| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 189,453 | G→T | 16.4% | W317L (TGG→TTG) ‡ | ldcC → | lysine decarboxylase 2, constitutive |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 189,453 | 0 | G | T | 16.4% | 260.9 / 26.2 | 97 | W317L (TGG→TTG) ‡ | ldcC | lysine decarboxylase 2, constitutive |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (46/35); new base T (9/7); total (55/42) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.74e-01 | |||||||||||
CAAGCACAATGGCCGGTTCATGCGGTGATCACCAACTCCACCTATGATGGCTTGCTCTACAACACCGACTGGATCAAACAGACGCTGGATGTCCCGTCGATTCACTTCGATTCTGCCTGGGTGCCGTACACCCATT > minE/189383‑189518 | cAAGCACAATGGCCGGTTCATGCGGTGATCACCAACTCCACCTATGATGGCTTGCTCTACAACACCGACTg < 1:3064601/71‑1 (MQ=255) acaATGGCCGGTTCATGCGGTGATCACCAACTCCACCTATGATGGCTTGCTCTACAACACCGACTGGATCa < 1:4239061/71‑1 (MQ=255) cctGGCCGGTACATGCTGTAATTACCAACTCTACCTATGATGGTCTGCTGTACAACACCGACTTCATCaag < 1:2019451/69‑2 (MQ=255) ctGGCCGGTACATGCTGTAATTACCAACTCTACCTATGATGGTCTGCTGTACAACACCGACTTCATCaaga < 1:471353/70‑3 (MQ=255) gCCGGTACATGCTGTAATTACCAACTCTACCTATGATGGTCTGCTGTACAACACCGACTTCATCaagaa < 1:2937832/69‑4 (MQ=255) ccGGTTCATGCGGTGATCACCAACTCCACCTATGATGGCTTGCTCTACAACACCGACTGGATCAAACAGAc > 1:1621106/1‑71 (MQ=255) ttCATGCGGTGATCACCAACTCCACCTATGATGGCTTGCTCTACAACACCGACTGGATCAAACAGACGCTg > 1:338588/1‑71 (MQ=255) tCATGCGGTGATCACCAACTCCACCTATGATGGCTTGCTCTACAACACCGACTGGATCAAACAGACGCTg > 1:4337910/1‑70 (MQ=255) cATGCTGTAATTACCAACTCTACCTATGATGGTCTGCTGTACAACACCGACTTCATCAAGAAAACACTGGa > 1:5507862/1‑71 (MQ=255) cATGCTGTAATTACCAACTCTACCTATGATGGTCTGCTGTACAACACCGACTTCATCAAGAAAACACTGGa < 1:5363489/71‑1 (MQ=255) cATGCTGTAATTACCAACTCTACCTATGATGGTCTGCTGTACAACACCGACTTCATCAAGAAAACACTGGa < 1:1329826/71‑1 (MQ=255) cATGCGGTGATCACCAACTCCACCTATGATGGCTTGCTCTACAACACCGACTg > 1:5636815/1‑53 (MQ=255) cATGCGGTGATCACCAACTCCACCTATGATGGCTTGCTCTACAACACCGACTg > 1:4641445/1‑53 (MQ=255) cATGCGGTGATCACCAACTCCACCTATGATGGCTTGCTCTACAACACCGACTGGATCAAACAGACGCTGGa > 1:4167162/1‑71 (MQ=255) cGGTGATCACCAACTCCACCTATGATGGCTTGCTCTACAACACCGACTGGATCAAACAGACGCtt < 1:1216458/65‑2 (MQ=255) tGATCACCAACTCCACCTATGATGGCTTGCTCTACAACACCGACTGGATCAAACAGACGCTGGATGTCCCg > 1:4888144/1‑71 (MQ=255) tGATCACCAACTCCACCTATGATGGCTTGCTCTACAACACCGACTGGATCAAACAGACGCTGGATGTCCCg > 1:5152287/1‑71 (MQ=255) aTCACCAACTCCACCTATGATGGCTTGCTCTACAACACCGACTGGATCa < 1:1169489/49‑1 (MQ=255) aTCACCAACTCCACCTATGATGGCTTGCTCTACAACACCGACTGGATCa < 1:2425624/49‑1 (MQ=255) aTCACCAACTCCACCTATGATGGCTTGCTCTACAACACCGACTGGATCa < 1:481164/49‑1 (MQ=255) aTCACCAACTCCACCTATGATGGCTTGCTCTACAACACCGACTGGATCa < 1:5248894/49‑1 (MQ=255) aTCACCAACTCCACCTATGATGGCTTGCTCTACAACACCGACTGGATCAAACAGACGCTGGATGTCCCGTc < 1:2132984/71‑1 (MQ=255) aCCAACTCCACCTATGATGGCTTGCTCTACAACACCGACTGGATCAAACAGACGCTg < 1:4767132/57‑1 (MQ=255) aCCAACTCCACCTATGATGGCTTGCTCTACAACACCGACTGGATCAAACAGACGCTg < 1:1774295/57‑1 (MQ=255) aCCAACTCCACCTATGATGGCTTGCTCTACAACACCGACTGGATCAAACAGACGCTg < 1:4434977/57‑1 (MQ=255) aCCAACTCCACCTATGATGGCTTGCTCTACAACACCGACTGGATCAAACAGACCCTg < 1:2794207/57‑1 (MQ=255) ccAACTCCACCTATGATGGCTTGCTCTACAACACCGACTTGATCAAACAGACGCTGGATGTCCCGTCGAt > 1:2398691/1‑70 (MQ=255) ccAACTCCACCTATGATGGCTTGCTCTACAACACCGACTGGATCAAACAGACGCTGGATGTCCCGTCGAt > 1:3215029/1‑70 (MQ=255) cAACTCCACCTATGATGGCTTGCTCTACAACACCGACTGGATCAAACAGACGCTgg < 1:1753475/56‑1 (MQ=255) cAACTCCACCTATGATGGCTTGCTCTACAACACCGACTGGATCAAACAGACGCTGGATGTCCCGTc > 1:4245769/1‑66 (MQ=255) cAACTCCACCTATGATGGCTTGCTCTACAACACCGACTGGATCAAACAGACGCTGGATGTCCCGTc > 1:4336822/1‑66 (MQ=255) cAACTCCACCTATGATGGCTTGCTCTACAACACCGACTGGATCAAACAGACGCTGGATGTCCCGTc > 1:4768275/1‑66 (MQ=255) aaCTCCACCTATGATGGCTTGCTCTACAACACCGACTGGATCAAACAGACGCTGGATg < 1:4415161/58‑1 (MQ=255) aCTCCACCTATGATGGCTTGCTCTACAACACCGACTGGATCAAACAGACGCTGGATGTCCCGTc > 1:5210805/1‑64 (MQ=255) aCTCCACCTATGATGGCTTGCTCTACAACACCGACTGGATCAAACAGACGCTGGATGTCCCGTCGATTCAc > 1:4155830/1‑71 (MQ=255) aCTCCACCTATGATGGCTTGCTCTACAACACCGACTGGATCAAACAGACGCTGGATGTCCCGTCGATTCAc > 1:2508859/1‑71 (MQ=255) ctctACCTATGATGGTCTGCTGTACAACACCGACTTCATCAAGAAAACACTGGATg < 1:2685241/56‑1 (MQ=255) ctaCCTATGATGGTCTGCTGTACAACACCGACTTCATCAAGAAAACACTGGa > 1:647599/3‑52 (MQ=255) ccACCTATGATGGCTTGCTCTACAACACCGACTGGATCAAACAGACGCTGGa > 1:4345823/1‑52 (MQ=255) ccACCTATGATGGCTTGCTCTACAACACCGACTGGATCAAACAGACGCTGGa > 1:4783054/1‑52 (MQ=255) ccACCTATGATGGCTTGCTCTACAACACCGACTGGATCAAACAGACGCTGGa > 1:3638267/1‑52 (MQ=255) ccACCTATGATGGCTTGCTCTACAACACCGACTGGATCAAACAGACGCTGGa > 1:4280845/1‑52 (MQ=255) ccACCTATGATGGCTTGCTCTACAACACCGACTGGATCAAACAGACGCTGGa > 1:2292827/1‑52 (MQ=255) ccACCTATGATGGCTTGCTCTACAACACCGACTGGATCAAACAGACGCTGGATGTCCCGTCGATTCACTTc > 1:4535807/1‑71 (MQ=255) aCCTATGATGTCTTGCTCTACAACACCGACTGGATCAAACAGACGCTGGATGTCCCGTCGATTCACTTCGa < 1:1400329/71‑1 (MQ=255) aCCTATGATGGTCTGCTGTACAACACCGACTTCATCAAGAAAACACTGGa > 1:3096392/1‑50 (MQ=255) aCCTATGATGGCTTGCTCTACAACACCGACTGGATCAAACAGa > 1:3073922/1‑43 (MQ=255) aCCTATGATGGCTTGCTCTACAACACCGACTGGATCAAACAGACGCTg > 1:4819432/1‑48 (MQ=255) aCCTATGATGGCTTGCTCTACAACACCGACTGGATCAAACAGACGCTGGATGTCCCGTCGATTCACTTCGa < 1:3830497/71‑1 (MQ=255) aCCTATGATGGCTTGCTCTACAACACCGACTGGATCAAACAGACGCTGGATGTCCCGTCGATTCACTTCGa < 1:4100464/71‑1 (MQ=255) ccTATGATGGCTTGCTCTACAACACCGACTGGATCAAACAGACGCTg < 1:5408528/47‑1 (MQ=255) cTATGATGGCTTGCTCTACAACACCGACTGGATCAAACAGACGCTgg < 1:5400529/47‑1 (MQ=255) cTATGATGGCTTGCTCTACAACACCGACTGGATCAAACAGACGCTGGATGTCCCGTCGATTCACTTCg < 1:2277606/68‑1 (MQ=255) tATGATGGCTTGCTCTACAACACCGACTGGATCAAACAGACGCTGGATGTCCCGTCGa > 1:417307/1‑58 (MQ=255) tATGATGGCTTGCTCTACAACACCGACTGGATCAAACAGACGCTGGATGTCCCGTCGa > 1:1831980/1‑58 (MQ=255) tATGATGGCTTGCTCTACAACACCGACTGGATCAAACAGACGCTGGATGTCCCGTCGa > 1:5093710/1‑58 (MQ=255) tATGATGGCTTGCTCTACAACACCGACTGGATCAAACAGACGCTGGATGTCCCGTCGa > 1:2875733/1‑58 (MQ=255) tATGATGGCTTGCTCTACAACACCGACTGGATCAAACAGACGCTGGATGTCCCGTCGa > 1:5669044/1‑58 (MQ=255) atgatgGCTTGCTCTACAACACCGACTGGATCAAACAGACGCTGGATGTCCCGTCGATTCACTTCGAt > 1:4954634/1‑68 (MQ=255) tgatgGTCTGCTGTACAACACCGACTTCATCAAGAAAACACTGGATGtga < 1:3746880/50‑3 (MQ=255) tgatgGCTTGCTCTACAACACCGACTGGATCAAACAGACGCTg < 1:5089149/43‑1 (MQ=255) tgatgGCTTGCTCTACAACACCGACTGGATCAAACAGACGCTGGATGTCCCGTCGATTCACTTc < 1:4663397/64‑1 (MQ=255) tgatgGCTTGCTCTACAACACCGACTGGATCAAACAGACGCTGGATGTCCCGTCGATTCACTTCGATTCTg > 1:5642568/1‑71 (MQ=255) atgGCTTGCTCTACAACACCGACTGGATCAAACAGACGCTGGATGTCCCGTCGATTCACTTCGATTCTGcc > 1:1373105/1‑71 (MQ=255) tgGCTTGCTCTACAACACCGACTGGATCAAACAGACGCTGGATGTCCCGTCGATTCACTTCGATTCTGCCt < 1:4418760/71‑1 (MQ=255) gCTTGCTCTACAACACCGACTGGATCAAACAGACGCTGGATGTCCCGTCGATTCACTTCGATTCTGCCTg < 1:614753/70‑1 (MQ=255) ttGCTCTACAACACCGACTGGATCAAACAGACGCTGGATGTCCCGTCGATTCACTTCGATTCTGCCTGGGt > 1:2674363/1‑71 (MQ=255) ttGCTCTACAACACCGACTGGATCAAACAGACGCTGGATGTCCCGTCGATTCACTTCGATTCTGCCTGGGt > 1:2428289/1‑71 (MQ=255) tGCTGTACAACACCGACTTCATCAAGAAAACACTGGATGTGAAATCCATCCACTTTGACTCCGCGTGGGTg > 1:130997/1‑71 (MQ=255) tGCTGTACAACACCGACTTCATCAAGAAAACACTGGATGTGAAATCCATCCACTTTGACTCCGCGTGGGTg > 1:636499/1‑71 (MQ=255) tGCTGTACAACACCGACTTCATCAAGAAAACACTGGATGTGAAATCCATCCACTTTGACTCCGCGTGGGTg > 1:69485/1‑71 (MQ=255) gCTCTACAACACCGACTGGATCAAACAGACGCTGGATGTCCCGTCGATTCACTTCGATTCTGCCTGGGTGc > 1:2076418/1‑71 (MQ=255) ctctACAACACCGACTGGATCAAACAGACGCTGGATGTCCCGTCGATTCACTTCGATTCTGCCTGGGTGcc < 1:5310417/71‑1 (MQ=255) ctctACAACACCGACTGGATCAAACAGACGCTGGATGTCCCGTCGATTCACTTCGATTCTGCCTGGGTGcc > 1:2328671/1‑71 (MQ=255) tctACAACACCGACTGGATCAAACAGACGCTGGATg < 1:2184263/36‑1 (MQ=255) tctACAACACCGACTGGATCAAACAGACGCTGGATGt < 1:1660062/37‑1 (MQ=255) tctACAACACCGACTGGATCAAACAGACGCTGGATGt < 1:4326992/37‑1 (MQ=255) ctACAACACCGACTGGATCAAACAGCCGCTGGATGTCCCGTCGATTCACTTCGATTCTGCCTGGGTGCCg > 1:2405386/1‑70 (MQ=255) tACAACACCGACTGGATCAAACAGACGCTGGATGTCCCGTCGAtt > 1:2334169/1‑45 (MQ=255) caacaCCGACTTCATCAAGAAAACACTGGATGTGAAATCCATCCACTTTGACTCCGCGTGGGTGCCTTaca > 1:19933/1‑71 (MQ=255) caacaCCGACTTCATCAAGAAAACACTGGATGTGAAATCCATCCACTTTGACTCCGCGTGGGTGCCTTaca > 1:2258878/1‑71 (MQ=255) caacaCCGACTGGATCAAACAGACGCTGGATGTCCCGTCGATTCACTTCGATTCTGCCTGGGTGCCGTaca > 1:485429/1‑71 (MQ=255) aacaCCGACTGGATCAAACAGACGCTGGATGTCCCGTCGATTCACTTCGATTCTGCCTGGGTGCCGTacac > 1:2438796/1‑71 (MQ=255) acacCGACTGGATCAAACAGACGCTGGATGTCCCGTCGATTCACTTCGATTCTGCCTGGGt < 1:5215632/61‑1 (MQ=255) acacCGACTGGATCAAACAGACGCTGGATGTCCCGTCGATTCACTTCGATTCTGCCTGGGt < 1:3466722/61‑1 (MQ=255) acacCGACTGGATCAAACAGACGCTGGATGTCCCGTCGATTCACTTCGATTCTGCCTGGGt < 1:4547776/61‑1 (MQ=255) acacCGACTGGATCAAACAGACGCTGGATGTCCCGTCGATTCACTTCGATTCTGCCTGGGt < 1:302618/61‑1 (MQ=255) cacCGACTGGACCAAACAGACGCTGGATGTCCCGTCGATTCACTTCGATTCTGCCTGGGTGCCGTACAccc < 1:5215005/71‑1 (MQ=255) acCGTCTGGATCAAAGAGACGCTGGATGTCCCGTCGATTGACTTCGATTGTGCCTGGGTGCCGTACACCCa < 1:5465383/71‑1 (MQ=255) ccGACTGGAACAAACAGACGCTGGATGTCCCGTCGATTCACTTCGATTCTGc > 1:770251/1‑52 (MQ=255) cGACTGGATCAAACAGACGCTGGATGTCCCGTCGATTCACTTAGATTCTGCCTGGGTGCCGTACACCCAtt > 1:7307/1‑71 (MQ=255) aCTGGATCAAACAGACGCTGGATGTCCCGTCGATTCACTTCGAt > 1:853719/1‑44 (MQ=255) aCTGGATCAAACAGACGCTGGATGTCCCGTCGATTCACTTCGAt > 1:2722826/1‑44 (MQ=255) aCTGGATCAAACAGACGCTGGATGTCCCGTCGATTCACTTCGAt > 1:591502/1‑44 (MQ=255) aCTGGATCAAACAGACGCTGGATGTCCCGTCGATTCACTTCGAt > 1:1169679/1‑44 (MQ=255) aCTGGATCAAACAGACGCTGGATGTCCCGTCGATTCACTTCGAt > 1:3646242/1‑44 (MQ=255) aCTGGATCAAACAGACGCTGGATGTCCCGTCGATTCACTTCGAt > 1:1960778/1‑44 (MQ=255) aCTGGATCAAACAGACGCTGGATGTCCCGTCGATTCACTTCGAt > 1:4881135/1‑44 (MQ=255) tGGATCAAACAGACGCTGGATGTCCCGTCGATTCACTTCg < 1:1010732/40‑1 (MQ=255) tGGATCAAACAGACGCTGGATGTCCCGTCGATTCACTTCg < 1:3705390/40‑1 (MQ=255) | CAAGCACAATGGCCGGTTCATGCGGTGATCACCAACTCCACCTATGATGGCTTGCTCTACAACACCGACTGGATCAAACAGACGCTGGATGTCCCGTCGATTCACTTCGATTCTGCCTGGGTGCCGTACACCCATT > minE/189383‑189518 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |