| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 834,659 | C→G | 21.4% | L1039L (CTC→CTG) | narG → | nitrate reductase 1, alpha subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 834,659 | 0 | C | G | 21.4% | 249.9 / 63.6 | 126 | L1039L (CTC→CTG) | narG | nitrate reductase 1, alpha subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (43/56); new base G (16/11); total (59/67) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.92e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.84e-01 | |||||||||||
Only 100 of 134 total aligned reads displayed.
GAAGATGAACACGTTTCTTACAACGCCGGTTACACCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTA > minE/834591‑834727 | gAAGATGAACACGTTTCTTACAACGCCGGTTACACCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGctctc > 1:5173350/1‑71 (MQ=255)gAAGATGAACACGTTTCTTACAACGCCGGTTACACCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGctctc < 1:1764458/71‑1 (MQ=255) aGATGAACACGTTTCTTACAACGCCGGTTACACCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTg < 1:1013436/71‑1 (MQ=255) tGAACACGTTTCTTACAACGCCGGTTACACCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGctcac > 1:223304/1‑64 (MQ=255) gAACACGTTTCTTACAACGCCGGTTACACCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGgtcg > 1:1469327/1‑71 (MQ=255) aaCACGTTTCTTACAACGCCGGTTACACCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGgtcgt < 1:2843237/71‑1 (MQ=255) acacGTTTCTTACAACGCCGGTTACACCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGgtcgt > 1:4333227/1‑70 (MQ=255) acGTCTCCTATAACGCGGGATACACCAACGTTCATGAGTTAATTCCGTGGCGCACGCTGTCGGGACGCCAg > 1:1235246/1‑71 (MQ=255) acGTCTCCTATAACGCGGGATACACCAACGTTCATGAGTTAATTCCGTGGCGCACGCTGTCGGGACGCCAg > 1:5009384/1‑71 (MQ=255) ttCTTACAACGCCGGTTACACCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGc > 1:2621404/1‑68 (MQ=255) ttCTTACAACGCCGGTTACACCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGc > 1:2614700/1‑68 (MQ=255) ttCTTACAACGCCGGTTACACCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGc > 1:4392780/1‑68 (MQ=255) tCTTACAACGCCGGTTACACCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACt > 1:1481969/1‑71 (MQ=255) cTTACAACGCCGGTTACACCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGgt > 1:3420004/1‑59 (MQ=255) ttACAACGCCGGTTACACCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTg > 1:2963754/1‑56 (MQ=255) ttACAACGCCGGTTACACCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTg > 1:863518/1‑56 (MQ=255) ttACAACGCCGGTTACACCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTg > 1:1440838/1‑56 (MQ=255) ttACAACGCCGGTTACACCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTg > 1:1369880/1‑56 (MQ=255) ataaCGCGGGATACACCAACGTTCATGAGTTAATTCCGTGGCGCACGCTGTCGGGACGCCAGCAGCTCTAt > 1:924770/3‑71 (MQ=255) taaCGCGGGATACACCAACGTTCATGAGTTAATTCCGTGGCGCACGCTGTCGGGACGCCAGCAGCTCTATc < 1:4506961/70‑1 (MQ=255) aaCGCGGGATACACCAACGTTCATGAGTTAATTCCGTGGCGCACGCTGTCGGGACGCCAGCAGCTCTAt > 1:3529316/1‑69 (MQ=255) aaCGCCGGTTACACCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTAt > 1:3079501/1‑69 (MQ=255) aaCGCCGGTTACACCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCa < 1:1352667/71‑1 (MQ=255) aaCGCCGGTTACACCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCa < 1:5049300/71‑1 (MQ=255) aaCGCCGGTTACACCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCa < 1:615685/71‑1 (MQ=255) aCGCCGGTTACACCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGctc < 1:4091012/47‑1 (MQ=255) aCGCCGGTTACACCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGctc < 1:5262474/47‑1 (MQ=255) aCGCCGGTTACACCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCa < 1:5645872/70‑1 (MQ=255) ttACACCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAg < 1:2815240/64‑1 (MQ=255) ttACACCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCAcc < 1:3237351/71‑1 (MQ=255) atACACCAACGTTCATGAGTTAATTCCGTGGCGCACGCTGTCGGGACGCCAGCAGCTCTATCAGGATCatc > 1:3748264/2‑69 (MQ=255) tACACCAACGTTCATGAGTTAATTCCGTGGCGCACGCTGTCGGGACGCCAGCAGCTCTATCAGGa < 1:4099391/65‑1 (MQ=255) tACACCAACGTTCATGAGTTAATTCCGTGGCGCACGCTGTCGGGACGCCAGCAGCTCTATCAGGATCatcc > 1:1238355/1‑68 (MQ=255) tACACCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGctc > 1:4909502/1‑39 (MQ=255) tACACCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCAc > 1:3780668/1‑69 (MQ=255) tACACCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCAc > 1:3263366/1‑69 (MQ=255) acacCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAg > 1:3413186/1‑71 (MQ=255) acacAAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAg > 1:2207608/1‑71 (MQ=255) cacCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGgtcgt < 1:876296/46‑1 (MQ=255) cacCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGgtcgt < 1:3450753/46‑1 (MQ=255) acCAACGTTCATGAGTTAATTCCGTGGCGCACGCTGTCGGGACGCCAGCAGCTCTATCAg < 1:3148503/60‑1 (MQ=255) acCAACGTTCATGAGTTAATTCCGTGGCGCACGCTGTCGGGACGCCAGCAGCTCTATCAg < 1:5362383/60‑1 (MQ=255) acCAACGTTCATGAGTTAATTCCGTGGCGCACGCTGTCGGGACGCCAGCAGCTCTATCAGGATCATCCGTg < 1:1309397/71‑1 (MQ=255) acCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGgtcgt < 1:2697382/45‑1 (MQ=255) ccAACGTTCATGAGTTAATTCCGTGGCGCACGCTGTCGGGACGCCAGCAGCTCTATCAGGATCATCCGTg < 1:3916310/70‑1 (MQ=255) cAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTgg > 1:1090091/1‑70 (MQ=255) cAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGa > 1:2432151/1‑71 (MQ=255) cAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGa > 1:1345052/1‑71 (MQ=255) aCGTTCATGAGTTAATTCCGTGGCGCACGCTGTCGGGACGCCAGCAGCTCTATCAGGATCATCCGTg > 1:2991026/1‑67 (MQ=255) aCGTTCATGAGTTAATTCCGTGGCGCACGCTGTCGGGACGCCAGCAGCTCTATCAGGATCATCCGTg > 1:4638739/1‑67 (MQ=255) aCGTTCATGAGTTAATTCCGTGGCGCACGCTGTCGGGACGCCAGCAGCTCTATCAGGATCATCCGTg > 1:4478099/1‑67 (MQ=255) aCGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGTAACTGTATCAGGATCACCAg < 1:872409/65‑1 (MQ=255) aCGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATg > 1:2006238/1‑71 (MQ=255) cGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGc < 1:3842395/71‑1 (MQ=255) ttCATGAGTTAATTCCGTGGCGCACGCTGTCGGGACGCCAGCAGCTCTATCAGGATCATCCGTGGATGCGt > 1:1960647/1‑71 (MQ=255) ttCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCa < 1:4081904/52‑1 (MQ=255) ttCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCa < 1:3479341/52‑1 (MQ=255) ttCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCa < 1:2628966/52‑1 (MQ=255) ttCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGAt < 1:1430241/56‑1 (MQ=255) ttCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTg < 1:1613692/64‑1 (MQ=255) tCATGAGTTAATTCCGTGGCGCACGCTGTCGGGACGCCAGCAGCTCTATCAGGATCATCCGTGGATGCGTg > 1:3554688/1‑71 (MQ=255) cACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGgtcgt < 1:2031250/36‑1 (MQ=255) cACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCa > 1:4803355/1‑59 (MQ=255) gAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGAttt > 1:2426852/1‑71 (MQ=255) gAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGAttt < 1:4714232/71‑1 (MQ=255) gCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCg < 1:2854667/71‑1 (MQ=255) cTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGa < 1:1846671/47‑1 (MQ=255) cTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGa < 1:2412288/47‑1 (MQ=255) cTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGAATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCgg < 1:5682121/71‑1 (MQ=255) tGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTg < 1:2084201/38‑1 (MQ=255) tGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTg < 1:2223350/38‑1 (MQ=255) tGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTg < 1:538502/38‑1 (MQ=255) tGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTg < 1:4889442/38‑1 (MQ=255) aTCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATc < 1:5120110/46‑1 (MQ=255) aTCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATc < 1:4344398/46‑1 (MQ=255) aTCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGa < 1:3230051/71‑1 (MQ=255) tCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATc < 1:943826/45‑1 (MQ=255) cccATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCAcc > 1:5323161/1‑47 (MQ=255) cccATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTg > 1:5589866/1‑68 (MQ=255) cccATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGa > 1:1361191/1‑69 (MQ=255) cccATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGa > 1:3302829/1‑69 (MQ=255) cccATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTCATTTCGGTGa > 1:4694891/1‑69 (MQ=255) ccgtGGCGCACGCTGTCGGGACGCCAGCAGCTCTATCAGGATCATCCGTGGATGCGTGCTTTTGGTGaaa < 1:5323375/67‑1 (MQ=255) ccgtGGCGCACGCTGTCGGGACGCCAGCAGCTCTATCAGGATCATCCGTGGATGCGTGCTTTTGGTGAAAg > 1:214927/4‑71 (MQ=255) ccATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGaaa < 1:212152/70‑1 (MQ=255) tGGCGCACGCTGTCGGGACGCCAGCAGCTCTATCAGGATCATCCGTGGATGCGTGCTTTTGGTGAAAGCct < 1:1639736/71‑1 (MQ=255) tGGCGCACGCTGTCGGGACGCCAGCAGCTCTATCAGGATCATCCGTGGATGCGTGCTTTTGGTGAAAGCct < 1:701343/71‑1 (MQ=255) tGGCGCACGCTGTCGGGACGCCAGCAGCTCTATCAGGATCATCCGTGGAGGCGTGCTTTTGGTGAAAGCct < 1:1222393/71‑1 (MQ=255) gCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCctgc < 1:4569211/71‑1 (MQ=255) gCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCctgc < 1:3485840/71‑1 (MQ=255) gCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCctgc < 1:3837109/71‑1 (MQ=255) cGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCctgct > 1:802042/1‑71 (MQ=255) gTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCa > 1:1814474/1‑40 (MQ=255) tACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCAc < 1:5384262/37‑1 (MQ=255) tACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCAc < 1:424938/37‑1 (MQ=255) tACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCAc < 1:181024/37‑1 (MQ=255) tACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCAc < 1:4558929/37‑1 (MQ=255) gCTGTCGGGACGCCAGCAGCTCTATCAGGATCATCCGTGGATGCGTGCTTTTGGTGAAAGc > 1:1064415/1‑61 (MQ=255) gCTGTCGGGACGCCAGCAGCTCTATCAGGATCATCCGTGGATGCGTGCTTTTGGTGAAAGc > 1:274199/1‑61 (MQ=255) ctctctGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTa < 1:2709479/71‑1 (MQ=255) | GAAGATGAACACGTTTCTTACAACGCCGGTTACACCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTA > minE/834591‑834727 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |