| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 387,162 | T→C | 9.8% | Y28Y (TAT→TAC) | ybdD → | conserved hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 387,162 | 0 | T | C | 9.8% | 329.0 / 20.2 | 122 | Y28Y (TAT→TAC) | ybdD | conserved hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (64/46); new base C (7/5); total (71/51) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.05e-01 | |||||||||||
Only 100 of 126 total aligned reads displayed.
CAAAAGCCGGAAAATATTTAGGTCAGGCGGCGAAGCTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCGGGTTAACCATCCCGATCAAACGCCGATGACCTACGAAGAGTTTTTCCGTGAGCGG > minE/387095‑387231 | cAAAAGCCGGAAAATATTTAGGTCAGGCGGCGAAGCTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGt > 1:169441/1‑70 (MQ=255) aaaaGCCGGAAAATATTTAGGTCAGGCGGCGAAGCTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTc > 1:4569649/1‑70 (MQ=255) ccGGAAAATATTTAGGTCAGGCGGCGAAGCTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACa > 1:4169278/1‑70 (MQ=255) aaaaaaaTATCTCGGCCAGGCGGCGAAGATGTTGATTGGCATTCCAGACTACGACAACTACGTCGAGCata > 1:1375512/4‑71 (MQ=255) aaaaaTATCTCGGCCAGGCGGCGAAGATGTTGATTGGCATTCCAGACTACGACAACTACGTCGAGCATATg < 1:2994722/70‑1 (MQ=255) aaaaaTATCTCGGCCAGGCGGCGAAGATGTTGATTGGCATTCCAGACTACGACAACTACGTCGAGCATATg < 1:784947/70‑1 (MQ=255) aaaaTATCTCGGCCAGGCGGCGAAGATGTTGATTGGCATTCCAGACTACGACAACTACGTCGAGCATATg > 1:2617577/1‑70 (MQ=255) aaaTATTTAGGTCAGGCGGCGAAGCTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCg > 1:405943/1‑71 (MQ=255) aaaTATTTAGGTCAGGCGGCGAAGCTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCg > 1:331928/1‑71 (MQ=255) aaaTATTTAGGTCAGGCGGCGAAGCTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCg < 1:3826447/71‑1 (MQ=255) atatTTAGGTCAGGCGGCGAAGCTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCggg > 1:5142009/1‑71 (MQ=255) atTTAGGTCAGGCGGCGAAGCTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCGGGt > 1:1579984/1‑70 (MQ=255) atTTAGGTCAGGCGGCGAAGCTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCGGGt > 1:3907523/1‑70 (MQ=255) atTTAGGTCAGGCGGCGAAGCTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCGGGt > 1:3267710/1‑70 (MQ=255) tttAGGTCAGGCGGCGAAGCTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCGGGTTa < 1:3716080/71‑1 (MQ=255) tttAGGTCAGGCGGCGAAGCTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCGGGTTa < 1:4862363/71‑1 (MQ=255) ttAGGTCAGGCGGCGAAGCTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCGGGTTaa > 1:2608251/1‑71 (MQ=255) tAGGTCAGGCGGCGAAGCTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCGGGTTAAc > 1:4330098/1‑71 (MQ=255) aGGTCAGGCGGCGAAGCTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCGGGTTAAc < 1:342600/70‑1 (MQ=255) cggcgAAGATGTTGATTGGCATTCCAGACTACGACAACTACGTCGAGCATATgaa > 1:5111859/1‑53 (MQ=255) ggcgAAGCTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACata > 1:4862206/1‑50 (MQ=255) ggcgAAGCTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACata > 1:2670197/1‑50 (MQ=255) gcgAAGCTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCGGGTTAAcc < 1:4683993/61‑1 (MQ=255) gcgAAGCTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCGGGTTAACCATCCCGATCa < 1:4922145/71‑1 (MQ=255) cgAAGCTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCGGGTTa < 1:2599167/57‑1 (MQ=255) gAAGCTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAAc < 1:1450240/44‑1 (MQ=255) gAAGCTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAAc < 1:3675457/44‑1 (MQ=255) gAAGCTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCGGGTTAACCATCCCGATCaaa > 1:5554143/1‑71 (MQ=255) aaGCTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCGGGTTAACCATCCCGATCAAAc < 1:1930727/71‑1 (MQ=255) aGCTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGaa > 1:4688802/1‑41 (MQ=255) aGCTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACat > 1:3906435/1‑44 (MQ=255) aGCTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACat > 1:4705646/1‑44 (MQ=255) gCTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCgg > 1:4655295/1‑49 (MQ=255) gCTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCgg > 1:5383963/1‑49 (MQ=255) gCTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCgg > 1:141617/1‑49 (MQ=255) cTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGa < 1:3402980/38‑1 (MQ=255) cTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGa < 1:3094796/38‑1 (MQ=255) cTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGa < 1:1829094/38‑1 (MQ=255) cTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGa < 1:3186493/38‑1 (MQ=255) cTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCGGGTTAACCATc > 1:3332601/1‑58 (MQ=255) cTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCGGGTTAACCATCCCGATc < 1:2425918/64‑1 (MQ=255) cTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCGGGTTAACCATCCCGATCa > 1:2193423/1‑65 (MQ=255) cTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCGGGTTAACCATCCCGATCAAACGcc < 1:263657/71‑1 (MQ=255) cTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCGGGTTAACCATCCCGATCAAACGcc < 1:4857755/71‑1 (MQ=255) cTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCGGGTTAACCATCCCGATCAAACGcc < 1:4705111/71‑1 (MQ=255) cTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCGGGTTAACCATCCCGATCAAACGcc < 1:2756149/71‑1 (MQ=255) cTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCGGGTTAACCATCCCGATCAAACGc > 1:1988167/1‑70 (MQ=255) gatgatTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAAc > 1:504197/1‑38 (MQ=255) gatgatTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAAc > 1:1959478/1‑38 (MQ=255) gatgatTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCGGGTTa > 1:938213/1‑50 (MQ=255) gatgatTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCGGGTTAACCATCCCGATCAAACGCCg < 1:2939755/70‑1 (MQ=255) gatgatTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCGGGTTAACCATCCCGATCAAACGCCGa > 1:4499753/1‑71 (MQ=255) ttgatTGGCATTCCAGACTACGACAACTACGTCGAGCATATg < 1:2616689/41‑1 (MQ=255) ttgatTGGCATTCCAGACTACGACAACTACGTCGAGCATATg < 1:2812804/41‑1 (MQ=255) ttgatTGGCATTCCAGACTACGACAACTACGTCGAGCATATg < 1:4783303/41‑1 (MQ=255) atgatTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCGGGTTAAc > 1:1637707/1‑51 (MQ=255) atgatTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCGGGTTAAc > 1:2251007/1‑51 (MQ=255) atgatTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCGGGTTAACCATCCCGATCaaa > 1:3227089/1‑64 (MQ=255) atgatTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCGGGTTAACCATCCCGATCaaa > 1:790725/1‑64 (MQ=255) atgatTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCGGGTTAACCATCCCGATCAAACGCCGAt < 1:2675114/71‑1 (MQ=255) tgatTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACata > 1:5366212/1‑39 (MQ=255) tgatTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACata > 1:1283650/1‑39 (MQ=255) tgatTGGCATTCCAGACTACGACAACTACGTCGAGCATATgaa > 1:1488582/1‑41 (MQ=255) gatTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACa > 1:3130891/1‑36 (MQ=255) gatTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCGGGTTAACCATCCCGATCaaa > 1:906862/1‑62 (MQ=255) gatTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCGGGTTAACCATCCCGATCaaa > 1:1087035/1‑62 (MQ=255) gTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGATCATATGCGGGTTAACCATCCCGATCAAACGCCGATGAcc < 1:3956184/68‑1 (MQ=255) gTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCGGGTTAACCATCCCGATCAAACGCCGATGAcc < 1:4742001/68‑1 (MQ=255) tATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCGGGTTAACCATCCCGATCAAACGCCGATGACCTACg < 1:2161725/71‑1 (MQ=255) aTGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCGGGTTAACCATCCCGATCAAACGCCGATGAcc < 1:4525697/66‑1 (MQ=255) tGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCGGGTTAACCATCCCGATc < 1:2533314/51‑1 (MQ=255) tGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCGGGTTAACCATCCCGATCAAACGCCGATg < 1:962539/62‑1 (MQ=255) tGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCGGGTTAACCATCCCGATCAAACGCCGATg < 1:4388754/62‑1 (MQ=255) gCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCGGGTTAAcc < 1:477154/41‑1 (MQ=255) gCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCGGGTTAAcc < 1:3577061/41‑1 (MQ=255) gCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCGGGTTAACCTTCCCGATCa < 1:5054868/51‑1 (MQ=255) gCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCGGGTTAACCATCCCGATCAAACGCCGATg < 1:1597639/61‑1 (MQ=255) ccTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCGGGTTAACCATCCCGATCaaa > 1:4740736/1‑52 (MQ=255) tGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCGGGTTAACCATCCCg < 1:2534417/44‑1 (MQ=255) tGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCGGGTTAACCATCCCGATCAAACGCCGATGACCt > 1:3957920/1‑62 (MQ=255) aTTACGACAACTATGTCGAACATATGCGGGTTAACCATccc > 1:214245/1‑41 (MQ=255) aTTACGACAACTATGTCGAACATATGCGGGTTAACCATCCCGAt > 1:2376903/1‑44 (MQ=255) aTTACGACAACTATGTCGAACATATGCGGGTTAACCATCCCGATCAAACGcc < 1:600208/52‑1 (MQ=255) aTTACGACAACTATGTCGAACATATGCGGGTTAACCATCCCGATCAAACGCCGATGACCTACGAAGAGttt > 1:2478839/1‑71 (MQ=255) aTTACGACAACTATGTCGAACATATGCGGGTTAACCATCCCGATCAAACGCCGATGACCTACGAAGAGt < 1:3980287/69‑1 (MQ=255) ttACGACAACTATGTCGAACATATGCGGGTTAACCATCCCGATCAAACGCCGATGACCTACGAAGAGtttt < 1:2078956/71‑1 (MQ=255) ttACGACAACTATGTCGAACATATGCGGGTTAACCATCCCGATCAAACGCCGATGACCTACGAAGAGtttt > 1:3234825/1‑71 (MQ=255) tACGACAACTATGTCGAACATATGCGGGTTAACCATCCCGATCAAAc > 1:221348/1‑47 (MQ=255) tACGACAACTATGTCGAACATATGCGGGTTAACCATCCCGATCAAACGCCGATGACCTACGAAGAGttttt > 1:1891733/1‑71 (MQ=255) tACGACAACTATGTCGAACATATGCGGGTTAACCATCCCGATCAAACGCCGATGACCTACGAAGAGttttt > 1:3238392/1‑71 (MQ=255) tACGACAACTATGTCGAACATATGCGGGTTAACCATCCCGATCAAACGCCGATGACCTACGAAGAGttttt > 1:4407612/1‑71 (MQ=255) aaCTATGTCGAACATATGCGGGTTAACCATCCCGATCAAACGCCGATGACCTACGAAGAGTTTTTCCGt > 1:5380489/1‑69 (MQ=255) cTATGTCGAACATATGCGGGTTAACCATCCCGATCAAACGCCGAt > 1:4705012/1‑45 (MQ=255) cTATGTCGAACATATGCGGGTTAACCATCCCGATCAAACGCCGATGACCTACGAagag > 1:4536610/1‑58 (MQ=255) cTATGTCGAACATATGCGGGTTAACCATCCCGATCAAACGCCGATGACCTACGAagag > 1:5072475/1‑58 (MQ=255) cTATGTCGAACATATGCGGGTTAACCATCCCGATCAAACGCCGATGACCTACGAAGAGTTTTTCCGTg < 1:2508994/68‑1 (MQ=255) aTGTCGAACATATGCGGGTTAACCATCCCGATCAAACGCCGATGACCTACGAAGAGTTTTTCCGTGAGCgg > 1:1242304/1‑71 (MQ=255) tGTCGAACATATGCGGGTTAACCATCCCGATCAAACGCCGATGACCTACGAAGAGttt > 1:465094/1‑58 (MQ=255) tGTCGAACATATGCGGGTTAACCATCCCGATCAAACGCCGATGACCTACGAAGAGttt > 1:1299555/1‑58 (MQ=255) tGTCGAACATATGCGGGTTAACCATCCCGATCAAACGCCGATGACCTACGAAGAGTTTTTCCGTGAGCgg < 1:1479597/70‑1 (MQ=255) | CAAAAGCCGGAAAATATTTAGGTCAGGCGGCGAAGCTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCGGGTTAACCATCCCGATCAAACGCCGATGACCTACGAAGAGTTTTTCCGTGAGCGG > minE/387095‑387231 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |