| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,919,746 | G→T | 12.4% | intergenic (‑51/‑111) | argI ← / → yjgD | ornithine carbamoyltransferase 1/conserved hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,919,746 | 0 | G | T | 12.4% | 264.9 / 15.1 | 88 | intergenic (‑51/‑111) | argI/yjgD | ornithine carbamoyltransferase 1/conserved hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (36/41); new base T (4/7); total (40/48) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.48e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.12e-01 | |||||||||||
ATGATAAAACCCGGACATAGATCCCTCCTGTGGCTAACGCCTCAATGAATTAAAATTCAATTTATATGGATGATTATTCATTTGCAAGTCTAAAGCATAAATCTTTGTCACAAAGGTGGAGGCAATGTCAGTGGTGTGT > minE/2919678‑2919816 | aTGATAAAACCCGGACATAGATCCCTCCTGTGGCTAACGCCTCAATGAATTAAAATTCAATTTATATGgat > 1:4754980/1‑71 (MQ=255) aaCCCGGACATAGATCCCTCCTGTGGCTAACGCCTCAATGAATTAAAATTCAATTTATATGGATGattatt < 1:2065132/71‑1 (MQ=255) aaCCCGGACATAGATCCCTCCTGTGGCTAACGCCTCAATGAATTAAAATTCAATTTATATGGATGattatt < 1:582350/71‑1 (MQ=255) cccGGACATAGATCCCTCCTGTGGCTAAAGCCTCAATGAATTAAAATTCAATTTATATGGATGATTATTCa < 1:2139667/71‑1 (MQ=255) aCATAGATCCCTCCTGTGGCTAACGCCTCAATGAATTAAAATTCAATTTATATGGATGATTATTCAt < 1:3672131/67‑1 (MQ=255) aTAGATCCCTCCTGTGGCTAACGCCTCAATGAATTAAAATTCAATTTATATGGATGATTATTCATTTGCaa < 1:1686544/71‑1 (MQ=255) aGATCCCTCCTGTGGCTAACGCCTCAATGAATTAAAATTCAATTTATATGGATGATTATTCATTTGCAAGt > 1:123024/1‑71 (MQ=255) gATCCCTCCTGTGGCTAACGCCTCAATGAATTAAAATTCAATTTATATgg < 1:55077/50‑1 (MQ=255) aTCCCTCCTGTGGCTAACGCCTCAATGAATTAAAATTCAATTTATATGGATGATTATTCATTTGCAAGTCt < 1:4312853/71‑1 (MQ=255) tCCCTCCTGTGGCTAACGCCTCAATGAATTAAAATTCAATTTATATGGATGATTATTCATTTGCAAGTCTa < 1:5315923/71‑1 (MQ=255) tCCCTCCTGTGGCTAACGCCTCAATGAATTAAAATTCAATTTATATGGATGATTATTCATTTGCAAGTCTa < 1:4160445/71‑1 (MQ=255) cctcctGTGGCTAACGCCTCAATGAATTAAAATTCAATTTATATGGATGATTATTCATTTGCAAGTCTaaa < 1:1618768/71‑1 (MQ=255) cctcctGTGGCTAACGCCTCAATGAATTAAAATTCAATTTATATGGATGATTATTCATTTGCAAGTCTaaa < 1:68730/71‑1 (MQ=255) cctcctGTGGCTAACGCCTCAATGAATTAAAATTCAATTTATATGGATGATTATTCATTTGCAAGTCTaaa < 1:2922780/71‑1 (MQ=255) cctcctGTGGCTAACGCCTCAATGAATTAAAATTCAATTTATATGGATGATTATTCATTTGCAAGTCTaa < 1:2596135/70‑1 (MQ=255) tcctGTGGCTAACGCCTCAATGAATTAAAATTCAATTTATATGgat < 1:1383577/46‑1 (MQ=255) tcctGTGGCTAACGCCTCAATGAATT‑AAATTCAATTTATATGGATGATTATTCAttt < 1:3665057/57‑1 (MQ=255) ctGTGGCTAACGCCTCAATGAATTAAAATTCAATTTATATGGATGATTATTCATTTGCAAGTCTAAAGCa > 1:2594511/1‑70 (MQ=255) ctGTGGCTAACGCCTCAATGAATTAAAATTCAATTTATATGGATGATTATTCATTTGCAAGTCTAAAGCa > 1:3638909/1‑70 (MQ=255) ctGTGGCTAACGCCTCAATGAATTAAAATTCAATTTATATGGATGATTATTCATTTGCAAGTCTAAAGCa > 1:4108777/1‑70 (MQ=255) atgtgGCTAACGCCTCAATGAATTAAAATTCAATTTATATGGATGATTATTCATTTGCAAGTCTAAAGCa > 1:765822/2‑70 (MQ=255) gtgGCTAACGCCTCAATGAATTAAAATTCAATTTATATGGATGATTATTc < 1:3398820/50‑1 (MQ=255) gtgGCTAACGCCTCAATGAATTAAAATTCAATTTATATGGATGATTATTc < 1:246270/50‑1 (MQ=255) gtgGCTAACGCCTCAATGAATTAAAATTCAATTTATATGGATGATTATTCATTTGCAAGTCTAAAGCATa > 1:3742826/1‑70 (MQ=255) gtgGCTAACGCCTCAATGAATTAAAATTCAATTTATATGGATGATTATTCATTTGCAAGTCTAAAGCATa > 1:5183378/1‑70 (MQ=255) tgGCTAACGCCTCAATGAATTAAAATTCAATTTATATGGATGATTATTCATTTGCAAGTCTAAAGCATaaa > 1:1274731/1‑71 (MQ=255) ggCTAACGCCTCAATGAATTAAAATTCAATTTATATGGATGATTATTCATTTGCAAGTCTAAAGCATAAAt > 1:5331100/1‑71 (MQ=255) ggCTAACGCCTCAATGAATTAAAATTCAATTTATATGGATGATTATTCATTTGCAAGTCTAAAGCATAAAt > 1:4606330/1‑71 (MQ=255) gCTAACGCCTCAATGAATTAAAATTCAATTTATATGGATGATTATTCATTTGCAAGTCTAAAGCATaa > 1:3774842/1‑68 (MQ=255) gCTAACGCCTCAATGAATTAAAATTCAATTTATATGGATGATTATTCATTTGCAAGTCTAAAGCATAAATc > 1:4369160/1‑71 (MQ=255) cTAACGCCTCAATGAATTAAAATTCAATTTATATGGATGATTATTCATTTGCAAGTCTAAAGCATGAATCt < 1:4456394/71‑1 (MQ=255) cGCCTCAATGAATTAAAATTCAATTTATATGGATGATTATTCATTTGCaa > 1:1793085/1‑50 (MQ=255) gCCTCAATGAATTAAAATTCAATTTATATGGATGATTATTCATTTGCAAGTCTAAAGCATAAATCTTTGTc < 1:3988443/71‑1 (MQ=255) tCAATGAATTAAAATTCAATTTATATGGATGatta < 1:5339046/35‑1 (MQ=255) tCAATGAATTAAAATTCAATTTATATGGATGATTATTc < 1:1774677/38‑1 (MQ=255) tCAATGAATTAAAATTCAATTTATATGGATGATTATTCATTTGCAAGTCt < 1:4184464/50‑1 (MQ=255) aaTGAATTAAAATTCAATTTATATGGATGattatt > 1:3951740/1‑35 (MQ=255) aaTGAATTAAAATTCAATTTATATGGATGATTATTCATTTGCAAGTCTAAAGCATAAATc > 1:2637125/1‑60 (MQ=255) aaTGAATTAAAATTCAATTTATATGGATGATTATTCATTTGCAAGTCTAAAGCATAAATc > 1:4190779/1‑60 (MQ=255) aaTGAATTAAAATTCAATTTATATGGATGATTATTCATTTGCAAGTCTAAAGCATAAATCTTTGTcaca > 1:2115807/1‑69 (MQ=255) aaTGAATTAAAATTCAATTTATATGGATGATTATTCATTTGCAAGTCTAAAGCATAAATCTTTGTcaca > 1:3737516/1‑69 (MQ=255) aaTGAATTAAAATTCAATTTATATGGATGATTATTCATTTGCAAGTCTAAAGCATAAATCTTTGTCACaaa < 1:725143/71‑1 (MQ=255) tGAATTAAAATTCAATTTATATGGATGATTATTCATTTGc < 1:4449831/40‑1 (MQ=255) tGAATTAAAATTCAATTTATATGGATGATTATTCATTTGCAAGTCTAAAGCATAAATc < 1:622186/58‑1 (MQ=255) tGAATTAAAATTCAATTTATATGGATGATTATTCATTTGCAAGTCTAAAGCATAAATc < 1:4783280/58‑1 (MQ=255) tGAATTAAAATTCAATTTATATGGATGATTATTCATTTGCAAGTCTAAAGCATAAATCTTTGTcaca < 1:4754993/67‑1 (MQ=255) gAATTAAAATTCAATTTATATGGATGATTATTCATTTGCAAGTCTAAAGCATAAATCTTTGTCACAAAGGt > 1:2808177/1‑71 (MQ=255) aaTTAATATTCAATTTATATGGATGATTATTCATTTGCAAGTCTAAAGCATAAATCTTTGTCACAAAGGTg > 1:572657/1‑71 (MQ=255) aaTTAAAATTCACTTTATATGTGTAATTATTCATTTGCAACCCCATTTCACAATTCTTTCTTACAAAGGTg < 1:2476002/71‑1 (MQ=255) aaTTAAAATTCAATTTATATGGATGATTATTCATTTGCAAGTCTAAAGCATAAATCTTTGTCACAAAg > 1:1130404/1‑68 (MQ=255) aaTTAAAATTCAATTTATATGGATGATTATTCATTTGCAAGTCTAAAGCATAAATCTTTGTCACAAAGGTg < 1:1210193/71‑1 (MQ=255) aTTAAAATTCACTTTATATGTGTAATTATTCATTTGc < 1:2173890/37‑1 (MQ=21) aTTAAAATTCACTTTATATGTGTAATTATTCATTTGc < 1:221795/37‑1 (MQ=21) aTTAAAATTCACTTTATATGTGTAATTATTCATTTGCAACCCCATTTCACAATTCTTTCTTACAAAGGTgg < 1:1938506/71‑1 (MQ=255) aTTAAAATTCACTTTATATGTGTAATTATTCATTTGCAACCCCATTTCACAATTCTTTCTTACAAAGGTg < 1:552584/70‑1 (MQ=255) ttAAAATTCAATTTTTATGGATGATTATTCATTTGCAAGTCTAAAGCATAAATCTTTGTCACAAAGGTgg < 1:3479434/70‑1 (MQ=255) ttAAAATTCAATTTATATGGATGATTATTCATTTGCAAGTCTAAAGCATAAATCt < 1:3286011/55‑1 (MQ=255) tAAAATTCACTTTATATGTGTAATTATTCATTTGc < 1:779211/35‑1 (MQ=19) tAAAATTCAATTTATATGGATGATTATTCATTTGCAAGTCTAAAGCATAAATCTTTGTCACAAAGGTGGAg > 1:4909873/1‑71 (MQ=255) aaaaTTCACTTTATATGTGTAATTATTCATTTGCACCCCCATTTCACAATTCTTTCTTACAAAGGTGGAgg > 1:4112108/1‑71 (MQ=255) aaaaTTCACTTTATATGTGTAATTATTCATTTGCAACCCCATTTCACAATTCTTTCTTACAAAGGTGGAgg > 1:5335653/1‑71 (MQ=255) aaaaTTCAATTTATATGGATGATTATTCATTTGCAAGTCTaaa > 1:153737/1‑43 (MQ=255) aaaTTCAATTTATATGGATGATTATTCATTTGCAAGTCTAAAGCATAAAt > 1:518330/1‑50 (MQ=255) aaaTTCAATTTATATGGATGATTATTCATTTGCAAGTCTAAAGCATAAATCTTTGTCACaa > 1:3431875/1‑61 (MQ=255) aaaTTCAATTTATATGGATGATTATTCATTTGCAAGTCTAAAGCATAAATCTTTGTCACAAAGGTGGAgg < 1:4147958/70‑1 (MQ=255) aaaTTCAATTTATATGGATGATTATTCATTTGCAAGTCTAAAGCATAAATCTTTGTCACAAAGGTGGAGGc < 1:4741111/71‑1 (MQ=255) aaTTCAATTTATATGGATGATTATTCATTTGCAAGTCTAAAGCATAAATCTTTGTCACAAAGGTGGAGGc < 1:1688589/70‑1 (MQ=255) tttCAATTTATATGGATGATTATTCATTTGCAAGTCTAAAGCATAAATCTTTGTCACaaa < 1:5648880/59‑1 (MQ=255) aTTCACTTTATATGTGTAATTATTCATTTGCAACCCCATTTCACAATTCTTTCTTACAAAGGTGGAGGCaa < 1:2416299/71‑1 (MQ=255) ttCAATTTATATGGATGATTATTCATTTGCAAGTCTAAAGCATAAATCTTTGTCACAAAGGTGGAGGCaa > 1:3072625/1‑70 (MQ=255) ttCAATTTATATGGATGATTATTCATTTGCAAGTCTAAAGCATAAATCTTTGTCACAAAGGTGGAGGCaa > 1:346257/1‑70 (MQ=255) ttCAATTTATATGGATGATTATTCATTTGCAAGTCTAAAGCATAAATCTTTGTCACAAAGGTGGAGGCAAt > 1:5313446/1‑71 (MQ=255) tCAATTTATATGGATGATTATTCATTTGCAAGTCTAAAGCATAAATCTTTGTCACAAAgg > 1:4259186/1‑60 (MQ=255) tCAATTTATATGGATGATTATTCATTTGCAAGTCTAAAGCATAAATCTTTGTCACAAAGGTGGAGGCaa > 1:5297771/1‑69 (MQ=255) cactttATATGTGTAATTATTCATTTGCAACCCCATTTCACAATTCTTTCTTACAAAGGTGGa > 1:4876526/4‑63 (MQ=255) cAATTTATATGGATGATTATTCATTTGCAAGTCTAAAGCATAAATCTTTGTCACAAAgg > 1:5261381/1‑59 (MQ=255) aaTTTATATGGATGATTATTCATTTGCAAGTCTAAAGCATAAATCTTTGTCACAAAGGTGGAGGCAATGTc < 1:2953688/71‑1 (MQ=255) aTTTATATGGATGATTATTCATTTGCAAGTCTAAAGCATAAATCTTTGt < 1:4381462/49‑1 (MQ=255) aTTTATATGGATGATTATTCATTTGCAAGTCTAAAGCATAAATCTTTGTCACAAAGGTGGAGGCAATGTCa < 1:496189/71‑1 (MQ=255) aTTTATATGGATGATTATTCATTTGCAAGTCTAAAGCATAAATCTTTGTCACAAAGGTGGAGGCAATGTCa < 1:667106/71‑1 (MQ=255) tttATATGGATGATTATTCATTTGCAAGTCTAAAGCATAAATCTTTGTCACAAAGGTg < 1:1656882/58‑1 (MQ=255) tttATATGGATGATTATTCATTTGCAAGTCTAAAGCATAAATCTTTGTCACAAAGGTGGAGGc > 1:4966007/1‑63 (MQ=255) tataTGTGTAATTATTCATTTGCAACCCCATTTCACAATTCTTTCTTACAAAGGTGGAGGCaaa > 1:2163919/1‑63 (MQ=255) tataTGGATGATTATTCATTTGCAAGTCTAAAGCATAAATCTTTGTCACAAAGGTGGAGGCAATGTCAgtg > 1:1443233/1‑71 (MQ=255) atatGGATGATTATTCATTTGCAAGTCTAAAGCATAAATCt < 1:2773216/41‑1 (MQ=255) atatGGATGATTATTCATTTGCAAGTCTAAAGCATAAATCTTTGTCACAAAGGTGGAGGCAATGTCAgtgg > 1:3991974/1‑71 (MQ=255) tatGGATGATTATTCATTTGCAAGTCTAAAGCATAAATCTTTGTCACAAAGGTGGAGGCAATGTCAgtggt < 1:4119257/71‑1 (MQ=255) tatGGATGATTATTCATTTGCAAGTCTAAAGCATAAATCTTTGTCACAAAGGTGGAGGCAATGTCAgtggt < 1:5645027/71‑1 (MQ=255) atGGATGATTATTCATTTGCAAGTCTAAAGCATAAATCTTTGTCACAAAGGTGGAGGCAATGTCAgtggtg > 1:1277146/1‑71 (MQ=255) tGGATGATTATTCATTTGCAAGTCTAAAGCATAAATCTTTGTc > 1:5444318/1‑43 (MQ=255) tGGATGATTATTCATTTGCAAGTCTAAAGCATAAATCTTTGTCACAAAGGTGGAGGCAATGTCAgtggtg < 1:1991408/70‑1 (MQ=255) gatgatTATTCATTTGCAAGTCTAAAGCATAAATCTTTGTCACAAAgg > 1:2127078/1‑48 (MQ=255) gatgatTATTCATTTGCAAGTCTAAAGCATAAATCTTTGTCACAAAgg > 1:1215417/1‑48 (MQ=255) gatgatTATTCATTTGCAAGTCTAAAGCATAAATCTTTGTCACAAAGGTGGAGGCAATGTCAGTGgtgtgt > 1:3009926/1‑71 (MQ=255) | ATGATAAAACCCGGACATAGATCCCTCCTGTGGCTAACGCCTCAATGAATTAAAATTCAATTTATATGGATGATTATTCATTTGCAAGTCTAAAGCATAAATCTTTGTCACAAAGGTGGAGGCAATGTCAGTGGTGTGT > minE/2919678‑2919816 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |