| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 832,178 | T→C | 15.7% | G212G (GGT→GGC) | narG → | nitrate reductase 1, alpha subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 832,178 | 0 | T | C | 15.7% | 252.8 / 34.3 | 108 | G212G (GGT→GGC) | narG | nitrate reductase 1, alpha subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (48/43); new base C (5/12); total (53/55) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.12e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.44e-01 | |||||||||||
Only 100 of 109 total aligned reads displayed.
ATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTCTACGACTGGTACTGCGACTTGCCTCCTGCGTCTCCGCAAACCTGGGGCGAGCAA > minE/832116‑832247 | atcccGGCGATGTCGATGGTTTCTTACGCCGCCGGAACGCGTTATCTGTCGCTGCTTGGCGGCACCTGttt < 1:921405/68‑1 (MQ=255)atcccGGCGATGTCGATGGTTTCTTACGCCGCCGGAACGCGTTATCTGTCGCTGCTTGGCGGCACCTGttt < 1:3742798/68‑1 (MQ=255)aTTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACt < 1:927527/66‑1 (MQ=255)aTTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCtt < 1:4752251/71‑1 (MQ=255)aTTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCt > 1:4341106/1‑70 (MQ=255)aTTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCt > 1:4678871/1‑70 (MQ=255) tCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCtt < 1:5452763/69‑1 (MQ=255) ccGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAg > 1:592971/1‑71 (MQ=255) ccGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAg > 1:2197797/1‑71 (MQ=255) ccGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAg > 1:3502564/1‑71 (MQ=255) cGGCGATGTCGATGGTTTCTTACGCCGCCGGAACGCGTTATCTGTCGCTGCTTGGCGGCACCTGTTTa < 1:1759196/68‑1 (MQ=255) ggCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCt < 1:5232913/71‑1 (MQ=255) gCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCtt > 1:1360984/1‑71 (MQ=255) gCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCtt > 1:1552504/1‑71 (MQ=255) gCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGAACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCt > 1:3361782/1‑70 (MQ=255) cAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGTCGGTACTTGCTTAAGCTTc < 1:5181192/71‑1 (MQ=255) cAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTc < 1:1379888/71‑1 (MQ=255) cAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTc < 1:2256318/71‑1 (MQ=255) aTGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGt < 1:3089293/54‑1 (MQ=255) aTGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACt > 1:2705791/1‑57 (MQ=255) aTGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGAACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACt > 1:1341708/1‑57 (MQ=255) tGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTCTAc > 1:1451138/1‑71 (MQ=255) tGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTCTAc < 1:4317805/71‑1 (MQ=255) tCGATGGTTTCTTACGCCGCCGGAACGCGTTATCTGTCGCTGCTTGGCGGCACCTGTTTa < 1:1159936/60‑1 (MQ=255) tCGATGGTTTCTTACGCCGCCGGAACGCGTTATCTGTCGCTGCTTGGCGGCACCTGTTTa < 1:145463/60‑1 (MQ=255) tCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTCTACGa > 1:4296815/1‑71 (MQ=255) tCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTCTACGa > 1:1965010/1‑71 (MQ=255) gATGGTTTCTTACGCCGCCGGAACGCGTTATCTGTCGCTGCTTGGCGGCACCTGTTTAAGTTTCTACGACt > 1:2149607/1‑71 (MQ=255) gATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTCTACGACt > 1:2666366/1‑71 (MQ=255) gATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTCTACGACt > 1:2233995/1‑71 (MQ=255) tGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTCTACGACTgg < 1:2098656/71‑1 (MQ=255) ggTTTCTTACGCCGCCGGAACGCGTTATCTGTCGCTGCTTGGCGGCACCTGTTTAAGTTTCTACGACTgg > 1:4249428/1‑70 (MQ=255) gTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTCTACGACTGGt < 1:5306882/70‑1 (MQ=255) gTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTCTACGACTGGTa > 1:1816686/1‑71 (MQ=255) ttCTTACGCCGCCGGAACGCGTTATCTGTCGCTGCTTGGCGGCACCTGTTTAAGTTTCTACGACt < 1:1504544/65‑1 (MQ=255) ttCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCtt < 1:636632/51‑1 (MQ=255) ttCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCtt < 1:828072/51‑1 (MQ=255) tCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTAc > 1:4721395/1‑44 (MQ=255) tCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTAc > 1:2949811/1‑44 (MQ=255) tCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTCTACGACt > 1:5542322/1‑64 (MQ=255) tCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTCTACGACTGGTACt < 1:4581840/70‑1 (MQ=255) tCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTCTACGACTGGTACt < 1:428408/70‑1 (MQ=255) tCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTCTACGACTGGTACTg > 1:3482011/1‑71 (MQ=255) tCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTCTACGACTGGTACTg > 1:3910588/1‑71 (MQ=255) ttACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTc > 1:291284/1‑55 (MQ=255) aCGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCtt > 1:4700812/1‑46 (MQ=255) aCGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTCTACGACTGGTACTGc < 1:4645435/68‑1 (MQ=255) cGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTCTAc < 1:5182964/55‑1 (MQ=255) cGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTCTACGACTGGTACTGCGACt < 1:4281585/71‑1 (MQ=255) gcttCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTCTACGACTGGTACTGc < 1:798671/63‑1 (MQ=255) gCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTCTACGACTGGTACTGCGACtt < 1:3784066/71‑1 (MQ=255) aTCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTCTACGACTGGTACTGCGAc > 1:2123407/1‑67 (MQ=255) aTCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTCTACGACTGGTACTGCGAc > 1:3373802/1‑67 (MQ=255) aTCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTCTACGACTGGTACTGCGACTTGc > 1:3964838/1‑71 (MQ=255) tCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCtt < 1:4734857/41‑1 (MQ=255) tCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCtt < 1:2032844/41‑1 (MQ=255) tCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCtt < 1:38016/41‑1 (MQ=255) tCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTCTACGACTGGTACTGCGACTTGcc < 1:4910086/71‑1 (MQ=255) tCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTCTACGACTGGTACTGCGACTTGcc < 1:2835482/71‑1 (MQ=255) tCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTCTACGACTGGTACTGCGACTTGcc < 1:121244/71‑1 (MQ=255) cGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTCTACGACTGGTACt < 1:2174563/60‑1 (MQ=255) gggTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTCTACGACTGGTACTGCGACTTGcctc > 1:4599508/1‑71 (MQ=255) gggTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTCTACGACTGGTACTGCGACTTGcct < 1:4498985/70‑1 (MQ=255) gTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTCTACGACTGGTACTGCGACTTGcctcct < 1:747071/71‑1 (MQ=255) gCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTCTACGACTGGTACTGCGACTTGcctcc < 1:2590620/68‑1 (MQ=255) cACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAg > 1:3616390/1‑37 (MQ=255) cGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTCTACGACTGGTACTGCGACTTGCCTCCTGCGtc < 1:168697/71‑1 (MQ=255) gCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTc < 1:2787953/38‑1 (MQ=255) ttATCTGTCGCTGCTTGGCGGCACCTGTTTAAGTTTCTACGACt < 1:3373230/43‑1 (MQ=12) cTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTCTACGACTGGTACTGCGACTTGCCTCCTGCGtctc < 1:1356289/71‑1 (MQ=255) tATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTCTACGACTGGTACTGCGACtt > 1:1171821/1‑56 (MQ=255) aTCTGTCGCTGCTTGGCGGCACCTGTTTAAGTTTCTACGACTGGTATTGCGAc > 1:3175116/1‑53 (MQ=19) aTCTGTCGCTGCTTGGCGGCACCTGTTTAAGTTTCTACGACTGGTATTGCGAc > 1:3205980/1‑53 (MQ=19) aTCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTc < 1:1875241/35‑1 (MQ=255) tctctcGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTCTACGACTGGTACTGCGACTTGCCTCCTGCGTCTcc > 1:5193665/1‑69 (MQ=255) ctctcGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTCTACGACTGGTACTGCGACtt < 1:5300695/53‑1 (MQ=255) ctctcGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTCTACGACTGGTACTGCGACtt < 1:3387117/53‑1 (MQ=255) ctctcGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTCTACGACTGGTACTGCGACtt < 1:1298291/53‑1 (MQ=255) ctctcGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTCTACGACTGGTACTGCGACTTGCCTCCTGCGTCTCCGc > 1:5165428/1‑70 (MQ=255) tctcGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTCTACGa > 1:1631215/1‑37 (MQ=255) tctcGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTCTACGACTGGTa > 1:1441997/1‑43 (MQ=255) tctcGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTCTACGACTGGTa > 1:2222665/1‑43 (MQ=255) tctcGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTCTACGACTGGTa > 1:802918/1‑43 (MQ=255) tctcGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTCTACGACTGGTa > 1:2146808/1‑43 (MQ=255) tctcGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTCTACGACTGGTACTGCGACTTGcctcct > 1:1252817/1‑59 (MQ=255) tctcGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTCTACGACTGGTACTGCGACTTGcctcct > 1:687189/1‑59 (MQ=255) tctcGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTCTACGACTGGTACTGCGACTTGcctcct > 1:725684/1‑59 (MQ=255) ctcGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTCTACGACTGGTACTGCGACTTGCCTCCTGCGTCTcc > 1:1526610/1‑66 (MQ=255) ctcGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTCTACGACTGGTACTGCGACTTGCCTCCTGCGTCTcc > 1:1235824/1‑66 (MQ=255) ctcGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTCTACGACTGGTACTGCGACTTGCCTCCTGCGTCTCCGCaaa > 1:5052580/1‑71 (MQ=255) tcGCTGCTTGGCGGCACCTGTTTAAGTTTCTACGACTGGTATTGCGACCTGCCGCCCGCCTCGCCgatg < 1:761100/69‑4 (MQ=255) tcGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTCTACGACTGGTACTGCGACTTGCCTCCTGCGTCTCCGCAAAc > 1:3511473/1‑71 (MQ=255) gctgctTGGCGGCACCTGTTTAAGTTTCTACGACTGGTATTGCGACCTg > 1:3583570/1‑49 (MQ=16) gCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTCTACGACTGGTACTGCGACTTGCCTCCTGCGTCTCCGCAAAcc < 1:569964/70‑1 (MQ=255) gCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTCTACGACTGGTACTGCGACTTGCCTCCTGCGTCTCCGCAAAcc < 1:2597733/70‑1 (MQ=255) gATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTCTACGACTGGTACTGCGACTTGCCTCCTGCGTCTCCGCAAAcc < 1:3422109/67‑1 (MQ=255) ttGGCGGTACTTGCTTAAGCTTCTACGACTGGTACTGCGACTTGCCTCCTGCGTCTCCGCAAACCTggg > 1:5620596/1‑69 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |