| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 833,168 | T→C | 20.5% | G542G (GGT→GGC) | narG → | nitrate reductase 1, alpha subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 833,168 | 0 | T | C | 20.5% | 149.9 / 34.0 | 78 | G542G (GGT→GGC) | narG | nitrate reductase 1, alpha subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (30/32); new base C (13/3); total (43/35) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.41e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.87e-01 | |||||||||||
ATTCGCATCGCCCGTGAATTTGCCGATAACGCTGATAAAACGCACGGTCGTTCGATGATTATCGTCGGTGCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGATATGAACTATCGTGGTCTGATCAACATGCTGATT > minE/833100‑833231 | attCGCATCGCCCGTGAATTTGCCGATAACGCTGATAAAACGCACGGTCGTTCGATGATTATCGTCGGTGc > 1:2310739/1‑71 (MQ=255) ttCGCATCGCCCGTGAATTTGCCGATAACGCTGATAAAACGCACGGTCGTTCGATGATTATCGTCGGTGc < 1:4779345/70‑1 (MQ=255) ttCGCATCGCCCGTGAATTTGCCGATAACGCTGATAAAACGCACGGTCGTTCGATGATTATCGTCGGTGCg > 1:4875783/1‑71 (MQ=255) ttCGCATCGCCCGTGAATTTGCCGATAACGCTGATAAAACGCACGGTCGTTCGATGATTATCGTCGGTGCg > 1:448964/1‑71 (MQ=255) ccATCGCCCGTGAATTTGCCGATACCGCCCATAAAACGCATGGGCGCTCGATGATTATCCTCGGCGCagg > 1:3470908/2‑70 (MQ=255) tCGCCCGTGAATTTGCCGATAACGCTGATAAAACGCACGGTCGTTCGATGATTATCGTCGGTGCGGGGCt > 1:5553360/1‑70 (MQ=255) gCCCGTGAATTTGCCGATAACGCTGATAAAACGCACGGTCGTTCGATGATTATCGTCGGTGCGGGGCTGa < 1:4305386/70‑1 (MQ=255) cccGTGAATTTGCCGATAACGCTGATAAAACGCACGGTCGTTCGATGATTATCGTCGGTGCGGGGCTGAAc < 1:1926014/71‑1 (MQ=255) gTGAATTTGCCGATACCGCCCATAAAACGCATGGGCGCTCGATGATTATCCTCGGCGCAGGTGTTAACCAc < 1:3346124/71‑1 (MQ=255) gAATTTGCCGATAACGCTGATAAAACGCACGGTCGTTCGATGATTATCGTCGGTGCGGGGCTg < 1:2100598/63‑1 (MQ=255) gAATTTGCCGATAACGCTGATAAAACGCACGGTCGTTCGATGATTATCGTCGGTGCGGGGCTg < 1:725909/63‑1 (MQ=255) gAATTTGCCGATAACGCTGATAAAACGCACGGTCGTTCGATGATTATCGTCGGTGCGGGGCTGAACCACTg > 1:3616516/1‑71 (MQ=255) aaTTTGCCGATAACGCTGATAAAACGCACGGTCGTTCGATGATTATCGTCGGTGCGGGGCTg < 1:3599317/62‑1 (MQ=255) aaTTTGCCGATAACGCTGATAAAACGCACGGTCGTTCGATGATTATCGTCGGTGCGGGGCTGAACCACTgg > 1:3454848/1‑71 (MQ=255) aTTTGCCGATAACGCTGATAAAACGCACGGTCGTTCGATGATTATCGTCGGTGCGGGGCTGAACCACTGGt < 1:5615322/71‑1 (MQ=255) tggcGATACCGCCCATAAAACGCATGGGCGCTCGATGATTATCCTCGGCGCAGGTGTTAACCACTGGTAt > 1:5308718/4‑70 (MQ=255) tGCCGATACCGCCCATAAAACGCATGGGCGCTCGATGATTATCCTCGGCGCaggtg > 1:964578/1‑54 (MQ=255) tGCCGATACCGCCCATAAAACGCATGGGCGCTCGATGATTATCCTCGGCGCAGGTGTTAACCa > 1:3023558/1‑63 (MQ=255) tGCCGATAACGCTGATAAAACGCACGGTCGTTCGATGATTATCGTCGGTGCGGGGCTGAACCACTGGTAt > 1:2204781/1‑70 (MQ=255) aTAACGCTGATAAAACGCACGGTCGTTCGATGATTATCGTCGGTGCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTc > 1:511904/1‑71 (MQ=255) aTAACGCTGATAAAACGCACGGTCGTTCGATGATTATCGTCGGTGCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTc > 1:3836548/1‑71 (MQ=255) aTAACGCTGATAAAACGCACGGTCGTTCGATGATTATCGTCGGTGCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTc > 1:2843909/1‑71 (MQ=255) aTAACGCTGATAAAACGCACGGTCGTTCGATGATTATCGTCGGTGCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTc > 1:5594759/1‑71 (MQ=255) aaCGCTGATAAAACGCACGGTCGTTCGATGATTATCGTCGGTGCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTc < 1:3817943/69‑1 (MQ=255) aaCGCTGATAAAACGCACGGTCGTTCGATGATTATCGTCGGTGCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTc < 1:3811269/69‑1 (MQ=255) aaCGCTGATAAAACGCACGGTCGTTCGATGATTATCGTCGGTGCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTc < 1:4694658/69‑1 (MQ=255) aaCGCTGATAAAACGCACGGTCGTTCGATGATTATCGTCGGTGCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGa > 1:3457660/1‑71 (MQ=255) aCGCTGATAAAACGCACGGTCGTTCGATGATTATCGTAGGTGGGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTc < 1:5588011/68‑1 (MQ=255) cGCTGATAAAACGCACGGTCGTTCGATGATTATCGTCGGTGCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCg > 1:3274504/1‑68 (MQ=255) caTAAAACGCATGGGCGCTCGATGATTATCCTCGGCGCAGGTGTTAACCACTGGTATCACATGGACATGaa > 1:5055733/2‑71 (MQ=255) aTAAAACGCACGGTCGTTCGATGATTATCGTCGGt > 1:5671122/1‑35 (MQ=255) aTAAAACGCACGGTCGTTCGATGATTATCGTCGGTGCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGATATGa < 1:988636/69‑1 (MQ=255) aTAAAACGCACGGTCGTTCGATGATTATCGTCGGTGCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGATATGa < 1:3246245/69‑1 (MQ=255) aTAAAACGCACGGTCGTTCGATGATTATCGTAGGTGCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGATATGAAc > 1:652935/1‑71 (MQ=255) aaaaCGCATGGGCGCTCGATGATTATCCTCGGCGCAGGTGTTAACCACTGGTATCACATGGACATGAACTa > 1:5524510/1‑71 (MQ=255) aaaaCGCATGGGCGCTCGATGATTATCCTCGGCGCAGGTGTTAACCACTGGTATCACATGGACATGAACTa > 1:5373823/1‑71 (MQ=255) aaaaCGCATGGGCGCTCGATGATTATCCTCGGCGCAGGTGTTAACCACTGGTATCACATGGACATGAACTa > 1:2336230/1‑71 (MQ=255) aaaaCGCACGGTCGTTCGATGATTATCGTCGGTGCGGGGGTGAACCACt > 1:3204065/1‑49 (MQ=255) aaaaCGCACGGTCGTTCGATGATTATCGTCGGTGCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGATATGAACt > 1:114290/1‑70 (MQ=255) aaaaCGCACGGTCGTTCGATGATTATCGTCGGTGCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGATATGAACTa > 1:4628471/1‑71 (MQ=255) aaaaCGCACGGTCGTTCGATGATTATCGTCGGTGCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGATATGAACTa > 1:3878286/1‑71 (MQ=255) aaaCGCATGGGCGCTCGATGATTATCCTCGGCGCAGGTGTTAACCACTGGTATCAc > 1:1484765/1‑56 (MQ=255) aaaCGCATGGGCGCTCGATGATTATCCTCGGCGCAGGTGTTAACCACTGGTATCAc > 1:1708728/1‑56 (MQ=255) aaaCGCATGGGCGCTCGATGATTATCCTCGGCGCAGGTGTTAACCACTGGTATCAc > 1:5116378/1‑56 (MQ=255) aCGCACGGTCGTTCGATGATTATCGTCGGTGCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGATATGAACTATCg > 1:1316998/1‑71 (MQ=255) cGCACGGTCGTTCGATGATTATCGTCGGTGCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGATATGAACTATCGt > 1:669525/1‑71 (MQ=255) cACGGTCGTTCGATGATTATCGTCGGTGCGCGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGATATGAACTATCGTgg < 1:1004468/71‑1 (MQ=255) aCGGTCGTTCGATGATTATCGTCGGTGCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGATATGAACTATCGTGGt < 1:3815336/71‑1 (MQ=255) gTCGTTCGATGATTATCGTCGGTGCGGGGCTGAACCACt < 1:3155028/39‑1 (MQ=255) gTCGTTCGATGATTATCGTCGGTGCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGATATGAACTATCGTGGTc < 1:611356/69‑1 (MQ=255) gTCGTTCGATGATTATCGTCGGTGCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGATATGAACTATCGTGGTc < 1:5667402/69‑1 (MQ=255) gTCGTTCGATGATTATCGTCGGTGCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGATATGAACTATCGTGGTc < 1:1454271/69‑1 (MQ=255) gTCGTTCGATGATTATCGTCGGTGCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGATATGAACTATCGTGGTc < 1:349528/69‑1 (MQ=255) gTCGTTCGATGATTATCGTCGGTGCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGATATGAACTATCGTGGTCt > 1:1401083/1‑70 (MQ=255) gTCGTTCGATGATTATCGTCGGTGCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGATATGAACTATCGTGGTCTg < 1:1420865/71‑1 (MQ=255) gTCGTTCGATGATTATCGTCGGTGCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGATATGAACTATCGTGGTCTg < 1:5611212/71‑1 (MQ=255) tCGTTCGATGATTATCGTCGGTGCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGATATGAACTATCGTGGTCTGa > 1:5689090/1‑71 (MQ=255) tCGTTCGATGATTATCGTCGGTGCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGATATGAACTATCGTGGTCTGa > 1:4611107/1‑71 (MQ=255) gTTCGATGATTATCGTCGGTGCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGATATGAACTATCg > 1:2467066/1‑61 (MQ=255) gTTCGATGATTATCGTCGGTGCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGATATGAACTATCGTGGTCTGAt > 1:1571150/1‑70 (MQ=255) gTTCGATGATTATCGTCGGTGCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGATATGAACTATCGTGGTCTGATc < 1:2996689/71‑1 (MQ=255) gTTCGATGATTATCGTCGGTGCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGATATGAACTATCGTGGTCTGATc < 1:2989894/71‑1 (MQ=255) ttCGATGATTATCGTCGGTGCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGa < 1:588702/48‑1 (MQ=255) ttCGATGATTATCGTCGGTGCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGa < 1:5588474/48‑1 (MQ=255) ttCGATGATTATCGTCGGTGCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGATATGAACTATCGTGGTCTGATCa < 1:5547149/71‑1 (MQ=255) ttCGATGATTATCGTCGGTGCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGATATGAACTATCGTGGTCTGATCa < 1:1583912/71‑1 (MQ=255) cGATGATTATCGTCGGTGCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGATATGAACTATCGTGGTCTGATCaa > 1:1259031/1‑70 (MQ=255) cGATGATTATCGTCGGTGCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGATATGAACTATCGTGGTCTGATCaa > 1:5430147/1‑70 (MQ=255) cGATGATTATCCTCGGCGCAGGTGTTAACCACTGGTATCACATGGACATGAACTACCGCGGGATGATCaa > 1:2968102/1‑70 (MQ=255) gatgatTATCCTCGGCGCAGGTGTTAACCACTGGTATCACATGGACATGAACTACCGCGGGATGATCaa < 1:5499255/69‑1 (MQ=255) atgatTATCCTCGGCGCAGGTGTTAACCACTGGTATCACATGGACATGAACTACCGCGGGATGATCAatat < 1:4954499/71‑1 (MQ=255) tgatTATCGTCGGTGCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGATATGAACTATCGTGGTCTGATCaa < 1:5172200/67‑1 (MQ=255) atTATCGTCGGTGCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGATATGAACTATCGTGGTCTGATCAACATGc < 1:3981034/70‑1 (MQ=255) ttATCCTCGGCGCAGGTGTTAACCACTGGTATCACATGGACATGAACTACCGCGGGATGATCAATATGCt > 1:4704277/1‑70 (MQ=255) tcgtcgGTGCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGATATGAACTATCGTGGTCTGATc > 1:1731914/1‑59 (MQ=255) tcgtcgGTGCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGATATGAACTATCGTGGTCTGATCa > 1:5692257/1‑60 (MQ=255) tcgtcgGTGCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGATATGAACTATCGTGGTCTGATCAACATGCTGAtt > 1:5324934/1‑71 (MQ=255) tcgtcgGTGCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGATATGAACTATCGTGGTCTGATCAACATGCTGAt < 1:4684714/70‑1 (MQ=255) gtcgGTGCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGATATGAACTATCGTGGTc < 1:3251542/52‑1 (MQ=255) | ATTCGCATCGCCCGTGAATTTGCCGATAACGCTGATAAAACGCACGGTCGTTCGATGATTATCGTCGGTGCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGATATGAACTATCGTGGTCTGATCAACATGCTGATT > minE/833100‑833231 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |