| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 386,485 | C→G | 5.7% | L565L (CTC→CTG) | cstA → | carbon starvation protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 386,485 | 0 | C | G | 5.7% | 323.7 / 6.5 | 104 | L565L (CTC→CTG) | cstA | carbon starvation protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (51/47); new base G (3/3); total (54/50) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.44e-01 | |||||||||||
Only 100 of 108 total aligned reads displayed.
TTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGAAACGTCAACGTTACGCCTGGGTGGCGCTGGTACCAACGGCCTGGC > minE/386421‑386555 | ttAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGcc < 1:4829369/71‑1 (MQ=255) aaCACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCgt > 1:1956186/1‑71 (MQ=255) acacTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCgtg > 1:22249/1‑71 (MQ=255) acTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCgtggc < 1:2690552/71‑2 (MQ=255) ctctGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCgtggtg < 1:4502642/71‑1 (MQ=255) tgtgGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGgtgt < 1:1902847/69‑1 (MQ=255) tgtgGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGgtgt < 1:1909524/69‑1 (MQ=255) tgGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGtgttgt < 1:2220919/70‑1 (MQ=255) tgGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTgttgtt < 1:3904189/71‑1 (MQ=255) gCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTGTGTGCCGTGGTGTTGTTc > 1:1524396/1‑70 (MQ=255) gCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTc < 1:1081807/70‑1 (MQ=255) ccGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCaa < 1:1004850/71‑1 (MQ=255) ccGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCaa < 1:5119035/71‑1 (MQ=255) cGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCgtg < 1:4678787/59‑1 (MQ=255) cGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCgtg < 1:1543935/59‑1 (MQ=255) cGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCaa < 1:897326/70‑1 (MQ=255) cTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGAt < 1:4090526/71‑1 (MQ=255) cTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGAt < 1:4079546/71‑1 (MQ=255) tttGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGa < 1:3445311/70‑1 (MQ=255) tttGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGa < 1:4236191/70‑1 (MQ=255) ggTATCTCCAACCAGATGCTGGCAGCCGTAGCGCTGGTACTGGGCACCGTTGTGCTGATTAAGATGaagc < 1:3029975/70‑3 (MQ=255) ggTATCTCCAACCAGATGCTGGCAGCCGTAGCGCTGGTACTGGGCACCGTTGTGCTGATTAAGATGAAGCg > 1:4953888/1‑71 (MQ=255) tATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGAt < 1:3022940/63‑1 (MQ=255) tATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGAt < 1:1215862/63‑1 (MQ=255) tATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGAAACGt > 1:4084974/1‑70 (MQ=255) tATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGAAACGt > 1:1260441/1‑70 (MQ=255) aTTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGAAACGTc > 1:169844/1‑70 (MQ=255) tctccAACCAGATGCTGGCAGCCGTAGCGCTGGTACTGGGCACCGTTGTGCTGATTAAGATGaa < 1:83311/61‑1 (MQ=255) gCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGAAACGTCAACg > 1:5034588/1‑71 (MQ=255) gCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGAAACGTCAACg > 1:2495636/1‑71 (MQ=255) gCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGAAACGTCAACg > 1:2519130/1‑71 (MQ=255) cAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTTGTGTTGTTCAAGATGa < 1:3648264/59‑1 (MQ=255) cAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGa < 1:2647953/59‑1 (MQ=255) aCCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGAAACGTCAACGTTAc < 1:4907755/71‑1 (MQ=255) aCCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGAAACGTCAACGTTAc < 1:3394191/71‑1 (MQ=255) ccAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGaaa > 1:883964/1‑58 (MQ=255) ccAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGaaa > 1:3826783/1‑58 (MQ=255) ccAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGaaa > 1:38327/1‑58 (MQ=255) ccAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGaaa > 1:1921479/1‑58 (MQ=255) ccAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGaaa > 1:3349362/1‑58 (MQ=255) ccAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGaaa > 1:399368/1‑58 (MQ=255) ccAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGAAACGTCAACGTTACg > 1:4225943/1‑71 (MQ=255) aGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGtgttgt < 1:3550681/45‑1 (MQ=255) aGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGtgttgt < 1:4303031/45‑1 (MQ=255) aGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGtgttgt < 1:3463705/45‑1 (MQ=255) gATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGa < 1:5393335/53‑1 (MQ=255) gATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGa < 1:665549/53‑1 (MQ=255) gATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGa < 1:2260098/53‑1 (MQ=255) aTGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTGTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATg < 1:2513001/51‑1 (MQ=255) aTGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATg < 1:709535/51‑1 (MQ=255) aTGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATg < 1:3714851/51‑1 (MQ=255) tGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATTAAACGTCAACGTTACGCCTGGGTg > 1:5646910/1‑71 (MQ=255) tGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGAAACGTc > 1:4326924/1‑54 (MQ=255) tGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGAAACGTCAACGTTACGCCTGGGTg > 1:4514974/1‑71 (MQ=255) tGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGAAACGTCAACGTTACGCCTGGGTg > 1:439857/1‑71 (MQ=255) gCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGAt < 1:496917/44‑1 (MQ=255) gCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGAAACGTCAACGTTACGCCTGGGTg < 1:4342024/69‑1 (MQ=255) gggATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGAAACGTCAACGTTACGCCTGGGTGGCGCt < 1:1337188/71‑1 (MQ=255) gggATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGAAACGTCAACGTTACGCCTGGGTGGCGCt < 1:532881/71‑1 (MQ=255) gggATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGAAACGTCAACGTTACGCCTGGGTGGCGCt < 1:3191149/71‑1 (MQ=255) gATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGAAACGTCAACGtt > 1:4364511/1‑53 (MQ=255) gATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGAAACGTCAACGTTa > 1:1600408/1‑54 (MQ=255) gATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGAAACGTCAACGTTACGCCTGGGTGGCGCTgg < 1:5376025/71‑1 (MQ=255) aTGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGAAACGTCAACGTTACGCCTGGGTGGCGCTgg > 1:4953811/1‑70 (MQ=255) aTGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGAAACGTCAACGTTACGCCTGGGTGGCGCTgg > 1:5302921/1‑70 (MQ=255) aTGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGAAACGTCAACGTTACGCCTGGGTGGCGCTgg > 1:4361443/1‑70 (MQ=255) aTGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGAAACGTCAACGTTACGCCTGGGTGGCGCTgg > 1:1027559/1‑70 (MQ=255) aTGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGAAACGTCAACGTTACGCCTGGGTGGCGCTgg > 1:3415129/1‑70 (MQ=255) aTGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGAAACGTCAACGTTACGCCTGGGTGGCGCTgg > 1:2022396/1‑70 (MQ=255) tGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGAAACGTCAACGt < 1:3681295/50‑1 (MQ=255) gcgcTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGaa > 1:3751262/1‑38 (MQ=255) gcgcTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGAAACGTCa > 1:5274411/1‑44 (MQ=255) gcgcTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGAAACGTCAACGTTa > 1:3816738/1‑50 (MQ=255) gcgcTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGAAACGTCAACGTTa > 1:2691859/1‑50 (MQ=255) gcgcTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGAAACGTCAACGTTa > 1:2685257/1‑50 (MQ=255) gcgcTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGAAACGTCAACGTTACGCCTGGGTGGCGCTGGTAcc < 1:1590442/71‑1 (MQ=255) gcgcTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGAAACGTCAACGTTACGCCTGGGTGGCGCTGGTAcc < 1:192708/71‑1 (MQ=255) gcgcTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGAAACGTCAACGTTACGCCTGGGTGGCGCTGGTAcc < 1:1535042/71‑1 (MQ=255) gcTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGAAACGTCAACGTTACGCCTGGGTGGCGCTGGTAcc < 1:5460760/69‑1 (MQ=255) gcTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGAAACGTCAACGTTACGCCTGGGTGGCGCTGGTACCaa > 1:3190980/1‑71 (MQ=255) cTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGAAACGTc < 1:1180622/40‑1 (MQ=255) gATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGAAACGTCaa > 1:1450176/1‑40 (MQ=255) gATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGAAACGTCaa > 1:3630343/1‑40 (MQ=255) gATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGAAACGTCAACGTTACGCCTggg > 1:4112696/1‑53 (MQ=255) gATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGAAACGTCAACGTTACGCCTggg > 1:5464954/1‑53 (MQ=255) gATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGAAACGTCAACGTTACGCCTggg > 1:3380266/1‑53 (MQ=255) gATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGAAACGTCAACGTTACGCCTggg > 1:1224323/1‑53 (MQ=255) gATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGAAACGTCAACGTTACGCCTGGGTGGCGCTGGTACCAACgg > 1:5369586/1‑71 (MQ=255) aTGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGAAACGTCAACGTTACGCCTGGGTGGCGCt < 1:1452095/59‑1 (MQ=255) aTGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGAAACGTCAACGTTACGCCTGGGTGGCGCTGGTACCAACGGc > 1:1278781/1‑71 (MQ=255) aTGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGAAACGTCAACGTTACGCCTGGGTGGCGCTGGTACCAACGGc > 1:1347667/1‑71 (MQ=255) tGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGAAACGTCAACg > 1:5116559/1‑40 (MQ=255) tGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGAAACGTCAACg > 1:1421178/1‑40 (MQ=255) gCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGAAACGTCAACGTTACGCCTGGGTGGCGCTGGTa > 1:3167165/1‑61 (MQ=255) gCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGAAACGTCAACGTTACGCCTGGGTGGCGCTGGTACCAACGGCCt > 1:2232305/1‑71 (MQ=255) gCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGAAACGTCAACGTTACGCCTGGGTGGCGCTGGTACCAACGGCCt > 1:876248/1‑71 (MQ=255) ctctGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGAAACGTCAACGTTACGCCTGGGTGGCGCTGGTa > 1:861499/1‑60 (MQ=255) ctctGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGAAACGTCAACGTTACGCCTGGGTGGCGCTGGTACCAACGGCCTg > 1:5471761/1‑71 (MQ=255) tctGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGAAACGTCAACGTTACGCCTGGGTGGCGCTGGTACCAACGGCCTgg > 1:3610347/1‑71 (MQ=255) ctGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGAAACGTCAACGTTACGCCTGGGTGGCCCTGGTACCAACGGCCTGgc > 1:859883/1‑71 (MQ=255) | TTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGAAACGTCAACGTTACGCCTGGGTGGCGCTGGTACCAACGGCCTGGC > minE/386421‑386555 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |