| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 386,443 | T→C | 19.5% | F551F (TTT→TTC) | cstA → | carbon starvation protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 386,443 | 0 | T | C | 19.5% | 171.9 / 34.1 | 82 | F551F (TTT→TTC) | cstA | carbon starvation protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (27/39); new base C (13/3); total (40/42) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.92e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CGTGGGGCTACTTCCTCCATCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGA > minE/386373‑386510 | cGTGGGGCTACTTCCTCCATCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGttt < 1:1226240/71‑1 (MQ=255) tGGGGCTACTTCCTCCATCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTgg < 1:461061/71‑1 (MQ=255) tGGGGCTACCTGCTGTATCAGGGCGTGGTTGATCCGCTGGGCGGCGTTAAGAGCCTGTGGCCGCTGTTCgg > 1:631643/1‑71 (MQ=255) ggCTACTTCCTCCATCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTAt > 1:3791246/1‑71 (MQ=255) ggCTACTTCCTCCATCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTAt < 1:143491/71‑1 (MQ=255) ttCCTCCATCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCaa > 1:3665008/1‑71 (MQ=255) tcctccATCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAAc > 1:568502/1‑71 (MQ=255) cctccATCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGttt > 1:1398909/1‑58 (MQ=255) cctccATCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTa > 1:405259/1‑62 (MQ=255) tgtaTCAGGGCGTGGTTGATCCGCTGGGCGGCGTTAAGAGCCTGTGGCCGCTGTTCGGTAt > 1:469441/4‑61 (MQ=255) ccATCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTa > 1:5199583/1‑59 (MQ=255) ccATCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTAt > 1:4503111/1‑60 (MQ=255) ccATCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTAt > 1:2478397/1‑60 (MQ=255) taTCAGGGCGTGGTTGATCCGCTGGGCGGCGTTAAGAGCCTGTGGCCGCTGTTCGGTATCTCCAACCAGa < 1:4894737/69‑1 (MQ=255) cATCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTAtt < 1:675295/60‑1 (MQ=255) aTCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGAt > 1:3166269/1‑70 (MQ=255) aTCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATg > 1:5089241/1‑71 (MQ=255) tCAGGGCGTGGTTGATCCGCTGGGCGGCGTTAAGAGCCTGTGGCCGCTGTTCgg > 1:21154/1‑54 (MQ=25) tCAGGGCGTGGTTGATCCGCTGGGCGGCGTTAAGAGCCTGTGGCCGCTGTTCGGTATCTCCAACCAGATGc < 1:3424525/71‑1 (MQ=255) tCAGGGCGTGGTTGATCCGCTGGGCGGCGTTAAGAGCCTGTGGCCGCTGTTCGGTATCTCCAACCAGATGc > 1:512031/1‑71 (MQ=255) tCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTgg < 1:4409241/54‑1 (MQ=255) tCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTgg < 1:5247843/54‑1 (MQ=255) tCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAAc < 1:2615699/64‑1 (MQ=255) tCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAg < 1:3803587/67‑1 (MQ=255) tCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGc > 1:3092143/1‑71 (MQ=255) aGGTCGTGGTTGATCCGCTGGGCGGCGTTAAGAGCCTGTGGCCGCTGTTCGGTATCTCCAACCAGATGCTg > 1:4025979/1‑71 (MQ=19) aGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGGATCAACACCCTGTGGCCGCTGTTCGGCATCGCCAACCAGATGCTg > 1:598713/1‑71 (MQ=255) aGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTa > 1:4872730/1‑54 (MQ=255) aGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTAtt > 1:2362930/1‑56 (MQ=255) aGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTg > 1:764011/1‑71 (MQ=255) aGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTg > 1:892867/1‑71 (MQ=255) cGTGGTTGATCCGCTGGGCGGCGTTAAGAGCCTGTGGCCGCTGTTCGGTATCTCCAACCAGATGCTGGCAg > 1:5376531/1‑71 (MQ=25) gTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAgg > 1:5403478/1‑71 (MQ=255) gTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAgg < 1:705262/71‑1 (MQ=255) gTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGttt > 1:793803/1‑42 (MQ=255) gTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGttt > 1:5442634/1‑42 (MQ=255) gTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGttt > 1:1523083/1‑42 (MQ=255) gTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGt > 1:4778075/1‑45 (MQ=255) ttgATCCGCTGGGCGGCGTTAAGAGCCTGTGGCCGCTGTTCGGTATCTCCAAc > 1:943000/3‑53 (MQ=16) ttgATCCGCTGGGCGGCGTTAAGAGCCTGTGGCCGCTGTTCGGTATCTCCAACCAGATGCTgg < 1:3797837/61‑1 (MQ=19) cGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTg > 1:4795395/1‑41 (MQ=255) gATCCGCTGGGCGGCGTTAAGAGCCTGTGGCCGCTGTTCGGt > 1:3596631/1‑42 (MQ=19) gATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTAt < 1:1805577/44‑1 (MQ=255) gATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGgc < 1:2984461/71‑1 (MQ=255) cGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCt < 1:5444251/70‑1 (MQ=255) cGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCt < 1:5492450/70‑1 (MQ=255) gCTGGGCGGCGTTAAGAGCCTGTGGCCGCTGTTCGGTATCTCCAACCAGa > 1:146458/1‑50 (MQ=255) gCTGGGCGGCGTTAAGAGCCTGTGGCCGCTGTTCGGTATCTCCAACCAGa > 1:2204434/1‑50 (MQ=255) gCTGGGCGGCGTTAAGAGCCTGTGGCCGCTGTTCGGTATCTCCAACCAGATGCTgg > 1:4957401/1‑56 (MQ=16) gCTGGGCGGCGTTAAGAGCCTGTGGCCGCTGTTCGGTATCTCCAACCAGATGCTgg > 1:1378796/1‑56 (MQ=16) gCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGAt < 1:2398335/63‑1 (MQ=255) gCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCt < 1:146810/69‑1 (MQ=255) gCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCt < 1:2758244/69‑1 (MQ=255) cTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGAt < 1:490666/62‑1 (MQ=255) ggcggcATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATg < 1:4941133/69‑1 (MQ=255) ggcggcATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGc < 1:1693235/70‑1 (MQ=255) ttAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTgg < 1:3298866/45‑1 (MQ=255) ttAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGcc < 1:4829369/71‑1 (MQ=255) aaaCACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATg > 1:4734756/2‑40 (MQ=255) aaCACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCgt > 1:1956186/1‑71 (MQ=255) aaCACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCgt > 1:3141143/1‑71 (MQ=255) acacTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGc > 1:1600008/1‑43 (MQ=255) acacTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCa > 1:891339/1‑44 (MQ=255) acacTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCa > 1:976486/1‑44 (MQ=255) acacTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCa > 1:2459854/1‑44 (MQ=255) acacTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCtgt > 1:5453234/1‑65 (MQ=255) acacTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCgtg > 1:22249/1‑71 (MQ=255) acTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCgtggc < 1:2690552/71‑2 (MQ=255) ctctGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCgtggtg < 1:4502642/71‑1 (MQ=255) tctGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTg < 1:2767654/37‑1 (MQ=255) tctGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTg < 1:5492434/37‑1 (MQ=255) tctGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTg < 1:3029552/37‑1 (MQ=255) tctGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTg < 1:4189455/37‑1 (MQ=255) tgtgGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGgtgt < 1:1902847/69‑1 (MQ=255) tgtgGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGgtgt < 1:1909524/69‑1 (MQ=255) tgGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGtgttgt < 1:2220919/70‑1 (MQ=255) tgGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTgttgtt < 1:3904189/71‑1 (MQ=255) gCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTGTGTGCCGTGGTGTTGTTc > 1:1524396/1‑70 (MQ=255) gCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTc < 1:1081807/70‑1 (MQ=255) ccGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCaa < 1:5119035/71‑1 (MQ=255) ccGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCaa < 1:1004850/71‑1 (MQ=255) cGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCgtg < 1:4678787/59‑1 (MQ=255) cGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCgtg < 1:1543935/59‑1 (MQ=255) cGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCaa < 1:897326/70‑1 (MQ=255) cTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGAt < 1:4090526/71‑1 (MQ=255) cTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGAt < 1:4079546/71‑1 (MQ=255) cTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGAt < 1:1507950/71‑1 (MQ=255) tttGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGa < 1:4236191/70‑1 (MQ=255) tttGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGa < 1:3445311/70‑1 (MQ=255) | CGTGGGGCTACTTCCTCCATCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGA > minE/386373‑386510 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |