Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	freq	annotation	gene	description
RA	minE	1,763,524	T→C	17.2%	noncoding (320/1542 nt)	rrsG ←	16S ribosomal RNA

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	minE	1,763,524	0	T	C	17.2%	63.6 / 8.8	29	noncoding (320/1542 nt)	rrsG	16S ribosomal RNA
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base T (9/15);  new base C (3/2);  total (12/17)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.22e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.86e-01

GGAGTCTGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACC  >  minE/1763502‑1763590                       |                                                                   ggAGTCTGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCtt                     <  1:3067370/70‑1 (MQ=31) ggAGTCTGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTg                    <  1:1353910/71‑1 (MQ=17) ggAGTCTGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTg                    <  1:3580309/71‑1 (MQ=17) ggAGTCTGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTg                    <  1:3614775/71‑1 (MQ=17)  gAGTCTGGGCCGTGTCTCAGTCCCAGTGTGGCCGTTCACCCTCTCAGGTCGGCTATGTATCGTCGCCTTgg                   >  1:3581060/1‑71 (MQ=2)  gAGTCTGGGCCGTGTCTCAGTCCCAGTGTGGCCGTTCACCCTCTCAGGTCGGCTATGTATCGTCGCCTTg                    >  1:2235531/1‑70 (MQ=2)  gAGTCTGGGCCGTGTCTCAGTCCCAGTGTGGCAGTTCACCCTCTCAGGTCGGCTATGTATCGTCGCCTTgg                   >  1:601513/1‑71 (MQ=2)   aGTCTGGGCCGTGTCTCAGTCCCAGTGTGGCCGTTCACCCTCTCAGGTCGGCTATGTATCGTCGCCTTGGt                  <  1:2895331/71‑1 (MQ=2)   aGTCTGGGCCGTGTCTCAGTCCCAGTGTGGCCGTTCACCCTCTCAGGTCGGCTATGTATCGTCGCCTTGGt                  <  1:1188356/71‑1 (MQ=2)   aGTCTGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTg                    <  1:2001187/69‑1 (MQ=33)   aGTCTGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGt                  <  1:3280535/71‑1 (MQ=21)         gACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCGTCCTCTCAGACCAGCTACTGATCGTCGCCTTGGTGAGcc             <  1:1276022/70‑1 (MQ=11)         gACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCg            <  1:1651276/71‑1 (MQ=21)          aCCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGt           >  1:2824007/1‑71 (MQ=34)          aCCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGt           <  1:419174/71‑1 (MQ=34)          aCCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGt           <  1:3312568/71‑1 (MQ=34)          aCCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGt           <  1:512421/71‑1 (MQ=34)          aCCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAg               >  1:1720809/1‑67 (MQ=25)           ccGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGtt          <  1:1353814/71‑1 (MQ=34)             gtgtCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTAc        >  1:3244106/1‑71 (MQ=21)              tgtCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTAcc       >  1:452679/1‑71 (MQ=34)                tctcAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTAccc      >  1:2689551/1‑70 (MQ=35)                tctcAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTAccc      >  1:2441173/1‑70 (MQ=35)                tctcAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTAccc      >  1:2436825/1‑70 (MQ=35)                tctcAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTAccc      >  1:170517/1‑70 (MQ=35)                tctcAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTAccc      >  1:150502/1‑70 (MQ=35)                    aGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCccacc  <  1:791606/70‑1 (MQ=25)                    aGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCccac   <  1:2234261/69‑1 (MQ=25)                    aGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCccac   <  1:739595/69‑1 (MQ=25)                       |                                                                   GGAGTCTGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACC  >  minE/1763502‑1763590

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑