| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,498,221 | T→C | 13.8% | K541K (AAA→AAG) | nuoC ← | NADH:ubiquinone oxidoreductase, chain C,D |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,498,221 | 0 | T | C | 13.8% | 222.0 / 24.1 | 87 | K541K (AAA→AAG) | nuoC | NADH:ubiquinone oxidoreductase, chain C,D |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (44/31); new base C (4/8); total (48/39) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.25e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.50e-01 | |||||||||||
GTACGAACACGGGTGCGGTAACTCATGGTGCTGCCGTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTGATCCCTTTGGTCGCCTCAATCATCTGGAAAGATTCATTGGCAGGCATCACCGGACCCCACGACACTTG > minE/1498156‑1498283 | gTACGGATACGGGTGCGATAACTCATGGTGCTGCCGTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTGATCCCCTTGGt < 1:4395397/71‑1 (MQ=255)gTACGGATACGGGTGCGATAACTCATGGTGCTGCCGTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTGATCCCCTTGGt < 1:807085/71‑1 (MQ=255)gTACGGATACGGGTGCGATAACTCATGGTGCTGCCGTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTGATCCCCTTGGt < 1:3648728/71‑1 (MQ=255)gTACGGATACGGGTGCGATAACTCATGGTGCTGCCGTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTGATCCCCTTGGt < 1:4282288/71‑1 (MQ=255)gTACGGATACGGGTGCGATAACTCATGGTGCTGCCGTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTGATCCCCTTGGt < 1:4386833/71‑1 (MQ=255) tACGGATACGGGTGCGATAACTCATGGTGCTGCCGTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTGATCCCCTTGGt < 1:3094347/70‑1 (MQ=255) aCGAACACGGGTGCGGTAACTCATGGTGCTGCCGTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTGATCCCttt > 1:2910163/1‑66 (MQ=255) aCGAACACGGGTGCGGTAACTCATGGTGCTGCCGTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTGATCCCTTTg > 1:3337462/1‑67 (MQ=255) aCGAACACGGGTGCGGTAACTCATGGTGCTGCCGTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTGATCCCTTTg > 1:1537390/1‑67 (MQ=255) aCGAACACGGGTGCCGTAACTCATGGTGCTGCCGTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTGATCCCTTTg > 1:4865818/1‑67 (MQ=255) cGAACACGGGTGCGGTAACTCATGGTGCTGCCGTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTGATCCCTTTGGTCg > 1:1725228/1‑70 (MQ=255) acacGGGTGCGGTAACTCATGGTGCTGCCGTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTGATCCCTTTGGTCGCCTc < 1:2063402/71‑1 (MQ=255) cacGGGTGCGGTAACTCATGGTGCTGCCGTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTGATCCCTTTGGTCGCCTc > 1:3736289/1‑70 (MQ=255) ggTGCGGTAACTCATGGTGCTGCCGTCGCTTGTCAGGTAGTAACTGTTGATCCCTTTGGTCGCCTCAatca < 1:4223512/71‑1 (MQ=255) tAACTCATGGTGCTGCCGTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTGATCCCTTTg > 1:4587011/1‑51 (MQ=255) tAACTCATGGTGCTGCCGTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTGATCCCTTTGGTCGCCTCa > 1:2385447/1‑60 (MQ=255) tAACTCATGGTGCTGCCGTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTGATCCCTTTGGTCGCCTCa > 1:210288/1‑60 (MQ=255) tAACTCATGGTGCTGCCGTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTGATCCCTTTGGTCGCCTCa > 1:3788808/1‑60 (MQ=255) tAACTCATGGTGCTGCCGTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTGATCCCTTTGGTCGCCTCa > 1:1952073/1‑60 (MQ=255) tAACTCATGGTGCTGCCGTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTGATCCCTTTGGTCGCCTCa > 1:4518757/1‑60 (MQ=255) tAACTCATGGTGCTGCCGTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTGATCCCTTTGGTCGCCTCa > 1:1407454/1‑60 (MQ=255) tAACTCATGGTGCTGCCGTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTGATCCCTTTGGTCGCCTCAATCATCTGGaa < 1:1833964/71‑1 (MQ=255) tAACTCATGGTGCTGCCGTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTGATCCCTTTGGTCGCCTCAATCATCTGGa > 1:3502734/1‑70 (MQ=255) tAACTCATGGTGCTGCCGTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTGATCCATTTGGTCGCCTc > 1:4566746/1‑59 (MQ=255) aaCTCATGGTGCTGCCGTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTGATCCCTTTGGTCGCCTCAATCATCTGGa > 1:2782854/1‑69 (MQ=255) aCTCATGGTGCTGCCGTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTGATCCCTTTGGTCGCCTCAATCATCTGGaaa < 1:908320/70‑1 (MQ=255) aTGGTGCTGCCGTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTGATCCCTTTGGTCGCCTCAATCATCTGGAAAGAtt < 1:3345196/70‑1 (MQ=255) ggTGCTGCCGTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTGATCCCTTTGGTCGCCTCAATCATCTGGAAAGATTCAt > 1:1281533/1‑71 (MQ=255) ggTGCTGCCGTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTGATCCCTTTGGTCGCCTCAATCATCTGGAAAGATTCAt > 1:1551286/1‑71 (MQ=255) gTGCTGCCGTCGCTGGTCAGGTAGTAGCTGTTGATACCCTTGGTCGCCTCGatcatc > 1:2916547/1‑57 (MQ=255) gTGCTGCCGTCGCTGGTCAGGTAGTAGCTGTTGATACCCTTGGTCGCCTCGatcatc > 1:1345334/1‑57 (MQ=255) gTGCTGCCGTCGCTGGTCAGGTAGTAGCTGTTGATACCCTTGGTCGCCTCGatcatc > 1:1647304/1‑57 (MQ=255) gTGCTGCCGTCGCTGGTCAGGTAGTAGCTGTTGATACCCTTGGTCGCCTCGatcatc > 1:176184/1‑57 (MQ=255) gTGCTGCCGTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTGATCCCTTTGGTCGCCTCAATCATCTGGAAAGATTCAtt > 1:3741091/1‑71 (MQ=255) gctgcCGTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTGATCCCTTTGGTCGCCTCAATCATCTGGAAAGATTCATTgg > 1:4467932/1‑71 (MQ=255) gctgcCGTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTGATCCCTTTGGTCGCCTCAATCATCTGGAAAGATTCATTgg > 1:1083612/1‑71 (MQ=255) gctgcCGTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTGATCCCTTTGGTCGCCTCAATCATCTGGAAAGATTCATTgg > 1:1597196/1‑71 (MQ=255) ctgcCGTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTGATCCCTTTGGTCGCCTCAatcat < 1:4883240/53‑1 (MQ=255) ctgcCGTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTGATCCCTTTGGTCGCCTCAatcat < 1:5016397/53‑1 (MQ=255) ctgcCGTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTGATCCCTTTGGTCGCCTCAatcat < 1:1460588/53‑1 (MQ=255) ctgcCGTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTGATCCCTTTGGTCGCCTCAatcat < 1:2230191/53‑1 (MQ=255) ccGTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTGATCCCTTTGGTCGCCTCAatca < 1:1785311/49‑1 (MQ=255) ccGTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTGATCCCTTTGGTCGCCTCAATCATCTGGAAAGATTCATTggca < 1:2015018/69‑1 (MQ=255) cGTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTGATCCCTTTGGTCGCCTCAATCATCTGGAAAGATTCATTggcaggc < 1:4449620/71‑1 (MQ=255) cGTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTGATCCCCTTGGTCGCCTCAACCATCTGGAAGGATTCATTggcaggc < 1:2789181/71‑1 (MQ=255) gTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTGATCCCTTTGGTCGCCTCaa > 1:546379/1‑44 (MQ=255) gTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTGATCCCTTTGGTCGCCTCaa > 1:4912730/1‑44 (MQ=255) gTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTGATCCCTTTGGTCGCCTCaa > 1:1712543/1‑44 (MQ=255) gTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTGATCCCTTTGGTCGCCTCaa > 1:1786087/1‑44 (MQ=255) gTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTGATCCCCTTGGTCGCCTCAACCATCTGGAAGGATTCATTggcaggc < 1:2642103/70‑1 (MQ=255) gCTGGTCAGGTAGTAACTGTTGATCCCTTTGGTCGCCTCAATCATCTGGAAAGATTCATTggcag > 1:4282828/1‑65 (MQ=255) gCTGGTCAGGTAGTAACTGTTGATCCCTTTGGTCGCCTCAATCATCTGGAAAGATTCATTggcag > 1:471581/1‑65 (MQ=255) cTGGTCAGGTAGTAACTGTTGATCCCTTTGGTCGCCTCAATCATCTGGAAAGATTCATTGGCAGGCATCAc < 1:3563088/71‑1 (MQ=255) gTCAGGTAGTAACTGTTGATCCCTTTGGTCGCCTCAATCATCTGGAAAGATTCATTGGCAGGCATCAcc < 1:3211441/69‑1 (MQ=255) gTCAGGTAGTAACTGTTGATCCCTTTGGTCGCCTCAATCATCTGGAAAGATTCATTGGCAGGCATCAcc < 1:4864587/69‑1 (MQ=255) gTCAGGTAGTAACTGTTGATCCCTTTGGTCGCCTCAATCATCTGGAAAGATTCATTGGCAGGCATCAcc < 1:2765171/69‑1 (MQ=255) gTCAGGTAGTAACTGTTGATCCCTTTGGTCGCCTCAATCATCTGGAAAGATTCATTGGCAGGCATCACCg < 1:4070957/70‑1 (MQ=255) gTCAGGTAGTAACTGTTGATCCCTTTGGTCGCCTCAATCATCTGGAAAGATTCATTGGCAGGCATCACCg < 1:3533208/70‑1 (MQ=255) tCAGGTAGTAACTGTTGATCCCTTTGGTCGCCTCAATCATCTGGAAAGATTc < 1:2213234/52‑1 (MQ=255) tCAGGTAGTAACTGTTGATCCCTTTGGTCGCCTCAATCATCTGGAAAGATTCATTGGCAGGCATCAcc < 1:4281389/68‑1 (MQ=255) aGGTAGTAACTGTTGATCCCTTTGGTCGCCTCAATCATCTGGAAAGATTCa < 1:818683/51‑1 (MQ=255) aGGTAGTAACTGTTGATCCCTTTGGTCGCCTCAATCATCTGGAAAGATTCAt > 1:4997794/1‑52 (MQ=255) aGGTAGTAACTGTTGATCCCTTTGGTCGCCTCAATCATCTGGAAAGATTCAt > 1:1236851/1‑52 (MQ=255) aGGTAGTAACTGTTGATCCCTTTGGTCGCCTCAATCATCTGGAAAGATTCAt > 1:3835626/1‑52 (MQ=255) aGGTAGTAACTGTTGATCCCTTTGGTCGCCTCAATCATCTGGAAAGATTCAt > 1:1360762/1‑52 (MQ=255) aGGTAGTAACTGTTGATCCCTTTGGTCGCCTCAATCATCTGGAAAGATTCAt > 1:3751122/1‑52 (MQ=255) aGGTAGTAACTGTTGATCCCTTTGGTCGCCTCAATCATCTGGAAAGATTCAt > 1:2096476/1‑52 (MQ=255) aGGTAGTAACTGTTGATCCCTTTGGTCGCCTCAATCATCTGGAAAGATTCAt > 1:3362173/1‑52 (MQ=255) aGGTAGTAACTGTTGATCCCTTTGGTCGCCTCAATCATCTGGAAAGATTCATTggcagg > 1:4466917/1‑59 (MQ=255) aGGTAGTAACTGTTGATCCCTTTGGTCGCCTCAATCATCTGGAAAGATTCATTGGCAGGCATCACCGGAcc > 1:22824/1‑71 (MQ=255) aGGTAGTAACTGTTGATCCCTTTGGTCGCCTCAATCATCTGGAAAGATTCATTGGCAGGCATCACCGGAc > 1:3468156/1‑70 (MQ=255) ggTAGTAACTGTTGATCCCTTTGGTCGCCTCAATCATCTGGAAAGATTCATTggca > 1:837170/1‑56 (MQ=255) ggTAGTAACTGTTGATCCCTTTGGTCGCCTCAATCATCTGGAAAGATTCATTggca > 1:2751/1‑56 (MQ=255) agtaACTGTTGATCCCTTTGGTCGCCTCAATCATCTGGAAAGATTCATTGGCAGGCATCACCGGACCCCAc > 1:4960853/1‑71 (MQ=255) agtaACTGTTGATCCCTTTGGTCGCCTCAATCATCTGGAAAGATTCATTGGCAGGCATCACCGGACCCCAc > 1:685653/1‑71 (MQ=255) gtaACTGTTGATCCCTTTGGTCGCCTCAATCATCTGGAAAGATTCATTGGCAGGCATCACCGGACCCCACg < 1:1839722/71‑1 (MQ=255) taACTGTTGATCCCTTTGGTCGCCTCAATCATCTGGAAAGa < 1:4875555/41‑1 (MQ=255) taACTGTTGATCCCTTTGGTCGCCTCAATCATCTGGAAAGa < 1:4872294/41‑1 (MQ=255) taACTGTTGATCCCTTTGGTCGCCTCAATCATCTGGAAAGa < 1:512712/41‑1 (MQ=255) taACTGTTGATCCCTTTGGTCGCCTCAATCATCTGGAAAGa < 1:3530680/41‑1 (MQ=255) taACTGTTGATCCCTTTGGTCGCCTCAATCATCTGGAAAGa < 1:3688647/41‑1 (MQ=255) taACTGTTGATCCCTTTGGTCGCCTCAATCATCTGGAAAGa < 1:3829685/41‑1 (MQ=255) aCTGTTGATCCCTTTGGTCGCCTCAATCATCTGGAAAGATTCATTGGCAGGCATCACCGGACCCCAc > 1:5193622/1‑67 (MQ=255) ttGATCCCTTTGGTCGCCTCAATCATCTGGAAAGATTCATTGGCAGGCTTCACCGGACCCCACGACACtt < 1:210030/70‑1 (MQ=255) ttGATCCCTTTGGTCGCCTCAATCATCTGGAAAGATTCATTGGCAGGCATCACCGGACCCCACGACACtt < 1:347096/70‑1 (MQ=255) ttGATCCCTTTGGTCGCCTCAATCATCTGGAAAGATTCATTGGCAGGCATCACCGGACCCCACGACACtt < 1:4713764/70‑1 (MQ=255) ttGATCCCTTTGGTCGCCTCAATCATCTGGAAAGATTCATTGGCAGGCATCACCGGACCCCACGACACTTg > 1:654590/1‑71 (MQ=255) ttGATCCCTTTGGTCGCCTCAATCATCTGGAAAGATTCATTGGCAGGCATCACCGGACCCCACGACACTTg > 1:943244/1‑71 (MQ=255) | GTACGAACACGGGTGCGGTAACTCATGGTGCTGCCGTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTGATCCCTTTGGTCGCCTCAATCATCTGGAAAGATTCATTGGCAGGCATCACCGGACCCCACGACACTTG > minE/1498156‑1498283 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |