Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA minE 2,749,160 C→G 6.8% V411V (GTC→GTG secY → preprotein translocase membrane subunit

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*minE2,749,1600CG 6.8% 559.7 / 22.3 177V411V (GTC→GTGsecYpreprotein translocase membrane subunit
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (77/88);  new base G (4/8);  total (81/96)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.50e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.66e-01

Only 100 of 182 total aligned reads displayed.

GAGTTCATGCGTGATGCAATGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAACTCTGATGATGTCCAGTCAGTATGAGTCTGCATTGAAG  >  minE/2749092‑2749229
                                                                    |                                                                     
gAGTTCATGCGTGATGCAATGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGt                                                                     >  1:464000/1‑71 (MQ=255)
    tCATGCGTGATGCAATGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGAt                                                                  <  1:1511397/70‑1 (MQ=255)
     cATGCGTGATGCAATGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGAt                                                                  <  1:2935735/69‑1 (MQ=255)
     cATGCGTGATGCAATGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGAt                                                                  <  1:1239833/69‑1 (MQ=255)
     cATGCGTGATGCAATGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGAt                                                                  <  1:1333971/69‑1 (MQ=255)
     cATGCGTGATGCAATGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGAt                                                                  <  1:3242683/69‑1 (MQ=255)
     cATGCGTGATGCAATGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGAt                                                                  <  1:4420140/69‑1 (MQ=255)
       tGCGTGATGCAATGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCg                                                                      >  1:3667159/1‑63 (MQ=255)
        gCGTGATGCAATGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGAt                                                                  <  1:4588896/66‑1 (MQ=255)
          gTGATGCAATGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGAc                                                           <  1:840211/71‑1 (MQ=255)
          gTGATGCAATGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGAc                                                           <  1:709671/71‑1 (MQ=255)
          gTGATGCAATGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGAc                                                           <  1:623377/71‑1 (MQ=255)
          gTGATGCAATGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGAc                                                           <  1:3372880/71‑1 (MQ=255)
             aTGCAATGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACtt                                                         >  1:1186307/1‑70 (MQ=255)
               gCAATGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGa                                                            >  1:2684845/1‑65 (MQ=255)
               gCAATGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGa                                                            >  1:990965/1‑65 (MQ=255)
               gCAATGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTa                                                       >  1:3750444/1‑70 (MQ=255)
               gCAATGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTa                                                       >  1:5157511/1‑70 (MQ=255)
               gCAATGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTa                                                       >  1:2485480/1‑70 (MQ=255)
                   tGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGc                                                   >  1:1920914/1‑70 (MQ=255)
                   tGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCt                                                  >  1:3991493/1‑71 (MQ=255)
                   tGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCt                                                  >  1:608828/1‑71 (MQ=255)
                   tGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTAATGGc                                                   >  1:4399015/1‑70 (MQ=255)
                     aaaGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTTATTATGGACTTTATGGCTc                                                 <  1:565287/70‑1 (MQ=255)
                     aaaGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTc                                                 <  1:4756991/70‑1 (MQ=255)
                     aaaGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTc                                                 <  1:2028481/70‑1 (MQ=255)
                     aaaGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTc                                                 <  1:3901876/70‑1 (MQ=255)
                      aaGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCaa                                               <  1:491119/71‑1 (MQ=255)
                      aaGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCaa                                               <  1:1023758/71‑1 (MQ=255)
                      aaGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCaa                                               <  1:2319513/71‑1 (MQ=255)
                      aaGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCa                                                <  1:330823/70‑1 (MQ=255)
                         tACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGAt                                                                  <  1:2579221/49‑1 (MQ=255)
                         tACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGAt                                                                  <  1:4625854/49‑1 (MQ=255)
                         tACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGAt                                                                  <  1:3883139/49‑1 (MQ=255)
                         tACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACtt                                                         <  1:4515746/58‑1 (MQ=255)
                         tACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACtt                                                         <  1:4667503/58‑1 (MQ=255)
                         tACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACtt                                                         <  1:3174251/58‑1 (MQ=255)
                          aCCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTAt                                                               >  1:1341593/1‑51 (MQ=255)
                          aCCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATgg                                                    >  1:3108003/1‑62 (MQ=255)
                          aCCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATgg                                                    >  1:3445066/1‑62 (MQ=255)
                          aCCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATgg                                                    >  1:2359240/1‑62 (MQ=255)
                          aCCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATg                                                     >  1:2863725/1‑61 (MQ=255)
                           ccGTTCTACTTCGGTGGGTCCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACtt                                                         <  1:3157542/56‑1 (MQ=255)
                           ccGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCa                                          <  1:2954252/71‑1 (MQ=255)
                             gTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCaaa                                        <  1:1620798/71‑1 (MQ=255)
                             cttCTACTTCGGTGGCACGTCGCTCCTGATCATCGTGGTGGTGACGATGGACTTCATGGCACAAGTGCag                                         >  1:2278205/2‑69 (MQ=255)
                             cttCTACTTCGGTGGCACGTCGCTCCTGATCATCGTGGTGGTGACGATGGACTTCATGGCACAAGTGCa                                          >  1:4182873/2‑69 (MQ=255)
                              ttCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAAc                                       >  1:1599686/1‑71 (MQ=255)
                              ttCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAAc                                       <  1:904888/71‑1 (MQ=255)
                                cTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAActc                                     >  1:5167/1‑71 (MQ=255)
                                  aCTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAActct                                    >  1:2665501/1‑70 (MQ=255)
                                  aCTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAActct                                    >  1:275706/1‑70 (MQ=255)
                                  aCTTCGGTGGCACGTCGCTCCTGATCATCGTGGTGGTGACGATGGACTTCATGGCACAAGTg                                            <  1:3645042/62‑1 (MQ=255)
                                  aCTTCGGTGGCACGTCGCTCCTGATCATCGTGGTGGTGACGATGGACTTCATGGCACAAGTg                                            <  1:2450033/62‑1 (MQ=255)
                                      cGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAACTCtgatg                                <  1:1951655/70‑1 (MQ=255)
                                          gggACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAACTCTGATGATGTc                           >  1:1814316/1‑71 (MQ=255)
                                          gggACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAACTCTGATGATGTc                           >  1:2124711/1‑71 (MQ=255)
                                              ccTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAACTCTGATGATGTCcagt                       <  1:5183365/71‑1 (MQ=255)
                                              ccTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAACTCTGATGATGTCcagt                       <  1:3253437/71‑1 (MQ=255)
                                              ccTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAACTCTGATGATGTCcagt                       <  1:4866089/71‑1 (MQ=255)
                                              ccTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAACTCTGATGATGTCcagt                       <  1:853096/71‑1 (MQ=255)
                                                tCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCa                                                <  1:4349559/44‑1 (MQ=255)
                                                tCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCa                                                <  1:3430137/44‑1 (MQ=255)
                                                tCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCa                                                <  1:115012/44‑1 (MQ=255)
                                                tCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCa                                                <  1:4944760/44‑1 (MQ=255)
                                                tCACTGCTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCa                                                <  1:3909292/43‑1 (MQ=39)
                                                 cACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAACTCTGATGATGTCcagtcag                    >  1:2632616/1‑71 (MQ=255)
                                                  aCTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTa                                                       >  1:960014/1‑35 (MQ=255)
                                                  aCTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTa                                                       >  1:4758041/1‑35 (MQ=255)
                                                  aCTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTa                                                       >  1:1017749/1‑35 (MQ=255)
                                                  aCTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTa                                                       >  1:273341/1‑35 (MQ=255)
                                                  aCTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTa                                                       >  1:4089249/1‑35 (MQ=255)
                                                  aCTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTa                                                       >  1:2566546/1‑35 (MQ=255)
                                                  aCTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTa                                                       >  1:306375/1‑35 (MQ=255)
                                                  aCTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTa                                                       >  1:3351776/1‑35 (MQ=255)
                                                  aCTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAACTCTGATGATGTCcagtcagt                   <  1:2225115/71‑1 (MQ=255)
                                                  aCTGCCTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTa                                                       >  1:1651664/1‑35 (MQ=255)
                                                     gCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAACTCtga                                  >  1:5199836/1‑53 (MQ=255)
                                                      cTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAACTCTGATGATGTCCAGTCTGTATGa               <  1:665052/71‑1 (MQ=255)
                                                      cTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAACTCTGATGATGTCCAGTCAGTATGa               <  1:4134519/71‑1 (MQ=255)
                                                      cTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAACTCTGATGATGTCCAGTCAGTATGa               <  1:2784193/71‑1 (MQ=255)
                                                      cTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAACTCTGATGATGTCCAGTCAGTATGa               <  1:1699125/71‑1 (MQ=255)
                                                      cTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAACTCTGATGATGTCCAGTCAGTATGa               <  1:3913906/71‑1 (MQ=255)
                                                      cTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAACTCTGATGATGTCCAGTCAGTATGa               <  1:3030853/71‑1 (MQ=255)
                                                      cTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAACTCTGATGATGTCCAGTCAGTATGa               <  1:147051/71‑1 (MQ=255)
                                                        tATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAACTCTGATGATGTCCAGTCAGTATGAGt             >  1:3575880/1‑71 (MQ=255)
                                                          tCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAACTCTGATGATGTCCAGTCAGTATGAGTCt           >  1:3704028/1‑71 (MQ=255)
                                                            gttgttGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAACTCTGATGATGTCCAGTCAGTATGAGTCTg          <  1:77894/70‑1 (MQ=255)
                                                               gttgtCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAACTCTGATGATGTCCAGTCAGTATGAGTCTGCAt       <  1:2067766/70‑1 (MQ=255)
                                                               gttgtCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAACTCTGATGATGTCCAGTCAGTATGAGTCTGCAt       <  1:5052636/70‑1 (MQ=255)
                                                                ttgtCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAACTCTGATGATGTCCAGTCAGTATGAGTCTGCATTg     <  1:4781405/71‑1 (MQ=255)
                                                                ttgtCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAACTCTGATGATGTCCAGTCAGTATGAGTCTGCATTg     <  1:4122230/71‑1 (MQ=255)
                                                                  gtCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAACTCTGATGATGTCCAGTCAGTATGAGTCTGCAtt      >  1:3214572/1‑68 (MQ=255)
                                                                  gtCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAACTCTGATGATGTCCAGTCAGTATGAGTCTGCATTga    >  1:1689285/1‑70 (MQ=255)
                                                                  gtCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAACTCTGATGATGTCCAGTCAGTATGAGTCTGCATTg     >  1:3528480/1‑69 (MQ=255)
                                                                  gtCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAACTCTGATGATGTCCAGTCAGTATGAGTCTGCATTg     >  1:1419621/1‑69 (MQ=255)
                                                                  gtCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAACTCTGATGATGTCCAGTCAGTATGAGTCTGCATTg     >  1:3824860/1‑69 (MQ=255)
                                                                  gtCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAACTCTGATGATGTCCAGTCAGTATGAGTCTGCATTg     >  1:4142024/1‑69 (MQ=255)
                                                                   tCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAACTCTGATGATGTCCAGTCAGTATGAGTCTGCATTgaag  <  1:5018209/71‑1 (MQ=255)
                                                                    cGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAACTCTGATGATGTCCAGTCAGTATGAGTCTGCATTgaag  <  1:3293914/70‑1 (MQ=255)
                                                                    |                                                                     
GAGTTCATGCGTGATGCAATGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAACTCTGATGATGTCCAGTCAGTATGAGTCTGCATTGAAG  >  minE/2749092‑2749229

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap:     Deleted base: