| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 15,386 | C→T | 40.7% | intergenic (+88/+59) | dnaJ → / ← mokC | chaperone Hsp40, co‑chaperone with DnaK/regulatory protein for HokC, overlaps CDS of hokC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 15,386 | 0 | C | T | 40.7% | 51.2 / 92.4 | 89 | intergenic (+88/+59) | dnaJ/mokC | chaperone Hsp40, co‑chaperone with DnaK/regulatory protein for HokC, overlaps CDS of hokC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (33/18); new base T (24/12); total (59/30) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GGCAGGCCTGGGTAAAAATAGGGTGCGTTGAAGATATGCGAGCACCTGTAAAGTGGCGGGGATCACTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGTGCTCTCTT > minE/15321‑15453 | gtgtgctgtctgcgtcaatcgcagcactggtgctgtaagaccatacataaaaaagccggggataATTCCCa > 1:943614‑M1/65‑71 (MQ=255) tgtgctgtctgcgtcaatcgcagcactggtgctgtaagaccatacataaaaaagccggggataATTCCCa < 1:257710‑M1/7‑1 (MQ=255) cAGGCCTGGGTAAAAATAGGGTGCGTTGAAGATATGCGAGCACCTGTAAAGTGGCGGGGATCACTCCCATa < 1:239958/71‑1 (MQ=255) cAGGCCTGGGTAAAAATAGGGTGCGTTGAAGATATGCGAGCACCTGTAAAGTGGCGGGGATCACTCCCATa < 1:2048287/71‑1 (MQ=255) ggCCTGGGTAAAAATAGGGTGCGTTGAAGATATGCGAGCACCTGTAAAGTGGCGGGGATCACTCCCATAAg > 1:4577953/1‑71 (MQ=255) ggCCTGGGTAAAAATAGGGTGCGTTGAAGATATGCGAGCACCTGTAAAGTGGCGGGGATCACTCCCATAAg < 1:5268229/71‑1 (MQ=255) ctgcgtcaatcgcagcactggtgctgtaagaccatacataaaaaagccggggataATTCCCATAAGCGCt < 1:4305534‑M1/15‑1 (MQ=255) tgcgtcaatcgcagcactggtgctgtaagaccatacataaaaaagccggggataATTCCCATAAGCGCt > 1:4033767‑M1/55‑69 (MQ=255) aaaaTAGGGTGCGTTGAAGATATGCGAGCACCTGTAAAGTGGCGGGGATCACTCCCATAAGCGCTAACtt < 1:670887/70‑1 (MQ=255) aaaaTAGGGTGCGTTGAAGATATGCGAGCACCTGTAAAGTGGCGGGGATCACTCCCATAAGCGCTAACtt < 1:3810293/70‑1 (MQ=255) atcgcaggactggtgctgtaagaccatacataaaaaagccggggataATTCCCATAAGCGCTa > 1:2688484‑M1/48‑63 (MQ=255) aTAGGGTGCGTTGAAGATATGCGAGCACCTGTAAAGTGGCGGGGATCACTc > 1:1511778/1‑51 (MQ=255) aTAGGGTGCGTTGAAGATATGCGAGCACCTGTAAAGTGGCGGGGATCACTCCCATAAGCGCTAACTTAAgg > 1:5004610/1‑71 (MQ=255) aTAGGGTGCGTTGAAGATATGCGAGCACCTGTAAAGTGGCGGGGATCACTCCCATAAGCGCTAACTTAAgg > 1:4962033/1‑71 (MQ=255) tAGGGTGCGTTGAAGATATGCGAGCACCTGTAAAGTGGCGGGGATCACTCCCa > 1:2943061/1‑53 (MQ=255) cgcagcactggtgctgtaagaccatacataaaaaagccggggataATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGt < 1:3546389‑M1/26‑1 (MQ=255) ggTGCGTTGAAGATATGCGAGCACCTGTAAAGTGGCGGGGATCACTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTtg < 1:1359653/71‑1 (MQ=255) cGTTGAAGATATGCGAGCACCTGTAAAGTGGCGGGGATCACTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTgg < 1:3912181/70‑1 (MQ=255) ttGAAGATATGCGAGCACCTGTAAAGTGGCGGGGATCACTCCCATAAGCGCt < 1:2869625/52‑1 (MQ=255) ttGAAGATATGCGAGCACCTGTAAAGTGGCGGGGATCACTCCCATAAGCGCTa < 1:3843640/53‑1 (MQ=255) gAAGATATGCGAGCACCTGTAAAGTGGCGGGGATCACTCCCATAAg > 1:4078131/1‑46 (MQ=255) gAAGATATGCGAGCACCTGTAAAGTGGCGGGGATCACTCCCATAAGCGCTAACTaaa > 1:2503787/1‑57 (MQ=255) gAAGATATGCGAGCACCTGTAAAGTGGCGGGGATCACTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTgg > 1:2031026/1‑66 (MQ=255) gAAGATATGCGAGCACCTGTAAAGTGGCGGGGATCACTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTgg > 1:1918854/1‑66 (MQ=255) gAAGATATGCGAGCACCTGTAAAGTGGCGGGGATCACTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTgg < 1:3366324/66‑1 (MQ=255) gAAGATATGCGAGCACCTGTAAAGTGGCGGGGATCACTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTAtt > 1:2917311/1‑70 (MQ=255) gAAGATATGCGAGCACCTGTAAAGTGGCGGGGATCACTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTAtt > 1:36268/1‑70 (MQ=255) gAAGATATGCGAGCACCTGTAAAGTGGCGGGGATCACTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTAtt < 1:185245/70‑1 (MQ=255) gAAGATATGCGAGCACCTGTAAAGTGGCGGGGATCACTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTa > 1:4165477/1‑71 (MQ=255) gAAGATATGCGAGCACCTGTAAAGTGGCGGGGATCACTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTa > 1:3343144/1‑71 (MQ=255) gAAGATATGCGAGCACCTGTAAAGTGGCGGGGATCACTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTa > 1:1749733/1‑71 (MQ=255) tgctgtaagaccatacataaaaaagccggggataATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTAt > 1:3267779‑M1/35‑68 (MQ=255) tatGCGAGCACCTGTAAAGTGGCGGGGATCACTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCt < 1:838172/71‑1 (MQ=255) gtaagaccatacataaaaaagccggggataATTCCCATAAGCGCt > 1:678103‑M1/31‑45 (MQ=255) taagaccatacataaaaaagccggggataATTCCCATAAGCGCTaa < 1:1919232‑M1/17‑1 (MQ=255) taagaccatacataaaaaagccggggataATTCCCATAAGCGCTAACTTaa > 1:121242‑M1/30‑51 (MQ=255) taagaccatacataaaaaagccggggataATTCCCATAAGCGCTAACTTaa > 1:3175185‑M1/30‑51 (MQ=255) atGCGAGCACCTGTAAAGTGGCGGGGATCACTCCCATAAGCGCTAACTTaa > 1:3232604/1‑51 (MQ=255) tGCGAGCACCTGTAAAGTGGCGGGGATCACTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTg < 1:4680564/70‑1 (MQ=255) tGCGAGCACCTGTAAAGTGGCGGGGATCACTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGa > 1:4426033/1‑71 (MQ=255) agaccatacataaaaaagccggggataATTCCCATaa < 1:4792338‑M1/10‑1 (MQ=255) agaccatacataaaaaagccggggataATTCCCATaa < 1:943248‑M1/10‑1 (MQ=255) agaccatacataaaaaagccggggataATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGa < 1:3920470‑M1/43‑1 (MQ=255) gaccatacataaaaaagccggggataATTCCCATAAg > 1:1566550‑M1/27‑37 (MQ=255) gaccatacataaaaaagccggggataATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGata > 1:430829‑M1/27‑71 (MQ=255) gaccatacataaaaaagccggggataATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGata > 1:3729055‑M1/27‑71 (MQ=255) cGAGCACCTGTAAAGTGGCGGGGATCACTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGata > 1:2851192/1‑71 (MQ=255) cGAGCACCTGTAAAGTGGCGGGGATCACTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGata > 1:3893431/1‑71 (MQ=255) cGAGCACCTGTAAAGTGGCGGGGATCACTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGata > 1:3521764/1‑71 (MQ=255) tacataaaaaagccggggataATTCCCATAAGCGCTa > 1:2993137‑M1/22‑37 (MQ=255) cataaaaaagccggggataATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGAttt < 1:2832823‑M1/51‑1 (MQ=255) cataaaaaagccggggataATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGAttt < 1:1844446‑M1/51‑1 (MQ=255) cataaaaaagccggggataATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTa > 1:2844822‑M1/20‑71 (MQ=255) cataaaaaagccggggataATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTa > 1:2926393‑M1/20‑71 (MQ=255) cTGTAAAGTGGCGGGGATCACTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGAttt > 1:1797511/1‑70 (MQ=255) cTGTAAAGTGGCGGGGATCACTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGAttt > 1:3994974/1‑70 (MQ=255) ataaaaaagccggggataATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTAt > 1:4492979‑M1/19‑52 (MQ=255) taaaaaagccggggataATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAAc > 1:2924584‑M1/18‑71 (MQ=255) taaaaaagccggggataATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAAc > 1:728401‑M1/18‑71 (MQ=255) gTAAAGTGGCGGGGATCACTCCCATAAGCGCTAAc > 1:1057744/1‑35 (MQ=255) tAAAGTGGCGGGGATCACTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGt < 1:5519796/48‑1 (MQ=255) aaaaagccggggataATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTtgt < 1:4050221‑M1/29‑1 (MQ=255) aaaaagccggggataATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTAt > 1:2929129‑M1/16‑49 (MQ=255) aaGTGGCGGGGATCACTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGata > 1:3155987/1‑59 (MQ=255) aaGTGGCGGGGATCACTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGa > 1:1153470/1‑62 (MQ=255) aaGTGGCGGGGATCACTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGa > 1:2533086/1‑62 (MQ=255) aaGTGGCGGGGATCACTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAAcgtg > 1:2637311/1‑71 (MQ=255) aaagccggggataATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGata > 1:3117963‑M1/14‑58 (MQ=255) aaagccggggataATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGata > 1:4279325‑M1/14‑58 (MQ=255) aaagccggggataATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAAtgtgc > 1:2164116‑M1/14‑71 (MQ=255) aagccggggataATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTAtt > 1:1553901‑M1/13‑47 (MQ=255) aagccggggataATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTAtt > 1:2420322‑M1/13‑47 (MQ=255) aagccggggataATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAAcgtgcc > 1:3586730‑M1/13‑71 (MQ=255) aagccggggataATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAAcgtgcc > 1:2920698‑M1/13‑71 (MQ=255) gtgCGGGGAGTAATCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAAcgtgcc > 1:1430147/3‑70 (MQ=25) ggCGGGGATCACTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAAcgtgccga > 1:2049893/1‑70 (MQ=255) ccggggataATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTaacgagccgat < 1:4117568‑M1/62‑3 (MQ=255) cggggagtAATCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTtaacgtgccgatg > 1:4819287‑M1/9‑68 (MQ=255) cGGGGATCACTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAAcgt < 1:1552983/64‑1 (MQ=255) gggATCACTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTa > 1:1749436/1‑39 (MQ=255) gggATCACTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTa > 1:1784684/1‑39 (MQ=255) gggATCACTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGa < 1:4752532/49‑1 (MQ=255) ataATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGa < 1:3708574‑M1/48‑1 (MQ=255) aTCACTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAAcgtgc < 1:1707647/61‑1 (MQ=255) tCACTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGTGCTCtctt < 1:771877/71‑1 (MQ=255) cACTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAAcgtgccg > 1:1952393/1‑61 (MQ=255) cACTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAAcgtgccg > 1:1623064/1‑61 (MQ=255) cACTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAAcgtgccg > 1:4524062/1‑61 (MQ=255) cACTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAAcgtgccg > 1:4516927/1‑61 (MQ=255) cTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGAttt < 1:2570064/50‑1 (MQ=255) cTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAAcgtgccga > 1:1659374/1‑59 (MQ=255) cTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAAcgtgccga > 1:2036171/1‑59 (MQ=255) | GGCAGGCCTGGGTAAAAATAGGGTGCGTTGAAGATATGCGAGCACCTGTAAAGTGGCGGGGATCACTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGTGCTCTCTT > minE/15321‑15453 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |