| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,065,034 | C→T | 7.7% | Y425Y (TAC→TAT) | rpoD → | RNA polymerase, sigma 70 (sigma D) factor |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,065,034 | 0 | C | T | 7.7% | 362.4 / 13.7 | 117 | Y425Y (TAC→TAT) | rpoD | RNA polymerase, sigma 70 (sigma D) factor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (63/45); new base T (7/2); total (70/47) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.11e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.30e-01 | |||||||||||
Only 100 of 125 total aligned reads displayed.
TGACCTGATTCAGGAAGGCAACATCGGTCTGATGAAAGCGGTTGATAAATTCGAATACCGCCGTGGTTACAAGTTCTCCACCTACGCAACCTGGTGGATCCGTCAGGCGATCACCCGCTCTATCGCGGATCAGGCGCGCA > minE/2064965‑2065104 | tGACCTGATTCAGGAAGGCAAAATCGGTCTGATGAAAGCGGTTGATAAATTCGAATACCGCCGTGGTTAc > 1:1820771/1‑70 (MQ=255) ccTGATCCAGGAAGGCAATATCGGCCTGATGAAGGCGGTGGACAAGTTCGAATACCGTCGCGGCTATaaat < 1:1108804/71‑3 (MQ=12) tGATCCAGGAAGGCAATATCGGCCTGATGAAGGCTGTGGACAAGTTCGAATACCGTCGCGGCTATaaat < 1:2569484/69‑3 (MQ=9) ttCAGGAAGGCAACATCGGTCTGATGAAAGCGGTTGATAAATTCGAATACCGCCGTGGTTACAAGTTCTcc < 1:948051/71‑1 (MQ=255) ttCAGGAAGGCAACATCGGTCTGATGAAAGCGGTTGATAAATTCGAATACCGCCGTGGTTACAAGTTCTcc < 1:1625803/71‑1 (MQ=255) ccAGGAAGGCAATATCGGCCTGCTCAAGGCCGTGGATAAATTCGAATACCGTCGCGGTTATAAATtctcga > 1:2428536/2‑69 (MQ=255) ccAGGAAGGCAATATCGGCCTGCTCAAGGCCGTGGATAAATTCGAATACCGTCGCGGTTATAAATtctcga > 1:3173542/2‑69 (MQ=255) ccAGGAAGGCAATATCGGCCTGCTCAAGGCCGTGGATAAATTCGAATACCGTCGCGGTTATAAATtctcga > 1:3170143/2‑69 (MQ=255) gAAGGCAACATCGGTCTGATGAAAGCGGTTGATAAATTCGAATACCGCCGTGGTTACa < 1:2026326/58‑1 (MQ=255) gAAGGCAACATCGGTCTGATGAAAGCGGTTGATAAATTCGAATACCGCCGTGGTTACa < 1:2127057/58‑1 (MQ=255) gAAGGCAACATCGGTCTGATGAAAGCGGTTGATAAATTCGAATACCGCCGTGGTTACa < 1:371870/58‑1 (MQ=255) aaGGCAACATCGGTCTGATGAAAGCGGTTGATAAATTCGAATACCGCCGTGGTTACa < 1:3690460/57‑1 (MQ=255) aaGGCAACATCGGTCTGATGAAAGCGGTTGATAAATTCGAATACCGCCGTGGTTACAAGTTCTCCACCTAc > 1:2511348/1‑71 (MQ=255) aGGCAACATCGGTCTGATGAAAGCGGTTGATAAATTCGAATACCGCCGTGGTTACAAGTTCTCCACCtg > 1:1743491/1‑68 (MQ=255) aGGCAACATCGGTCTGATGAAAGCGGTTGATAAATTCGAATACCGCCGTGGTTACAAGTTCTCCACCTa > 1:1291949/1‑69 (MQ=255) aGGCAACATCGGTCTGATGAAAGCGGTTGATAAATTCGAATACCGCCGTGGTTACAAGTTCTCCACCTa > 1:2254085/1‑69 (MQ=255) aGGCAACATCGGTCTGATGAAAGCGGTTGATAAATTCGAATACCGCCGTGGTTACAAGTTCTCCACCTa > 1:5043968/1‑69 (MQ=255) aCATCGGTCTGATGAAAGCGGTTGATAAATTCGAATACCGCCGTGGTTACAAGTTCTCCACCTACGCAAcc < 1:3107784/71‑1 (MQ=255) aCATCGGTCTGATGAAAGCGGTTGATAAATTCGAATACCGCCGTGGTTACAAGTTCTCCACCTACGCAAcc > 1:4898665/1‑71 (MQ=255) aCATCGGTCTGATGAAAGCGGTTGATAAATTCGAATACCGCCGTGGTTACAAGTTCTCCACCTACGCAAcc > 1:991692/1‑71 (MQ=255) taTCGGCCTGATGAAGGCGGTGGACAAGTTCGAATACCGTCGCGGCTATAAAtt > 1:4970356/2‑54 (MQ=255) taTCGGCCTGATGAAGGCGGTGGACAAGTTCGAATACCGTCGCGGCTATAAAtt > 1:2656642/2‑54 (MQ=255) cATCGGTCTGATGAAAGCGGTTGATAAATTCGAATACCGCCGTGGTTACAAGTTCTCCACCTACGCAACCt < 1:483580/71‑1 (MQ=255) cATCGGTCTGATGAAAGCGGTTGATAAATTCGAATACCGCCGTGGTTACAAGTTCTCCACCTACGCAACCt < 1:4866391/71‑1 (MQ=255) aTCGGTCTGATGAAAGCGGTTGATAAATTCGAATACCGCCGTGGTTACaa > 1:3230415/1‑50 (MQ=255) aTCGGTCTGATGAAAGCGGTTGATAAATTCGAATACCGCCGTGGTTACaa > 1:2881537/1‑50 (MQ=255) aTCGGTCTGATGAAAGCGGTTGATAAATTCGAATACCGCCGTGGTTACaa > 1:742241/1‑50 (MQ=255) aTCGGTCTGATGAAAGCGGTTGATAAATTCGAATACCGCCGTGGTTACaa > 1:3117681/1‑50 (MQ=255) aTCGGTCTGATGAAAGCGGTTGATAAATTCGAATACCGCCGTGGTTACaa > 1:2774363/1‑50 (MQ=255) aTCGGTCTGATGAAAGCGGTTGATAAATTCGAATACCGCCGTGGTTACa > 1:72336/1‑49 (MQ=255) aTCGGTCTGATGAAAGCGGTTGATAAATTCGAATACCGCCGTGGTTACAAGTtctc > 1:1387133/1‑56 (MQ=255) aTCGGTCTGATGAAAGCGGTTGATAAATTCGAATACCGCCGTGGTTACAAGTtctc > 1:3423525/1‑56 (MQ=255) aTCGGTCTGATGAAAGCGGTTGATAAATTCGAATACCGCCGTGGTTACAAGTtctc > 1:3295095/1‑56 (MQ=255) aTCGGTCTGATGAAAGCGGTTGATAAATTCGAATACCGCCGTGGTTACAAGTTCTCCACCTACGc > 1:2513981/1‑65 (MQ=255) aTCGGTCTGATGAAAGCGGTTGATAAATTCGAATACCGCCGTGGTTACAAGTTCTCCACCTACGc > 1:1390675/1‑65 (MQ=255) aTCGGTCTGATGAAAGCGGTTGATAAATTCGAATACCGCCGTGGTTACAAGTTCTCCACCTACGc > 1:813768/1‑65 (MQ=255) aTCGGTCTGATGAAAGCGGTTGATAAATTCGAATAACGCCGTGGTTACAAGTtctc > 1:5133367/1‑56 (MQ=255) cGGTCTGATGAAAGCGGTTGATAAATTCGAATACCGCCGTGGTTACa < 1:126012/47‑1 (MQ=255) tCTGATGAAAGCGGTTGATAAATTCGAATACCGCCGTGGTTACAAGTTCTCCACCTACGCAACCTGGTGGa < 1:2469570/71‑1 (MQ=255) cTGATGAAAGCGGTTGATAAATTCGAATACCGCCGTGGTTACAAGTTCTCCACCt > 1:4496882/1‑55 (MQ=255) cTGATGAAAGCGGTTGATAAATTCGAATACCGCCGTGGTTACAAGTTCTCCACCTACGCAACCTGGTGGAt > 1:1189773/1‑71 (MQ=255) cTGATGAAAGCGGTTGATAAATTCGAATACCGCCGTGGTTACAAGTTATCCACCTACGCAACCTGGTGGAt > 1:5067196/1‑71 (MQ=255) tgatgaAGGCGGTGGACAAGTTCGAATACCGTCGCGGCTATAAATTCTAGACCTATGCGACGTGGTGCAtt > 1:4832722/1‑70 (MQ=255) tgatgaAAGCGGTTGATAAATTCGAATACCGCCGTGGTTACAAGTTCTCCACCTACGCAAc > 1:2689457/1‑61 (MQ=255) tgatgaAAGCGGTTGATAAATTCGAATACCGCCGTGGTTACAAGTTCTCCACCTACGCAAc > 1:3162790/1‑61 (MQ=255) tgatgaAAGCGGTTGATAAATTCGAATACCGCCGTGGTTACAAGTTCTCCACCTACGCAACCTGGTGGATc > 1:3301009/1‑71 (MQ=255) atgaAAGCGGTTGATAAATTCGAATACCGCCGTGGTTACAAGtt > 1:4831013/1‑44 (MQ=255) atgaAAGCGGTTGATAAATTCGAATACCGCCGTGGTTACAAGt > 1:4011548/1‑43 (MQ=255) atgaAAGCGGTTGATAAATTCGAATACCGCCGTGGTTACAAGTTCTCCACCTACGCAACCTGGTGGATcc < 1:2333211/70‑1 (MQ=255) atgaAAGCGGTTGATAAATTCGAATACCGCCGTGGTTACAAGTTCTCCACCTACGCAACCTGGTGGATCCg > 1:523219/1‑71 (MQ=255) gaAAGCGGTTGATAAATTCGAATACCGCCGTGGTTACAAg > 1:4143497/1‑40 (MQ=255) gaAAGCGGTTGATAAATTCGAATACCGCCGTGGTTACAAg > 1:4428889/1‑40 (MQ=255) gaAAGCGGTTGATAAATTCGAATACCGCCGTGGTTACAAg > 1:2834245/1‑40 (MQ=255) gaAAGCGGTTGATAAATTCGAATACCGCCGTGGTTACAAg > 1:2190888/1‑40 (MQ=255) gaAAGCGGTTGATAAATTCGAATACCGCCGTGGTTACAAg > 1:204568/1‑40 (MQ=255) gaAAGCGGTTGATAAATTCGAATACCGCCGTGGTTACAAg > 1:2045447/1‑40 (MQ=255) aaaGCGGTTGATAAATTCGAATACCGCCGTGGTTACAAGTTCTCCACCTACGCAACCTGGTGGATCCGt > 1:3969095/1‑69 (MQ=255) aaGCGGTTGATAAATTCGAATACCGCCGTTGTTACAAGTTCTcc < 1:1189966/44‑1 (MQ=255) gCGGTTGATAAATTCGAATACCGCCGTGGTTACAAGTTCTCCACCTACGCAACCTGGTGGATCCGTCAGGc < 1:875616/71‑1 (MQ=255) cGGTTGATAAATTCGAATACCGCCGTGGTTACAAGTTCTCCACCTACGCAACCTGGTGGATCCGTCAGGCg < 1:1617499/71‑1 (MQ=255) ttGATAAATTCGAATACCGCCGTGGTTACAAGTTCTCCACCt < 1:868206/42‑1 (MQ=255) ttGATAAATTCGAATACCGCCGTGGTTACAAGTTCTCCACCt < 1:4622198/42‑1 (MQ=255) ttGATAAATTCGAATACCGCCGTGGTTACAAGTTCTCCACCTACGCAACCTGGTGGATCCGt < 1:2898550/62‑1 (MQ=255) aTAAATTCGAATACCGCCGTGGTTACAAGTTCTCCACCTACGCAACCTGGTGGATCCGTCa > 1:616585/1‑61 (MQ=255) aTAAATTCGAATACCGCCGTGGTTACAAGTTCTCCACCTACGCAACCTGGTGGATCCGTCa > 1:4811615/1‑61 (MQ=255) aTAAATTCGAATACCGCCGTGGTTACAAGTTCTCCACCTACGCAACCTGGTGGATCCGTCa > 1:1089195/1‑61 (MQ=255) aTAAATTCGAATACCGCCGTGGTTACAAGTTCTCCACCTACGCAACCTGGTGGATCCGTCa > 1:2426196/1‑61 (MQ=255) aTAAATTCGAATACCGCCGTGGTTACAAGTTCTCCACCTACGCAACCTGGTGGATCCGTCa > 1:3553761/1‑61 (MQ=255) cGAATACCGCCGTGGTTACAAGTTCTCCATCTACGCAACCTGGTGGATc > 1:704683/1‑49 (MQ=255) cGAATACCGCCGTGGTTACAAGTTCTCCACCTACGCAACCTGGTGGATc > 1:3770414/1‑49 (MQ=255) cGAATACCGCCGTGGTTACAAGTTCTCCACCTACGCAACCTGGTGGATc > 1:887585/1‑49 (MQ=255) cGAATACCGCCGTGGTTACAAGTTCTCCACCTACGCAACCTGGTGGATc > 1:855779/1‑49 (MQ=255) cGAATACCGCCGTGGTTACAAGTTCTCCACCTACGCAACCTGGTGGATCCGTCAGGCGATCACCCGctct < 1:4056713/70‑1 (MQ=255) cGAATACCGCCGTGGTTACAAGTTCTCCACCTACGCAACCTGGTGGATCCGTCAGGCGATCACCCGctct < 1:1551437/70‑1 (MQ=255) cGAATACCGCCGTGGTTACAAGTTCTCCACCTACGCAACCTGGTGGATCCGTCAGGCGATCACCCGctct < 1:4400454/70‑1 (MQ=255) cttGGTTACAAGTTCTCCACCTACGCAACCTGGTGGATCCGTCAGGCGATCACCCGCTCTATCGCGGATCa < 1:2055846/69‑1 (MQ=255) cgTGGTTACAAGTTCTCCACCTACGCAACCTGGTGGATCCGTCAGGCGATCACCCGTTCTATCGCGGATCa < 1:3015837/71‑1 (MQ=255) cgTGGTTACAAGTTCTCCACCTACGCAACCTGGTGGATCCGTCAGGCGATCACCCGTTCTATCGCGGATCa < 1:3021800/71‑1 (MQ=255) cgTGGTTACAAGTTCTCCACCTACGCAACCTGGTGGATCCGTCAGGCGATCACCCGCTCTATCGCGGATCa < 1:2707594/71‑1 (MQ=255) gTGGTTACAAGTTCTCCACCTACGCAACCTGGTGGATCCGTCAGGCGATCACCCGTTCTATCGCGGATCa < 1:2621516/70‑1 (MQ=255) tGGTTACAAGTTCTCCACCTACGCAACCTGGTGGATCCGTCAGGCGATCACCCGCTCTATCGCGGATc < 1:1108133/68‑1 (MQ=255) tGGTTACAAGTTCTCCACCTACGCAACCTGGTGGATCCGTCAGGCGATCACCCGCTCTATCGCGGATc < 1:480481/68‑1 (MQ=255) gTTACAAGTTCTCCACCTACGCAACCTGGTGGATCCGTCAGGCGATCACCCGCTCTATCGCGGATCAGgc < 1:4700273/70‑1 (MQ=255) gTTACAAGTTCTCCACCTACGCAACCTGGTGGATCCGTCAGGCGATCACCCGCTCTATCGCGGATCAGgc < 1:663913/70‑1 (MQ=255) ttACAAGTTCTCCACCTACGCAACCTGGTGGATCCGTCAGGCGATCACCCGctct < 1:5067144/55‑1 (MQ=255) tACAAGTTCTCCACCTACGCAACCTGGTGGATCCGTCAGGCGATCACCCGCTCTATCGCGGa < 1:1713656/62‑1 (MQ=255) tACAAGTTCTCCACCTACGCAACCTGGTGGATCCGTCAGGCGATCACCCGCTCTATCGCGGa < 1:4838265/62‑1 (MQ=255) tACAAGTTCTCCACCTACGCAACCTGGTGGATCCGTCAGGCGATCACCCGCTCTATCGCGGATCAGgcgc < 1:5166803/70‑1 (MQ=255) aCAAGTTCTCCACCTACGCAACCTGGTGGATCCGTCAGGCGATCACCCGCTCTATCGCGGATCAGgcgcg < 1:3698176/70‑1 (MQ=255) aCAAGTTCTCCACCTACGCAACCTGGTGGATCCGTCAGGCGATCACCCGCTCTATCGCGGATCAGgcgcg > 1:1962679/1‑70 (MQ=255) aCAAGTTCTCCACCTACGCAACCTGGTGGATCCGTCAGGCGATCACCCGCTCTATCGCGGATCAGgcgcg > 1:928816/1‑70 (MQ=255) aCAAGTTCTCCACCTACGCAACCTGGTGGATCCGTCAGGCGATCACCCGCTCTATCGCGGATCAGgcgcg > 1:1243160/1‑70 (MQ=255) aCAAGTTCTCCACCTACGCAACCTGGTGGATCCGTCAGGCGATCACCCGCTCTATCGCGGATCAGgcgc > 1:1775864/1‑69 (MQ=255) cAAGTTCTCCACCTACGCAACCTGGTGGATCCGTCAGGCGATc > 1:2200297/1‑43 (MQ=255) cAAGTTCTCCACCTACGCAACCTGGTGGATCCGTCAGGCGATc > 1:4722932/1‑43 (MQ=255) cAAGTTCTCCACCTACGCAACCTGGTGGATCCGTCAGGCGATc > 1:1935601/1‑43 (MQ=255) cAAGTTCTCCACCTACGCAACCTGGTGGATCCGTCAGGCGATc > 1:4649150/1‑43 (MQ=255) cAAGTTCTCCACCTACGCAACCTGGTGGATCCGTCAGGCGATc > 1:3175789/1‑43 (MQ=255) cAAGTTCTCCACCTACGCAACCTGGTGGATCCGTCAGGCGATc > 1:1125527/1‑43 (MQ=255) cAAGTTCTCCACCTACGCAACCTGGTGGATCCGTCAGGCGATCACCCGCTCTATCGCGGATCAGGCGCGCa > 1:2958889/1‑71 (MQ=255) | TGACCTGATTCAGGAAGGCAACATCGGTCTGATGAAAGCGGTTGATAAATTCGAATACCGCCGTGGTTACAAGTTCTCCACCTACGCAACCTGGTGGATCCGTCAGGCGATCACCCGCTCTATCGCGGATCAGGCGCGCA > minE/2064965‑2065104 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |