| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 833,198 | T→C | 14.7% | D552D (GAT→GAC) | narG → | nitrate reductase 1, alpha subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 833,198 | 0 | T | C | 14.7% | 221.4 / 27.4 | 96 | D552D (GAT→GAC) | narG | nitrate reductase 1, alpha subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (40/41); new base C (9/5); total (50/46) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.90e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.43e-01 | |||||||||||
GATAAAACGCACGGTCGTTCGATGATTATCGTCGGTGCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGATATGAACTATCGTGGTCTGATCAACATGCTGATTTTCTGCGGCTGTGTCGGTCAGAGCGGGGGCGGCTGGG > minE/833133‑833268 | caTAAAACGCATGGGCGCTCGATGATTATCCTCGGCGCAGGTGTTAACCACTGGTATCACATGGACATGaa > 1:5055733/2‑71 (MQ=255) aTAAAACGCACGGTCGTTCGATGATTATCGTCGGTGCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGATATGa < 1:988636/69‑1 (MQ=255) aTAAAACGCACGGTCGTTCGATGATTATCGTCGGTGCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGATATGa < 1:3246245/69‑1 (MQ=255) aTAAAACGCACGGTCGTTCGATGATTATCGTAGGTGCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGATATGAAc > 1:652935/1‑71 (MQ=255) aaaaCGCATGGGCGCTCGATGATTATCCTCGGCGCAGGTGTTAACCACTGGTATCACATGGACATGAACTa > 1:5373823/1‑71 (MQ=255) aaaaCGCATGGGCGCTCGATGATTATCCTCGGCGCAGGTGTTAACCACTGGTATCACATGGACATGAACTa > 1:5524510/1‑71 (MQ=255) aaaaCGCATGGGCGCTCGATGATTATCCTCGGCGCAGGTGTTAACCACTGGTATCACATGGACATGAACTa > 1:2336230/1‑71 (MQ=255) aaaaCGCACGGTCGTTCGATGATTATCGTCGGTGCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGATATGAACt > 1:114290/1‑70 (MQ=255) aaaaCGCACGGTCGTTCGATGATTATCGTCGGTGCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGATATGAACTa > 1:3878286/1‑71 (MQ=255) aaaaCGCACGGTCGTTCGATGATTATCGTCGGTGCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGATATGAACTa > 1:4628471/1‑71 (MQ=255) aCGCACGGTCGTTCGATGATTATCGTCGGTGCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGATATGAACTATCg > 1:1316998/1‑71 (MQ=255) cGCACGGTCGTTCGATGATTATCGTCGGTGCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGATATGAACTATCGt > 1:669525/1‑71 (MQ=255) cACGGTCGTTCGATGATTATCGTCGGTGCGCGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGATATGAACTATCGTgg < 1:1004468/71‑1 (MQ=255) aCGGTCGTTCGATGATTATCGTCGGTGCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGATATGAACTATCGTGGt < 1:3815336/71‑1 (MQ=255) gTCGTTCGATGATTATCGTCGGTGCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGATATGAACTATCGTGGTc < 1:5667402/69‑1 (MQ=255) gTCGTTCGATGATTATCGTCGGTGCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGATATGAACTATCGTGGTc < 1:349528/69‑1 (MQ=255) gTCGTTCGATGATTATCGTCGGTGCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGATATGAACTATCGTGGTc < 1:611356/69‑1 (MQ=255) gTCGTTCGATGATTATCGTCGGTGCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGATATGAACTATCGTGGTc < 1:1454271/69‑1 (MQ=255) gTCGTTCGATGATTATCGTCGGTGCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGATATGAACTATCGTGGTCt > 1:1401083/1‑70 (MQ=255) gTCGTTCGATGATTATCGTCGGTGCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGATATGAACTATCGTGGTCTg < 1:5611212/71‑1 (MQ=255) gTCGTTCGATGATTATCGTCGGTGCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGATATGAACTATCGTGGTCTg < 1:1420865/71‑1 (MQ=255) tCGTTCGATGATTATCGTCGGTGCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGATATGAACTATCGTGGTCTGa > 1:5689090/1‑71 (MQ=255) tCGTTCGATGATTATCGTCGGTGCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGATATGAACTATCGTGGTCTGa > 1:4611107/1‑71 (MQ=255) gTTCGATGATTATCGTCGGTGCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGATATGAACTATCg > 1:2467066/1‑61 (MQ=255) gTTCGATGATTATCGTCGGTGCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGATATGAACTATCGTGGTCTGAt > 1:1571150/1‑70 (MQ=255) gTTCGATGATTATCGTCGGTGCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGATATGAACTATCGTGGTCTGATc < 1:2996689/71‑1 (MQ=255) gTTCGATGATTATCGTCGGTGCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGATATGAACTATCGTGGTCTGATc < 1:2989894/71‑1 (MQ=255) ttCGATGATTATCGTCGGTGCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGATATGAACTATCGTGGTCTGATCa < 1:1583912/71‑1 (MQ=255) ttCGATGATTATCGTCGGTGCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGATATGAACTATCGTGGTCTGATCa < 1:5547149/71‑1 (MQ=255) cGATGATTATCGTCGGTGCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGATATGAACTATCGTGGTCTGATCaa > 1:1259031/1‑70 (MQ=255) cGATGATTATCGTCGGTGCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGATATGAACTATCGTGGTCTGATCaa > 1:5430147/1‑70 (MQ=255) cGATGATTATCCTCGGCGCAGGTGTTAACCACTGGTATCACATGGACATGAACTACCGCGGGATGATCaa > 1:2968102/1‑70 (MQ=255) gatgatTATCCTCGGCGCAGGTGTTAACCACTGGTATCACATGGACATGAACTACCGCGGGATGATCaa < 1:5499255/69‑1 (MQ=255) atgatTATCCTCGGCGCAGGTGTTAACCACTGGTATCACATGGACATGAACTACCGCGGGATGATCAatat < 1:4954499/71‑1 (MQ=255) tgatTATCGTCGGTGCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGATATGAACTATCGTGGTCTGATCaa < 1:5172200/67‑1 (MQ=255) atTATCGTCGGTGCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGATATGAACTATCGTGGTCTGATCAACATGc < 1:3981034/70‑1 (MQ=255) ttATCCTCGGCGCAGGTGTTAACCACTGGTATCACATGGACATGAACTACCGCGGGATGATCAATATGCt > 1:4704277/1‑70 (MQ=255) tcgtcgGTGCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGATATGAACTATCGTGGTCTGATc > 1:1731914/1‑59 (MQ=255) tcgtcgGTGCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGATATGAACTATCGTGGTCTGATCa > 1:5692257/1‑60 (MQ=255) tcgtcgGTGCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGATATGAACTATCGTGGTCTGATCAACATGCTGAtt > 1:5324934/1‑71 (MQ=255) tcgtcgGTGCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGATATGAACTATCGTGGTCTGATCAACATGCTGAt < 1:4684714/70‑1 (MQ=255) gtcgGTGCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGATATGAACTATCGTGGTc < 1:3251542/52‑1 (MQ=255) gCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGATATGAACTATCGTgg > 1:4609535/1‑44 (MQ=255) gCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGATATGAACTATCGTGGTCTGATCAACATGCTGAtttt > 1:2960422/1‑65 (MQ=255) gCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGATATGAACTATCGTGGTCTGATCAACATGCTGAtttt > 1:4236686/1‑65 (MQ=255) gCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGATATGAACTATCGTGGTCTGATCAACATGCTGATTTTCTGCgg > 1:5051978/1‑71 (MQ=255) gCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGATATGAACTATCGTGGTCTGATCAACATGCTGATTTTCTGCg > 1:5672695/1‑70 (MQ=255) gCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGATATGAACTATCGTGGTCTGATCAACATGCTGATTTTCTGCg > 1:4316618/1‑70 (MQ=255) gggCTGAACCACTGGTATCACCTCGATATGAACTATCGTGGTCTGATCAACATGCTGATTTTCTg < 1:1363383/65‑1 (MQ=255) gggCTGAACCACTGGTATCACCTCGATATGAACTATCGTGGTCTGATCAACATGCTGATTTTCTg < 1:5569653/65‑1 (MQ=255) ggCTGAACCACTGGTATCACCTCGATATGAACTATCGTGGTCTGATCAACATGCTGATTTTCTGCGGCtgt < 1:1035629/71‑1 (MQ=255) gCTGAACCACTGGTATGACCTCGATATGAACTATCGTGGTc < 1:1450204/41‑1 (MQ=255) gCTGAACCACTGGTATCACCTCGATATGAACTATCGTGGTCTGATCAACATGCTGATTTTCTGCGGCtgtg > 1:3725412/1‑71 (MQ=255) ttaaCCACTGGTATCACATGGACATGAACTACCGCGGGATGATCAATATGCTGATCTTCTGCGGTTgtgt < 1:3337644/68‑1 (MQ=255) gAACCACTGGTATCACCTCGATATGAACTATCGTGGTCTGATCAACATGCTGATTTTCTGCGGCTGTGTCg > 1:3202465/1‑71 (MQ=255) aaCCACTGGTATCACCTCGATATGAACTATCGTGGTCTGATCAACAt < 1:5208398/47‑1 (MQ=255) aaCCACTGGTATCACCTCGATATGAACTATCGTGGTCTGATCAACAt < 1:3254791/47‑1 (MQ=255) aaCCACTGGTATCACCTCGATATGAACTATCGTGGTCTGATCAACAt < 1:4789883/47‑1 (MQ=255) aaCCACTGGTATCACCTCGATATGAACTATCGTGGTCTGATCAACATGCTGATTTTc < 1:4140865/57‑1 (MQ=255) aaCCACTGGTATCACCTCGATATGAACTATCGTGGTCTGATCAACATGCTGATTTTc < 1:4707401/57‑1 (MQ=255) aaCCACTGGTATCACATGGACATGAACTACCGCGGGATGATCAATATGCTGATCTTCTGCGGTTGTGTCgg > 1:2572011/1‑71 (MQ=255) aCCACTGGTATCACCTCGATATGAACTATCGTGGTCTGATCaa < 1:2665655/43‑1 (MQ=255) aCCACTGGTATCACCTCGATATGAACTATCGTGGTCTGATCAACATGCTGATTTTCTGCGGCTGTGTCGGt < 1:575325/71‑1 (MQ=255) aCCACTGGTATCACCTCGATATGAACTATCGTGGTCTGATCAACATGCTGATTTTCTGCGGCTGTGTCGGt < 1:1917723/71‑1 (MQ=255) aCCACTGGTATCACATGGACATGAACTACCGCGGGATGATCAATATGCTGATCTTCTGCGGTTGTGTCggg > 1:3094736/1‑70 (MQ=255) ccACTGGTATCACCTCGATATGAACTATCGTGGTCTGATCAACATGc > 1:2178360/1‑47 (MQ=255) ccACTGGTATCACCTCGATATGAACTATCGTGGTCTGATCAACATGc > 1:886426/1‑47 (MQ=255) ccACTGGTATCACCTCGATATGAACTATCGTGGTCTGATCAACATGc > 1:1368912/1‑47 (MQ=255) ccACTGGTATCACCTCGATATGAACTATCGTGGTCTGATCAACATGCTGATTTTCTg > 1:4676367/1‑57 (MQ=255) ccACTGGTATCACCTCGATATGAACTATCGTGGTCTGATCAACATGCTGATTTTCTg > 1:2864839/1‑57 (MQ=255) ccACTGGTATCACCTCGATATGAACTATCGTGGTCTGATCAACATGCTGATTTTCTGCGGCTGTGTCGGt > 1:3930466/1‑70 (MQ=255) ccACTGGTATCACCTCGATATGAACTATCGTGGTCTGATCAACATGCTGATTTTCTGCGGCTGTGTCGGTc < 1:1400640/71‑1 (MQ=255) ccACTGGTATCACCTCGATATGAACTATCGTGGTCTGATCAACATGCTGATTTTCTG‑GGCTGTGTCGGt > 1:5052111/1‑69 (MQ=255) ccACTGGTATCACCTCGATATGAACTATCGGGGTCTGATCAACATGCTGATTTTCTg > 1:5203024/1‑57 (MQ=255) ccACTGGTATCACCTCGAAATGAACTATCGTGGTCTGATCAACATGCTGATTTTCTg > 1:3727123/1‑57 (MQ=255) ccACTGGTATCACATGGACATGAACTACCGCGGGATGATCAATATGCTGATCTTCTGCGGTTGTGTCgggc < 1:1205448/71‑3 (MQ=255) ccACTGGTATCACATGGACATGAACTACCGCGGGATGATCAATATGCTGATCTTCTGCGGTTGTGTCgggc < 1:4169593/71‑3 (MQ=255) cACTGGTATCACCTCGATATGAACTATCGTGGTCTGATCAACATGCTGATTTTCTGCGGCTGTGTCGGTCa < 1:1693458/71‑1 (MQ=255) aCTGGTATCACCTCGATATGAACTATCGTGGTCTGATCAACATGCTGATTTTCTGCGGCTGTGTCGGTCag < 1:3824254/71‑1 (MQ=255) aCTGGTATCACATGGACATGAACTACCGCGGGATGATCAATATGCTGATCTTCTGCGGTTGTGTCGGGCa > 1:5614519/1‑70 (MQ=255) gTATCACCTCGATATGAACTATCGTGGTCTGATCAACATGCTGATTTTCTGCGGCTGTGTCGGTCagag < 1:763299/69‑1 (MQ=255) tCACCTCGATATGAACTATCGTGGTCTGATCAACATGCTGATTTTc < 1:5452341/46‑1 (MQ=255) tCACCTCGATATGAACTATCGTGGTCTGATCAACATGCTGATTTTc < 1:4202694/46‑1 (MQ=255) tCACCTCGATATGAACTATCGTGGTCTGATCAACATGCTGATTTTCTGCGGCTGTGTCGGTCAGAGc < 1:3514023/67‑1 (MQ=255) tCACCTCGATATGAACTATCGTGGTCTGATCAACATGCTGATTTTCTGCCGCTGTGTCGGTCAGAGc < 1:577276/67‑1 (MQ=255) tCACCTCGATATGAACTATCGTGATCTGATCAACATGCTGATTTTCTGCGGCTGTGTCGGTCAGAGc < 1:3016432/67‑1 (MQ=255) cACCTCGATATGAACTATCGTGGTCTGATCAACATGCTGATTTTCTGCGGc < 1:1675534/51‑1 (MQ=255) cACCTCGATATGAACTATCGTGGTCTGATCAACATGCTGATTTTCTGCGGc < 1:5107298/51‑1 (MQ=255) aCCTCGATATGAACTATCGTGGTCTGATCAACATGCTGAtttt > 1:2173763/1‑43 (MQ=255) aCCTCGATATGAACTATCGTGGTCTGATCAACATGCTGATTTTCTg > 1:5588664/1‑46 (MQ=255) aCCTCGATATGAACTATCGTGGTCTGATCAACATGCTGATTTTCTGCGGCTGTGTCGGTCAGAGCgg > 1:1604126/1‑67 (MQ=255) cGATATGAACTATCGTGGTCTGATCAACATGCTGATTTTCTGCGGCTGTGTCGGTCAGAGCGGGGGCGGCt > 1:832257/1‑71 (MQ=255) gATATGAACTATCGTGGTCTGATCAACATGCTGAtttt > 1:3695424/1‑38 (MQ=255) gATATGAACTATCGTGGTCTGATCAACATGCTGATTTTc > 1:5221555/1‑39 (MQ=255) gATATGAACTATCGTGGTCTGATCAACATGCTGATTTTc > 1:884748/1‑39 (MQ=255) gATATGAACTATCGTGGTCTGATCAACATGCTGATTTTCTGCGGCTGTGTCGGTCAGAGCGGGGGCGGCTg > 1:1200263/1‑71 (MQ=255) atatGAACTATCGTGGTCTGATCAACATGCTGATTTTCTGCGGCTGTGTCGGTCa < 1:267822/55‑1 (MQ=255) atatGAACTATCGTGGTCTGATCAACATGCTGATTTTCTGCGGCTGTGTCGGTCAGAGCgg > 1:3879120/1‑61 (MQ=255) atatGAACTATCGTGGTCTGATCAACATGCTGATTTTCTGCGGCTGTGTCGGTCAGAGAgg > 1:3948894/1‑61 (MQ=255) tatGAACTATCGTGGTCTGATCAACATGCTGATTTTCTGCGGCTGTGTCGGTCAGAGCGGGGGCGGCTggg < 1:4653097/71‑1 (MQ=255) | GATAAAACGCACGGTCGTTCGATGATTATCGTCGGTGCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGATATGAACTATCGTGGTCTGATCAACATGCTGATTTTCTGCGGCTGTGTCGGTCAGAGCGGGGGCGGCTGGG > minE/833133‑833268 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |