| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,007,627 | T→A | 5.5% | S92C (AGC→TGC) | hybA ← | hydrogenase 2 4Fe‑4S ferredoxin‑type component |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,007,627 | 0 | T | A | 5.5% | 387.5 / 10.6 | 128 | S92C (AGC→TGC) | hybA | hydrogenase 2 4Fe‑4S ferredoxin‑type component |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (73/48); new base A (4/3); total (77/51) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.78e-01 | |||||||||||
Only 100 of 129 total aligned reads displayed.
GCATACACTGTTTCTTAATGTACGCGTAGCCGTTCTCCTCCTGGTCTTTGTTGACCCCTGTGCCGCTGGTCCACACCTGAATGATGTTATTGGTATACGGCGACAGTTTGTCGTTGTTCGACCAGGTCTGTTC > minE/2007561‑2007693 | gCATACACTGTTTCTTAATGTACGCGTAGCCGTTCTCCTCCTGGTCTTTGTTGACCCCTGTGCCGCTGGTc > 1:2740212/1‑71 (MQ=255) cATACACTGTTTCTTAATGTACGCGTAGCCGTTCTCCTCCTGGTCTTTGTTGACCCCTGTGCCGCTGGTc > 1:796900/1‑70 (MQ=255) cATACACTGTTTCTTAATGTACGCGTAGCCGTTCTCCTCCTGGTCTTTGTTGACCCCTGTGCCGCTGGTc > 1:700498/1‑70 (MQ=255) cacTGTTTCTTAATGTACGCGTAGCCGTTCTCCTCCTGGTCTTTGTTGACCCCTGTGCCGCTgg > 1:208589/1‑64 (MQ=255) cacTGTTTCTTAATGTACGCGTAGCCGTTCTCCTCCTGGTCTTTGTTGACCCCTGTGCCGCTgg > 1:453004/1‑64 (MQ=255) cacTGTTTCTTAATGTACGCGTAGCCGTTCTCCTCCTGGTCTTTGTTGACCCCTGTGCCGCTGGTCcaca < 1:1659095/70‑1 (MQ=255) cacTGTTTCTTAATGTACGCGTAGCCGTTCTCCTCCTGGTCTTTGTTGACCCCTGTGCCGCTGGTCcaca < 1:4072505/70‑1 (MQ=255) cacTGTTTCTTAATGTACGCGTAGCCGTTCTCCTCCTGGTCTTTGTTGACCCCTGTGCCGCTGGTCCacac > 1:5180645/1‑71 (MQ=255) cacTGTTTCTTAATGTACGCGTAGCCGTTCTCCTCCTGGTCTTTGTTGACCCCTGTGCCGCTGGTCCacac > 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ctcctGGTCTTTGTTGACCCCTGTGCCGCTGGTCCACACCTGAATGATGTTATTGGTATACGGCGACAGtt > 1:2120948/1‑71 (MQ=255) ctcctGGTCTTTGTTGACCCCTGTGCCGCTGGTCCACACCTGAATGATGTTATTGGTATACGGCGACAGtt > 1:2929327/1‑71 (MQ=255) ctcctGGTCTTTGTTGACCCCTGTGCCGCTGGTCCACACCTGAATGATGTTATTGGTATA‑GGCGACAGttt > 1:4600148/1‑71 (MQ=255) tcctGGTCTTTGTTGACCCCTGTGCCGCTGGTCCACACCTGAATGATGTTATTGGTATACGGCGACAGttt > 1:2932556/1‑71 (MQ=255) cctGGTCTTTGTTGACCCCTGTGCCGCTGGTCCACACCTGAATGATGTTATTGGTATACGGCGACAGTTTg > 1:3259800/1‑71 (MQ=255) ctGGTCTTTGTTGACCCCTGTGCCGCTGGTCCACACCTGAATGATGTTATTGGTATACGGCGACAGttt < 1:3236423/69‑1 (MQ=255) ctGGTCTTTGTTGACCCCTGTGCCGCTGGTCCACACCTGAATGATGTTATTGGTATACGGCGACAGttt < 1:5078841/69‑1 (MQ=255) tGGTCTTTGTTGACCCCTGTGCCGCTGGTCCacac > 1:1715503/1‑35 (MQ=255) tGGTCTTTGTTGACCCCTGTGCCGCTGGTCCacac > 1:2150741/1‑35 (MQ=255) tGGTCTTTGTTGACCCCTGTGCCGCTGGTCCacac > 1:2518740/1‑35 (MQ=255) ggTCTTTGTTGACCCCTGTGCCGCTGGTCCACACCTGAATGATGTTATTGGTATACGGCGACAGttt < 1:67874/67‑1 (MQ=255) 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gttgACCCCTGTGCCGCTGGTCCACACCTGAATGATGTTATTGGTATACGGCGACAGTTTGTCGTTGTTc > 1:479860/1‑70 (MQ=255) gttgACCCCTGTGCCGCTGGTCCACACCTGAATGATGTTATTGGTATACGGCGACAGTTTGTCGTTGTTc < 1:4936254/70‑1 (MQ=255) gttgACCCCTGTGCCGCTGGTCCACACCTGAATGATGTTATTGGTATACGGCGACAGTTTGTCGTTGTTc > 1:1726420/1‑70 (MQ=255) gttgACCCCTGTGCCGCTGGTCCACACCTGAATGATGTTATTGGTATACGGCGACAGTTTGTCGTTGTTc > 1:3031139/1‑70 (MQ=255) gttgACCCCTGTGCCGCTGGTCCACACCTGAATGATGTTATTGGTATACGGCGACAGTTTGTCGTTGTTc < 1:3705081/70‑1 (MQ=255) gttgACCCCTGTGCCGCTGGTCCACACCTGAATGATGTTATTGGTATACGGCGACAGTTTGTCGTTGTTc < 1:2261781/70‑1 (MQ=255) gttgACCCCTGTGCCGCTGGTCCACACCTGAATGATGTTATTGGTATACGGCGACAGTTTGTCGTTGTTc < 1:3018262/70‑1 (MQ=255) gttgACCCCTGTGCCGCTGGTCCACACCTGAATGATGTTATTGGTATACGGCGACAGTTTGTCGTTGTTc < 1:4065921/70‑1 (MQ=255) ccTGTGCCGCTGGTCCACACCTGAATGATGTTATTGGTATACGGCGACAGTTTGTc < 1:1033773/56‑1 (MQ=255) ccTGTGCCGCTGGTCCACACCTGAATGATGTTATTGGTATACGGCGACAGTTTGTc < 1:1053524/56‑1 (MQ=255) ccTGTGCCGCTGGTCCACACCTGAATGATGTTATTGGTATACGGCGACAGTTTGTc < 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |