| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 499,328 | C→T | 13.9% | V306I (GTT→ATT) | modF ← | fused subunits of molybdate transporter and ATP‑binding components of ABC superfamily |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 499,328 | 0 | C | T | 13.9% | 218.9 / 24.0 | 86 | V306I (GTT→ATT) | modF | fused subunits of molybdate transporter and ATP‑binding components of ABC superfamily |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (29/45); new base T (7/5); total (36/50) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.27e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.67e-01 | |||||||||||
Only 100 of 104 total aligned reads displayed.
CGTCGTCCGAAAAGCGTCAAATCGTTGCTGTAACCTTGCGGATGATCGCCAGTAACCAGGCTTAATAACGTCGATTTTCCTGCACCATTTGGCCCGACAATTTGCCAGTGTTCGCCTGGATTC > minE/499273‑499395 | cgtcgtCCGAAAAGCGTCAAATCGTTGCTGTAACCTTGCGGATGATCGCCAGTAATCAGGCTTAATAACGt < 1:679665/71‑1 (MQ=255)cgtcgtCCGAAAAGCGTCAAATCGTTGCTGTAACCTTGCGGATGATCGCCAGTAATCAGGCTTAATAACGt < 1:3802937/71‑1 (MQ=255)cgtcgtCCGAAAAGCGTCAAATCGTTGCTGTAACCTTGCGGATGATCGCCAGTAATCAGGCTTAATAACGt < 1:2101250/71‑1 (MQ=255)cgtcgtCCGAAAAGCGTCAAATCGTTGCTGTAACCTTGCGGATGATCGCCAGTAATCAGGCTTAATAACGt < 1:2832912/71‑1 (MQ=255) tcgtcCGAAAAGCGTCAAATCGTTGCTGTAACCTTGCGGATGATCGCCAGTAACCAGGCTtaat < 1:3510011/64‑1 (MQ=255) tcgtcCGAAAAGCGTCAAATCGTTGCTGTAACCTTGCGGATGATCGCCAGTAACCAGGCTtaat < 1:3445157/64‑1 (MQ=255) tcgtcCGAAAAGCGTCAAATCGTTGCTGTAACCTTGCGGATGATCGCCAGTAACCAGGCTtaat < 1:3110641/64‑1 (MQ=255) tcgtcCGAAAAGCGTCAAATCGTTGCTGTAACCTTGCGGATGATCGCCAGTAACCAGGCTtaat < 1:2473908/64‑1 (MQ=255) gtacGAAAAGCGTCAAATCGTTGCTGTAACCTTGCGGATGATCGCCAGTAACCAGGCTTAATAACGTCGAt > 1:3888713/4‑71 (MQ=255) tcCGAAAAGCGTCAAATCGTTGCTGTAACCTTGCGGATGATCGCCAGTAAc < 1:3097193/51‑1 (MQ=255) tcCGAAAAGCGTCAAATCGTTGCTGTAACCTTGCGGATGATCGCCAGTAAc < 1:2567415/51‑1 (MQ=255) tcCGAAAAGCGTCAAATCGTTGCTGTAACCTTGCGGATGATCGCCAGTAAc < 1:2640659/51‑1 (MQ=255) tcCGAAAAGCGTCAAATCGTTGCTGTAACCTTGCGGATGATCGCCAGTAAc < 1:5040941/51‑1 (MQ=255) tcCGAAAAGCGTCAAATCGTTGCTGTAACCTTGCGGATGATCGCCAGTAAc < 1:2813463/51‑1 (MQ=255) tcCGAAAAGCGTCAAATCGTTGCTGTAACCTTGCGGATGATCGCCAGTAAc < 1:1982529/51‑1 (MQ=255) tcCGAAAAGCGTCAAATCGTTGCTGTAACCTTGCGGATGATCGCCAGTAAc < 1:234397/51‑1 (MQ=255) tcCGAAAAGCGTCAAATCGTTGCTGTAACCTTGCGGATGATCGCCAGTAAc < 1:4206634/51‑1 (MQ=255) tcCGAAAAGCGTCAAATCGTTGCTGTAACCTTGCGGATGATCGCCAGTAAc < 1:1735845/51‑1 (MQ=255) tcCGAAAAGCGTCAAATCGTTGCTGTAACCTTGCGGATGATCGCCAGTAAc < 1:1624566/51‑1 (MQ=255) tcCGAAAAGCGTCAAATCGTTGCTGTAACCTTGCGGATGATCGCCAGTAAc < 1:824318/51‑1 (MQ=255) tcCGAAAAGCGTCAAATCGTTGCTGTAACCTTGCGGATGATCGCCAGTAAc < 1:1379515/51‑1 (MQ=255) tcCGAAAAGCGTCAAATCGTTGCTGTAACCTTGCGGATGATCGCCAGTAAc < 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |