| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 386,469 | G→C | 5.6% | G560A (GGG→GCG) ‡ | cstA → | carbon starvation protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 386,469 | 0 | G | C | 5.6% | 222.8 / 2.4 | 71 | G560A (GGG→GCG) ‡ | cstA | carbon starvation protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (23/44); new base C (2/2); total (25/46) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.09e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.93e-01 | |||||||||||
GTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGAAACGTCAACGTTACGCCTGGGTGGCGCT > minE/386399‑386538 | gTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAgg < 1:705262/71‑1 (MQ=255)gTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAgg > 1:5403478/1‑71 (MQ=255) gATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGgc < 1:2984461/71‑1 (MQ=255) cGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCt < 1:5492450/70‑1 (MQ=255) cGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCt < 1:5444251/70‑1 (MQ=255) gCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGAt < 1:2398335/63‑1 (MQ=255) gCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCt < 1:146810/69‑1 (MQ=255) gCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCt < 1:2758244/69‑1 (MQ=255) cTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGAt < 1:490666/62‑1 (MQ=255) ggcggcATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATg < 1:4941133/69‑1 (MQ=255) ggcggcATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGc < 1:1693235/70‑1 (MQ=255) ttAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGcc < 1:4829369/71‑1 (MQ=255) aaCACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCgt > 1:1956186/1‑71 (MQ=255) aaCACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCgt > 1:3141143/1‑71 (MQ=255) acacTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCtgt > 1:5453234/1‑65 (MQ=255) acacTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCgtg > 1:22249/1‑71 (MQ=255) acTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCgtggc < 1:2690552/71‑2 (MQ=255) ctctGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCgtggtg < 1:4502642/71‑1 (MQ=255) tgtgGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGgtgt < 1:1909524/69‑1 (MQ=255) tgtgGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGgtgt < 1:1902847/69‑1 (MQ=255) tgGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGtgttgt < 1:2220919/70‑1 (MQ=255) tgGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTgttgtt < 1:3904189/71‑1 (MQ=255) gCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTGTGTGCCGTGGTGTTGTTc > 1:1524396/1‑70 (MQ=255) gCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTc < 1:1081807/70‑1 (MQ=255) ccGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCaa < 1:5119035/71‑1 (MQ=255) ccGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCaa < 1:1004850/71‑1 (MQ=255) cGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCgtg < 1:1543935/59‑1 (MQ=255) cGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCgtg < 1:4678787/59‑1 (MQ=255) cGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCaa < 1:897326/70‑1 (MQ=255) cTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGAt < 1:1507950/71‑1 (MQ=255) cTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGAt < 1:4090526/71‑1 (MQ=255) cTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGAt < 1:4079546/71‑1 (MQ=255) tttGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGa < 1:4236191/70‑1 (MQ=255) tttGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGa < 1:3445311/70‑1 (MQ=255) cggTATCTCCAACCAGATGCTGGCAGCCGTAGCGCTGATACTGGGCACCGTTGTGCTGATTAAGATGaagc > 1:42089/2‑69 (MQ=255) ggTATCTCCAACCAGATGCTGGCAGCCGTAGCGCTGGTACTGGGCACCGTTGTGCTGATTAAGATGaagc < 1:3029975/70‑3 (MQ=255) ggTATCTCCAACCAGATGCTGGCAGCCGTAGCGCTGGTACTGGGCACCGTTGTGCTGATTAAGATGAAGCg > 1:4953888/1‑71 (MQ=255) tATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGAt < 1:3022940/63‑1 (MQ=255) tATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGAt < 1:1215862/63‑1 (MQ=255) tATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGAAACGt > 1:4084974/1‑70 (MQ=255) tATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGAAACGt > 1:1260441/1‑70 (MQ=255) aTTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGAAACGTc > 1:169844/1‑70 (MQ=255) tctccAACCAGATGCTGGCAGCCGTAGCGCTGGTACTGGGCACCGTTGTGCTGATTAAGATGaa < 1:83311/61‑1 (MQ=255) gCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGAAACGTCAACg > 1:5034588/1‑71 (MQ=255) gCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGAAACGTCAACg > 1:2495636/1‑71 (MQ=255) gCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGAAACGTCAACg > 1:2519130/1‑71 (MQ=255) cAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTTGTGTTGTTCAAGATGa < 1:3648264/59‑1 (MQ=255) cAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGa < 1:2647953/59‑1 (MQ=255) aCCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGAAACGTCAACGTTAc < 1:4907755/71‑1 (MQ=255) aCCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGAAACGTCAACGTTAc < 1:3394191/71‑1 (MQ=255) ccAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGaaa > 1:883964/1‑58 (MQ=255) ccAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGaaa > 1:3349362/1‑58 (MQ=255) ccAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGaaa > 1:399368/1‑58 (MQ=255) ccAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGaaa > 1:38327/1‑58 (MQ=255) ccAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGaaa > 1:1921479/1‑58 (MQ=255) ccAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGaaa > 1:3826783/1‑58 (MQ=255) ccAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGAAACGTCAACGTTACg > 1:4225943/1‑71 (MQ=255) aGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGtgttgt < 1:4303031/45‑1 (MQ=255) aGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGtgttgt < 1:3463705/45‑1 (MQ=255) aGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGtgttgt < 1:3550681/45‑1 (MQ=255) gATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGa < 1:2260098/53‑1 (MQ=255) gATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGa < 1:5393335/53‑1 (MQ=255) gATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGa < 1:665549/53‑1 (MQ=255) aTGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTGTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATg < 1:2513001/51‑1 (MQ=255) aTGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATg < 1:3714851/51‑1 (MQ=255) aTGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATg < 1:709535/51‑1 (MQ=255) gCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGAAACGTCAACGTTa > 1:2188059/1‑63 (MQ=255) tGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATTAAACGTCAACGTTACGCCTGGGTg > 1:5646910/1‑71 (MQ=255) tGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGAAACGTc > 1:4326924/1‑54 (MQ=255) tGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGAAACGTCAACGTTACGCCTGGGTg > 1:4514974/1‑71 (MQ=255) tGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGAAACGTCAACGTTACGCCTGGGTg > 1:439857/1‑71 (MQ=255) gCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGAt < 1:496917/44‑1 (MQ=255) gCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGAAACGTCAACGTTACGCCTGGGTg < 1:4342024/69‑1 (MQ=255) gggATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGAAACGTCAACGTTACGCCTGGGTGGCGCt < 1:1337188/71‑1 (MQ=255) gggATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGAAACGTCAACGTTACGCCTGGGTGGCGCt < 1:532881/71‑1 (MQ=255) gggATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGAAACGTCAACGTTACGCCTGGGTGGCGCt < 1:3191149/71‑1 (MQ=255) | GTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGAAACGTCAACGTTACGCCTGGGTGGCGCT > minE/386399‑386538 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |