| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 773,925 | C→T | 9.0% | L94L (TTG→TTA) | ymfC ← | 23S rRNA pseudouridine synthase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 773,925 | 0 | C | T | 9.0% | 159.7 / 5.6 | 56 | L94L (TTG→TTA) | ymfC | 23S rRNA pseudouridine synthase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (32/18); new base T (3/2); total (36/20) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.68e-01 | |||||||||||
TGGGAATACCTTCCACCTGCACATAATAGATTTTTCCGGTGCGTTTACCCGGCTGGGTTAAACGCGCCTGCAACGCGCCGTTATTGGTCAGCACCAGCAACCCTTCGCTATCGCGGTCAAGGCGACCTGCTGCATAA > minE/773855‑773991 | tgGGAATACCTTCCACCTGCACATAATAGATTTTTCCGGTGCGTTTACCCGGCTGGGTTAAACGCGCCTGc < 1:908845/71‑1 (MQ=255) gggAATACCTTCCACCTGCACATAATAGATTTTTCCGGTGCGTTTACCCGGCTGGGTTAAACGCGCCTGc < 1:1456505/70‑1 (MQ=255) ggAATACCTTCCACCTGCACATAATAGATTTTTCCGGTGCGTTTACCCGGCTGGGTTAAACGCGCCTGc < 1:2015280/69‑1 (MQ=255) ggAATACCTTCCACCTGCACATAATAGATTTTTCCGGTGCGTTTACCCGGCTGGGTTAAACGCGCCTGCaa < 1:2819924/71‑1 (MQ=255) ggAATACCTTCCACCTGCACATAATAGATTTTTCCGGTGCGTTTACCCGGCTGGGTTAAACGCGCCTGCaa < 1:4393656/71‑1 (MQ=255) tACCTTCCACCTGCACATAATAGATTTTTCCGGTGCGTTTACCCGGCTGGGTTAAACGCGCCTGCAAc > 1:2718887/1‑68 (MQ=255) tACCTTCCACCTGCACATAATAGATTTTTCCGGTGCGTTTACCCGGCTGGGTTAAACGCGCCTGCAAc > 1:1170983/1‑68 (MQ=255) tCCACCTGCACATAATAGATTTTTCCGGTGCGTTTACCCGGCTGGGTTAAACGCGCCTGCAACGCGCCGt > 1:1623332/1‑70 (MQ=255) ccACCTGCACATAATAGATTTTTCCGGTGCGTTTACCCGGCTGGGTTAAACGCGCCTGCaa > 1:110915/1‑61 (MQ=255) ccACCTGCACATAATAGATTTTTCCGGTGCGTTTACCCGGCTGGGTTAAACGCGCCTGCaa > 1:2529924/1‑61 (MQ=255) ccACCTGCACATAATAGATTTTTCCGGTGCGTTTACCCGGCTGGGTTAAACGCGCCTGCaa > 1:1068736/1‑61 (MQ=255) ccACCTGCACATAATAGATTTTTCCGGTGCGTTTACCCGGCTGGGTTAAACGCGCCTGCaa > 1:3740905/1‑61 (MQ=255) cACCTGCACATAATAGATTTTTCCGGTGCGTTTACCCGGCTGGGTTAAACGCGCCTGCAACGCGCCGTTAt < 1:997433/71‑1 (MQ=255) cACCTGCACATAATAGATTTTTCCGGTGCGTTTACCCGGCTGGGTTAAACGCGCCTGCAACGCGCCGTTAt < 1:2603312/71‑1 (MQ=255) cACCTGCACATAATAGATTTTTCCGGTGCGTTTACCCGGCTGGGTTAAACGCGCCTGCAACGCGCCGTTAt < 1:731642/71‑1 (MQ=255) tGCACATAATAGATTTTTCCGGTGCGTTTACCCGGCTGGGTTAAACGCGCCTGCAACGCGCCGt < 1:1618475/64‑1 (MQ=255) cacaTAATAGATTTTTCCGGTGCGTTTACCCGGCTGGGTTAAACGCGCCTGCAACGCGCCGTTATTGGt > 1:3959655/1‑69 (MQ=255) cacaTAATAGATTTTTCCGGTGCGTTTACCCGGCTGGGTTAAACGCGCCTGCAACGCGCCGTTATTGGt > 1:48647/1‑69 (MQ=255) cacaTAATAGATTTTTCCGGTGCGTTTACCCGGCTGGGTTAAACGCGCCTGCAACGCGCCGTTATTGGt > 1:3095012/1‑69 (MQ=255) ataataGATTTTTCCGGTGCGTTTACCCGGCTGGGTTAAACGCGCCTGCAACGCGCCGTTATTGGTCAGCa < 1:486335/71‑1 (MQ=255) taataGATTTTTCCGGTGCGTTTACCCGGCTGGGTTAAACGCGCCTGGAACGCGCCGTTATTGGTCAGCAc > 1:5044301/1‑71 (MQ=255) taataGATTTTTCCGGTGCGTTTACCCGGCTGGGTTAAACGCGCCTGCAACGCGCCGTTATTGGTCAGCAc > 1:4557205/1‑71 (MQ=255) taataGATTTTTCCGGTGCGTTTACCCGGCTGGGTTAAACGCGCCTGCAACGCGCCGTTATTGGTCAGCAc > 1:622806/1‑71 (MQ=255) taataGATTTTTCCGGTGCGTTTACCCGGCTGGGTTAAACGCGCCTGCAACGCGCCGTTATTGGTCAGCAc > 1:3355129/1‑71 (MQ=255) taataGATTTTTCCGGTGCGTTTACCCGGCTGGGTTAAACGCGCCTGCAACGCGCCGTTATTGGTCAGCAc > 1:1582726/1‑71 (MQ=255) taataGATTTTTCCGGTGCGTTTACCCGGCTGGGTTAAACGCGCCTGCAACGCGCCGTTATTGGTCAGCAc > 1:1713374/1‑71 (MQ=255) taataGATTTTTCCGGTGCGTTTACCCGGCTGGGTTAAACGCGCCTGCAACGCGCCGTTATTGGTCAGCAc > 1:2689918/1‑71 (MQ=255) taataGATTTTTCCGGTGCGTTTACCCGGCTGGGTTAAACGCGCCTGCAACGCGCCGTTATTGGTCAGCAc > 1:2141312/1‑71 (MQ=255) aataGATTTTTCCGGTGCGTTTACCCGGCTGGGTTAAACGCGCCTGTAACGCGCCGTTATTGGTCAGCa > 1:4313577/1‑69 (MQ=255) aataGATTTTTCCGGTGCGTTTACCCGGCTGGGTTAAACGCGCCTGTAACGCGCCGTTATTGGTCAGCAc > 1:142398/1‑70 (MQ=255) aataGATTTTTCCGGTGCGTTTACCCGGCTGGGTTAAACGCGCCTGTAACGCGCCGTTATTGGTCAGCAc > 1:2420240/1‑70 (MQ=255) aataGATTTTTCCGGTGCGTTTACCCGGCTGGGTTAAACGCGCCTGCAACGCGCCGTTATTGGTCAGCAc > 1:2732914/1‑70 (MQ=255) aataGATTTTTCCGGTGCGTTTACCCGGCTGGGTTAAACGCGCCTGCAACGCGCCGTTATTGGTCAGCAc > 1:628892/1‑70 (MQ=255) aataGATTTTTCCGGTGCGTTTACCCGGCTGGGTTAAACGCGCCTGCAACGCGCCGTTATTGGTCAGCAc > 1:675381/1‑70 (MQ=255) gATTTTTCCGGTGCGTTTACCCGGCTGGGTTAAACGCGCCTGCAACGCGCCGTTATTGGt > 1:4496490/1‑60 (MQ=255) ttttCCGGTGCGTTTACCCGGCTGGGTTAAACGCGCCTGCAACGCGCCGTTATTGGTCAGCACCAGCAAcc > 1:471102/1‑71 (MQ=255) gTGCGTTTACCCGGCTGGGTTAAACGCGCCTGTAACGCGCCGTTATTGGTCAGCACCAGCAACCCTTCGCt < 1:2808961/71‑1 (MQ=255) gTGCGTTTACCCGGCTGGGTTAAACGCGCCTGTAACGCGCCGTTATTGGTCAGCACCAGCAACCCTTCGCt < 1:5113297/71‑1 (MQ=255) gTGCGTTTACCCGGCTGGGTTAAACGCGCCTGCAACGCGCCGt < 1:1149147/43‑1 (MQ=255) gTGCGTTTACCCGGCTGGGTTAAACGCGCCTGCAACCCGCCGt < 1:3862/43‑1 (MQ=255) gTGCGTTTACCCGACTGGGTTAAACGCGCCTGCAACGCGCCGTTATTGGTCAGCa > 1:96892/1‑55 (MQ=255) tGCGTTTACCCGGCTGGGTTAAACGCGCCTGCAACGCGCCGtt < 1:4003623/43‑1 (MQ=255) tACCCGGCTGGGTTAAACGCGCCTGCAACGCGCCGTTATTGGTCAGCACCAGCAACCCTTCGCTATcgcg > 1:1805403/1‑70 (MQ=255) tACCCGGCTGGGTTAAACGCGCCTGCAACGCGCCGTTATTGGTCAGCACCAGCAACCCTTCGCTATCGCgg > 1:3764848/1‑71 (MQ=255) tACCCGGCTGGGTTAAACGCGCCTGCAACGCGCCGTTATTGGTCAGCACCAGCAACCCTTCGCTATCGCgg > 1:1761640/1‑71 (MQ=255) ggTTAAACGCGCCTGCAACGCGCCGTTATTGGTCAGCACCAGCAACCCTTCGCTATCGCGGTCAAGGCGa < 1:1212478/70‑1 (MQ=255) ggTTAAACGCGCCTGCAACGCGCCGTTATTGGTCAGCACCAGCAACCCTTCGCTATCGCGGTCAAGGCGa < 1:494171/70‑1 (MQ=255) ggTTAAACGCGCCTGCAACGCGCCGTTATTGGTCAGCACCAGCAACCCTTCGCTATCGCGGTCAAGGCGa < 1:2566676/70‑1 (MQ=255) gTTAAACGCGCCTGCAACGCGCCGTTATTGGTCAGCACCAGCAACCCTTCGCTATCGCgg < 1:2173343/60‑1 (MQ=255) gTTAAACGCGCCTGCAACGCGCCGTTATTGGTCAGCACCAGCAACCCTTCGCTATCGCgg < 1:278669/60‑1 (MQ=255) gTTAAACGCGCCTGCAACGCGCCGTTATTGGTCAGCACCAGCAACCCTTCGCTATCGCgg < 1:3682150/60‑1 (MQ=255) ttAAACGCGCCTGCAACGCGCCGTTATTGGTCAGCACCAGCAACCCTTCGCTATCGCgg < 1:1096978/59‑1 (MQ=255) aaaCGCGCCTGCAACGCGCCGTTATTGGTCAGCACCAGCAACCCTTCGCTATCGCGGTCAAGGCGACctgc > 1:5043279/1‑71 (MQ=255) aaaCGCGCCTGCAACGCGCCGTTATTGGTCAGCACCAGCAACCCTTCGCTATCGCGGTCAAGGCGACctgc > 1:4820467/1‑71 (MQ=255) aaaCGCGCCTGCAACGCGCCGTTATTGGTCAGCACCAGCAACCCTTCGCTATCGCGGTCAAGGCGACctgc > 1:4256845/1‑71 (MQ=255) aaaCGCGCCTGCAACGCGCCGTTATTGGTCAGCACCAGCAACCCTTCGCTATCGCGGTCAAGGCGACctgc > 1:1991491/1‑71 (MQ=255) aaaCGCGCCTGCAACGCGCCGTTATTGGTCAGCACCAGCAACCCTTCGCTATCGCGGTCAAGGCGACctgc > 1:3667890/1‑71 (MQ=255) aaaCGCGCCTGCAACGCGCAGTTATTGGTCAGCACCAGCAACCCTTCGCTATCGCGGTCAAGGCGACctgc > 1:3733342/1‑71 (MQ=255) gcCTGCAACGCGCCGTTATTGGTCAGCACCAGCAACCCTTCGCTATCGCGGTCAAGGCGACCTGCTGCATa < 1:4463384/71‑1 (MQ=255) cAACGCGCCGTTATTGGTCAGCACCAGCAACCCTTCGCTATCGCGGTCAAGGCGACCTGCTGCATaa > 1:1097548/1‑67 (MQ=255) cAACGCGCCGTTATTGGTCAGCACCAGCAACCCTTCGCTATCGCGGTCAAGGCGACCTGCTGCACaa > 1:439715/1‑67 (MQ=255) | TGGGAATACCTTCCACCTGCACATAATAGATTTTTCCGGTGCGTTTACCCGGCTGGGTTAAACGCGCCTGCAACGCGCCGTTATTGGTCAGCACCAGCAACCCTTCGCTATCGCGGTCAAGGCGACCTGCTGCATAA > minE/773855‑773991 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |