Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA minE 1,763,541 T→C 8.8% noncoding (303/1542 nt) rrsG ← 16S ribosomal RNA

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*minE1,763,5410TC 8.8% 149.6 / 7.1 57noncoding (303/1542 nt)rrsG16S ribosomal RNA
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base T (21/31);  new base C (3/2);  total (24/33)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.40e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.47e-01

GGAGTCTGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGG  >  minE/1763502‑1763611
                                       |                                                                      
ggAGTCTGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCtt                                          <  1:3067370/70‑1 (MQ=31)
ggAGTCTGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTg                                         <  1:1353910/71‑1 (MQ=17)
ggAGTCTGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTg                                         <  1:3614775/71‑1 (MQ=17)
ggAGTCTGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTg                                         <  1:3580309/71‑1 (MQ=17)
 gAGTCTGGGCCGTGTCTCAGTCCCAGTGTGGCCGTTCACCCTCTCAGGTCGGCTATGTATCGTCGCCTTgg                                        >  1:3581060/1‑71 (MQ=2)
 gAGTCTGGGCCGTGTCTCAGTCCCAGTGTGGCCGTTCACCCTCTCAGGTCGGCTATGTATCGTCGCCTTg                                         >  1:2235531/1‑70 (MQ=2)
 gAGTCTGGGCCGTGTCTCAGTCCCAGTGTGGCAGTTCACCCTCTCAGGTCGGCTATGTATCGTCGCCTTgg                                        >  1:601513/1‑71 (MQ=2)
  aGTCTGGGCCGTGTCTCAGTCCCAGTGTGGCCGTTCACCCTCTCAGGTCGGCTATGTATCGTCGCCTTGGt                                       <  1:2895331/71‑1 (MQ=2)
  aGTCTGGGCCGTGTCTCAGTCCCAGTGTGGCCGTTCACCCTCTCAGGTCGGCTATGTATCGTCGCCTTGGt                                       <  1:1188356/71‑1 (MQ=2)
  aGTCTGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTg                                         <  1:2001187/69‑1 (MQ=33)
  aGTCTGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGt                                       <  1:3280535/71‑1 (MQ=21)
        gACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCGTCCTCTCAGACCAGCTACTGATCGTCGCCTTGGTGAGcc                                  <  1:1276022/70‑1 (MQ=11)
        gACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCg                                 <  1:1651276/71‑1 (MQ=21)
         aCCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGt                                >  1:2824007/1‑71 (MQ=34)
         aCCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGt                                <  1:419174/71‑1 (MQ=34)
         aCCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGt                                <  1:512421/71‑1 (MQ=34)
         aCCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGt                                <  1:3312568/71‑1 (MQ=34)
         aCCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAg                                    >  1:1720809/1‑67 (MQ=25)
          ccGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGtt                               <  1:1353814/71‑1 (MQ=34)
            gtgtCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTAc                             >  1:3244106/1‑71 (MQ=21)
             tgtCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTAcc                            >  1:452679/1‑71 (MQ=34)
               tctcAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTAccc                           >  1:170517/1‑70 (MQ=35)
               tctcAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTAccc                           >  1:2436825/1‑70 (MQ=35)
               tctcAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTAccc                           >  1:2441173/1‑70 (MQ=35)
               tctcAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTAccc                           >  1:150502/1‑70 (MQ=35)
               tctcAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTAccc                           >  1:2689551/1‑70 (MQ=35)
                   aGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCccacc                       <  1:791606/70‑1 (MQ=25)
                   aGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCccac                        <  1:2234261/69‑1 (MQ=25)
                   aGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCccac                        <  1:739595/69‑1 (MQ=25)
                       ccAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTa                              >  1:390862/1‑59 (MQ=35)
                       ccAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACcaaca                   <  1:2146004/70‑1 (MQ=255)
                       ccAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACcaaca                   <  1:1662966/70‑1 (MQ=255)
                       ccAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTAccc                           >  1:3676075/1‑62 (MQ=25)
                       ccAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTAccc                           >  1:2717576/1‑62 (MQ=25)
                        cAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAg                 <  1:304734/71‑1 (MQ=255)
                        cAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAg                 <  1:3473539/71‑1 (MQ=255)
                         aGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAg                 <  1:3695791/70‑1 (MQ=255)
                          gtgtGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGc                >  1:3642117/1‑70 (MQ=255)
                          gtgtGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGc                >  1:1141938/1‑70 (MQ=255)
                          gtgtGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCt               <  1:320928/71‑1 (MQ=255)
                          gtgtGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCt               <  1:3208442/71‑1 (MQ=255)
                           tgtgGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCt               >  1:340204/1‑70 (MQ=255)
                            gtgGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTaa             >  1:977931/1‑71 (MQ=255)
                            gtgGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTaa             >  1:2766787/1‑71 (MQ=255)
                            gtgGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTa              >  1:190083/1‑70 (MQ=255)
                             tgGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAAt            <  1:1026814/71‑1 (MQ=255)
                             tgGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAAt            <  1:2446978/71‑1 (MQ=255)
                                 tGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACcaa                     <  1:3361497/58‑1 (MQ=255)
                                 tGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACcaa                     <  1:2313754/58‑1 (MQ=255)
                                 tGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACcaa                     <  1:2664534/58‑1 (MQ=255)
                                  ggTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCAt       >  1:2024931/1‑71 (MQ=255)
                                   gTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCAt       <  1:2204171/70‑1 (MQ=255)
                                      aTCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGc                >  1:3706355/1‑58 (MQ=255)
                                      aTCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGc                >  1:2766034/1‑58 (MQ=255)
                                      aTCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCGCATCTgg   <  1:3137302/71‑1 (MQ=255)
                                      aTCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTgg   <  1:3806143/71‑1 (MQ=255)
                                      aTCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTgg   <  1:1753104/71‑1 (MQ=255)
                                       tCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTggg  <  1:3750461/71‑1 (MQ=255)
                                       |                                                                      
GGAGTCTGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGG  >  minE/1763502‑1763611

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑