| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,262,864 | G→A | 10.6% | S215S (TCC→TCT) | rplA ← | 50S ribosomal subunit protein L1 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,262,864 | 0 | G | A | 10.6% | 254.8 / 17.0 | 85 | S215S (TCC→TCT) | rplA | 50S ribosomal subunit protein L1 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (45/31); new base A (6/3); total (51/34) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.35e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.47e-01 | |||||||||||
TAAAGGCATTAGTTTACAGAAGCGCTCAGGCCAGCCTGGTCAACTGCAACACCTGCACCCATGGTGGTGGAGATGCTAACTTTCTTGATGTACACGCCTTTCGCCTGAGTCGGTTTTGCTTTTTTCAGCGCAACCAG > minE/2262796‑2262932 | tAAAGGCATTAGTTTACAGAAGCGCTCAGGCCAGCCTGGTCAACTGCAACACCTGCACCCATGGTGGTGga < 1:360403/71‑1 (MQ=255) aaaGGCATTAGTTTACAGAAGCGCTCAGGCCAGCCTGGTCAACTGCAACACCTGCACCCAtggtggtg > 1:2825355/1‑68 (MQ=255) aaaGGCATTAGTTTACAGAAGCGCTCAGGCCAGCCTGGTCAACTGCAACACCTGCACCCAtggtggtg > 1:2951760/1‑68 (MQ=255) aaaGGCATTAGTTTACAGAAGCGCTCAGGCCAGCCTGGTCAACTGCAACACCTGCACCCAtggtggtg > 1:1647748/1‑68 (MQ=255) aaGGCATTAGTTTACAGAAGCGCTCAGGCCAGCCTGGTCAACTGCAACACCTGCACCCAtggtggtg > 1:891556/1‑67 (MQ=255) aaGGCATTAGTTTACAGAAGCGCTCAGGCCAGCCTGGTCAACTGCAACACCTGCACCCATGGTGGTGgaga < 1:1966258/71‑1 (MQ=255) ggCATTAGTTTACAGAAGCGCTCAGGCCAGCCTGGTCAACTGCAACACCTGCACCCATGGTGGTGga > 1:1612297/1‑67 (MQ=255) ggCATTAGTTTACAGAAGCGCTCAGGCCAGCCTGGTCAACTGCAACACCTGCACCCATGGTGGTGga > 1:1593217/1‑67 (MQ=255) cATTAGTTTACAGAAGCGCTCAGGCCAGCCTGGTCAACTGCAACACCTGCACCCATGGTGGTGGAGATGc > 1:3737591/1‑70 (MQ=255) cATTAGTTTACAGAAGCGCTCAGGCCAGCCTGGTCAACTGCAACACCTGCACCCATGGTGGTGGAGATGCt < 1:1063842/71‑1 (MQ=255) aGTTTACAGAAGCGCTCAGGCCAGCCTGGTCAACTGCAACACCTGCACCCATGGTGGTGGAGATGCTAACt > 1:2113999/1‑71 (MQ=255) gTTTACAGAAGCGCTCAGGCCAGCCTGGTCAACTGCAACACCTGCACCCATGGTGGTGGAGATGCTAACtt > 1:1381814/1‑71 (MQ=255) tACAGAAGCGCTCAGGCCAGCCTGGTCAACTGCAACACCTGCACCCATGGTGGTGGAGATGCTAACTTTCt > 1:655262/1‑71 (MQ=255) tACAGAAGCGCTCAGGCCAGCCTGGTCAACTGCAACACCTGCACCCATGGTGGTGGAGATGCTAACTTTCt > 1:1298470/1‑71 (MQ=255) tACAGAAGCGCTCAGGCCAGCCTGGTCAACTGCAACACCTGCACCCATGGTGGTGGAGATGCTAACTTTCt > 1:2260062/1‑71 (MQ=255) aCAGAAGCGCTCAGGCCAGCCTGGTCAACTGCAACCCCTGCACCCATGGTGGTGgag > 1:1839598/1‑57 (MQ=255) aCAGAAGCGCTCAGGCCAGCCTGGTCAACTGCAACACCTGCACCCATGGTGGTGgaga > 1:639848/1‑58 (MQ=255) aCAGAAGCGCTCAGGCCAGCCTGGTCAACTGCAACACCTGCACCCATGGTGGTGgaga > 1:3478670/1‑58 (MQ=255) aCAGAAGCGCTCAGGCCAGCCTGGTCAACTGCAACACCTGCACCCATGGTGGTGgaga > 1:3835751/1‑58 (MQ=255) aCAGAAGCGCTCAGGCCAGCCTGGTCAACTGCAACACCTGCACCCATGGTGGTGgaga > 1:1916091/1‑58 (MQ=255) cAGAAGCGCTCAGGCCAGCCTGGTCAACTGCAACACCTGCACCCATGGTGGTGGAGATGCTAACTTTCtt < 1:829139/70‑1 (MQ=255) gcgcTCAGGCCAGCCTGGTCAACTGCAACACCTGCACCCATGGTGGTGGAGATGCTAACTTTCTTGATGTa < 1:2160824/71‑1 (MQ=255) gcgcTCAGGCCAGCCTGGTCAACTGCAACACCTGCACCCATGGTGGTGGAGATGCTAACTTTCTTGATGTa < 1:2412820/71‑1 (MQ=255) gcgcTCAGGCCAGCCTGGTCAACTGCAACACCTGCACCCATGGTGGTGGAGATGCTAACTTTCTTGATGTa < 1:2729258/71‑1 (MQ=255) gcgcTCAGGCCAGCCTGGTCAACTGCAACACCTGCACCCATGGTGGTGGAGATGCTAACTTTCTTGATGTa < 1:715484/71‑1 (MQ=255) gcTCAGGCCAGCCTGGTCAACTGCAACACCTGCACCCATGGTGGTGGAGATGCTAACTTTCTTGATGTaca < 1:3084097/71‑1 (MQ=255) cAGGCCAGCCTGGTCAACTGCAACACCTGCACCCATGGTGGTGGAGATGCTAACTTTCTTGATGTACACGc > 1:3426850/1‑71 (MQ=255) aGGCCAGCCTGGTCAACTGCAACACCTGCACCCATGGTGGTGGAGATTCTAACTTTCTTGATGTa < 1:3750246/65‑1 (MQ=255) aGGCCAGCCTGGTCAACTGCAACACCTGCACCCATGGTGGTGGAGATGCTAACTTTCTTGATGTa < 1:3554526/65‑1 (MQ=255) aGGCCAGCCTGGTCAACTGCAACACCTGCACCCATGGTGGTGGAGATGCTAACTTTCTTGATGTa < 1:539306/65‑1 (MQ=255) ggCCAGCCTGGTCAACTGCAACACCTGCACCCATGGTGGTGGAGATGCTAACTTTCTTGATGTACACGACt > 1:672031/1‑71 (MQ=255) ggCCAGCCTGGTCAACTGCAACACCTGCACCCATGGTGGTGGAGATGCTAACTTTCTTGATGTACACGACt > 1:2402023/1‑71 (MQ=255) ggCCAGCCTGGTCAACTGCAACACCTGCACCCATGGTGGTGGAGATGCTAACTTTCTTGATGTACACGACt > 1:2539986/1‑71 (MQ=255) ggCCAGCCTGGTCAACTGCAACACCTGCACCCATGGTGGTGGAGATGCTAACTTTCTTGATGTACACGACt > 1:83056/1‑71 (MQ=255) ccAGCCTGGTCAACTGCAACACCTGCACCCATGGTGGTGGAGATGCTAACTTTCTTGATGTACACGCCttt > 1:361755/1‑71 (MQ=255) ccAGCCTGGTCAACTGCAACACCTGCACCCATGGTGGTGGAGATGCTAACTTTCTTGATGTACACGCCttt > 1:542655/1‑71 (MQ=255) cAGCCTGGTCAACTGCAACACCTGCACCCATGGTGGTGGAGATGCTAACTTTCTTGATGTACACGCCTTTc > 1:1591863/1‑71 (MQ=255) aGCCTGGTCAACTGCAACACCTGCACCCATGGTGGTGGAGATGCTAACTTTCTTGATGTACACGCCTTTCg < 1:756300/71‑1 (MQ=255) aGCCTGGTCAACTGCAACACCTGCACCCATGGTGGTGGAGATGCTAACTTTCTTGATGTACACGCCTTTCg < 1:202/71‑1 (MQ=255) gCCTGGTCAACTGCAACACCTGCACCCATGGTGGTGGAGATGCTAACTTTCtt > 1:1506956/1‑53 (MQ=255) gCCTGGTCAACTGCAACACCTGCACCCATGGTGGTGGAGATGCTAACTTTCtt > 1:216022/1‑53 (MQ=255) gCCTGGTCAACTGCAACACCTGCACCCATGGTGGTGGAGATGCTAACTTTCtt > 1:1092540/1‑53 (MQ=255) ccTGGTCAACTGCAACACCTGCACCCATGGTGGTGGAGATGCTAACTTTCTTGATGTACACGCCTTTCGcc < 1:379298/71‑1 (MQ=255) cAACTGCAACACCTGCACCCATGGTGGTGGAGATGCTAACTTTCTTGATGTACACGCCTTTCGCCTGAGTc > 1:880349/1‑71 (MQ=255) aaCTGCAACACCTGCACCCATGGTGGTGGAGATGCTAACTTTCTTGATGTACACGCCTTTCGCCTGAGTc < 1:2490035/70‑1 (MQ=255) aaCTGCAACACCTGCACCCATGGTGGTGGAGATGCTAACTTTCTTGATGTACACGCCTTTCGCCTGAGTc < 1:84895/70‑1 (MQ=255) aaCTGCAACACCTGCACCCATGGTGGTGGAGATGCTAACTTTCTTGATGTACACGCCTTTCGCCTGAGTc < 1:1689192/70‑1 (MQ=255) cTGCAACACCTGCACCCATGGTGGTGGAGATGCTAACTTTCTTGATGTACACGCCTTTCGCCTGAGTCGGt < 1:98494/71‑1 (MQ=255) cTGCAACACCTGCACCCATGGTGGTGGAGATGCTAACTTTCTTGATGTACACGCCTTTCGCCTGAGTCGGt > 1:882819/1‑71 (MQ=255) cTGCAACACCTGCACCCATGGTGGTGGAGATGCTAACTTTCTTGATGTACACGCCTTTCGCCTGAGTCGGt < 1:1661776/71‑1 (MQ=255) gCAACACCTGCACCCATGGTGGTGGAGATGCTAACTTTCTTGATGTACACGCCttt > 1:3743959/1‑56 (MQ=255) gCAACACCTGCACCCATGGTGGTGGAGATGCTAACTTTCTTGATGTACACGCCttt > 1:1747519/1‑56 (MQ=255) gCAACACCTGCACCCATGGTGGTGGAGATGCTAACTTTCTTGATGTACACGCCTTTCGCCTGAGTCGGttt > 1:2584349/1‑71 (MQ=255) gCAACACCTGCACCCATGGTGGTGGAGATGCTAACTTTCTTGATGTACACGCCTTTCGCCTGAGTCGGttt > 1:1672361/1‑71 (MQ=255) cAACACCTGCACCCATGGTGGTGGAGATGCTAACTTTCTTGATGTACACGCCTTTCGCCTGAGTCGGtttt > 1:2935994/1‑71 (MQ=255) acCTGCACCCATGGTGGTGGAGATGCTAACTTTCTTGATGTACACGCCTTTCGCCTGAGTCGGTTTTGCtt < 1:2505689/71‑1 (MQ=255) acCTGCACCCATGGTGGTGGAGATGCTAACTTTCTTGATGTACACGCCTTTCGCCTGAGTCGGTTTTGCtt < 1:308105/71‑1 (MQ=255) acCTGCACCCATGGTGGTAGAGATGCTAACTTTCTTGATGTACACGCCTTTc < 1:2509536/52‑1 (MQ=255) acCTGCACCCATGGTGGTAGAGATGCTAACTTTCTTGATGTACACGCCTTTc < 1:2220793/52‑1 (MQ=255) acCTGCACCCATGGTGGTAGAGATGCTAACTTTCTTGATGTACACGCCTTTc < 1:3064702/52‑1 (MQ=255) cTGCACCCATGGTGGTGGAGATGCTAACTTTCTTGATGTACACGCCTTTCGCCTGAGTCGGTTTTGCtttt < 1:3113112/71‑1 (MQ=255) cTGCACCCATGGTGGTGGAGATGCTAACTTTCTTGATGTACACGCCTTTCGCCTGAGTCGGTTTTGCtttt < 1:2283694/71‑1 (MQ=255) cTGCACCCATGGTGGTGGAGATGCTAACTTTCTTGATGTACACGCCTTTCGCCTGAGTCGGTTTTGCtttt < 1:2341317/71‑1 (MQ=255) cTGCACCCATGGTGGTGGAGATGCTAACTTTCTTGATGTACACGCCTTTCGCCTGAGTCGGTTTTGCtttt < 1:1526104/71‑1 (MQ=255) cTGCACCCATGGTGGTGGAGATGCTAACTTTCTTGATGTACACGCCTTTCGCCTGAGTCGGTTTTGCtttt < 1:2401648/71‑1 (MQ=255) cTGCACCCATGGTGGTAGAGATGCTAACTTTCTTGATGTACACGCCTTTCGc > 1:595557/1‑52 (MQ=255) cTGCACCCATGGTGGTAGAGATGCTAACTTTCTTGATGTACACGCCTTTCGc > 1:2557517/1‑52 (MQ=255) cTGCACCCATGGTGGTAGAGATGCTAACTTTCTTGATGTACACGCCTTTCGc > 1:3661046/1‑52 (MQ=255) cTGCACCCATGGTGGTAGAGATGCTAACTTTCTTGATGTACACGCCTTTCGc > 1:1374021/1‑52 (MQ=255) cTGCACCCATGGTGGTAGAGATGCTAACTTTCTTGATGTACACGCCTTTCGc > 1:122898/1‑52 (MQ=255) cTGCACCCATGGTGGTAGAGATGCTAACTTTCTTGATGTACACGCCTTTCGc > 1:1111912/1‑52 (MQ=255) tGCACCCATGGTGGTGGAGATGCTAACTTTCTTGATGTACACGcc > 1:599350/1‑45 (MQ=255) tGCACCCATGGTGGTGGAGATGCTAACTTTCTTGATGTACACGCCTTTCGCCTGAGTCGGttt > 1:1325289/1‑63 (MQ=255) tGCACCCATGGTGGTGGAGATGCTAACTTTCTTGATGTACACGCCTTTCGCCTGAGTCGGTTTTGGttttt > 1:1496942/1‑71 (MQ=255) tGCACCCATGGTGGTGGAGATGCTAACTTTCTTGATGTACACGCCTTTCGCCTGAGTCGGTTTTGCttttt > 1:106196/1‑71 (MQ=255) tGCACCCATGGTGGTGGAGATGCTAACTTTCTTGATGTACACGCCTTTCGCCTGAGTCGGTTTTGCttttt > 1:3845914/1‑71 (MQ=255) tGCACCCATGGTGGTGGAGATGCTAACTTTCTTGATGTACACGCCTTTCGCCTGAGTCGGTTTTGCttttt > 1:730201/1‑71 (MQ=255) tGCACCCATGGTGGTGGAGATGCTAACTTTCTTGATGTACACGCCTTTCGCCTGAGTCGGTTTTGCttttt > 1:751549/1‑71 (MQ=255) gCACCCATGGTGGTGGAGATGCTAACTTTCTTGATGTACACGCCTTTCGCCTGAGTCg > 1:304996/1‑58 (MQ=255) gCACCCATGGTGGTGGAGATGCTAACTTTCTTGATGTACACGCCTTTCGCCTGAGTCGGttt > 1:592629/1‑62 (MQ=255) gCACCCATGGTGGTGGAGATGCTAACTTTCTTGATGTACACGCCTTTCGCCTGAGTCGGTTTTGCtttttt > 1:1025791/1‑71 (MQ=255) gCACCCATGGTGGTGGAGATGCTAACTTTCTTGATGTACACGCCTTTCGCCTGAGTCGGTTTTGCttttt > 1:954429/1‑70 (MQ=255) cACCCATGGTGGTGGAGATGCTAACTTTCTTGATGTACACGCCTTTCGCCTGAGTCGGTTTTGCtttttt < 1:3082726/70‑1 (MQ=255) aCCCATGGTGGTGGAGATGCTAACTTTCTTGATGTACACGCCTTTCGCCTGAGTCGGTTTTGCTTTTTTCa < 1:1938067/71‑1 (MQ=255) cccATGGTGGTGGAGATGCTAACTTTCTTGATGTACACGCCTTTCGCCTGAGTCGGTTTTGCtttttt > 1:3501844/1‑68 (MQ=255) cccATGGTGGTGGAGATGCTAACTTTCTTGATGTACACGCCTTTCGCCTGAGTCGGTTTTGCtttttt > 1:785991/1‑68 (MQ=255) cccATGGTGGTGGAGATGCTAACTTTCTTGATGTACACGCCTTTCGCCTGAGTCGGTTTTGCtttttt > 1:2210346/1‑68 (MQ=255) cATGGTGGTGGAGATGCTAACTTTCTTGATGTACACGCCTTTCGCCTGAGTCGGt < 1:1468272/55‑1 (MQ=255) cATGGTGGTGGAGATGCTAACTTTCTTGATGTACACGCCTTTCGCCTGAGTCGGt < 1:2162017/55‑1 (MQ=255) tggtggAGATGCTAACTTTCTTGATGTACACGCCTTTCGCCTGAGTCGGTTTTGCTTTTTTCAGCGCAAcc < 1:1508058/71‑1 (MQ=255) gtggAGATGCTAACTTTCTTGATGTACACGCCTTTCGCCTGAGTCGGTTTTGCtttttt > 1:1818516/1‑59 (MQ=255) ggAGATGCTAACTTTCTTGATGTACACGCCTTTCGCCTGAGTCGGTTTTGCTTTTTTCAGCGCAACcag > 1:1094145/1‑69 (MQ=255) | TAAAGGCATTAGTTTACAGAAGCGCTCAGGCCAGCCTGGTCAACTGCAACACCTGCACCCATGGTGGTGGAGATGCTAACTTTCTTGATGTACACGCCTTTCGCCTGAGTCGGTTTTGCTTTTTTCAGCGCAACCAG > minE/2262796‑2262932 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |