| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,635,104 | A→G | 10.5% | E414E (GAA→GAG) | acrD → | aminoglycoside/multidrug efflux system |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,635,104 | 0 | A | G | 10.5% | 527.2 / 38.5 | 180 | E414E (GAA→GAG) | acrD | aminoglycoside/multidrug efflux system |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (58/103); new base G (13/6); total (71/109) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.13e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.01e-01 | |||||||||||
Only 100 of 181 total aligned reads displayed.
CCTTAACCATGTTCGCGATGGTGCTGGCGATCGGTCTGCTGGTGGATGACGCCATCGTGGTGGTGGAAAACGTCGAACGTATTATGAGTGAGGAAGGACTCACTCCTCGCGAAGCCACACGTAAATCGATGGGGC > minE/1635037‑1635171 | ccTTAACCATGTTCGCGATGGTGCTGGCGATCGGTCTGCTGGTGGATGACGCCATCGTGGTGGTGGAAAAc < 1:709375/71‑1 (MQ=255) cTTAACCATGTTCGCGATGGTGCTGGCGATCGGTCTGCTGGTGGATGACGCCATCGTGGTGGTGGAAAACg < 1:4597132/71‑1 (MQ=255) ttAACCATGTTCGCGATGGTGCTGGCGATCGGTCTGCTGGTGGATGACGCCATCGTGGTGGTGGAAAACg < 1:1744812/70‑1 (MQ=255) ttAACCATGTTCGCGATGGTGCTGGCGATCGGTCTGCTGGTGGATGACGCCATCGTGGTGGTGGAAAACGt > 1:2765145/1‑71 (MQ=255) aaCCATGTTCGCGATGGTGCTGGCGATCGGTCTGCTGGTGGATGACGCCATCGTGGTGGTGGAAAACGTc > 1:3862275/1‑70 (MQ=255) aaCCATGTTCGCGATGGTGCTGGCGATCGGTCTGCTGGTGGATGACGCCATCGTGGTGGTGGAAAACGTc > 1:4004151/1‑70 (MQ=255) aaCCATGTTCGCGATGGTGCTGGCGATCGGTCTGCTGGTGGATGACGCCATCGTGGTGGTGGAAAACGTc > 1:4064731/1‑70 (MQ=255) aaCCATGTTCGCGATGGTGCTGGCGATCGGTCTGCTGGTGGATGACGCCATCGTGGTGGTGGAAAACGTc > 1:5038318/1‑70 (MQ=255) aaCCATGTTCGCGATGGTGCTGGCGATCGGTCTGCTGGTGGATGACGCCATCGTGGTGGTGGAAAACGTc > 1:221541/1‑70 (MQ=255) aCCATGTTCGCGATGGTGCTGGCGATCGGTCTGCTGGTGGATGACGCCATCGTGGTGGTGGAAAACGTCg < 1:177387/70‑1 (MQ=255) aTGTTCGCGATGGTGCTGGCGATCGGTCTGCTGGTGGATGACGCCATCGTGGTGGTGGAAAACGTCGAACg < 1:306429/71‑1 (MQ=255) aTGTTCGCGATGGTGCTGGCGATCGGTCTGCTGGTGGATGACGCCATCGTGGTGGTGGAAAACGTCGAACg < 1:345359/71‑1 (MQ=255) tGTTCGCGATGGTGCTGGCGATCGGTCTGCTGGTGGATGACGCCATCGTGGTGGTGGAAAACGTCGAACGt < 1:3279448/71‑1 (MQ=255) tGTTCGCGATGGTGCTGGCGATCGGTCTGCTGGTGGATGACGCCATCGTGGTGGTGGAAAACGTCGAACGt < 1:1875104/71‑1 (MQ=255) tGTTCGCGATGGTGCTGGCGATCGGTCTGCTGGTGGATGACGCCATCGTGGTGGTGGAAAACGTCGAACGt < 1:4127100/71‑1 (MQ=255) ttCGCGATGGTGCTGGCGATCGGTCTGCTGGTGGATGACGCCATCGTGGTGGTGGAAAACGTCGAACGtat < 1:4661352/71‑1 (MQ=255) ttCGCGATGGTGCTGGCGATCGGTCTGCTGGTGGATGACGCCATCGTGGTGGTGGAAAACGTCGAACGta < 1:2341936/70‑1 (MQ=255) ttCGCGATGGTGCTGGCGATCGGTCTGCTGGTGGATGACGCCATCGTGGTGGTGGAAAACGTCGAACGta < 1:4966816/70‑1 (MQ=255) cgcgATGGTGCTGGCGATCGGTCTGCTGGTGGATGACGCCATCGTGGTGGTGGAAAACGTCGAACGtatta > 1:2214047/1‑71 (MQ=255) cgcgATGGTGCTGGCGATCGGTCTGCTGGTGGATGACGCCATCGTGGTGGTGGAAAACGTCGAACGtatta > 1:2117281/1‑71 (MQ=255) cgATGGTGCTGGCGATCGGTCTGCTGGTGGATGACGCCATCGTGGTGGTGGAAAACGTCGAACGTATTAtg < 1:3484587/71‑1 (MQ=255) cgATGGTGCTGGCGATCGGTCTGCTGGTGGATGACGCCATCGTGGTGGTGGAAAACGTCGAACGTATTAtg < 1:819414/71‑1 (MQ=255) cgATGGTGCTGGCGATCGGTCTGCTGGTGGATGACGCCATCGTGGTGGTGGAAAACGTCGAACGTATTAtg < 1:4755224/71‑1 (MQ=255) cgATGGTGCTGGCGATCGGTCTGCTGGTGGATGACGCCATCGTGGTGGTGGAAAACGTCGAACGTATTAtg < 1:507452/71‑1 (MQ=255) cgATGGTGCTGGCGATCGGTCTGCTGGTGGATGACGCCATCGTGGTGGTGGAAAACGTCGAACGTATTAtg < 1:1702836/71‑1 (MQ=255) tGGTGCTGGCGATCGGTCTGCTGGTGGATGACGCCATCGTGGTGGTGGAAAACGTCGAACGtat < 1:119053/64‑1 (MQ=255) tGGTGCTGGCGATCGGTCTGCTGGTGGATGACGCCATCGTGGTGGTGGAAAACGTCGAACGtat < 1:787811/64‑1 (MQ=255) gTGCTGGTGATCGGTATCGTGGTCGACGATGCGATCGTGGTGGTCGAGAACGTCGAGCGCATCAtgagcg < 1:128212/70‑3 (MQ=2) gTGCTGGTGATCGGTATCGTGGTCGACGATGCGATCGTGGTGGTCGAGAACGTCGAGCGCATCAtgagcg < 1:1285386/70‑3 (MQ=2) gTGCTGGTGATCGGTATCGTGGTCGACGATGCGATCGTGGTGGTCGAGAACGTCGAGCGCATCAtgagcg < 1:3776631/70‑3 (MQ=2) gCTGGCGATCGGCTTGCTGGTGGACGATGCCATTGTGGTGGTAGAGAACGTCGaa > 1:4377371/1‑55 (MQ=2) gCTGGCGATCGGCTTGCTGGTGGACGATGCCATTGTGGTGGTAGAGAACGTCGaa > 1:4287499/1‑55 (MQ=2) gCTGGCGATCGGCTTGCTGGTGGACGATGCCATTGTGGTGGTAGAGAACGTCGaa > 1:1467414/1‑55 (MQ=2) gCTGGCGATCGGCTTGCTGGTGGACGATGCCATTGTGGTGGTAGAGAACGTCGaa > 1:4184965/1‑55 (MQ=2) cTGGCGATCGGTCTGCTGGTGGATGACGCCATCGTGGTGGTGGAAAACGTCGAACGTATTATGAGTGagga < 1:1806993/71‑1 (MQ=255) ggCGATCGGTCTGCTGGTGGATGACGCCATCGTGGTGGTGGAAAACGTCGAACGTATTATGAGTGaggaag > 1:533046/1‑71 (MQ=255) gCGATCGGTCTGCTGGTGGATGACGCCATCGTGGTGGTGGAAAACGTCGAACGTATTATGAGTGaggaagg < 1:3179876/71‑1 (MQ=255) gCGATCGGTCTGCTGGTGGATGACGCCATCGTGGTGGTGGAAAACGTCGAACGTATTATGAGTGaggaag < 1:4265785/70‑1 (MQ=255) aTCGGTCTGCTGGTGGATGACGCCATCGTGGTGGTGGAAAACg < 1:297113/43‑1 (MQ=255) aTCGGTCTGCTGGTGGATGACGCCATCGTGGTGGTGGAAAACGTCGAACGTATTATGAGTGaggaag < 1:1142820/67‑1 (MQ=255) aTCGGTCTGCTGGTGGATGACGCCATCGTGGTGGTGGAAAACGTCGAACGTATTATGAGTGaggaag < 1:565827/67‑1 (MQ=255) aTCGGTCTGCTGGTGGATGACGCCATCGTGGTGGTGGAAAACGTCGAACGTATTATGAGTGaggaag < 1:3093573/67‑1 (MQ=255) aTCGGTCTGCTGGTGGATGACGCCATCGTGGTGGTGGAAAACGTCGAACGTATTATGAGTGaggaag < 1:2330594/67‑1 (MQ=255) cGGTCTGCTGGTGGATGACGCCATCGTGGTGGTGGAAAACGTCGAACGTATTAtga > 1:3687592/1‑56 (MQ=255) ggTCTGCTGGTGGATGACGCCATCGTGGTGGTGGAAAACGTCGAACGTATTATGAGTGAGGAAGGactcac < 1:3111824/71‑1 (MQ=255) tCTGCTGGTGGATGACGCCATCGTGGTGGTGGAAAACGTCGAACGTATTATGAGTGAGGAAGGactcactc < 1:514501/71‑1 (MQ=255) ctgctgGTGGATGACGCCATCGTGGTGGTGGAAAACGTCGAACGTATTATGAGTGAGGAAGGACTCActcc > 1:3640840/1‑71 (MQ=255) tgctgGTGGATGACGCCATCGTGGTGGTGGAAAACGTCGAACGTATTAtgagt > 1:487105/1‑53 (MQ=255) ctgGTGGATGACGCCATCGTGGTGGTGGAAAACGTCGAACGTATTATGAGTGAGGAAGGACTCACTCCTcg > 1:5181078/1‑71 (MQ=255) gtggATGACGCCATCGTGGTGGTGGAAAACGTCGAACGTATTATGAGTGAGGAAGGACTCACTCCTcgc < 1:3311896/69‑1 (MQ=255) gtggATGACGCCATCGTGGTGGTGGAAAACGTCGAACGTATTATGAGTGAGGAAGGACTCACTCCTcgc < 1:2467854/69‑1 (MQ=255) gtggATGACGCCATCGTGGTGGTGGAAAACGTCGAACGTATTATGAGTGAGGAAGGACTCACTCCTCGCGa < 1:940062/71‑1 (MQ=255) gtggATGACGCCATCGTGGTGGTGGAAAACGTCGAACGTATTATGAGTGAGGAAGGACTCACTCCTCGCGa < 1:1256229/71‑1 (MQ=255) aCGCCATCGTGGTGGTGGAAAACGTCGAACGTATTATGAGTGagga < 1:2373444/46‑1 (MQ=255) aCGCCATCGTGGTGGTGGAAAACGTCGAACGTATTATGAGTGagga < 1:2196790/46‑1 (MQ=255) aCGCCATCGTGGTGGTGGAAAACGTCGAACGTATTATGAGTGagga < 1:4430847/46‑1 (MQ=255) aCGCCATCGTGGTGGTGGAAAACGTCGAACGTATTATGAGTGagga < 1:3629139/46‑1 (MQ=255) aCGCCATCGTGGTGGTGGAAAACGTCGAACGTATTATGAGTGagga < 1:2593864/46‑1 (MQ=255) aCGCCATCGTGGTGGTGGAAAACGTCGAACGTATTATGAGTGagga < 1:145996/46‑1 (MQ=255) aTCGTGGTGGTGGAAAACGTCGAACGTATTATGAGTGagg < 1:2741513/40‑1 (MQ=255) tCGTGGTGGTGGAAAACGTCGAACGTATTATGAGTGAGGAAGGACTCActcc < 1:198299/52‑1 (MQ=255) tCGTGGTGGTGGAAAACGTCGAACGTATTATGAGTGAGGAAGGACTCActcc < 1:2107984/52‑1 (MQ=255) tCGTGGTGGTGGAAAACGTCGAACGTATTATGAGTGAGGAAGGACTCActcc < 1:2803707/52‑1 (MQ=255) tCGTGGTGGTGGAAAACGTCGAACGTATTATGAGTGAGGAAGGACTCActcc < 1:1554363/52‑1 (MQ=255) tCGTGGTGGTGGAAAACGTCGAACGTATTATGAGTGAGGAAGGACTCACTCCTCGCGAAGCCACACGTaaa > 1:1823437/1‑71 (MQ=255) gtggtggtgGAAAACGTCGAACGTATTAtgagtgag > 1:3026893/1‑36 (MQ=255) gtggtggtgGAAAACGTCGAACGTATTAtgagtga > 1:3039084/1‑35 (MQ=255) gtggtggtgGAAAACGTCGAACGTATTATGAGTGaggaagga > 1:2392736/1‑42 (MQ=255) gtggtggtgGAAAACGTCGAACGTATTATGAGTGAGGAAGGactca > 1:65787/1‑46 (MQ=255) gtggtggtgGAAAACGTCGAACGTATTATGAGTGAGGAAGGactca > 1:2673074/1‑46 (MQ=255) gtggtggtgGAAAACGTCGAACGTATTATGAGTGAGGAAGGactca > 1:877421/1‑46 (MQ=255) gtggtggtgGAAAACGTCGAACGTATTATGAGTGAGGAAGGACTCActcctc > 1:1836987/1‑52 (MQ=255) gtggtggtgGAAAACGTCGAACGTATTATGAGTGAGGAAGGACTCActcctc > 1:2962772/1‑52 (MQ=255) gtggtggtgGAAAACGTCGAACGTATTATGAGTGAGGAAGGACTCActcctc > 1:471983/1‑52 (MQ=255) gtggtggtgGAAAACGTCGAACGTATTATGAGTGAGGAAGGACTCActcct > 1:2433693/1‑51 (MQ=255) gtggtggtgGAAAACGTCGAACGTATTATGAGTGAGGAAGGACTCACTCCTCGCGa > 1:2862531/1‑56 (MQ=255) gtggtggtgGAAAACGTCGAACGTATTATGAGTGAGGAAGGACTCACTCCTCGCGAAGCca > 1:1018853/1‑61 (MQ=255) gtggtggtgGAAAACGTCGAACGTATTATGAGTGAGGAAGGACTCACTCCTCGCGAAGCCACACGTAAATc > 1:535862/1‑71 (MQ=255) gtggtggtgGAAAACGTCGAACGTATTATGAGTGAGGAAGGACTCACTCCTCGCGAAGCCACACGTAAATc < 1:3192620/71‑1 (MQ=255) gtggtggtgGAAAACGTCGAACGTATTATGAGTGAGGAAGGACTCACTCCTCGCGAAGCCACACGTAAATc < 1:1313887/71‑1 (MQ=255) gtggtggtgGAAAACGTCGAACGTATTATGAGTGAGGAAGGACTCACTCCTCGCGAAGCCACACGTAAATc < 1:357396/71‑1 (MQ=255) gtggtggtgGAAAACGTCGAACGTATTATGAGTGAGGAAGGACTCACTCCTCGCGAAGCCACACGTAAATc > 1:2246228/1‑71 (MQ=255) gtggtggtgGAAAACGTCGAACGTATTATGAGTGAGGAAGGACTCACTCCTCGCGAAGCCACACGTAAATc > 1:2362349/1‑71 (MQ=255) gtggtgg‑ggAAAACGTCGAACGTATTATGAGTGAGGAAGGACTCActcctc > 1:403626/1‑51 (MQ=255) tggtggAAAACGTCGAACGTATTATGAGTGAGGAAGGact < 1:1413133/40‑1 (MQ=255) tggtggAAAACGTCGAACGTATTATGAGTGAGGAAGGact < 1:1016964/40‑1 (MQ=255) tggtggAAAACGTCGAACGTATTATGAGTGAGGAAGGact < 1:4094560/40‑1 (MQ=255) gtggAAAACGTCGAACGTATTATGAGTGAGGAAGGACTCACTCCTCGCGAAGCCACACGTAAATCGATgg < 1:1780796/70‑1 (MQ=255) gtggAAAACGTCGAACGTATTATGAGTGAGGAAGGACTCACTCCTCGCGAAGCCACACGTAAATCGATgg < 1:5026478/70‑1 (MQ=255) gtggAAAACGTCGAACGTATTATGAGTGAGGAAGGACTCACTCCTCGCGAAGCCACACGTAAATCGATgg < 1:2688171/70‑1 (MQ=255) tggAAAACGTCGAACGTATTATGAGTGAGGAAGGACTCACTCCTCGCGAAGCCACACGTAAATCGATggg < 1:525015/70‑1 (MQ=255) tggAAAACGTCGAACGTATTATGAGTGAGGAAGGACTCACTCCTCGCGAAGCCACACGTAAATCGATggg < 1:4912425/70‑1 (MQ=255) ggAAAACGTCGAACGTATTATGAGTGAGGAAGGact < 1:2288302/36‑1 (MQ=255) ggAAAACGTCGAACGTATTATGAGTGAGGAAGGact < 1:4543326/36‑1 (MQ=255) ggAAAACGTCGAACGTATTATGAGTGAGGAAGGact < 1:858200/36‑1 (MQ=255) ggAAAACGTCGAACGTATTATGAGTGAGGAAGGact < 1:2888658/36‑1 (MQ=255) ggAAAACGTCGAACGTATTATGAGTGAGGAAGGact < 1:1961305/36‑1 (MQ=255) ggAAAACGTCGAACGTATTATGAGTGAGGAAGGACTCACTCCTCGCGaa > 1:4669667/1‑49 (MQ=255) ggAAAACGTCGAACGTATTATGAGTGAGGAAGGACTCACTCCTCGCGaa > 1:1401715/1‑49 (MQ=255) gAAAACGTCGAACGTATTATGAGTGAGGAAGGACTCACTCCTCGCGAAGCCACACGTAAATCGATGGGGc > 1:3722399/1‑70 (MQ=255) | CCTTAACCATGTTCGCGATGGTGCTGGCGATCGGTCTGCTGGTGGATGACGCCATCGTGGTGGTGGAAAACGTCGAACGTATTATGAGTGAGGAAGGACTCACTCCTCGCGAAGCCACACGTAAATCGATGGGGC > minE/1635037‑1635171 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |