| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 558,987 | T→A | 9.8% | R78R (CGT→CGA) ‡ | cmr → | multidrug efflux system protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 558,987 | 0 | T | A | 9.8% | 134.3 / 6.9 | 51 | R78R (CGT→CGA) ‡ | cmr | multidrug efflux system protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (25/21); new base A (2/3); total (27/24) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.56e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.34e-01 | |||||||||||
CTACTTCGATGACCGCGTATCTGGCGGGCGGGATGTTTTTACAATGGCTGCTGGGGCCGCTGTCGGATCGTATTGGTCGCCGTCCGGTGATGCTGGCGGGAGTGGTGTGGTTTATCGTCACCTGTCTGGCAATATTGC > minE/558917‑559054 | cTACTTCGATGACCGCGTATCTGGCGGGCGGGATGTTTTTACAATGGCTGCTGGGGCCGCTGTCGTATCGt < 1:2509527/71‑1 (MQ=255)cTACTTCGATGACCGCGTATCTGGCGGGCGGGATGTTTTTACAATGGCTGCTGGGGCCGCTGTCGGATCGt < 1:1168012/71‑1 (MQ=255) cGATGACCGCGTATCTGGCGGGCGGGATGTTTTTACAATGGCTGCTGGGGCCGCTGTCGGATCGTa > 1:2171554/1‑66 (MQ=255) cGATGACCGCGTATCTGGCGGGCGGGATGTTTTTACAATGGCTGCTGGGGCCGCTGTCGGATCGTATTg < 1:2587475/69‑1 (MQ=255) cGATGACCGCGTATCTGGCGGGCGGGATGTTTTTACAATGGCTGCTGGGGCCGCTGTCGGATCGTATTg < 1:4481084/69‑1 (MQ=255) cGATGACCGCGTATCTGGCGGGCGGGATGTTTTTACAATGGCTGCTGGGGCCGCTGTCGGATCGTATTGGt > 1:983826/1‑71 (MQ=255) cGATGACCGCGTATCTGGCGGGCGGGATGTTTTTACAATGGCTGCTGGGGCCGCTGTCGGATCGTATTGGt > 1:648688/1‑71 (MQ=255) aCCGCGTATCTGGCGGGCGGGATGTTTTTACAATGGCTGCTGGGGCCGCTGTCGGATCGTATTGGTCGcc < 1:4582602/70‑1 (MQ=255) cgcgTATCTGGCGGGCGGGATGTTTTTACAATGGCTGCTGGGGCCGCTGTCGGATCGTATTGGTCGCCGTc > 1:2157784/1‑71 (MQ=255) tctATCTTGCTGGCGGTATGGCGTTACAGTGGCTGCTGGGGCCGCTTTCCGACAGAATTGGCCGCAGGCCg > 1:1792202/3‑71 (MQ=255) cgTATCTGGCGGGCGGGATGTTTTTACAATGGCTGCTGGGGCCGCTGTCGGATCGTATTGGTCGCCGTcc < 1:2524799/70‑1 (MQ=255) gTATCTGGCGGGCGGGATGTTTTTACAATGGCTGCTGGGGCCGCTGTCGGATCGTATTGGTCGCCGTCCgg < 1:3187092/71‑1 (MQ=255) gTATCTGGCGGGCGGGATGTTTTTACAATGGCTGCTGGGGCCGCTGTCGGATCGTATTGGTCGCCGTCCgg < 1:5559143/71‑1 (MQ=255) tCTTGCTGGCGGTATGGCGTTACAGTGGCTGCTGGGGCCGCTTTCCGACAGAATTGGCCg < 1:4474671/60‑1 (MQ=255) tCTTGCTGGCGGTATGGCGTTACAGTGGCTGCTGGGGCCGCTTTCCGACAGAATTGGCCGCAGGCCgg < 1:2676914/68‑1 (MQ=255) tCTTGCTGGCGGTATGGCGTTACAGTGGCTGCTGGGGCCGCTTTCCGACAGAATTGGCCGCAGGCCgg < 1:3590787/68‑1 (MQ=255) gATGTTTTTACAATGGCTGCTGGGGCCGCTGTCGGATCGTATTGGTCGCCGTCCGGTGATGCTGGCGGGAg < 1:4317998/71‑1 (MQ=255) gTTTTTACAATGGCTGCTGGGGCCGCTGTCGGATCGTATTGGTCg > 1:367359/1‑45 (MQ=255) gTTTTTACAATGGCTGCTGGGGCCGCTGTCGGATCGTATTGGTCg > 1:3151194/1‑45 (MQ=255) tttttACAATGGCTGCTGGGGCCGCTGTCGGATCGTATTGGTCGCCGTcc < 1:1351681/50‑1 (MQ=255) tttACAATGGCTGCTGGGGCCGCTGTCGGATCGTATTGGTCGCCGTCCGGTg > 1:2286765/1‑52 (MQ=255) tttACAATGGCTGCTGGGGCCGCTGTCGGATCGTATTGGTCGCCGTCCGGTGa > 1:776816/1‑53 (MQ=255) aCAGTGGCTGCTGGGGCCGCTTTCCGACAGAATTGGCCGCAGGCCg > 1:3574839/1‑46 (MQ=255) gctgctGGGGCCGCTGTCGGATCGTATTGGTCGCCGTCCGGTGATGCTGGCGGGAGTGGTGTGGTTTATc < 1:1111768/70‑1 (MQ=255) gctgctGGGGCCGCAGTCGGATCGTATTGGTCGCCGTCCGGTGATGc > 1:150117/1‑47 (MQ=255) tgctgGGGCCGCTGTCGGATCGTATTGGTCGCCGTCCGGTGATGCTGGCGGGAgtggtgtggt > 1:507946/1‑63 (MQ=255) gctgGGGCCGCTGTCGGATCGTATTGGTCGCCGTCCGGTGATGCTGGCGGGAgtggtgtg > 1:3568688/1‑60 (MQ=255) gctgGGGCCGCTGTCGGATCGTATTGGTCGCCGTCCGGTGATGCTGGCGGGAGTGGTGTGGTTTATCGTCa > 1:2452505/1‑71 (MQ=255) ctgGGGCCGCTGTCGGATCGTATTGGTCGCCGTCCGGTGATGCTGGCGGGAGTGGTGTGGTTTATCGTc < 1:4031155/69‑1 (MQ=255) ggggCCGCTGTCGGATCGTATTGGTCGCCGTCCGGTGATGCTGGCGGGAgtggtgtgg > 1:5454846/1‑58 (MQ=255) cGCTGTCGGATCGTATTGGTCGCCGTCCGGTGATGCTGGCggg < 1:1160401/43‑1 (MQ=255) cGCTGTCGGATCGTATTGGTCGCCGTCCGGTGATGCTGGCggg < 1:5176543/43‑1 (MQ=255) tCGGATCGTATTGGTCGCCGTCCGGTGATGCTGGCGGGAgtg < 1:5502867/42‑1 (MQ=255) tCGGATCGTATTGGTCGCCGTCCGGTGATGCTGGCGGGAgtg < 1:3973549/42‑1 (MQ=255) tCGGATCGTATTGGTCGCCGTCCGGTGATGCTGGCGGGAGTGGTGTGGtt > 1:4896074/1‑50 (MQ=255) tCGGATCGTATTGGTCGCCGTCCGGTGATGCTGGCGGGAGTGGTGTGGTTTa > 1:3870143/1‑52 (MQ=255) tCGGATCGTATTGGTCGCCGTCCGGTGATGCTGGCGGGAGTGGTGTGGTTTATc < 1:5011852/54‑1 (MQ=255) tCGGATCGTATTGGTCGCCGTCCGGTGATGCTGGCGGGAGTGGTGTGGTTTATCGTCACCTGTCTGGCaa < 1:4420962/70‑1 (MQ=255) tCGGATCGTATTGGTCGCCGTCCGGTGATGCTGGCGGGAGTGGTGTGGTTTATCGTCACCTGTCTGGCaa < 1:3473048/70‑1 (MQ=255) tCGGATCGTATTGGTCGCCGTCCGGTGATGCTGGCGGGAGTGGTGTGGTTTATCGTCACCTGTCTGGCaa < 1:1857765/70‑1 (MQ=255) tCGGATCGTATTGGTCGCCGTCCGGTGATGCTGGCGGGAGTGGTGTGGTTTATCGTCACCTGTCTGGCAat < 1:3471494/71‑1 (MQ=255) tCGGATAGTATTGGTCGCCGTCCGGTGATGCTGGCGGGAGTGGTGTGGTTTa > 1:4902140/1‑52 (MQ=255) tCGGACCGTATTGGTCGCCGTCCGGTGATGCTGGCGGGAGTGGTGTGGTTTa > 1:1146864/1‑52 (MQ=255) ggATCGTATTGGTCGCCGTCCGGTGATGCTGGCGGGAGTGGTGTGGTTTATCGTCACCTg > 1:3027490/1‑60 (MQ=255) ggATCGTATTGGTCGCCGTCCGGTGATGCTGGCGGGAGTGGTGTGGTTTATCGTCACCTGTCTGGCaa < 1:3168184/68‑1 (MQ=255) ggATCGTATTGGTCGCCGTCCGGTGATGCTGGCGGGAGTGGTGTGGTTTATCGTCACCTGTCTGGCAata > 1:2033159/1‑70 (MQ=255) ggATCGTATTGGTCGCCGTCCGGTGATGCTGGCGGGAGTGGTGTGGTTTATCGTCACCTGTCTGGCAata > 1:2810463/1‑70 (MQ=255) ggATCGTATTGGTCGCCGTCCGGTGATGCTGGCGGGAGTGGTGTGGTTTATCGTCACCTGTCTGGCAata > 1:505052/1‑70 (MQ=255) ggATCGTATTGGTCGCCGTCCGGTGATGCTGGCGGGAGTGGTGTGGTTTATCGTCACCTGTCTGGCAata > 1:3764290/1‑70 (MQ=255) ggATCGTATTGGTCGCCGTCCGGTGATGCTGGCGGGAGTGGTGTGGTTTATCGTCACCTGTCTGGCAata > 1:2849882/1‑70 (MQ=255) gATCGTATTGGTCGCCGTCCGGTGATGCTGGCGGGAGTGGTGTGGttt < 1:1103271/48‑1 (MQ=255) tCGTATTGGTCGCCGTCCGGTGATGCTGGCGGGAGTGGTGTGGTTTATc > 1:3124240/1‑49 (MQ=255) tCGTATTGGTCGCCGTCCGGTGATGCTGGCGGGAGTGGTGTGGTTTATCGTCACCTGTCTGGCAATATTGc > 1:3998887/1‑71 (MQ=255) | CTACTTCGATGACCGCGTATCTGGCGGGCGGGATGTTTTTACAATGGCTGCTGGGGCCGCTGTCGGATCGTATTGGTCGCCGTCCGGTGATGCTGGCGGGAGTGGTGTGGTTTATCGTCACCTGTCTGGCAATATTGC > minE/558917‑559054 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |