTCCATACCGGCACGCt < 1:1884845/71‑1 (MQ=255) ggTGAGAAGATCCGCCAGCAGCTGCGTGGGATGGAACTCATTGGt < 1:4166004/45‑1 (MQ=255) ggTGAGAAGATCCGCCAGCAGCTGCGTGGGATGGAACTCATTGGTCAGGCCATTCCATACCGGCACGCTAg > 1:4734366/1‑71 (MQ=255) gTGAGAAGATCCGCCAGCAGCTGCGTGGGATGGAACTCATTGGTCAGGc < 1:2185865/49‑1 (MQ=255) gTGAGAAGATCCGCCAGCAGCTGCGTGGGATGGAACTCATTGGTCAGGCCATTCCATACCGGCACGCt < 1:5235145/68‑1 (MQ=255) tGAGAAGATCCGCCAGCAGCTGCGTGGGATGGAACTCATTGGTCAGGCCATTCCATACCg < 1:1008725/60‑1 (MQ=255) agaagaTCCGCCAGCAGCTGCGTGGGATGGAACTCATTGGTCAGGCCATTCCATACCGGCACGCTAGCGTa > 1:3144281/1‑71 (MQ=255) gaTCCGCCAGCAGCTGCGTGGGATGGAACTCATTGGTCAGGCCATTCCATACCGGCACGCTAGCGTATTcc < 1:1094994/71‑1 (MQ=255) gaTCCGCCAGCAGCTGCGTGGGATGGAACTCATTGGTCAGGCCATTCCATACCGGCACGCTAGCGTATTcc < 1:492190/71‑1 (MQ=255) aTCCGCCAGCAGCTGCGTGGGATGGAACTCATTGGTCAGGCCATTCCa > 1:4084968/1‑48 (MQ=255) aTCCGCCAGCAGCTGCGTGGGATGGAACTCATTGGTCAGGCCATTCCa > 1:1684915/1‑48 (MQ=255) tCCGCCAGCAGCTGCGTGGGATGGAACTCATTGGTCAGGc > 1:248943/1‑40 (MQ=255) tCCGCCAGCAGCTGCGTGGGATGGAACTCATTGGTCAGGc > 1:1759355/1‑40 (MQ=255) ccGCCAGCAGCTGCGTGGGATGGAACTCATTGGTCAGGCCATTCCATACCGGCa > 1:1314175/1‑54 (MQ=255) ccGCCAGCAGCTGCGTGGGATGGAACTCATTGGTCAGGCCATTCCATACCGGCACGCTAGCGTATTCCGc > 1:1182776/1‑70 (MQ=255) gCCAGCAGCTGCGTGGGATGGAACTCATTGGTCAGGCCATTCCATAc > 1:1855641/1‑47 (MQ=255) ccAGCAGCTGCGTGGGATGGAACTCATTGGTCAGGCCATTCCATACCGGCACGCTAGCGTATTCCGCCAgt < 1:4649019/71‑1 (MQ=255) gcagcTGCGTGGGATGGAACTCATTGGTCAGGCCATTCCATACCGGCACGCTAGCGTATTCCGCCAgtg > 1:4436788/1‑69 (MQ=255) cagcTGCGTGGGATGGAACTCATTGGTCAGGCCATTCCAt < 1:2364871/40‑1 (MQ=255) gcTGCGTGGGATGGAACTCATTGGTCAGGCCATTCCATACCGGCACGCTAGCGTATTCCGCCAGTGTTTCg < 1:540105/71‑1 (MQ=255) cTGCGTGGGATGGAACTCATTGGTCAGGCCATTcc > 1:1935097/1‑35 (MQ=255) gCGTGGGATGGAACTCATTGGTCAGGCCATTCCATACCg > 1:4106739/1‑39 (MQ=255) cGTGGGATGGAACTCATTGGTCAGGCCATTCCATACCGGCACGCTAGCGTATTCCGCCAGTGTTTCGACaa < 1:4943226/71‑1 (MQ=255) cGTGGGATGGAACTCATTGGTCAGGCCATTCCATACCGGCACGCTAGCGTATTCCGCCAGTGTTTCGACa < 1:5410958/70‑1 (MQ=255) cGTGGGATGGAACTCATTGGTCAGGCCATTCCATACCGGCACGCTAGCGTATTCCGCCAGTGTTTCGACa < 1:2351598/70‑1 (MQ=255) cGTGGGATGGAACTCATTGGTCAGGCCATTCCATACCGGCACGCTAGCGTATTCCGCCAGTGTTTCGACa < 1:1013121/70‑1 (MQ=255) | CCAGCGTCATTTCGTTGAACGCTTTGCCGGGCAAATGCTCCTGCATGGTGAGAAGATCCGCCAGCAGCTGCGTGGGATGGAACTCATTGGTCAGGCCATTCCATACCGGCACGCTAGCGTATTCCGCCAGTGTTTCGACAA > minE/2919218‑2919358 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |