| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 832,157 | C→T | 14.7% | R205R (CGC→CGT) | narG → | nitrate reductase 1, alpha subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 832,157 | 0 | C | T | 14.7% | 263.9 / 30.3 | 109 | R205R (CGC→CGT) | narG | nitrate reductase 1, alpha subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (52/41); new base T (6/10); total (58/51) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.88e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.93e-01 | |||||||||||
Only 100 of 113 total aligned reads displayed.
CCGGACCGTGTTGCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTCTACGACTGGTACTGCGACTTGCCTCCTGCGTCTC > minE/832089‑832227 | ccGGACCGTGTTGCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCt > 1:1641594/1‑70 (MQ=255) ccGTGTTGCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTAtctct > 1:3760901/1‑71 (MQ=255) cGTGTTGCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTAtctctc < 1:432230/71‑1 (MQ=255) tgtTGCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCg > 1:4606854/1‑70 (MQ=255) ttGCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCt > 1:2834931/1‑70 (MQ=255) ttGCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTg < 1:4234690/71‑1 (MQ=255) gCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGc > 1:4435639/1‑67 (MQ=255) cggTTTCTCGCCGATCCCGGCGATGTCGATGGTTTCTTACGCCGCCGGAACGCGTTATCTGTCGCTGCTTg < 1:5681275/70‑1 (MQ=255) cggTTTCTCGCCGATCCCGGCGATGTCGATGGTTTCTTACGCCGCCGGAACGCGTTATCTGTCGCTGCTTg < 1:4056302/70‑1 (MQ=255) ggTTTCTCGCCGATCCCGGCGATGTCGATGGTTTCTTACGCCGCCGGAACGCGTTATCTGTCGCTGCTTgg > 1:3516300/1‑71 (MQ=255) ttCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCgg > 1:309090/1‑71 (MQ=255) ttCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCgg > 1:797299/1‑71 (MQ=255) tctcGCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCgg > 1:5516512/1‑70 (MQ=255) gCCGATCCCGGCGATGTCGATGGTTTCTTACGCCGCCGGAACGCGTTATCTGTCGCTgct > 1:907774/1‑58 (MQ=255) gCCGATCCCGGCGATGTCGATGGTTTCTTACGCCGCCGGAACGCGTTATCTGTCGCTgct > 1:3490314/1‑58 (MQ=255) gCCGATCCCGGCGATGTCGATGGTTTCTTACGCCGCCGGAACGCGTTATCTGTCGCTgct > 1:5337072/1‑58 (MQ=255) gCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGc < 1:4074580/46‑1 (MQ=255) cAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGc > 1:2409515/1‑44 (MQ=255) aaTTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTg < 1:110474/59‑1 (MQ=255) aaTTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTg < 1:5495926/59‑1 (MQ=255) aaTTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTg < 1:5503313/59‑1 (MQ=255) aaTTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTg < 1:1481988/59‑1 (MQ=255) atcccGGCGATGTCGATGGTTTCTTACGCCGCCGGAACGCGTTATCTGTCGCTGCTTGGCGGCACCTGttt < 1:921405/68‑1 (MQ=255) aTTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACt < 1:927527/66‑1 (MQ=255) aTTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCtt < 1:3642011/71‑1 (MQ=255) aTTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCtt < 1:4752251/71‑1 (MQ=255) ttCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGAt > 1:3654107/1‑55 (MQ=255) ttCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGAt > 1:898989/1‑55 (MQ=255) tCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCtt < 1:5452763/69‑1 (MQ=255) ccGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAg > 1:3502564/1‑71 (MQ=255) ccGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAg > 1:592971/1‑71 (MQ=255) cGGCGATGTCGATGGTTTCTTACGCCGCCGGAACGCGTTATCTGTCGCTGCTTGGCGGCACCTGTTTa < 1:1759196/68‑1 (MQ=255) cGGCGATGTCGATGGTTTCTTACGCCGCCGGAACGCGTTATCTGTCGCTGCTTGGCGGCACCTGTTTa < 1:1411874/68‑1 (MQ=255) ggCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCt < 1:5232913/71‑1 (MQ=255) gCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCtt > 1:1552504/1‑71 (MQ=255) gCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCtt > 1:1360984/1‑71 (MQ=255) cAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGTCGGTACTTGCTTAAGCTTc < 1:5181192/71‑1 (MQ=255) cAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTc < 1:2256318/71‑1 (MQ=255) cAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTc < 1:1379888/71‑1 (MQ=255) aTGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGt < 1:3089293/54‑1 (MQ=255) aTGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACt > 1:2705791/1‑57 (MQ=255) aTGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGAACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACt > 1:1341708/1‑57 (MQ=255) tGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGa > 1:974481/1‑45 (MQ=255) tGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTCTAc < 1:4317805/71‑1 (MQ=255) tCGATGGTTTCTTACGCCGCCGGAACGCGTTATCTGTCGCTGCTTGGCGGCACCTGTTTa < 1:1159936/60‑1 (MQ=255) tCGATGGTTTCTTACGCCGCCGGAACGCGTTATCTGTCGCTGCTTGGCGGCACCTGTTTa < 1:145463/60‑1 (MQ=255) tCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCt > 1:3910083/1‑41 (MQ=255) tCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGa > 1:5602990/1‑43 (MQ=255) tCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGa > 1:2618927/1‑43 (MQ=255) tCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTCTACGa > 1:1965010/1‑71 (MQ=255) tCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTCTACGa > 1:4296815/1‑71 (MQ=255) cGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGa > 1:4349373/1‑42 (MQ=255) cGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGa > 1:2141681/1‑42 (MQ=255) gATGGTTTCTTACGCCGCCGGAACGCGTTATCTGTCGCTGCTTGGCGGCACCTGTTTAAGTTTCTACGACt > 1:2149607/1‑71 (MQ=255) gATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTCTACGACt > 1:2666366/1‑71 (MQ=255) gATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTCTACGACt > 1:2233995/1‑71 (MQ=255) tGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGa > 1:1453050/1‑39 (MQ=255) tGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTCTACGACTgg < 1:2098656/71‑1 (MQ=255) ggTTTCTTACGCCGCCGGAACGCGTTATCTGTCGCTGCTTGGCGGCACCTGTTTAAGTTTCTACGACTgg > 1:4249428/1‑70 (MQ=255) gTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTCTACGACTGGt < 1:5306882/70‑1 (MQ=255) gTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTCTACGACTGGTa > 1:1920521/1‑71 (MQ=255) tttCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGc < 1:698589/41‑1 (MQ=255) tttCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGc < 1:2769736/41‑1 (MQ=255) tttCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTCTACGACTGGTAc > 1:586300/1‑71 (MQ=255) ttCTTACGCCGCCGGAACGCGTTATCTGTCGCTGCTTGGCGGCACCTGTTTAAGTTTCTACGACt < 1:1504544/65‑1 (MQ=255) ttCTTACGCCGCCGGAACGCGTTATCTGTCGCTGCTTGGCGGCACCTGTTTAAGTTTCTACGACt < 1:966277/65‑1 (MQ=255) ttCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCtt < 1:828072/51‑1 (MQ=255) ttCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCtt < 1:636632/51‑1 (MQ=255) tCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTAc > 1:4721395/1‑44 (MQ=255) tCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTAc > 1:2949811/1‑44 (MQ=255) tCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTCTACGACt > 1:5542322/1‑64 (MQ=255) tCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTCTACGACTGGTACt < 1:4581840/70‑1 (MQ=255) tCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTCTACGACTGGTACt < 1:428408/70‑1 (MQ=255) tCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTCTACGACTGGTACTg > 1:3482011/1‑71 (MQ=255) tCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTCTACGACTGGTACTg > 1:3910588/1‑71 (MQ=255) ttACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTc > 1:291284/1‑55 (MQ=255) aCGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCtt > 1:4700812/1‑46 (MQ=255) aCGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCtt > 1:4341842/1‑46 (MQ=255) aCGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTCTACGACTGGTACTGc < 1:4645435/68‑1 (MQ=255) cGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTCTAc < 1:5182964/55‑1 (MQ=255) cGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTCTACGACTGGTACTGCGACt < 1:4281585/71‑1 (MQ=255) gCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTCTACGACTGGTACTGCGACtt < 1:3784066/71‑1 (MQ=255) aTCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTCTACGACTGGTACTGCGAc > 1:2123407/1‑67 (MQ=255) aTCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTCTACGACTGGTACTGCGAc > 1:3373802/1‑67 (MQ=255) aTCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTCTACGACTGGTACTGCGACTTGc > 1:3964838/1‑71 (MQ=255) tCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCtt < 1:4734857/41‑1 (MQ=255) tCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCtt < 1:2032844/41‑1 (MQ=255) tCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCtt < 1:38016/41‑1 (MQ=255) tCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTCTACGACTGGTACTGCGACTTGcc < 1:4910086/71‑1 (MQ=255) tCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTCTACGACTGGTACTGCGACTTGcc < 1:2835482/71‑1 (MQ=255) tCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTCTACGACTGGTACTGCGACTTGcc < 1:121244/71‑1 (MQ=255) cGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTCTACGACTGGTACt < 1:2174563/60‑1 (MQ=255) gggTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTCTACGACTGGTACTGCGACTTGcctc > 1:4599508/1‑71 (MQ=255) gggTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTCTACGACTGGTACTGCGACTTGcct < 1:4498985/70‑1 (MQ=255) gTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTCTACGACTGGTACTGCGACTTGcctcct < 1:747071/71‑1 (MQ=255) gCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTCTACGACTGGTACTGCGACTTGcctcc < 1:2590620/68‑1 (MQ=255) cACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAg > 1:3616390/1‑37 (MQ=255) cGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTCTACGACTGGTACTGCGACTTGCCTCCTGCGtc < 1:168697/71‑1 (MQ=255) gCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTc < 1:2787953/38‑1 (MQ=255) cTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTCTACGACTGGTACTGCGACTTGCCTCCTGCGtctc < 1:1356289/71‑1 (MQ=255) | CCGGACCGTGTTGCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTCTACGACTGGTACTGCGACTTGCCTCCTGCGTCTC > minE/832089‑832227 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |