| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 509,855 | G→C | 29.6% | intergenic (+80/‑103) | ybhI → / → ybhJ | predicted transporter/predicted hydratase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 509,855 | 0 | G | C | 29.6% | 181.3 / 90.1 | 124 | intergenic (+80/‑103) | ybhI/ybhJ | predicted transporter/predicted hydratase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (41/46); new base C (19/17); total (61/63) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.92e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.64e-01 | |||||||||||
Only 100 of 130 total aligned reads displayed.
GTTGCATGTGCTGCGTCTGCGTTCGCTCACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAATTATTTAGAGTATATCCATTTATTATCTTTCTG > minE/509796‑509922 | gTTGCATGTGCTGCGTCTGCGTTCGCTCACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGc < 1:3917907/71‑1 (MQ=32) tGCATGTACTGCGACTGCGTTCGTTCACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGCGATTCACTCGCtt > 1:2246424/1‑71 (MQ=11) gCATGTGCTGCGTCTGCGTTCGCTCACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCtt < 1:4398392/70‑1 (MQ=35) cATGTACTGCGACTGCGTTCGTTCACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGCGATTCACTCGCTTg < 1:4247990/70‑1 (MQ=11) aTGTGCTGCGTCTGCGTTCGCTCACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTc > 1:299285/1‑71 (MQ=34) tgtaCTGCGACTGCGTTCGTTCACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGCGATTCACTCGCTTGTc > 1:4104332/1‑70 (MQ=11) tgtaCTGCGACTGCGTTCGTTCACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGCGATTCACTCGCTTGTCg > 1:2072234/1‑71 (MQ=11) tgctgcGTCTGCGTTCGCTCACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCg > 1:1710652/1‑69 (MQ=35) ctgcgtctgcgtTCGCTCACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCt < 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gtTCGCTCACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTc < 1:986044/71‑1 (MQ=34) ttCGTTCACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGCGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCg < 1:4017750/71‑1 (MQ=255) ttCGCTCACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCg < 1:5316206/71‑1 (MQ=34) cgttCACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGCGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGaa > 1:354176/4‑71 (MQ=255) cGCTCACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGa < 1:1349882/70‑1 (MQ=35) cTCACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAatt < 1:3511862/71‑1 (MQ=34) cACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGCGATTCACTCg > 1:4693114/1‑43 (MQ=12) cACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGCGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAatta < 1:1246488/70‑1 (MQ=25) cACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGCGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAatta < 1:1828544/70‑1 (MQ=25) cACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGCGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAatta < 1:2914416/70‑1 (MQ=25) aCCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAattatt > 1:436627/1‑71 (MQ=34) aCCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAattatt > 1:1640462/1‑71 (MQ=34) aCCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAattatt < 1:1210634/71‑1 (MQ=34) aCCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAattat < 1:4421238/70‑1 (MQ=35) aCCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGCGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAattatt < 1:5577780/71‑1 (MQ=21) aCCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGCGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAattatt < 1:4779509/71‑1 (MQ=21) aCCCCAGTAACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAattatt < 1:2074592/71‑1 (MQ=21) cccAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAATTATTTa < 1:4451343/71‑1 (MQ=34) cAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCt < 1:1298574/48‑1 (MQ=38) cAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAATTATTTa > 1:2183000/1‑69 (MQ=35) 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acttacttATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAATTATTTAGAGtata > 1:5515768/1‑71 (MQ=35) acttacttATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAATTATTTAGAGtat < 1:5058157/70‑1 (MQ=35) acttacttATGTAAGCTCCTGGCGATTCACTCGCTTGTCGCCTTc > 1:2311532/1‑45 (MQ=255) acttacttATGTAAGCTCCTGGCGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAAc > 1:1850745/1‑52 (MQ=255) acgtacttcTGTACGCTCCCGGGGATTCACTCACTTGCCGCCTTGATGCAACCTGAATGATTTTGTGtata > 1:3672658/4‑71 (MQ=2) cgtacttcTGTACGCTCCCGGGGATTCACTCACTTGCCGCCTTGATGCAACCTGAATGATTTTGTGTatat > 1:5650521/3‑71 (MQ=2) gtacttcTGTACGCTCCAGGGGATTCACTCACTTGCCGCCTTGATGCAACCTGAATGATTTTGTGTatat > 1:3334416/2‑70 (MQ=2) tacttaTGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTc > 1:82524/1‑42 (MQ=38) tacttaTGTAAGCTCCTGGCGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAattatt < 1:3396562/59‑1 (MQ=255) acttcTGTACGCTCCCGGGGATTCACTCACTTGCCGCCTTGATGCAACCTGAATGATTTTGTGTatattac > 1:128915/1‑68 (MQ=2) acttaTGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTc > 1:4853886/1‑41 (MQ=38) acttaTGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAattat > 1:4677619/1‑57 (MQ=35) cttaTGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGc < 1:3119611/36‑1 (MQ=40) cttaTGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGc < 1:1399226/36‑1 (MQ=40) aTGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAattatt < 1:358457/54‑1 (MQ=35) aTGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAattatt < 1:2641988/54‑1 (MQ=35) tGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCg < 1:3287929/46‑1 (MQ=38) tGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAATTATTTAGAGtatga < 1:2033647/63‑3 (MQ=14) gTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGa < 1:2312650/46‑1 (MQ=38) gTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGa < 1:2878486/46‑1 (MQ=38) gTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGa < 1:1611926/46‑1 (MQ=38) gTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGa < 1:1582643/46‑1 (MQ=38) tAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCaa > 1:4795826/1‑40 (MQ=40) tAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAATTATTTAGAGTATATCCATttatt < 1:981129/70‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) ccTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAATTATTTa > 1:5409363/1‑47 (MQ=38) cTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAatta < 1:5241402/42‑1 (MQ=38) cTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAATTATTTagag < 1:5452214/49‑1 (MQ=38) cTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAATTATTTag < 1:3288349/47‑1 (MQ=38) cTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAATTATTTAGAGTATATCCAttt < 1:3773579/60‑1 (MQ=255) tGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAATTAttt < 1:110257/44‑1 (MQ=38) ggggATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAATTATTTAGAGTATATCCATTTATTATCTTTCTg > 1:3696160/1‑70 (MQ=255) gggATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAattatt < 1:5470878/41‑1 (MQ=38) ggATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAattatt < 1:5017113/40‑1 (MQ=40) ggATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAATTATTTa < 1:5200021/42‑1 (MQ=38) ggATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAATTATTTa < 1:796653/42‑1 (MQ=38) ggATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAATTATTTAGAGTATATCCATttat > 1:3390539/1‑58 (MQ=255) | GTTGCATGTGCTGCGTCTGCGTTCGCTCACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAATTATTTAGAGTATATCCATTTATTATCTTTCTG > minE/509796‑509922 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |