| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 834,641 | G→A | 18.1% | L1033L (CTG→CTA) ‡ | narG → | nitrate reductase 1, alpha subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 834,641 | 0 | G | A | 18.1% | 277.6 / 47.6 | 127 | L1033L (CTG→CTA) ‡ | narG | nitrate reductase 1, alpha subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (47/57); new base A (14/9); total (61/66) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.49e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.92e-01 | |||||||||||
Only 100 of 129 total aligned reads displayed.
ACCTGGTCTGGTCTGGAAGATGAACACGTTTCTTACAACGCCGGTTACACCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGG > minE/834576‑834709 | aCCTGGTCTGGTCTGGAAGATGAACACGTTTCTTACAACGCCGGTTACACCAACGTTCACGAGCTGATcc > 1:3053275/1‑70 (MQ=255) ccTGGTCTGGTCTGGAAGATGAACACGTTTCTTACAACGCCGGTTACACCAACGTTCACGAGCTGATCCCa < 1:2859978/71‑1 (MQ=255) tggtctggtcTGGAAGATGAACACGTTTCTTACAACGCCGGTTACACCAACGTTCACGAGCTGATCCCATg > 1:4345503/1‑71 (MQ=255) gtctggtctgGAAGATGAACACGTTTCTTACAACGCCGGTTACACCAACGTTCACGAGCTg < 1:4221275/61‑1 (MQ=255) gtctggtctgGAAGATGAACACGTTTCTTACAACGCCGGTTACACCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGc > 1:1666562/1‑71 (MQ=255) gtccggtctgGAAAGCGATCACGTCTCCTATAACGCGGGATACACCAACGTTCATGAGTTAATTCCGTgg < 1:4443603/70‑1 (MQ=255) ctggtctggAAGATGAACACGTTTCTTACAACGCCGGTTACACCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCg > 1:1296049/1‑70 (MQ=255) ccggtctggAAAGAGATCACGTCTCCTATAACGCGGGATACACCAACGTTCATGAGTTAATTCCGTGGc > 1:2991480/3‑69 (MQ=255) tggtctggAAGATGAACACGTTTCTTACAACGCCGGTTACACCAACGTTCACGAGCTGATCCCa < 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1:814090/1‑68 (MQ=255) ttCTTACAACGCCGGTTACACCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGc > 1:2614700/1‑68 (MQ=255) tCTTACAACGCCGGTTACACCAACGTTCACGAGCTGATCCCa > 1:174100/1‑42 (MQ=255) tCTTACAACGCCGGTTACACCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGc > 1:5035308/1‑52 (MQ=255) tCTTACAACGCCGGTTACACCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACt > 1:1481969/1‑71 (MQ=255) cTTACAACGCCGGTTACACCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGgt > 1:2537173/1‑59 (MQ=255) cTTACAACGCCGGTTACACCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGgt > 1:3420004/1‑59 (MQ=255) ttACAACGCCGGTTACACCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTg > 1:863518/1‑56 (MQ=255) ttACAACGCCGGTTACACCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTg > 1:2963754/1‑56 (MQ=255) ttACAACGCCGGTTACACCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTg > 1:1440838/1‑56 (MQ=255) ttACAACGCCGGTTACACCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTg > 1:1369880/1‑56 (MQ=255) tACAACGCCGGTTACACCAACGTTCACGAGCTGATCCCa < 1:1398375/39‑1 (MQ=255) ataaCGCGGGATACACCAACGTTCATGAGTTAATTCCGTGGCGCACGCTGTCGGGACGCCAGCAGCTCTAt > 1:924770/3‑71 (MQ=255) taaCGCGGGATACACCAACGTTCATGAGTTAATTCCGTGGCGCACGCTGTCGGGACGCCAGCAGCTCTATc < 1:4506961/70‑1 (MQ=255) cAACGCCGGTTACACCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGc > 1:1838750/1‑41 (MQ=255) cAACGCCGGTTACACCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGc > 1:2665952/1‑41 (MQ=255) cAACGCCGGTTACACCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATc < 1:3411846/71‑1 (MQ=255) aaCGCGGGATACACCAACGTTCATGAGTTAATTCCGTGGCGCACGCTGTCGGGACGCCAGCAGCTCTAt > 1:3529316/1‑69 (MQ=255) aaCGCCGGTTACACCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTAt > 1:2246712/1‑69 (MQ=255) aaCGCCGGTTACACCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTAt > 1:3079501/1‑69 (MQ=255) aaCGCCGGTTACACCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCa < 1:1352667/71‑1 (MQ=255) aaCGCCGGTTACACCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCa < 1:3459054/71‑1 (MQ=255) aaCGCCGGTTACACCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCa < 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tACACCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCAc > 1:906431/1‑69 (MQ=255) acacCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAg > 1:1594438/1‑71 (MQ=255) acacAAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAg > 1:2207608/1‑71 (MQ=255) cacCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGgtcgt < 1:3450753/46‑1 (MQ=255) acCAACGTTCATGAGTTAATTCCGTGGCGCACGCTGTCGGGACGCCAGCAGCTCTATCAg < 1:3148503/60‑1 (MQ=255) acCAACGTTCATGAGTTAATTCCGTGGCGCACGCTGTCGGGACGCCAGCAGCTCTATCAg < 1:5362383/60‑1 (MQ=255) acCAACGTTCATGAGTTAATTCCGTGGCGCACGCTGTCGGGACGCCAGCAGCTCTATCAGGATCATCCGTg > 1:5194684/1‑71 (MQ=255) acCAACGTTCATGAGTTAATTCCGTGGCGCACGCTGTCGGGACGCCAGCAGCTCTATCAGGATCATCCGTg < 1:1309397/71‑1 (MQ=255) acCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGgtcgt < 1:2697382/45‑1 (MQ=255) ccAACGTTCATGAGTTAATTCCGTGGCGCACGCTGTCGGGACGCCAGCAGCTCTATCAGGATCATCCGTg < 1:3916310/70‑1 (MQ=255) cAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTgg > 1:4225396/1‑70 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |