| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,446,556 | A→C | 8.8% | pseudogene (1500/1647 nt) | ilvG ← | Mutation in protein compared to W3110: p.Glu327_Ilefs*223 Restoration of IlvG found in MG1655 (548 amino acids), fusion of N‑ter and C‑ter fragments ECK3760:JW3740+JW3741:b4488; large subunit of acetolactate synthase II |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,446,556 | 0 | A | C | 8.8% | 383.5 / 31.5 | 148 | pseudogene (1500/1647 nt) | ilvG | Mutation in protein compared to W3110: p.Glu327_Ilefs*223 Restoration of IlvG found in MG1655 (548 amino acids), fusion of N‑ter and C‑ter fragments ECK3760:JW3740+JW3741:b4488; large subunit of acetolactate synthase II |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (55/80); new base C (3/10); total (58/90) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.50e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.86e-01 | |||||||||||
Only 100 of 166 total aligned reads displayed.
GACATGAAGCAGGTATGGCCCATCACTGTTCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGG > minE/2446490‑2446626 | cATGAAGCAGGTATGGCCCATCACTGTTCAGCATGGTGTCTAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTg < 1:3030057/71‑1 (MQ=255) cATGAAGCAGGTATGGCCCATCACTGTTCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTg < 1:5081994/71‑1 (MQ=255) cATGAAGCAGGTATGGCCCATCACTGTTCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTg < 1:1707754/71‑1 (MQ=255) cATGAAGCAGGTATGGCCCATCACTGTTCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTg < 1:3147632/71‑1 (MQ=255) aaGCAGGTATGGCCCATCACTGTTCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGAtgt > 1:4109153/1‑71 (MQ=255) aaGCAGGTATGGCCCATCACTGTTCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGAtgt < 1:3436715/71‑1 (MQ=255) aaGCAGGTATGGCCCATCACTGTTCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGAtgt > 1:2272400/1‑71 (MQ=255) aaGCAGGTATGGCCCATCACTGTTCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGAtgt < 1:3712772/71‑1 (MQ=255) aaGCAGGTATGGCCCATCACTGTTCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGAtgt > 1:1966255/1‑71 (MQ=255) aaGCAGGTATGGCCCATCACTGTTCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGAtgt > 1:701290/1‑71 (MQ=255) gCAGGTATGGCCCATCACTGTTCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATgtgt < 1:3683547/71‑1 (MQ=255) gTATGGCCCATCACTGTTCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGt < 1:1312224/60‑1 (MQ=255) gTATGGCCCATCACTGTTCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGt < 1:1336710/60‑1 (MQ=255) gTATGGCCCATCACTGTTCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGt < 1:37592/60‑1 (MQ=255) gCCCATCACTGTTCAGGATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAgt < 1:4392887/70‑2 (MQ=255) cccATCACTGTTCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGa < 1:3207369/71‑1 (MQ=255) ccATCACTGTTCAGCATGTTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGAt < 1:1762832/71‑1 (MQ=255) ccATCACTGTTCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGAt < 1:3539280/71‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) ttCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTa > 1:847591/1‑39 (MQ=255) ttCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTa > 1:1057140/1‑39 (MQ=255) ttCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTa > 1:4850870/1‑39 (MQ=255) ttCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTa > 1:1071874/1‑39 (MQ=255) ttCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTa > 1:124654/1‑39 (MQ=255) ttCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTa > 1:2949569/1‑39 (MQ=255) ttCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTa > 1:1584621/1‑39 (MQ=255) ttCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTa > 1:2206876/1‑39 (MQ=255) ttCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAgg < 1:5039651/70‑1 (MQ=255) ttCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAgg < 1:2732601/70‑1 (MQ=255) ttCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAgg > 1:5106639/1‑70 (MQ=255) ttCAGCATGGTGACGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTa > 1:3295899/1‑39 (MQ=255) gCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGTGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCg < 1:532653/62‑1 (MQ=255) 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tgtCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTaa > 1:4534957/1‑70 (MQ=255) gtCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAgg < 1:2511338/48‑1 (MQ=255) gtCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAgg < 1:210487/48‑1 (MQ=255) gtCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAgg < 1:3894638/48‑1 (MQ=255) gAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTCCGGGTGATGTGTTGGCCATGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACAt > 1:3572957/1‑69 (MQ=255) gAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGAt < 1:2608898/48‑1 (MQ=255) gAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACAt > 1:838885/1‑69 (MQ=255) gAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACAt > 1:1946011/1‑69 (MQ=255) gAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACAt > 1:2425832/1‑69 (MQ=255) cGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAAt < 1:701800/71‑1 (MQ=255) cGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAAt < 1:2325849/71‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |