| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 474,206 | G→C | 28.9% | G590R (GGT→CGT) ‡ | mngA → | fused 2‑O‑a‑mannosyl‑D‑glycerate specific PTS enzyme IIABC components |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 474,206 | 0 | G | C | 28.9% | 62.3 / 28.9 | 45 | G590R (GGT→CGT) ‡ | mngA | fused 2‑O‑a‑mannosyl‑D‑glycerate specific PTS enzyme IIABC components |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (15/17); new base C (5/8); total (20/25) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.45e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.43e-01 | |||||||||||
TGAAGATCCGCTGCGGGTTATTGGTTCGTTTGTGCTGGGCTCTATGGTAACGGGCGCTATTGTCGGTGCGATGAATATCGGCCTTTCGACACCCGGTGCCGGCATTTTCTCGCTCTTTTTACTTCATGATA > minE/474142‑474272 | tggagaacctcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcacccgTATTGTCCATGCGa > 1:5010402‑M2/58‑71 (MQ=255)tggagaacctcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcacacgTATTGTCCATGCGa > 1:5244862‑M2/58‑71 (MQ=255) gagaacctcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcacccgTATTGTCCATGCGATg < 1:2711398‑M2/16‑1 (MQ=255) agaacctcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcacccgTATTGTCCATGCGATGa < 1:4804581‑M2/17‑1 (MQ=255) aTCCGCTGCGGGTTATTGGTTCGTTTGTGCTGGGCTCTATGGTAACGGGCGCTATTGTCGGTGCGATg < 1:3479988/68‑1 (MQ=255) aTCCGCTGCGGGTTATTGGTTCGTTTGTGCTGGGCTCTATGGTAACGGGCGCTATTGTCGGTGCGATg < 1:4999640/68‑1 (MQ=255) cctcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcacccgTATTGTCCATGCGATGaataa < 1:5249368‑M2/21‑2 (MQ=255) cGCTGCGGGTTATTGGTTCGTTTGTGCTGGGCTCTATGGTAACGGGCGCTATTGTCGGTGc < 1:3902465/61‑1 (MQ=255) cGCTGCGGGTTATTGGTTCGTTTGTGCTGGGCTCTATGGTAACGGGCGCTATTGTCGGTGCGATGaa > 1:1811927/1‑67 (MQ=255) tcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcacccgTATTGTCCATGCGATGAata < 1:4058703‑M2/20‑1 (MQ=255) tcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcacccgTATTGTCCATGCGATGAata < 1:4495907‑M2/20‑1 (MQ=255) gCTGCGGGTTATTGGTTCGTTTGTGCTGGGCTCTATGGTAACGGGCGCTATTGTCGGTGCGATGAATATCg > 1:4838684/1‑71 (MQ=255) caaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcacccgTATTGTCCATGCGAtgaataaag > 1:1817938‑M2/48‑67 (MQ=255) caaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcacccgTATTGTCCATGCGAtgaataaag > 1:5173619‑M2/48‑67 (MQ=255) tGCGGGTTATTGGTTCGTTTGTGCTGGGCTCTATGGTAACGGGCGCTATTGTCGGTGCGATGAATATCGGc > 1:2283071/1‑71 (MQ=255) tGCGGGTTATTGGTTCGTTTGTGCTGGGCTCTATGGTAACGGGCGCTATTGTCGGTGCGATGAATATCGGc > 1:4553648/1‑71 (MQ=255) cGGGTTATTGGTTCGTTTGTGCTGGGCTCTATGGTAACGGGCGCTATTGTCGGTGCGATg < 1:3056980/60‑1 (MQ=255) cGGGTTATTGGTTCGTTTGTGCTGGGCTCTATGGTAACGGGCGCTATTGTCGGTGCGATGAATATCGGCCt < 1:3636949/71‑1 (MQ=255) gggTTATTGGTTCGTTTGTGCTGGGCTCTATGGTAACGGGCGCTATTGTCGGTGCGATGAATATCGGCCtt < 1:1056983/71‑1 (MQ=255) aTTGGTTCGTTTGTGCTGGGCTCTATGGTAACGGGCGCTATTGTCGGTGCGAt < 1:718183/53‑1 (MQ=255) aTTGGTTCGTTTGTGCTGGGCTCTATGGTAACGGGCGCTATTGTCGGTGCGATg < 1:5686770/54‑1 (MQ=255) aTTGGTTCGTTTGTGCTGGGCTCTATGGTAACGGGCGCTATTGTCGGTGCGATGAATATCGGCCTTTCGa > 1:805820/1‑70 (MQ=255) aTTGGTTCGTTTGTGCTGGGCTCTATGGTAACGGGCGCTATTGTCGGTGCGATGAATATCGGCCTTTCGa > 1:2590541/1‑70 (MQ=255) tGGTTCGTTTGTGCTGGGCTCTATGGTAACGGGCGCTATTGTCGGTGCGATGaa > 1:3000797/1‑54 (MQ=255) gctCGTTTGTGCTGGGCTCTATGGTAACGGGCGCTATTGTCGGTGCGATGAATATCGGCCtt < 1:5097813/60‑1 (MQ=255) gTTCGTTTGTGCTGGGCTCTATGGTAACGGGCGCTATTGTCGGTGCGATGAATATCGGCCTTTCGACAccc < 1:4697719/71‑1 (MQ=255) ttCGTTTGTGCTGGGCTCTATGGTAACGGGCGCTATTGTCGGTGCGATGaa < 1:3272099/51‑1 (MQ=255) ttCGTTTGTGCTGGGCTCTATGGTAACGGGCGCTATTGTCGGTGCGATGAATATCGGCCTTTCGACACCCg > 1:4403394/1‑71 (MQ=255) ttCGTTTGTGCTGGGCTCTATGCTAACGGGCGCTATTGTCGGTGCGAt < 1:1275760/48‑1 (MQ=255) tgtgCTGGGCTCTATGGTAACGGGCGCTATTGTCGGTGCGATg > 1:750622/1‑43 (MQ=255) tgtgCTGGGCTCTATGGTAACGGGCGCTATTGTCGGTGCGATGAATATCGGCCt > 1:4935542/1‑54 (MQ=255) tgtgCTGGGCTCTATGGTAACGGGCGCTATTGTCGGTGCGATGAATATCGGCCTTTCGACACCCGGTGCCg > 1:1625234/1‑71 (MQ=255) atcagtaagttggcagcatcacccgTATTGTCCATGCGAt < 1:2512573‑M2/15‑1 (MQ=255) atcagtaagttggcagcatcacccgTATTGTCCATGCGAt < 1:4546693‑M2/15‑1 (MQ=255) tGGGCTCTATGGTAACGGGCGCTATTGTCGGTGCGATGAATATCGGCCTTTCGACACCCGGTGCCGGCAtt > 1:2011160/1‑71 (MQ=255) taagttggcagcatcacccgTATTGTCCATGCGATGAata < 1:291866‑M2/20‑1 (MQ=255) ggCTCTATGGTAACGGGCGCTATTGTCGGTGCGAGGAATATCGGCCTTTCGACACCCGGTGCCGGCAttt < 1:470756/70‑1 (MQ=255) gttggcagcatcacccgTATTGTCCATGCGATGAat > 1:784481‑M2/18‑36 (MQ=255) aTGGTAACGGGCGCTATTGTCGGTGCGATGAATATCGGCCTTTCGACACCCGGTGCCGGCATTTTCTCGct > 1:2208112/1‑71 (MQ=255) aTGGTAACGGGCGCTATTGTCGGTGCGATGAATATCGGCCTTTCGACACCCGGTGCCGGCATTTTCTCGc > 1:1992889/1‑70 (MQ=255) aCGGGCGCTATTGTCGGTGCGATGAATATCGGCCTTTCGACACCCGGTGCCGGCATTTTCTCGCTCtttt < 1:3490345/70‑1 (MQ=255) tATTGTCGGTGCGATGAATATCGGCCTTTCGACACCCGGTGCCGGCAttt < 1:1398674/50‑1 (MQ=255) aTTGTCGGTGCGATGAATATCGGCCTTTCGACACCCGGTGCCGGCATTTTCTCGct < 1:3147454/56‑1 (MQ=255) tGTCGGTGCGATGAATATCGGCCTTTCGACACCCGGTGCCGGCATTTTCTCGCTCTTTTTACTTCATGAt > 1:1091254/1‑70 (MQ=255) gTCGGTGCGATGAATATCGGCCTTTCGACACCCGGTGCCGGCATTTTCTCGCTCTTTTTACTTCATGATa < 1:194585/70‑1 (MQ=255) | TGAAGATCCGCTGCGGGTTATTGGTTCGTTTGTGCTGGGCTCTATGGTAACGGGCGCTATTGTCGGTGCGATGAATATCGGCCTTTCGACACCCGGTGCCGGCATTTTCTCGCTCTTTTTACTTCATGATA > minE/474142‑474272 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |