| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 385,891 | G→A | 12.1% | G367G (GGG→GGA) ‡ | cstA → | carbon starvation protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 385,891 | 0 | G | A | 12.1% | 300.2 / 24.3 | 115 | G367G (GGG→GGA) ‡ | cstA | carbon starvation protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (41/60); new base A (9/5); total (50/65) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.49e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 118 total aligned reads displayed.
ATCTCTTCTGGGACCACGCCGAAGATGCTGGCGAACGAAGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTGTATCATCGATCCGGGCGTGTATT > minE/385823‑385961 | aTCTCTTCTGGGACCACGCCGAAGATGCTGGCGAACGAAGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGAt > 1:3010674/1‑71 (MQ=255) ctctTCTGGGACCACGCCGAAGATGCTGGCGAACGAAGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGt > 1:1357813/1‑71 (MQ=255) cttctGGGACCACGCCGAAGATGCTGGCGAACGAAGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGt > 1:4686747/1‑69 (MQ=255) cttctGCGACCACGCCGAAGATGCTGGAGAACGAAGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGt > 1:2410232/1‑69 (MQ=255) ttctGGGACCACGCCGAAGATGCTGGCGAACGAAGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTaa > 1:25075/1‑71 (MQ=255) tctGGGACCACGCCGAAGATGCTGGCGAACGAAGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGtt < 1:2364841/68‑1 (MQ=255) ctGGGACCACGCCGAAGATGCTGGCGAACGAAGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTa < 1:4011975/68‑1 (MQ=255) ctGGGACCACGCCGAAGATGCTGGCGAACGAAGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTa < 1:3034470/68‑1 (MQ=255) ctGGGACCACGCCGAAGATGCTGGCGAACGAAGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTa < 1:2760664/68‑1 (MQ=255) ctGGGACCACGCCGAAGATGCTGGCGAACGAAGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAAt > 1:1746415/1‑70 (MQ=255) ggACCACGCCGAAGATGCTGGCGAACGAAGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATgg < 1:5649198/69‑1 (MQ=255) gACCACGCCGAAGATGCTGGCGAACGAAGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAAt < 1:440833/71‑1 (MQ=255) gACCACGCCGAAGATGCTGGCGAACGAAGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAAt < 1:433986/71‑1 (MQ=255) ccACGCCGAAGATGCTGGCGAACGAAGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATcc < 1:4484983/71‑1 (MQ=255) ccACGCCGAAGATGCTGGCGAACGAAGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATcc < 1:2874289/71‑1 (MQ=255) aCGCCGAAGATGCTGGCGAACGAAGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCtt < 1:375380/71‑1 (MQ=255) caccGAAGATGCTGGCGAACGAAGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTGATGGAATCCtt < 1:4037163/68‑1 (MQ=255) caccGAAGATGCTGGCGAACGAAGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTGATGGAATCCtt < 1:409881/68‑1 (MQ=255) caccGAAGATGCTGGCGAACGAAGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTGATGGAATCCtt < 1:1252535/68‑1 (MQ=255) caccGAAGATGCTGGCGAACGAAGGGCAGACGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTGATGGAATCCtt < 1:5587177/68‑1 (MQ=255) cGCCGAAGATGCTGGCGAACGAAGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATg < 1:2363600/56‑1 (MQ=255) cGCCGAAGATGCTGGCGAACGAAGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTc > 1:3637276/1‑71 (MQ=255) cGCCGAAGATGCTGGCGAACGAAGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTc < 1:1682076/71‑1 (MQ=255) gCCGAAGATGCTGGCGAACGAAGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCg < 1:898131/71‑1 (MQ=255) ccGAAGATGCTGGCGAACGAAGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATGCTTCGt < 1:6528/71‑1 (MQ=255) ccGAAGATGCTGGCGAACGAAGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGt < 1:4641613/71‑1 (MQ=255) tGCTGGCGAACGAAGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTaa > 1:3732506/1‑51 (MQ=255) tGCTGGCGAACGAAGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTaa > 1:4227598/1‑51 (MQ=255) gCTGGCGAACGAAGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATcc > 1:3680521/1‑58 (MQ=255) gCTGGCGAACGAAGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTa > 1:1189088/1‑71 (MQ=255) gCTGGCGAACGAAGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTa > 1:3148184/1‑71 (MQ=255) gCTGGCGAACGAAGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTa > 1:2766293/1‑71 (MQ=255) gCTGGCGAACGAAGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTa > 1:2123505/1‑71 (MQ=255) ggCGAACGAAGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTaa < 1:3026065/47‑1 (MQ=255) gCGAACGAAGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTGATGGAATCCtt < 1:935580/56‑1 (MQ=255) gCGAACGAAGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGgc > 1:789094/1‑71 (MQ=255) gaacgaaGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTGATGGAATCCtt < 1:2906134/54‑1 (MQ=255) aacgaaGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGtt < 1:1339751/41‑1 (MQ=255) aacgaaGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGtt < 1:1279920/41‑1 (MQ=255) aacgaaGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGtt < 1:2094552/41‑1 (MQ=255) aacgaaGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGtt < 1:2114374/41‑1 (MQ=255) aacgaaGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGtt < 1:1505732/41‑1 (MQ=255) aacgaaGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCt < 1:2447684/71‑1 (MQ=255) acgaaGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATTGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTg > 1:2246043/1‑71 (MQ=255) cgaaGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAAt > 1:4450174/1‑47 (MQ=255) cgaaGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAAt > 1:4405294/1‑47 (MQ=255) gaaGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGa > 1:5062498/1‑58 (MQ=255) gaaGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGa > 1:620664/1‑58 (MQ=255) gaaGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGt < 1:4094316/71‑1 (MQ=255) gaaGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGt < 1:1472331/71‑1 (MQ=255) aaGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATg < 1:2573297/35‑1 (MQ=255) aaGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGtt > 1:4509184/1‑71 (MQ=255) aaGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGtt < 1:4389761/71‑1 (MQ=255) ggCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTcc < 1:5588546/71‑1 (MQ=255) ggCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTcc < 1:1768261/71‑1 (MQ=255) cAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGc > 1:4717433/1‑71 (MQ=255) gCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTg < 1:5210306/71‑1 (MQ=255) tGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCtt < 1:3634666/38‑1 (MQ=255) tGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCtt < 1:5316669/38‑1 (MQ=255) tGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTg < 1:63155/42‑1 (MQ=255) tGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTGTat > 1:5383460/1‑71 (MQ=255) cTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGa > 1:1709021/1‑44 (MQ=255) cTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTGTatca > 1:796552/1‑71 (MQ=255) cTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTGTatc < 1:2660878/70‑1 (MQ=255) cTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTGTatc < 1:382975/70‑1 (MQ=255) tttATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTAt < 1:1986052/47‑1 (MQ=255) tcaTCGGCTACGGCGCAATGCTGATGGAGTCCTTCGTGGCGATTa > 1:4385773/3‑45 (MQ=255) tcaTCGGCTACGGCGCAATGCTGATGGAGTCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTGCTGCGTCCatcatc > 1:4048213/3‑71 (MQ=255) tcaTCGGCTACGGCGCAATGCTGATGGAGTCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTGCTGCGTCCatcatc > 1:1024988/3‑71 (MQ=255) tcaTCGGCTACGGCGCAATGCTGATGGAGTCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTGCTGCGTCCatcatc > 1:5459176/3‑71 (MQ=255) tcaTCGGCTACGGCGCAATGCTGATGGAGTCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTGCTGCGTCCatcatc > 1:2478888/3‑71 (MQ=255) tcaTCGGCTACGGAGCAATGCTGATGGAGTCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTGCTGCGTCCatcatc > 1:1412700/3‑71 (MQ=255) tATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGAt < 1:714986/42‑1 (MQ=255) tATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGAt < 1:4782108/42‑1 (MQ=255) tATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTcc > 1:5249769/1‑58 (MQ=255) caTCGGCTACGGCGCAATGCTGATGGAGTCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTGCTGCGTCCatcatc > 1:2165164/2‑70 (MQ=255) aTCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTa > 1:2587767/1‑43 (MQ=255) aTCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTa > 1:400964/1‑43 (MQ=255) aTCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTGTATCATCg < 1:2067750/70‑1 (MQ=255) aTCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTGTATCATCg < 1:2290757/70‑1 (MQ=255) tCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTc > 1:2316601/1‑55 (MQ=255) tCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTGt > 1:3036305/1‑62 (MQ=255) tCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTGt > 1:3774717/1‑62 (MQ=255) tCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTGTatca < 1:43401/66‑1 (MQ=255) tCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTGTATCATCGa < 1:5618758/70‑1 (MQ=255) tCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTGTATCATCGa < 1:564175/70‑1 (MQ=255) tCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTGTATCATCGa < 1:3811882/70‑1 (MQ=255) tCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTGTATCATCGa < 1:342877/70‑1 (MQ=255) tCGGCTACGGCGCAATGCTGATGGAGTCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTGCTGCGTCCATCATCGaa > 1:4965950/1‑70 (MQ=255) cGGCTACGGCGCAATGCTGATGGAGTCCTTCGTGGCGAt < 1:5372381/39‑1 (MQ=12) ggCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTGTatcatc > 1:1404056/1‑66 (MQ=255) ggCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTGTatcatc > 1:3924332/1‑66 (MQ=255) ggCTACGGCGCAATGCTGATGGAGTCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTGCTGCGTCCATCATCGaac < 1:401342/70‑3 (MQ=255) ggCTACGGCGCAATGCTGATGGAGTCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTGCTGCGTCCATCATCGAAcc > 1:3009516/1‑71 (MQ=255) gCTACGGCGCAATGCTGATGGAGTCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTGCTGCGTCCATCATCGAACCg < 1:1752776/71‑1 (MQ=255) gCTACGGCGCAATGCTGATGGAGTCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTGCTGCGTCCATCATCGAACCg < 1:396407/71‑1 (MQ=255) cGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTGTATCATCGATCCggg < 1:1775997/69‑1 (MQ=255) tGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTg < 1:987350/51‑1 (MQ=255) gggATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTGTATCATCGATCCGGGCGTGTa > 1:4061144/1‑71 (MQ=255) gATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTGTatcatc < 1:2527693/55‑1 (MQ=255) | ATCTCTTCTGGGACCACGCCGAAGATGCTGGCGAACGAAGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTGTATCATCGATCCGGGCGTGTATT > minE/385823‑385961 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |