Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	freq	annotation	gene	description
RA	minE	1,763,540	A→G	34.7%	noncoding (304/1542 nt)	rrsG ←	16S ribosomal RNA

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	minE	1,763,540	0	A	G	34.7%	101.9 / 67.4	72	noncoding (304/1542 nt)	rrsG	16S ribosomal RNA
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (17/30);  new base G (7/18);  total (24/48)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.02e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.54e-01

GGAGTCTGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTG  >  minE/1763502‑1763609                                       |                                                                      ggAGTCTGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTg                                       >  1:3700193/1‑71 (MQ=32) ggAGTCTGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCATGGATCGTCGCCtt                                        <  1:3224739/70‑1 (MQ=255) ggAGTCTGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCtt                                        <  1:4189585/70‑1 (MQ=14)     tCTGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCGTCCTCTCAGACCAGCTACTGATCGTCGCCTTGGTGa                                   <  1:4498578/71‑1 (MQ=11)     tCTGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCGTCCTCTCAGACCAGCTACTGATCGTCGCCTTGGTGa                                   <  1:426074/71‑1 (MQ=11)     tCTGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTg                                       <  1:1362244/67‑1 (MQ=18)     tCTGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTg                                       <  1:2004363/67‑1 (MQ=18)     tCTGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGt                                     >  1:2543939/1‑69 (MQ=25)     tCTGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGa                                   <  1:3281157/71‑1 (MQ=21)     tCTGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGa                                   <  1:3699791/71‑1 (MQ=21)      cTGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAg                                  >  1:831898/1‑71 (MQ=21)      cTGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAg                                  >  1:736176/1‑71 (MQ=21)      cTGGACAGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAg                                  >  1:663053/1‑71 (MQ=255)       tGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTgg                                      >  1:2143655/1‑66 (MQ=25)       tGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTgg                                      >  1:2142630/1‑66 (MQ=25)       tGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTgg                                      >  1:483060/1‑66 (MQ=25)       tGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTgg                                      >  1:1349280/1‑66 (MQ=25)       tGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTgg                                      >  1:4960723/1‑66 (MQ=25)       tGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTg                                       >  1:742252/1‑65 (MQ=18)         gACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGcc                                <  1:4658648/70‑1 (MQ=25)         gACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGcc                                <  1:705015/70‑1 (MQ=25)          aCCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGt                              <  1:2401544/71‑1 (MQ=34)          aCCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGt                              <  1:3193297/71‑1 (MQ=34)              tgtCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTAcc                          <  1:241780/71‑1 (MQ=34)              tgtCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTAcc                          <  1:5154498/71‑1 (MQ=34)              tgtCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTAcc                          <  1:4718110/71‑1 (MQ=34)                  tcAGTTCCAGTGTGGCTGGTCGTCCTCTCAGACCAGCTACTGATCGTCGCCTTGGTGAGc                                 <  1:4878817/60‑1 (MQ=11)                  tcAGTTCCAGTGTGGCTGGTCGTCCTCTCAGACCAGCTACTGATCGTCGCCTTGGTGAGc                                 <  1:207018/60‑1 (MQ=11)                  tcAGTTCCAGTGTGGCTGGTCGTCCTCTCAGACCAGCTACTGATCGTCGCCTTGGTGAGc                                 <  1:891750/60‑1 (MQ=11)                  tcAGTTCCAGTGTGGCTGGTCGTCCTCTCAGACCAGCTACTGATCCTCGCCTTGGTGAGc                                 <  1:4588196/60‑1 (MQ=11)                  tcAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGcc                                <  1:3309220/61‑1 (MQ=35)                  tcAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGcc                                <  1:893840/61‑1 (MQ=35)                  tcAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGcc                                <  1:2314714/61‑1 (MQ=35)                  tcAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCccac                      >  1:12494/1‑71 (MQ=21)                  tcAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCccac                      >  1:1452450/1‑71 (MQ=21)                  tcAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCccac                      >  1:1320398/1‑71 (MQ=21)                   cAGTTCCAGTGTGGCTGGTCGTCCTCTCAGACCAGCTACTGATCGTCGCCTTGGTGAGCCTTTACCtcac                      >  1:4985712/1‑70 (MQ=11)                   cAGTTCCAGTGTGGCTGGTCGTCCTCTCAGACCAGCTACTGATCGTCGCCTTGGTGAGCCTTTACCtcac                      >  1:1022699/1‑70 (MQ=11)                   cAGTTCCAGTGTGGCTGGTCGTCCTCTCAGACCAGCTACTGATCGTCGCCTTGGTGAGCCTTTACCtcac                      >  1:4572446/1‑70 (MQ=11)                   cAGTTCCAGTGTGGCTGGTCGTCCTCTCAGACCAGCTACTGATCGTCGCCTTGGTGAGCCTTTACCtca                       >  1:3746126/1‑69 (MQ=11)                    aGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCccacca                    <  1:464004/71‑1 (MQ=35)                       tCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTAAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACcaac                  >  1:566425/1‑70 (MQ=255)                           gtgtGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGc              >  1:2036092/1‑70 (MQ=255)                            tgtgGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTa            <  1:4408184/71‑1 (MQ=255)                              tgGCTGGTCGTCCTCTCAGACCAGCTACTGATCGTCGCCTTGGTGAGCCTTTACCTCACCAACTAGCTAAt          >  1:4628818/1‑71 (MQ=11)                              tgGCTGGTCGTCCTCTCAGACCAGCTACTGATCGTCGCCTTGGTGAGCCTTTACCTCACCAACTAGCTAAt          >  1:4048186/1‑71 (MQ=11)                              tgGCTGGTCGTCCTCTCAGACCAGCTACTGATCGTCGCCTTGGTGAGCCTTTACCTCACCAACTAGCTAAt          >  1:1421740/1‑71 (MQ=11)                              tgGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTaa           <  1:615526/70‑1 (MQ=255)                              tgGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTaa           <  1:2777642/70‑1 (MQ=255)                              tgGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTaa           <  1:5002850/70‑1 (MQ=255)                              tgGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTaa           <  1:3280232/70‑1 (MQ=255)                                gCTGGTCGTCCTCTCAGACCAGCTACTGATCGTCGCCTTGGTGAGCCTTTa                            <  1:3681734/51‑1 (MQ=11)                                gCTGGTCGTCCTCTCAGACCAGCTACTGATCGTCGCCTTGGTGAGCCTTTa                            <  1:4992091/51‑1 (MQ=11)                                gCTGGTCGTCCTCTCAGACCAGCTACTGATCGTCGCCTTGGTGAGCCTTTa                            <  1:4646036/51‑1 (MQ=11)                                gCTGGTCGTCCTCTCAGACCAGCTACTGATCGTCGCCTTGGTGAGCCTTTa                            <  1:4379064/51‑1 (MQ=11)                                gCTGGTCGTCCTCTCAGACCAGCTACTGATCGTCGCCTTGGTGAGCCTTTa                            <  1:371786/51‑1 (MQ=11)                                gCTGGTCGTCCTCTCAGACCAGCTACTGATCGTCGCCTTGGTGAGCCTTTa                            <  1:3657948/51‑1 (MQ=11)                                gCTGGTCGTCCTCTCAGACCAGCTACTGATCGTCGCCTTGGTGAGCCTTTa                            <  1:1336918/51‑1 (MQ=11)                                gCTGGTCGTCCTCTCAGACCAGCTACTGATCGTCGCCTTGGTGAGCCTTTa                            <  1:31845/51‑1 (MQ=11)                                gCTGGTCGTCCTCTCAGACCAGCTACTGATCGTCGCCTTGGTGAGCCTTTa                            <  1:1762217/51‑1 (MQ=11)                                gCTGGTCGTCCTCTCAGACCAGCTACTGATCGTCGCCTTGGTGAGCCTTTa                            <  1:2505864/51‑1 (MQ=11)                                gCTGGTCGTCCTCTCAGACCAGCTACTGATCGTCGCCTTGGTGAGCCTTTa                            <  1:212854/51‑1 (MQ=11)                                gCTGGTCGTCCTCTCAGACCAGCTACTGATCGTCGCCTTGGTGAGCCTTTa                            <  1:1834253/51‑1 (MQ=11)                                 cTGGTCATCCTCTCAGCCCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATcc        >  1:4443353/1‑70 (MQ=255)                                 cTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATccc       <  1:4715000/71‑1 (MQ=255)                                 cTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATccc       <  1:1173610/71‑1 (MQ=255)                                 cTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATccc       <  1:1717684/71‑1 (MQ=255)                                 cTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATccc       <  1:2711683/71‑1 (MQ=255)                                 cTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATccc       <  1:3640612/71‑1 (MQ=255)                                 cTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATccc       <  1:3655699/71‑1 (MQ=255)                                    gTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATc    <  1:4895830/71‑1 (MQ=255)                                    gTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATc    <  1:1085530/71‑1 (MQ=255)                                       aTCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTg  <  1:1326941/70‑1 (MQ=255)                                       |                                                                      GGAGTCTGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTG  >  minE/1763502‑1763609

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑