| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 385,241 | G→A | 32.2% | V151I (GTC→ATC) | cstA → | carbon starvation protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 385,241 | 0 | G | A | 32.2% | 72.0 / 46.9 | 62 | V151I (GTC→ATC) | cstA | carbon starvation protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (21/21); new base A (10/10); total (31/31) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.92e-01 | |||||||||||
GGTGCGGTGCAGGATTTCATGGTGCTGTTTGTTTCTACGCGCCGTGACGGTCGC‑TCGCTGGGTGAGCTGGTCAAAGAAGAGATGGGGCCAACCGCCGGGGTGATTGCGCTGGTGGCCTGCTTTATGATCATGGTCA > minE/385172‑385307 | ggtgcggtgcAGGATTTCATGGTGCTGTTTGTTTCTACGCGCCGTGACGGTCGC‑TCGCTGGGTGAGCTGGt > 1:3763399/1‑71 (MQ=255) gtgcggtgcAGGATTTCATGGTGCTGTTTGTTTCTACGCGCCGTGACGGTCGC‑TCGCTGGGTGAGCTGGTc < 1:1909713/71‑1 (MQ=255) ggtgcAGGATTTCATGGTGCTGTTTGTTTCTACGCGCCGTGACGGTCGC‑TCGCTGGGTGAGCTGGTCAaag < 1:1055205/71‑1 (MQ=255) gtgcAGGATTTCATGGTGCTGTTTGTTTCTACGCGCCGTGACGCTCGC‑TCGCTGGGTGAGCTGGTCAaaga < 1:1892611/71‑1 (MQ=255) ggACTTTATGGTGCTGTTTATCTCCTCTCGCCGTAATGG‑CGCATCTCTTGGTGAGATGATCAAAGAagag < 1:1528555/70‑1 (MQ=255) aTTTCATGGTGCTGTTTGTTTCTACGCGCCGTGACGGTCGC‑TCGCTGGGTGAGCTGGTCAAAGAAGAGATg > 1:3716572/1‑71 (MQ=255) tttCATGGTGCTGTTTGTTTCTACGCGCCGTGACGGTCGC‑TCGCTGGGTGAGCTGGTCAAAGAAGAGATgg < 1:3741813/71‑1 (MQ=255) tttCATGGTGCTGTTTGTTTCTACGCGCCGTGACGGTCGC‑TCGCTGGGTGAGCTGGTCAAAGAAGAGATgg > 1:3351490/1‑71 (MQ=255) tCATGGTGCTGTTTGTTTCTACGCGCCGTGACGGTCGC‑TCGCTGGGTGAGCTGGTCAaagaa > 1:741553/1‑62 (MQ=255) tCATGGTGCTGTTTGTTTCTACGCGCCGTGACGGTCGC‑TCGCTGGGTGAGCTGGTCAaagaa > 1:1069574/1‑62 (MQ=255) tCATGGTGCTGTTTGTTTCTACGCGCCGTGACGGTCGC‑TCGCTGGGTGAGCTGGTCAaagaa > 1:4164555/1‑62 (MQ=255) tCATGGTGCTGTTTGTTTCTACGCGCCGTGACGGTCGC‑TCGCTGGGTGAGCTGGTCAAAGAAGAGATgggg > 1:1642879/1‑71 (MQ=255) tCATGGTGCTGTTTGTTTCTACGCGCCGTGACGGTCGC‑TCGCTGGGTGAGCTGGTCAAAGAAGAGATgggg > 1:2193180/1‑71 (MQ=255) taTGGTGCTGTTTATCTCCTCTCGCCGTAATGG‑CGCATCTCTTGGTGAGATGATCAAAGAagag > 1:4429809/2‑64 (MQ=255) aTGGTGCTGTTTATCTCCTCTCGCCGTAATGG‑CGCATCTCTTGGTGAGATGATCAAAGAAGAGATgggac < 1:5493565/70‑3 (MQ=255) aTGGTGCTGTTTATCTCCTCTCGCCGTAATGG‑CGCATCTCTTGGTGAGATGATCAAAGAAGAGATgggac < 1:4817021/70‑3 (MQ=255) gTGCTGTTTATCTCCTCTCGCCGTAATGG‑CGCATCTCTTGGTGAGATGATCAAAGAAGAGATGGGACCag < 1:5512658/70‑2 (MQ=255) cTGTTTGTTTCTACGCGCCGTGACGGTCGC‑TCGCTGGGTGAGCTGGTCaaa < 1:2023765/51‑1 (MQ=255) gtttgtttCTACGCGCCGTGACGGTCGC‑TCGCTGGGTGAGCTGGTCAaaga > 1:3286166/1‑51 (MQ=255) tttgtttCTACGCGCCGTGACGGTCGC‑TCGCTGGGTGAGCTGGTCaaa < 1:2671661/48‑1 (MQ=255) tttgtttCTACGCGCCGTGACGGTCGC‑TCGCTGGGTGAGCTGGTCaaa < 1:4307058/48‑1 (MQ=255) tttgtttCTACGCGCCGTGACGGTCGC‑TCGCTGGGTGAGCTGGTCAAAGAAGAGATGGGGCCAAccgccg < 1:4726214/70‑1 (MQ=255) ttgtttCTACGCGCCGTGACGGTCGC‑TCGCTGGGTGAGCTGGTCaaa > 1:3585794/1‑47 (MQ=255) tgtttCTACGCGCCGTGACGGTCGC‑TCGCTGGGTGAGCTGGTCaa > 1:3947781/1‑45 (MQ=255) tgtttCTACGCGCCGTGACGGTCGC‑TCGCTGGGTGAGCTGGTCaa > 1:1913823/1‑45 (MQ=255) tgtttCTACGCGCCGTGACGGTCGC‑TCGCTGGGTGAGCTGGTCAAAGAAgaga > 1:5420126/1‑53 (MQ=255) tgtttCTACGCGCCGTGACGGTCGC‑TCGCTGGGTGAGCTGGTCAAAGAAGAGATGGGGCCAACCGCCgggg > 1:4774703/1‑71 (MQ=255) tttCTACGCGCCGTGACGGTCGC‑TCGCTGGGTGAGCTGGTCAAagaaga < 1:2877875/49‑1 (MQ=255) tCTACGCGCCGTGACGGTCGC‑TCGCTGGGTGAGCTGGTCAaagaa > 1:390412/1‑45 (MQ=255) cTACGCGCCGTGACGGTCGC‑TCGCTGGGTGAGCTGGTCAAAGAAGAGATGGGGCCAAccg < 1:37237/60‑1 (MQ=255) gcgcCGTGACGGTCGC‑TCGCTGGGTGAGCTGGTCAAAGAAGAGATGGGGcc < 1:122803/51‑1 (MQ=255) ctcgccgtaatggcgcatctcttGGTGAGATGATCAaag > 1:3188056‑M1/24‑39 (MQ=255) ctcgccgtaatggcgcatctcttGGTGAGATGATCAaag > 1:2846759‑M1/24‑39 (MQ=255) ctcgccgtaatggcgcatctcttGGTGAGATGATCAaag > 1:1745845‑M1/24‑39 (MQ=255) ctcgccgtaatggcgcatctcttGGTGAGATGATCAaag > 1:5621722‑M1/24‑39 (MQ=255) ctcgccgtaatggcgcatctcttGGTGAGATGATCAAagaaga > 1:3695404‑M1/24‑43 (MQ=255) ctcgccgtaatggcgcatctcttGGTGAGATGATCAAagaaga > 1:3106716‑M1/24‑43 (MQ=255) tcgccgtaatggcgcatctcttGGTGAGATGATCAAAGAagag < 1:4256615‑M1/21‑1 (MQ=255) gccgtaatggcgcatctcttGGTGAGATGATCAaagaa < 1:475511‑M1/18‑1 (MQ=255) gccgtaatggcgcatctcttGGTGAGATGATCAAAGAAGAGATGGGACcag < 1:857612‑M1/31‑2 (MQ=255) ccGTGACGGTCGC‑TCGCTGGGTGAGCTGGTCAAAGAAGAGATGGGGCCAACCGCCGGGGTGATTGCGCtgg < 1:5085332/71‑1 (MQ=255) taatggcgcatctcttGGTGAGATGATCAAagaaga > 1:3596421‑M1/17‑36 (MQ=255) gACGGTCGC‑TCGCTGGGTGAGCTGGTCAAAGAAGAGATGGGGCCAACCGCCGGGGTGATTGCGCTGGTGGc > 1:968373/1‑71 (MQ=255) gACGGTCGC‑TCGCTGGGTGAGCTGGTCAAAGAAGAGATGGGGCCAACCGCCGGGGTGATTGCGCTGGTGGc > 1:2406027/1‑71 (MQ=255) aCGGTCGC‑TCGCTGGGTGAGCTGGTCAAAGAAGAGATgggg > 1:351411/1‑41 (MQ=255) atggcgcatctcttGGTGAGATGATCAAAGAAGAGATGGGACcag < 1:4448854‑M1/31‑2 (MQ=255) atggcgcatctcttGGTGAGATGATCAAAGAAGAGATGGGACcag < 1:4267046‑M1/31‑2 (MQ=255) atggcgcatctcttGGTGAGATGATCAAAGAAGAGATGGGACcag < 1:511134‑M1/31‑2 (MQ=255) atggcgcatctcttGGTGAGATGATCAAAGAAGAGATGGGACCa > 1:2087755‑M1/15‑44 (MQ=255) tggcgcatctcttGGTGAGATGATCAAAGAAgaga > 1:4054219‑M1/14‑35 (MQ=255) gctGGGTGAGCTGGTCAAAGAAGAGATGGGGCCAACCGCCGGGGTGATTGCGCTGGTGGCCTGCTTTATGa > 1:4633605/1‑71 (MQ=255) ctGGGTGAGCTGGTCAAAGAAGAGATGGGGCCAACCGCCGGGGTGATTGCGCTGGTGGCCTGCTTTATGAt < 1:1695858/71‑1 (MQ=255) tGGGTGAGCTGGTCAAAGAAGAGATTGGGCCAACCGCCGGGGTGATTg < 1:3204449/48‑1 (MQ=255) tGGGTGAGCTGGTCAAAGAAGAGATGGGGCCAACCGCCGGGGTGATTg < 1:101812/48‑1 (MQ=255) gggTGAGCTGGTCAAAGAAGAGATGGGGCCAACCGCCGGGGTGATTGCGCTGGTGGCCTGCtt > 1:1233697/1‑63 (MQ=255) gAGCTGGTCAAAGAAGAGATGGGGCCAACCGCCGGGGt < 1:5362216/38‑1 (MQ=255) gAGCTGGTCAAAGAAGAGATGGGGCCAACCGCCGGGGt < 1:443114/38‑1 (MQ=255) gAGCTGGTCAAAGAAGAGATGGGGCCAACCGCCGGGGTGATTGCGCTGGTGGCCTGCTTTATGATCATGGt > 1:2884073/1‑71 (MQ=255) aGCTGGTCAAAGAAGAGATGGGGCCAACCGCCGGGGTGATTGCGCTGGTGGCCTGCTTTATGATCATGGt < 1:5165371/70‑1 (MQ=255) gCTGGTCAAAGAAGAGATGGGGCCAACCGCCGGGGTGATTGCGCTGGTGGCCTGCTTTATGATCATGGTCa < 1:634859/71‑1 (MQ=255) tGGTCAAAGAAGAGATGGGGCCAACCGCCGGGGTGATTGCGCtggtg < 1:2910114/47‑1 (MQ=255) tGGTCAAAGAAGAGATGGGGCCAACCGCCGGGGTGATTGCGCtggtg < 1:3496006/47‑1 (MQ=255) gTCAAAGAAGAGATGGGGCCAACCGCCGGGGTGATTGCGCTGGTGGCCTGCttt < 1:26026/54‑1 (MQ=255) | GGTGCGGTGCAGGATTTCATGGTGCTGTTTGTTTCTACGCGCCGTGACGGTCGC‑TCGCTGGGTGAGCTGGTCAAAGAAGAGATGGGGCCAACCGCCGGGGTGATTGCGCTGGTGGCCTGCTTTATGATCATGGTCA > minE/385172‑385307 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |