| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,952,884 | G→A | 8.4% | intergenic (‑193/+75) | leuQ ← / ← rsmC | tRNA‑Leu/16S RNA m2G1207 methylase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,952,884 | 0 | G | A | 8.4% | 206.5 / 5.8 | 71 | intergenic (‑193/+75) | leuQ/rsmC | tRNA‑Leu/16S RNA m2G1207 methylase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (30/35); new base A (4/2); total (34/37) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.17e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 | |||||||||||
GCGTGCAGGTTTGGTATGCATGCGGGGGCAGATGCCAGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCTGGCCTACGAAGGGCTAACGTGCAGGTTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGACACGGTATTCGGCGA > minE/2952815‑2952953 | gCGTGCAGGTTTGGTATGCATGCGGGGGCAGATGCCAGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCTGGCCTACg < 1:1793427/70‑1 (MQ=255)gCGTGCAGGTTTGGTATGCATGCGGGGGCAGATGCCAGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCTGGCCTACg > 1:824589/1‑70 (MQ=255) cGTGCAGGTTTGGTATGCATGCGGGGGCAGATGCCAGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCTGGCCTACg > 1:4445936/1‑69 (MQ=255) aGGTTTGGTATGCATGCGGGGGCAGATGCCAGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCTGGCCTACGAAGGGCt < 1:1797335/71‑1 (MQ=255) aGGTTTGGTATGCATGCGGGGGCAGATGCCAGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCTGGCCTACGAAGGGCt < 1:1054707/71‑1 (MQ=255) tgcatgcGGTGGCAGATGCCAGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCTGGCCTACGAAGGGCTAACGTGCAg < 1:5685050/70‑1 (MQ=255) tgcatgcGGGGGCGGATGCCAGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCTGGCCTACGAAGGGCTAACGTGCAgg > 1:80829/1‑71 (MQ=255) tgcatgcGGGGGCAGATGCCAGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCTGGCCTACGAAGGGCTAACGTGCAgg > 1:4770255/1‑71 (MQ=255) tgcatgcGGGGGCAGATGCCAGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCTGGCCTACGAAGGGCTAACGTGCAgg > 1:593047/1‑71 (MQ=255) catgcGGGGGCAGATGCCAGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCTGGCCTACGAAGGGCTAACGTGCAGGtt > 1:1131947/1‑71 (MQ=255) catgcGGGGGCAGATGCCAGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCTGGCCTACGAAGGGCTAACGTGCAGGta > 1:1015345/1‑70 (MQ=255) cGGGGTCAGATGCCAGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCTGGCCTACGAAGGGCTAACGTGCAGGTTTTg < 1:3284808/70‑1 (MQ=255) cGGGGGCAGATGCCAGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCTGGCCTACGAAGGGCTAACGTGCAGGTTTTg < 1:1742415/70‑1 (MQ=255) cGGGGGCAGATGCCAGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCTGGCCTACGAAGGGCTAACGTGCAGGTTTTGt < 1:4345284/71‑1 (MQ=255) gggCAGATGCCAGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCTGGCCTACGAAGGGCTAACGTGCAGGTTTTGt < 1:3067244/68‑1 (MQ=255) ttatgccagatgcGACGCTGACGCGTCTTATCTGGCCTACAAAGGGCTAACGTGCAGGttt < 1:3389087/59‑1 (MQ=18) agatgccagatgcGACGCTGGCGCGTCTTATCTGGCCTACGAAGGGCTAACGTGCAGGTTTTGTAGGTCg > 1:211415/1‑70 (MQ=255) gatgccagatgcGACGCTGGCGCGTCTTATCTGGCCTACGAAGGGCTAACGTGCAGGTTTTGTAGGTCGGa < 1:4228620/71‑1 (MQ=255) atgccagatgcGACGCTGGCGCGTCTTATCTGGCCTACGAAGGGCTAACGTGCAGGTTTTGTAGGTCGGa > 1:5637732/1‑70 (MQ=255) atgccagatgcGACGCTGGCGCGTCTTATCTGGCCTACGAAGGGCTAACGTGCAGGTTTTGTAGGTCGGAt < 1:5553128/71‑1 (MQ=255) gccagatgcGACGCTGGCGCGTCTTATCTGGCCTACGAAGGGCTAACGTGCAGGTTTTGTAGGTCGGAt > 1:1271032/1‑69 (MQ=255) ccagatgcGACGCTGACGCGTCTTATCTGGCCTACAAAGGGCTAACGTGCAGGt > 1:4547068/1‑54 (MQ=18) ccagatgcGACGCTGACGCGTCTTATCTGGCCTACAAAGGGCTAACGTGCAGGt > 1:5415070/1‑54 (MQ=18) agatgcGACGCTGGCGCGTCTTATCTGGCCTACGAAGGGCTAACGTGCAGGTTTTg < 1:1362622/56‑1 (MQ=255) agatgcGACGCTGGCGCGTCTTATCTGGCCTACGAAGGGCTAACGTGCAGGTTTTg < 1:1369373/56‑1 (MQ=255) gatgcGACGCTGGCGCGTCTTATCTGGCCTACGAAGGGCTAACGTGCAGGTTTTGTAGGTCGGATAAGGCg < 1:1307967/71‑1 (MQ=255) atgcGACGCTGACGCGTCTTATCTGGCCTACAAAGGGCTAACGTGCAgg < 1:3086673/49‑1 (MQ=18) tgcGACGCTGGCGCGTCTTATCTGGCCTACGAAGGGCTAACGTGCAGGTTTTGTAGGTCGGATAAGGCGtt > 1:1321382/1‑71 (MQ=255) tgcGACGCTGGCGCGTCTTATCTGGCCTACGAAGGGCTAACGTGCAGGTTTTGTAGGTCGGATAAGGCGtt < 1:5002663/71‑1 (MQ=255) tgcGACGCTGGCGCGTCTTATCTGGCCTACGAAGGGCTAACGTGCAGGTTTTGTAGGTCGGATAAGGCGtt < 1:1007146/71‑1 (MQ=255) tgcGACGCTGGCGCGTCTTATCTGGCCTACGAAGGGCTAACGTGCAGGTTTTGTAGGTCGGATAAGGCGt > 1:4442983/1‑70 (MQ=255) cGACGCTGGCGCGTCTTATCTGGCCTACGAAGGGCTAACGTGCAGGtt < 1:3756413/48‑1 (MQ=255) cGACGCTGGCGCGTCTTATCTGGCCTACGAAGGGCTAACGTGCAGGTTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTTc < 1:2463774/70‑1 (MQ=255) gcgcGTCTTATCTGGCCTACGAAGGGCTAACGTGCAGGTTTTGTAgg < 1:5446323/47‑1 (MQ=255) gcgcGTCTTATCTGGCCTACGAAGGGCTAACGTGCAGGTTTTGTAGGTCGGATa < 1:4034977/54‑1 (MQ=255) gcgcGTCTTATCTGGCCTACGAAGGGCTAACGTGCAGGTTTTGTAGGTCGGATa < 1:3854165/54‑1 (MQ=255) gcgcGTCTTATCTGGCCTACGAAGGGCTAACGTGCAGGTTTTGTAGGTCGGATa < 1:3914212/54‑1 (MQ=255) gcgcGTCTTATCTGGCCTACGAAGGGCTAACGTGCAGGTTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCa < 1:1038300/70‑1 (MQ=255) gcgTCTTATCTGGCCTACGAAGGGCTAACGTGCAGGTTTTGt > 1:5554495/1‑42 (MQ=255) cgTCTTATCTGGCCTACGAAGGGCTAACGTGCAGGtttt < 1:2140421/39‑1 (MQ=255) cgTCTTATCTGGCCTACGAAGGGCTAACGTGCAGGtttt < 1:4633089/39‑1 (MQ=255) cgTCTTATCTGGCCTACGAAGGGCTAACGTGCAGGtttt < 1:2472352/39‑1 (MQ=255) cgTCTTATCTGGCCTACGAAGGGCTAACGTGCAGGttt > 1:4995822/1‑38 (MQ=255) cgTCTTATCTGGCCTACGAAGGGCTAACGTGCAGGttt > 1:573622/1‑38 (MQ=255) cgTCTTATCTGGCCTACGAAGGGCTAACGTGCAGGttt > 1:3259708/1‑38 (MQ=255) cgTCTTATCTGGCCTACGAAGGGCTAACGTGCAGGttt > 1:2762024/1‑38 (MQ=255) cgTCTTATCTGGCCTACGAAGGGCTAACGTGCAGGttt > 1:230646/1‑38 (MQ=255) cgTCTTATCTGGCCTACGAAGGGCTAACGTGCAGGTTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATcc < 1:46087/70‑1 (MQ=255) gTCTTATCTGGCCTACGAAGGGCTAACGTGCAGGTTTTg < 1:2737889/39‑1 (MQ=255) cTTATCTGGCCTACGAAGGGCTAACGTGCAGGTTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGaca > 1:5426193/1‑71 (MQ=255) ttATCTGGCCTACGAAGGGCTAACGTGCAGGTTTTGTAg > 1:2438807/1‑39 (MQ=255) ttATCTGGCCTACGAAGGGCTAACGTGCAGGTTTTGTAg > 1:2291965/1‑39 (MQ=255) ttATCTGGCCTACGAAGGGCTAACGTGCAGGTTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGacac > 1:200268/1‑71 (MQ=255) ttATCTGGCCTACAAAGGGCTAACGTGCAGGtttt > 1:2938158/1‑35 (MQ=255) ttATCTGGCCTACAAAGGGCTAACGTGCAGGtttt > 1:4719976/1‑35 (MQ=255) aTCTGGCCTACGAAGGGCTAACGTGCAGGTTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTTCa > 1:1459806/1‑54 (MQ=255) aTCTGGCCTACGAAGGGCTAACGTGCAGGTTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGacac < 1:2317889/69‑1 (MQ=255) tCTGGCCTACGAAGGGCTAACGTGCAGGTTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGACACgg < 1:838632/70‑1 (MQ=255) tCTGGCCTACGAAGGGCTAACGTGCAGGTTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGACACgg < 1:595978/70‑1 (MQ=255) tGGCCTACGAAGGGCTAACGTGCAGGTTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGACACGGTAt > 1:2197231/1‑71 (MQ=255) gCCTACGAAGGGCTAACGTGCAGGTTTTGTAGGTCGGATaa > 1:2634651/1‑41 (MQ=255) ccTACGAAGGGCTAACGTGCAGGTTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGACACGGTa > 1:4128494/1‑67 (MQ=255) ccTACGAAGGGCTAACGTGCAGGTTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGACACGGTa > 1:4782658/1‑67 (MQ=255) tACGAAGGGCTAACGTGCAGGTTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTTCAcgcc < 1:5141599/50‑1 (MQ=255) tACGAAGGGCTAACGTGCAGGTTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTTCAcgcc < 1:110850/50‑1 (MQ=255) aagAAGGGCTAACGTGCAGGTTTTGTAGGTCGGATAAGGc > 1:2036014/3‑40 (MQ=255) aCGAAGGGCTAACGTGCAGGTTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGACACGGTATTCGGc > 1:5522408/1‑70 (MQ=255) aCGAAGGGCTAACGTGCAGGTTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGACACGGTATTCGGc > 1:4118069/1‑70 (MQ=255) cGAAGGGCTAACGTGCAGGTTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGACACGGTa > 1:1889811/1‑63 (MQ=255) cGAAGGGCTAACGTGCAGGTTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGACACGGTATTCGGc > 1:2485320/1‑69 (MQ=255) cGAAGGGCTAACGTGCAGGTTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGACACGGTATTCGGc > 1:2587815/1‑69 (MQ=255) cGAAGGGCTAACGTGCAGGTTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGACACGGTATTCGGCga < 1:5109667/71‑1 (MQ=255) cGAAGGGCTAACGTGCAGGTTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGACACGGTATTCGGCga < 1:2142700/71‑1 (MQ=255) cGAAGGGCTAACGTGCAGGTTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGACACGGTATTCGGCga < 1:3148350/71‑1 (MQ=255) cGAAGGGCTAACGTGCAGGTTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGACACGGTATTCGGCga < 1:4065407/71‑1 (MQ=255) | GCGTGCAGGTTTGGTATGCATGCGGGGGCAGATGCCAGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCTGGCCTACGAAGGGCTAACGTGCAGGTTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGACACGGTATTCGGCGA > minE/2952815‑2952953 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |