| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 364,252 | A→C | 7.1% | intergenic (‑124/+104) | intD ← / ← entD | predicted integrase/phosphopantetheinyltransferase component of enterobactin synthase multienzyme complex |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 364,252 | 0 | A | C | 7.1% | 235.3 / 7.1 | 88 | intergenic (‑124/+104) | intD/entD | predicted integrase/phosphopantetheinyltransferase component of enterobactin synthase multienzyme complex |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (28/52); new base C (2/4); total (31/57) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAGGCACCTGCTTTACACTTTCGCCCGTGGTCAGTGA > minE/364182‑364322 | gTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGTaa < 1:2843652/71‑1 (MQ=255) tCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGTAAt < 1:1395355/71‑1 (MQ=255) tCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGTAAt < 1:3955489/71‑1 (MQ=255) tAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGTAATccc > 1:562200/1‑71 (MQ=255) cGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATAATTCCCCg > 1:2286732/1‑70 (MQ=38) gAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCGCa < 1:2409012/71‑1 (MQ=255) aGGCACCGAGGCGTCGCATTATTCAGATGGTTAAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATCACTCCCCGccg > 1:836154/1‑69 (MQ=25) ggCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCGCata > 1:2950834/1‑71 (MQ=255) gCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCGCatat > 1:4952906/1‑71 (MQ=255) ccGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCGCATATCCg < 1:5560619/71‑1 (MQ=255) ccGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCGCATATCCg < 1:2431916/71‑1 (MQ=255) gAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCGCATATCCg > 1:1810174/1‑69 (MQ=255) gCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTgt < 1:3335641/71‑1 (MQ=255) gCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTgt < 1:4894170/71‑1 (MQ=255) gCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTgt < 1:2793360/71‑1 (MQ=255) cGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTgtc < 1:27048/71‑1 (MQ=255) cGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTgtc < 1:3884070/71‑1 (MQ=255) cGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTgtc < 1:3089825/71‑1 (MQ=255) gCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTgtcaggt < 1:1428624/71‑1 (MQ=255) aTTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATAATTCCCCgg < 1:5109511/52‑2 (MQ=21) aTTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCGCat > 1:3028239/1‑54 (MQ=255) aTTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTgtcaggtca < 1:2544896/71‑1 (MQ=255) ttcttcAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCGCa < 1:3372986/52‑1 (MQ=255) ttcttcAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTgtcaggtcag < 1:905760/71‑1 (MQ=255) cttcAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCg < 1:1806517/48‑1 (MQ=255) cttcAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCg < 1:1146509/48‑1 (MQ=255) cttcAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCg < 1:3533528/48‑1 (MQ=255) cttcAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCGCata > 1:1012614/1‑52 (MQ=255) cttcAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGa > 1:378251/1‑71 (MQ=255) cAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATgg > 1:2876018/1‑71 (MQ=255) aGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATgg > 1:2151260/1‑70 (MQ=255) aGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATgg < 1:3754195/70‑1 (MQ=255) aGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATgg < 1:5588450/70‑1 (MQ=255) aGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATgg < 1:3533815/70‑1 (MQ=255) aGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATgg < 1:144495/70‑1 (MQ=255) gATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATCACTCCCCGc < 1:4431313/44‑1 (MQ=17) gATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATCACTCCCCGc < 1:2800937/44‑1 (MQ=17) gATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATCACTCCCCGc < 1:5465470/44‑1 (MQ=17) gATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTgtc < 1:2368326/57‑1 (MQ=255) gATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTg < 1:3524858/55‑1 (MQ=255) gATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTa < 1:267666/71‑1 (MQ=255) aTGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATCACTCCCCGc < 1:1343803/43‑1 (MQ=17) aTGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTaa < 1:5298051/71‑1 (MQ=255) tGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATCACTCCCCGccg > 1:2353590/1‑42 (MQ=17) gTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAGGc < 1:3600188/71‑1 (MQ=255) gTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAGGc < 1:146877/71‑1 (MQ=255) tCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAGGCAc > 1:1017424/1‑71 (MQ=255) cAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGTAATGCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGTTa < 1:2695067/64‑1 (MQ=255) cAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAGGCAcc > 1:5314354/1‑71 (MQ=255) aaCCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGTAATCCCAGCATATCCgg > 1:1412841/1‑44 (MQ=255) aCCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCGCATATCCgg > 1:4019836/1‑43 (MQ=255) cccTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAGGCa < 1:3420571/66‑1 (MQ=255) cccTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAGGCACCTGc > 1:3995604/1‑71 (MQ=255) ccTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCGCATATCCGGt < 1:4715684/42‑1 (MQ=255) ccTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAGGCACCTGCt > 1:4766369/1‑71 (MQ=255) cTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAGGCACCTGCtt > 1:4162522/1‑71 (MQ=255) cTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAGGCACCTGCtt < 1:2503859/71‑1 (MQ=255) ttAAGTTAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTgtca > 1:3701311/1‑45 (MQ=255) ttAAGTTAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAGGCACCTGCtt > 1:4848505/1‑70 (MQ=255) tAAGTTAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTgtcaggtcag < 1:1210304/50‑1 (MQ=255) tAAGTTAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTgtcaggtcag < 1:4725854/50‑1 (MQ=255) tAAGTTAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAGGCACCTGCTTTa > 1:465375/1‑71 (MQ=255) aaGTTAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCTCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAGGc < 1:5327972/60‑1 (MQ=255) aaGTTAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAGGCACCTGc < 1:4638110/66‑1 (MQ=255) aaGTTAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAGGCACCTGCt > 1:1625373/1‑67 (MQ=255) aaGTTAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAGGCACCTGCTTTa < 1:5478611/70‑1 (MQ=255) aGTTAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAGGCACCTGCTTTaca < 1:1440890/71‑1 (MQ=255) aGTTAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAGGCACCTGCTTTac < 1:2728396/70‑1 (MQ=255) gTTAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGa < 1:2345616/49‑1 (MQ=255) gTTAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAGGCACCTGCTTTacac < 1:3171166/71‑1 (MQ=255) gTTAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAGGCACCTGCTTTacac < 1:1399369/71‑1 (MQ=255) tAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAGGCACCTGCTTTACACtt > 1:4479509/1‑71 (MQ=255) aGCGCTTATGGTAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAGGCACCTGCTTTACACt < 1:3006761/69‑1 (MQ=255) aGCGCTTATGGGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAGGCACCTGCTTTAGACttt > 1:2661505/1‑71 (MQ=255) aGCGCTTATGGGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAGGCACCTGCTTTACACttt > 1:4535145/1‑71 (MQ=255) cTTATGGGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAGGCACCTGCTTTACACTTTCGcc < 1:332597/71‑1 (MQ=255) aTGGGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAGGCACCTGCTTTACACTTTCGcc > 1:2834742/1‑68 (MQ=255) aTGGGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGGCAGGATGGTAAGGCACCTGCTTTACACTTTc < 1:504395/65‑1 (MQ=255) ggAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAGGCACCTGCTTTACACTTTCGCCCGTgg < 1:1982361/70‑1 (MQ=255) ggAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAGGCACCTGCTTTACACTTTCGCCCGTGGt < 1:2473681/71‑1 (MQ=255) aGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAGGCACCTGCTTTACACTTTCGCCCGTGGTCa < 1:3105773/71‑1 (MQ=255) aGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAGGCACCTGCTTTACACTTTCGCCCGTGGTCa < 1:2705510/71‑1 (MQ=255) gTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAGGCACCTGCTTTACACTTTc > 1:1868960/1‑59 (MQ=255) gTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAGGCACCTGCTTTACACTTTc > 1:5163661/1‑59 (MQ=255) gTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAGGCACCTGCTTTACACTTTCGCCCGt > 1:1447809/1‑65 (MQ=255) gTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAGGAACCTGCTTTACACTTTc > 1:2947952/1‑59 (MQ=255) tAATCCCCTCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAGGCACCTGCTTTACACtt < 1:4156386/56‑1 (MQ=255) tAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAGGCACCTGCTTTACACtt < 1:3765211/56‑1 (MQ=255) tAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAGGCACCTGCTTTACACTTTCGCCCGTGGTCAGt < 1:4836349/71‑1 (MQ=255) aTCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTaa > 1:3653221/1‑36 (MQ=255) aTCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAGGCAc > 1:3072496/1‑41 (MQ=255) aTCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAGGCAc > 1:4667110/1‑41 (MQ=255) aTCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAGGCACCTGCTTTACACTTTCGCCCGTGGTCAGTg < 1:3387137/70‑1 (MQ=255) aTCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAGGCACCTGCTTTACACTTTCGCCCGTGGTCAGTg < 1:2513450/70‑1 (MQ=255) aTCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAGGCACCTGCTTTACACTTTCGCCCGTGGTCAGTg < 1:3863716/70‑1 (MQ=255) aTCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAGGCACCTGCTTTACACTTTCGCCCGTGGTCAGTGa > 1:1467832/1‑71 (MQ=255) aTCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAGGCACCTGCTTTACACTTTCGCCCGTGGTCAGTGa > 1:1471042/1‑71 (MQ=255) aTCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAGGCACCTGCTTTACACTTTCGCCCGTGGTCAGTGa < 1:2297590/71‑1 (MQ=255) | GTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAGGCACCTGCTTTACACTTTCGCCCGTGGTCAGTGA > minE/364182‑364322 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |